Publikationer 2001 2020

2016

Low-Rank Doubly Stochastic Matrix Decomposition for Cluster Analysis

Yang, Z., Corander, J. & Oja, E., 2016, I : Journal of Machine Learning Research. 17, 187, s. 1-25 25 s., 1.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Marginal and simultaneous predictive classification using stratified graphical models

Nyman, H., Xiong, J., Pensar, J. & Corander, J., sep 2016, I : Advances in Data Analysis and Classification. 10, 3, s. 305-326 22 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Mendelian randomisation analysis strongly implicates adiposity with risk of developing colorectal cancer

Jarvis, D., Mitchell, J. S., Law, P. J., Palin, K., Tuupanen, S., Gylfe, A., Hanninen, U. A., Cajuso, T., Tanskanen, T., Kondelin, J., Kaasinen, E., Sarin, A-P., Kaprio, J., Eriksson, J. G., Rissanen, H., Knekt, P., Pukkala, E., Jousilahti, P., Salomaa, V., Ripatti, S. & 37 andraPalotie, A., Järvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Lepistö, A., Bohm, J., Mecklin, J-P., Al-Tassan, N. A., Palles, C., Martin, L., Barclay, E., Farrington, S. M., Timofeeva, M. N., Meyer, B. F., Wakil, S. M., Campbell, H., Smith, C. G., Idziaszczyk, S., Maughan, T. S., Kaplan, R., Kerr, R., Kerr, D., Buchanan, D. D., Win, A. K., Hopper, J. L., Jenkins, M. A., Lindor, N. M., Newcomb, P. A., Gallinger, S., Conti, D., Schumacher, F., Casey, G., Taipale, J., Aaltonen, L. A., Cheadle, J. P., Dunlop, M. G., Tomlinson, I. P. & Houlston, R. S., 12 jul 2016, I : British Journal of Cancer. 115, 2, s. 266-272 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Mergeomics: multidimensional data integration to identify pathogenic perturbations to biological systems

Shu, L., Zhao, Y., Kurt, Z., Byars, S. G., Tukiainen, T., Kettunen, J., Orozco, L. D., Pellegrini, M., Lusis, A. J., Ripatti, S., Zhang, B., Inouye, M., Makinen, V-P. & Yang, X., 4 nov 2016, I : BMC Genomics. 17, 16 s., 874.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Meta-analysis of 49 549 individuals imputed with the 1000 Genomes Project reveals an exonic damaging variant in ANGPTL4 determining fasting TG levels

van Leeuwen, E. M., Sabo, A., Bis, J. C., Huffman, J. E., Manichaikul, A., Smith, A. V., Feitosa, M. F., Demissie, S., Joshi, P. K., Duan, Q., Marten, J., van Klinken, J. B., Surakka, I., Nolte, I. M., Zhang, W., Mbarek, H., Li-Gao, R., Trompet, S., Verweij, N., Evangelou, E. & 31 andraLyytikainen, L-P., Tayo, B. O., Deelen, J., van der Most, P. J., van der Laan, S. W., Arking, D. E., Morrison, A., Dehghan, A., Franco, O. H., Hofman, A., Rivadeneira, F., Sijbrands, E. J., Uitterlinden, A. G., Mychaleckyj, J. C., Campbell, A., Hocking, L. J., Padmanabhan, S., Brody, J. A., Rice, K. M., White, C. C., Harris, T., Isaacs, A., Campbell, H., Lange, L. A., Rudan, I., Kolcic, I., Navarro, P., Zemunik, T., Salomaa, V., Ripatti, S. & CHARGE Lipids Working Grp, jul 2016, I : Journal of Medical Genetics. 53, 7, s. 441-449 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

metaCCA: summary statistics-based multivariate meta-analysis of genome-wide association studies using canonical correlation analysis

Cichonska, A., Rousu, J., Marttinen, P., Kangas, A. J., Soininen, P., Lehtimaki, T., Raitakari, O. T., Jarvelin, M-R., Salomaa, V., Ala-Korpela, M., Ripatti, S. & Pirinen, M., 1 jul 2016, I : Bioinformatics. 32, 13, s. 1981-1989 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Monomorphic genotypes within a generalist lineage of Campylobacter jejuni show signs of global dispersion

