Forskningsresultat per år
Forskningsresultat per år
Forskningsresultat
- 21 Artikel
- 21 resultat
Sökresultat
-
2024
Evaluating Polarizable Biomembrane Simulations against Experiments
Antila, H. S., Dixit, S., Kav, B., Madsen, J. J., Miettinen, M. S. & Ollila, O. H. S., 8 maj 2024, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 20, 10, s. 4325-4337 13 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Overlay databank unlocks data-driven analyses of biomolecules for all
Kiirikki, A. M., Antila, H. S., Bort, L. S., Buslaev, P., Favela-Rosales, F., Ferreira, T. M., Fuchs, P. F. J., Garcia-Fandino, R., Gushchin, I., Kav, B., Kučerka, N., Kula, P., Kurki, M., Kuzmin, A., Lalitha, A., Lolicato, F., Madsen, J. J., Miettinen, M. S., Mingham, C. & Monticelli, L. & 9 andra, , 7 feb. 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 15 s., 1136.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Probing the dynamic landscape of peptides in molecular assemblies by synergized NMR experiments and MD simulations
Nencini, R., Regnier, M. L. G., Backlund, S. M., Mantzari, E., Dunn, C. D. & Ollila, O. H. S., 13 feb. 2024, I: Communications chemistry. 7, 1, 12 s., 28.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Rapid Interpretation of Protein Backbone Rotation Dynamics Directly from Spin Relaxation Data
Nencini, R., Mantzari, E., Sandelin, A. E. & Ollila, O. H. S., 1 okt. 2024, I: Journal of Physical Chemistry Letters. s. 10204-10209 6 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
2023
Quantitative Comparison against Experiments Reveals Imperfections in Force Fields' Descriptions of POPC-Cholesterol Interactions
Javanainen, M., Heftberger, P., Madsen, J. J., Miettinen, M. S., Pabst, G. & Ollila, O. H. S., aug. 2023, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 19, 18, s. 6342–6352 11 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
2022
Accurate Simulations of Lipid Monolayers Require a Water Model with Correct Surface Tension
Tempra, C., Ollila, O. H. S. & Javanainen, M., 8 mars 2022, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 18, 3, s. 1862-1869 8 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Charged Small Molecule Binding to Membranes in MD Simulations Evaluated against NMR Experiments
Nencini, R. & Ollila, O. H. S., 15 sep. 2022, I: Journal of Physical Chemistry B. 126, 36, s. 6955–6963 9 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Emerging Era of Biomolecular Membrane Simulations: Automated Physically-Justified Force Field Development and Quality-Evaluated Databanks
Antila, H. S., Kav, B., Miettinen, M. S., Martinez-Seara, H., Jungwirth, P. & Ollila, S., 2022, I: Journal of Physical Chemistry B. 126, 23Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Fil -
Rotational decoupling between the hydrophilic and hydrophobic regions in lipid membranes
Antila, H. S., Wurl, A., Ollila, O. H. S., Miettinen, M. S. & Ferreira, T. M., 4 jan. 2022, I: Biophysical Journal. 121, 1, s. 68-78 11 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
-
2021
Inverse Conformational Selection in Lipid-Protein Binding
Bacle, A., Buslaev, P., Garcia-Fandino, R., Favela-Rosales, F., Ferreira, T. M., Fuchs, P. F. J., Gushchin, I., Javanainen, M., Kiirikki, A. M., Madsen, J. J., Melcr, J., Rodriguez, P. M., Miettinen, M. S., Ollila, O. H. S., Papadopoulos, C. G., Peon, A., Piggot, T. J., Pineiro, A. & Virtanen, S., 1 sep. 2021, I: Journal of the American Chemical Society. 143, 34, s. 13701-13709 9 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Using Open Data to Rapidly Benchmark Biomolecular Simulations: Phospholipid Conformational Dynamics
Antila, H. S., Ferreira, T. M., Ollila, O. H. S. & Miettinen, M. S., 22 feb. 2021, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 61, 2, s. 938-949 12 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
2020
Heterogeneous dynamics in partially disordered proteins
Virtanen, S., Kiirikki, A. M., Mikula, K. M., Iwai, H. & Ollila, O. H. S., 7 okt. 2020, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 22, 37, s. 21185-21196 12 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Improved Cation Binding to Lipid Bilayers with Negatively Charged POPS by Effective Inclusion of Electronic Polarization
Melcr, J., Ferreira, T. M., Jungwirth, P. & Ollila, S., 2020, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 16, 1, s. 738-748Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Rotational Diffusion of Membrane Proteins in Crowded Membranes
Javanainen, M., Ollila, O. H. S. & Martinez-Seara, H., 16 apr. 2020, I: Journal of Physical Chemistry B. 124, 15, s. 2994-3001 8 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
The Convergence of the Hedgehog/Intein Fold in Different Protein Splicing Mechanisms
Beyer, H. M., Virtanen, S., Aranko, A. S., Mikula, K. M., Lountos, G. T., Wlodawer, A., Ollila, O. H. S. & Iwai, H., nov. 2020, I: International Journal of Molecular Sciences. 21, 21, 20 s., 8367.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
2019
Headgroup Structure and Cation Binding in Phosphatidylserine Lipid Bilayers
Antila, H., Buslaev, P., Favela-Rosales, F., Ferreira, T. M., Gushchin, I., Javanainen, M., Kav, B., Madsen, J. J., Melcr, J., Miettinen, M. S., Määttä, J., Nencini, R., Ollila, O. H. S. & Piggot, T. J., 31 okt. 2019, I: Journal of Physical Chemistry B. 123, 43, s. 9066-9079 14 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Sharing Data from Molecular Simulations
Abraham, M., Apostolov, R., Barnoud, J., Bauer, P., Blau, C., Bonvin, A. M. J. J., Chavent, M., Chodera, J., Čondić-Jurkić, K., Delemotte, L., Grubmüller, H., Howard, R. J., Jordan, E. J., Lindahl, E., Ollila, S., Selent, J., Smith, D. G. A., Stansfeld, P. J., Tiemann, J. K. S. & Trellet, M. & 2 andra, , 2019, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 59, 10, s. 4093-4099 7 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
-
2018
Accurate Binding of Sodium and Calcium to a POPC Bilayer by Effective Inclusion of Electronic Polarization
Melcr, J., Martinez-Seara, H., Nencini, R., Kolafa, J., Jungwirth, P. & Ollila, O. H. S., 26 apr. 2018, I: Journal of Physical Chemistry B. 122, 16, s. 4546-4557 12 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Atomistic model for nearly quantitative simulations of Langmuir monolayers
Javanainen, M., Lamberg, A., Cwiklik, L., Vattulainen, I. T. & Ollila, S., 20 feb. 2018, I: Langmuir. 34, 7, s. 2565–2572 8 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Calcium Sensing by Recoverin: Effect of Protein Conformation on Ion Affinity
Timr, S., Kadlec, J., Srb, P., Ollila, O. H. S. & Jungwirth, P., 5 apr. 2018, I: Journal of Physical Chemistry Letters. 9, 7, s. 1613-1619 13 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil -
Rotational Dynamics of Proteins from Spin Relaxation Times and Molecular Dynamics Simulations
Ollila, S., Heikkinen, H. A. & Iwaï, H., 28 juni 2018, I: Journal of Physical Chemistry B. 122, 25, s. 6559-6569 11 s.Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
Öppen tillgångFil