Projekt per år
Organisationsprofil
Organisationsprofil
Our group is studying plant systems biology. We develop methods for combining different omics data sources and apply them in practise to answer biological questions regarding evolution, speciation, adaptation and host-microbe interactions in plants. Currently our main focus is the Betulaceae family, where we are establishing silver birch (Betula pendula) as the model species. In addition to silver birch we are also assembling the black alder genome (Alnus glutinosa).
Our work on host-microbe interactions has so far concentrated in the analysis of human gut microbiota. It forms a relatively closed ecosystem which can be quantified with 16S based techniques and metagenomic sequencing, and the host genome is very well annotated, making it suitable for a model ecosystem. In the following years the methodological approaches developed in this work will be applied to study plant-microbe interactions.
The group is part of Finnish Center of Excellence in Molecular Biology of Primary Producers.
Internationellt och inhemskt samarbete
Publikationer och projekt inom de senaste fem åren.
Personer
Maja Ilievska
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
- Forskningsprogrammet för organism- och evolutionsbiologi - gästforskare, doktorand
- Doctoral Programme in Plant Sciences
Person: gästforskare, U1 Undervisnings- och forskningspersonal, HU
Pezhman Safdari
- Research Centre for Ecological Change
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
- Forskningsprogrammet för organism- och evolutionsbiologi - doktorand
- Doctoral Programme in Plant Sciences
Person: U1 Undervisnings- och forskningspersonal, HU
Omid Safronov
- Plant-Fungal Interactions Group
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
- Forskningsprogrammet för molekylära och integrativa biovetenskaper - doktorand
- Doctoral Programme in Plant Sciences
Person: U1 Undervisnings- och forskningspersonal, HU
Jarkko Salojärvi
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
- Viikki Plant Science Centre (ViPS)
- Forskningsprogrammet för organism- och evolutionsbiologi - akademiforskare
- Doctoral Programme in Plant Sciences - Handledare för doktorandprogram
Person: U3 Undervisnings- och forskningspersonal, HU
Aleksia Vaattovaara
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
- Forskningsprogrammet för organism- och evolutionsbiologi - forskardoktor
Person: U2 Undervisnings- och forskningspersonal
Projekt
AngioPlast: Plastid genome evolution of angiosperms
Poczai, P., Hyvönen, J., Amiryousefi, A., Sablok, G. & He, X.
01/09/2017 → 30/09/2020
Projekt: Forskningsprojekt
SOLPHYLO: Phylogenetic Relationships and Organellar Genome Evolution in Solanaceae
Poczai, P., Hyvönen, J., Amiryousefi, A., Aubriot, X., Sablok, G., Särkinen, T., Knapp, S., Buerki, S., Syfert, M., He, X., Gagnon, E., Orejuela, A., Barboza, G., Baden, M. & van der Weerden, G. M.
Itä-Suomen yliopisto, Jyväskylän yliopisto, Uudenmaan liitto
01/09/2016 → 01/09/2020
Projekt: Forskningsprojekt
AMB: The phylogeny of ragweeds (genus Ambrosia, Asteraceae)
Poczai, P., Hyvönen, J., Amiryousefi, A., Sablok, G. & He, X.
15/03/2015 → 31/12/2020
Projekt: Forskningsprojekt
Three-year research grant / Mikael Niku 2016-2018: IMPACT OF FETAL INTESTINAL MICROBIOTA ON THE EARLY DEVELOPMENT OF THE IMMUNE SYSTEM
Niku, M., Pessa-Morikawa, T., Iivanainen, A., Satokari, R., Salojärvi, J., Soveri, T., Kahelin, M., Peltoniemi, O., Kareskoski, M., Alipour, M. & Husso, A.
