Projekt per år
Organisationsprofil
Our group is studying plant systems biology. We develop methods for combining different omics data sources and apply them in practise to answer biological questions regarding evolution, speciation, adaptation and host-microbe interactions in plants. Currently our main focus is the Betulaceae family, where we are establishing silver birch (Betula pendula) as the model species. In addition to silver birch we are also assembling the black alder genome (Alnus glutinosa).
Our work on host-microbe interactions has so far concentrated in the analysis of human gut microbiota. It forms a relatively closed ecosystem which can be quantified with 16S based techniques and metagenomic sequencing, and the host genome is very well annotated, making it suitable for a model ecosystem. In the following years the methodological approaches developed in this work will be applied to study plant-microbe interactions.
The group is part of Finnish Center of Excellence in Molecular Biology of Primary Producers.
Vetenskapsgrenar
- 1183 Växtbiologi, mikrobiologi, virologi
- 1181 Ekologi, evolutionsbiologi
- 112 Statistik
Internationellt och inhemskt samarbete
Personer
-
Maja Ilievska
- Forskningsprogrammet för organism- och evolutionsbiologi - doktorand
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
- Doctoral Programme in Plant Sciences
Person: U1 Undervisnings- och forskningspersonal, Doktorand, HU
-
Omid Safronov
- Forskningsprogrammet för organism- och evolutionsbiologi - forskardoktor
- Plant-Fungal Interactions Group
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
Person: U2 Undervisnings- och forskningspersonal, HU
-
Jarkko Salojärvi
- Forskningsprogrammet för organism- och evolutionsbiologi - universitetsforskare
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
- Viikki Plant Science Centre (ViPS)
- Doctoral Programme in Plant Sciences - Handledare för doktorandprogram
Person: U3 Undervisnings- och forskningspersonal, HU
-
Aleksia Vaattovaara
- Avdelningen för lantbruksvetenskaper - forskardoktor
- Forskningsprogrammet för organism- och evolutionsbiologi - forskardoktor
- Bioinformatics for Molecular Biology and Genomics (BMBG)
Person: U2 Undervisnings- och forskningspersonal
-
TreeBio: Centre of Excellence in Tree Biology
Helariutta, Y., Kangasjärvi, J., Mähönen, A. P., Hölttä, T., Pyhäjärvi, T. S., Salojärvi, J., Nieminen, K., Shapiguzov, A., Kucukoglu Topcu, M., Sierla, M., Waszczak, C. & Vaten, A.
01/01/2022 → 31/01/2029
Projekt: Forskningsprojekt
-
Efficient nuclei isolation protocols for analysing chromatin level regulation of phenotypic variation in perennial plants
Pyhäjärvi, T. S., Hytönen, T., Vaattovaara, A. & Mähönen, A. P.
01/05/2021 → 31/12/2021
Projekt: Forskningsprojekt
-
AngioPlast: Plastid genome evolution of angiosperms
Poczai, P., Hyvönen, J., Amiryousefi, A., Sablok, G. & He, X.
01/09/2017 → 30/12/2021
Projekt: Forskningsprojekt
-
SOLPHYLO: Phylogenetic Relationships and Organellar Genome Evolution in Solanaceae
Poczai, P., Hyvönen, J., Amiryousefi, A., Aubriot, X., Sablok, G., Särkinen, T., Knapp, S., Buerki, S., Syfert, M., He, X., Gagnon, E., Orejuela, A., Barboza, G., Baden, M. & van der Weerden, G. M.
Itä-Suomen yliopisto, Jyväskylän yliopisto, Uudenmaan liitto
01/09/2016 → 01/09/2021
Projekt: Forskningsprojekt
-
Three-year research grant / Mikael Niku 2016-2018: IMPACT OF FETAL INTESTINAL MICROBIOTA ON THE EARLY DEVELOPMENT OF THE IMMUNE SYSTEM
Niku, M., Pessa-Morikawa, T., Iivanainen, A., Satokari, R., Salojärvi, J., Soveri, T., Kahelin, M., Peltoniemi, O., Kareskoski, M., Alipour, M. & Husso, A.
