• P.O. Box 65 (Viikinkaari 1), Biocenter 3

    00014 University of Helsinki

    Finland

Organisationsprofil

Organisationsprofil

Our group is studying plant systems biology. We develop methods for combining different omics data sources and apply them in practise to answer biological questions regarding evolution, speciation, adaptation and host-microbe interactions in plants. Currently our main focus is the Betulaceae family, where we are establishing silver birch (Betula pendula) as the model species. In addition to silver birch we are also assembling the black alder genome (Alnus glutinosa).

Our work on host-microbe interactions has so far concentrated in the analysis of human gut microbiota. It forms a relatively closed ecosystem which can be quantified with 16S based techniques and metagenomic sequencing, and the host genome is very well annotated, making it suitable for a model ecosystem. In the following years the methodological approaches developed in this work will be applied to study plant-microbe interactions.

The group is part of Finnish Center of Excellence in Molecular Biology of Primary Producers.

Internationellt och inhemskt samarbete Publikationer och projekt inom de senaste fem åren.

Projekt 2015 2020

Publikationer 2014 2019

Arabidopsis RCD1 coordinates chloroplast and mitochondrial functions through interaction with ANAC transcription factors

Shapiguzov, A., Vainonen, J., Hunter, K. A., Tossavainen, H. P. M., Tiwari, A., Järvi, S., Hellman, M. H., Aarabi, F., Alseekh, S., Wybouw, B., Van Der Kelen, K., Nikkanen, L., Krasensky-Wrzaczek, J., Sipari, N. H., Keinänen, M., Tyystjaervi, E., Rintamäki, E., De Rybel, B., Salojärvi, J. T., Van Breusegem, F. & 6 andraFernie, A. R., Brosche, M. J., Permi, P. E. I., Aro, E-M., Wrzaczek, M. A. & Kangasjärvi, J. S., 15 feb 2019, I : eLife. 8, 35 s., e43284.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

High-throughput sequencing data and the impact of plant gene annotation quality

Vaattovaara, A. F. M., Leppälä, J. M., Salojärvi, J. T. & Wrzaczek, M. A., 1 feb 2019, I : Journal of Experimental Botany. 70, 4, s. 1069-1076 8 s., ery43.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Mechanistic insights into the evolution of DUF26-containing proteins in land plants

Vaattovaara, A., Brandt, B., Rajaraman, S., Safronov, O., Veidenberg, A., Luklová, M., Kangasjärvi, J., Löytynoja, A., Hothorn, M., Salojärvi, J. & Wrzaczek, M., 8 feb 2019, I : Communications Biology. 2, 18 s., 56.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Tissue-specific study across the stem reveals the chemistry and transcriptome dynamics of birch bark.

Alonso Serra, J. A., Safronov, O., Lim, K-J., Fraser-Miller, S., Blokhina, O. B., Campilho, A., Chong, S-L., Fagerstedt, K. V., Haavikko, R. H., Helariutta, Y., Immanen, J. J. M., Kangasjärvi, J. S., Kauppila, T. J., Lehtonen, M., Ragni, L., Rajaraman, S., Räsänen, R-M., Safdari, P., Tenkanen, T. M., Yli-Kauhaluoma, J. T. & 4 andraTeeri, T. H., Strachan, C. J., Nieminen, K. & Salojärvi, J. T., jun 2019, I : New Phytologist. 222, 4, s. 1816-1831 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Aktiviteter 2014 2018

Keystone Meeting: Plant Signaling: Molecular Pathways and Network Integration

Aleksia Vaattovaara (Poster presentation)
21 jan 201824 jan 2018

Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemangArrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium

Plant and Animal Genomes Conference XXVI

Sitaram Rajaraman (Poster presentation)
15 jan 2018

Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemangArrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium

Plant and Animal Genomes Conference XXVI

Sitaram Rajaraman (Talare: Presentation)
13 jan 2018

Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemangArrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium

Plant Genome Evolution Conference 2017

Aleksia Vaattovaara (Poster presentation)
1 okt 20173 okt 2017

Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemangArrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium

Story of silver birch

Jarkko Salojärvi (!!Speaker)
2 nov 2017

Aktivitet: Typer för tal eller presentation!!Invited talk