Eläinlääketieteen tutkimuksen tukisäätiö, Suomen Kulttuurirahasto, Suomen eläinlääketieteen säätiö
01/01/2016 → 31/12/2019
Projekt: Helsingfors Universitetets treåriga forskningsprojekt
Publikationer
CRK2 and C-terminal Phosphorylation of NADPH Oxidase RBOHD Regulate Reactive Oxygen Species Production in Arabidopsis
Kimura, S., Hunter, K., Vaahtera, L., Tran, C., Citterico, M., Vaattovaara, A., Rokka, A., Stolze, S. C., Harzen, A., Meißner, L., Wilneks, M. M. T., Hamann, T., Toyoga, M., Nakagami, H. & Wrzaczek, M., 8 apr 2020, I : Plant Cell. 32, 4, s. 1063–1080 18 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgång
ELIMAKI Locus Is Required for Vertical Proprioceptive Response in Birch Trees
Alonso Serra, J. A., Shi, X., Peaucelle, A., Rastas, P., Bourdon, M., Immanen, J., Takahashi, J., Koivula, H., Eswaran, G., Muranen, S. J., Help-Rinta-Rahko, H., Smolander, O-P., Su, C., Safronov, O., Gerber, L., Salojärvi, J., Hagqvist, R., Mähönen, A. P., Helariutta, Y. & Nieminen, K., 24 feb 2020, I : Current Biology. 30, 4, s. 589-599 16 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
PROTEIN PHOSPHATASE 2A-B 'gamma Controls Botrytis cinerea Resistance and Developmental Leaf Senescence
Durian, G., Rahikainen, M., Vuorinen, K., Gollan, P. J., Brosche, M., Salojarvi, J., Glawischnig, E., Winter, Z., Li, S., Noctor, G., Aro, E-M., Kangasjärvi, J., Overmyer, K., Burow, M. & Kangasjärvi, S., feb 2020, I : Plant Physiology. 182, 2, s. 1161-1181 21 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
The photoreceptor UVR8 mediates the perception of both UV-B and UV-A wavelengths up to 350 nm of sunlight with responsivity moderated by cryptochromes
Rai, N., O'Hara, A., Farkas, D., Safronov, O., Ratanasopa, K., Wang, F., Lindfors, A. V., Jenkins, G. I., Lehto, T., Salojärvi, J., Brosché, M., Strid, Å., Aphalo, P. J. & Morales, L. O., 24 mar 2020, I : Plant, Cell and Environment. 15 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgång
Fil
Arabidopsis RCD1 coordinates chloroplast and mitochondrial functions through interaction with ANAC transcription factors
Shapiguzov, A., Vainonen, J., Hunter, K. A., Tossavainen, H. P. M., Tiwari, A., Järvi, S., Hellman, M. H., Aarabi, F., Alseekh, S., Wybouw, B., Van Der Kelen, K., Nikkanen, L., Krasensky-Wrzaczek, J., Sipari, N. H., Keinänen, M., Tyystjaervi, E., Rintamäki, E., De Rybel, B., Salojärvi, J. T., Van Breusegem, F. & 6 andra, , 15 feb 2019, I : eLife. 8, 35 s., e43284.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgång
Fil
Aktiviteter
Plant and Animal Genomes Conference XXVI
Sitaram Rajaraman (Poster presentation)15 jan 2018
Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemang › Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium
Keystone Meeting: Plant Signaling: Molecular Pathways and Network Integration
Aleksia Vaattovaara (Poster presentation)21 jan 2018 → 24 jan 2018
Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemang › Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium
Plant and Animal Genomes Conference XXVI
Sitaram Rajaraman (Talare: Presentation)13 jan 2018
Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemang › Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium
Population Genomics of Silver Birch
Jarkko Salojärvi (!!Speaker)13 jan 2017 → 18 jan 2017
Aktivitet: Typer för tal eller presentation › !!Oral presentation
Analysis of genomic sequencing data
Jarkko Salojärvi (!!Speaker)11 dec 2017 → 13 dec 2017
Aktivitet: Typer för tal eller presentation › !!Invited talk
Priser
Global warming and boreal forest - a case study with the model species silver birch (Rauduskoivu)
Sitaram Rajaraman (!!Recipient), 26 okt 2017
Pris: Pris och hedersbetygelser
Tidningsurklipp
A simple software error corrected: bittersweet chloroplast genome becomes the model
Ali Amiryousefi, Jaakko Tapani Hyvönen & Péter Poczai
17/05/2018
1 objekt av Mediabevakning
Press/media: !!Press / Media
A simple software error corrected: bittersweet chloroplast genome will become the model for annotations and nightshade comparative genomics
Ali Amiryousefi, Jaakko Tapani Hyvönen & Péter Poczai
14/05/2018
1 objekt av Mediabevakning
Press/media: !!Press / Media