Eläinlääketieteen tutkimuksen tukisäätiö, Suomen Kulttuurirahasto, Suomen eläinlääketieteen säätiö
01/01/2016 → 31/12/2019
Projekt: Helsingfors Universitetets treåriga forskningsprojekt
-
Phylogenetic Analysis of Allotetraploid Species Using Polarized Genomic Sequences
Leal, J. L., Milesi, P., Salojärvi, J. & Lascoux, M., 16 juni 2023, I: Systematic Biology. 72, 2, s. 372–390 19 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Zinc deficiency-induced defensin-like proteins are involved in the inhibition of root growth in Arabidopsis
Kimura, S., Vaattovaara, A., Ohshita, T., Yokoyama, K., Yoshida, K., Hui, A., Kaya, H., Ozawa, A., Kobayashi, M., Mori, I. C., Ogata, Y., Ishino, Y., Sugano, S. S., Nagano, M. & Fukao, Y., aug. 2023, I: Plant Journal. 115, 4, s. 1071-1083 13 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
-
Chromosome-level genome assembly of the diploid blueberry Vaccinium darrowii provides insights into its subtropical adaptation and cuticle synthesis
Cui, F., Ye, X., Li, X., Yang, Y., Hu, Z., Overmyer, K., Brosche, M., Yu, H. & Salojärvi, J., 11 juli 2022, I: Plant communications. 3, 4, 19 s., 100307.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Genetic Diversity Analysis of Sapindus in China and Extraction of a Core Germplasm Collection Using EST-SSR Markers
Liu, J., Gao, S., Xu, Y., Wang, M., Ngiam, J. J., Rui Wen, N. C., Yi, J. J. J., Weng, X., Jia, L. & Salojarvi, J., 24 maj 2022, I: Frontiers in plant science. 13, 11 s., 857993.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Genomic insights into rapid speciation within the world's largest tree genus Syzygium
Low, Y. W., Rajaraman, S., Tomlin, C. M., Ahmad, J. A., Ardi, W. H., Armstrong, K., Athen, P., Berhaman, A., Bone, R. E., Cheek, M., Cho, N. R. W., Choo, L. M., Cowie, I. D., Crayn, D., Fleck, S. J., Ford, A. J., Forster, P., Girmansyah, D., Goyder, D. J., Gray, B., & 43 andra , 12 sep. 2022, I: Nature Communications. 13, 15 s., 5031.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil
Aktiviteter
-
Plant and Animal Genomes Conference XXVI
Sitaram Rajaraman (Poster presentation)
15 jan. 2018Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemang › Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium
-
Keystone Meeting: Plant Signaling: Molecular Pathways and Network Integration
Aleksia Vaattovaara (Poster presentation)
21 jan. 2018 → 24 jan. 2018Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemang › Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium
-
Plant and Animal Genomes Conference XXVI
Sitaram Rajaraman (Talare: Presentation)
13 jan. 2018Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemang › Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium
-
Plant Genome Evolution Conference 2017
Jarkko Salojärvi (!!Speaker)
1 okt. 2017 → 3 okt. 2017Aktivitet: Typer för tal eller presentation › !!Oral presentation
-
Population Genomics of Silver Birch
Jarkko Salojärvi (!!Speaker)
13 jan. 2017 → 18 jan. 2017Aktivitet: Typer för tal eller presentation › !!Oral presentation
Priser
-
Global warming and boreal forest - a case study with the model species silver birch (Rauduskoivu)
Rajaraman, Sitaram (!!Recipient), 26 okt. 2017
Pris: Pris och hedersbetygelser
Tidningsurklipp
-
A simple software error corrected: bittersweet chloroplast genome becomes the model
Ali Amiryousefi, Jaakko Tapani Hyvönen & Péter Poczai
17/05/2018
1 objekt av Mediabevakning
Press/media: !!Press / Media
-
A simple software error corrected: bittersweet chloroplast genome will become the model for annotations and nightshade comparative genomics
Ali Amiryousefi, Jaakko Tapani Hyvönen & Péter Poczai
14/05/2018
1 objekt av Mediabevakning
Press/media: !!Press / Media