Llarena, A-K., Zhang, J., Vehkala, M., Välimäki, N., Hakkinen, M., Hänninen, M-L., Roasto, M., Mäesaar, M., Taboada, E., Barker, D., Garofolo, G., Cammà, C., Di Giannatale, E., Corander, J. & Rossi, M., 1 okt 2016, I : Microbial Genomics. 2, 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Multiple Output Regression with Latent Noise

Gillberg, J., Marttinen, P., Pirinen, M., Kangas, A. J., Soininen, P., Ali, M., Havulinna, A. S., Järvelin, M-R., Ala-Korpela, M. & Kaski, S., 1 jan 2016, I : Journal of Machine Learning Research. 17, 1, s. 4170-4204 35 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

New loci for body fat percentage reveal link between adiposity and cardiometabolic disease risk

Lu, Y., Day, F. R., Gustafsson, S., Buchkovich, M. L., Na, J., Bataille, V., Cousminer, D. L., Dastani, Z., Drong, A. W., Esko, T., Evans, D. M., Falchi, M., Feitosa, M. F., Ferreira, T., Hedman, A. K., Haring, R., Hysi, P. G., Iles, M. M., Justice, A. E., Kanoni, S. & 239 andraLagou, V., Li, R., Li, X., Locke, A., Lu, C., Magi, R., Perry, J. R. B., Pers, T. H., Qi, Q., Sanna, M., Schmidt, E. M., Scott, W. R., Shungin, D., Teumer, A., Vinkhuyzen, A. A. E., Walker, R. W., Westra, H-J., Zhang, M., Zhang, W., Zhao, J. H., Zhu, Z., Afzal, U., Ahluwalia, T. S., Bakker, S. J. L., Bellis, C., Bonnefond, A., Borodulin, K., Buchman, A. S., Cederholm, T., Choh, A. C., Choi, H. J., Curran, J. E., de Groot, L. C. P. G. M., De Jager, P. L., Dhonukshe-Rutten, R. A. M., Enneman, A. W., Eury, E., Evans, D. S., Forsen, T., Friedrich, N., Fumeron, F., Garcia, M. E., Gartner, S., Han, B-G., Havulinna, A. S., Hayward, C., Hernandez, D., Hillege, H., Ittermann, T., Kent, J. W., Kolcic, I., Laatikainen, T., Lahti, J., Leach, I. M., Lee, C. G., Lee, J-Y., Liu, T., Liu, Y., Lobbens, S., Loh, M., Lyytikainen, L-P., Medina-Gomez, C., Michaelsson, K., Nalls, M. A., Nielson, C. M., Oozageer, L., Pascoe, L., Paternoster, L., Polasek, O., Ripatti, S., Sarzynski, M. A., Shin, C. S., Narancic, N. S., Spira, D., Srikanth, P., Steinhagen-Thiessen, E., Sung, Y. J., Swart, K. M. A., Taittonen, L., Tanaka, T., Tikkanen, E., van der Velde, N., van Schoor, N. M., Verweij, N., Wright, A. F., Yu, L., Zmuda, J. M., Pellikka, N., Forrester, T., Grarup, N., Jackson, A. U., Kristiansson, K., Kuulasmaa, T., Kuusisto, J., Lichtner, P., Luan, J., Mahajan, A., Mannisto, S., Palmer, C. D., Ried, J. S., Scott, R. A., Stancakova, A., Wagner, P. J., Demirkan, A., Doring, A., Gudnason, V., Kiel, D. P., Kuhnel, B., Mangino, M., Mcknight, B., Menni, C., O'Connell, J. R., Oostra, B. A., Shuldiner, A. R., Song, K., Vandenput, L., van Duijn, C. M., Vollenweider, P., White, C. C., Boehnke, M., Boettcher, Y., Cooper, R. S., Forouhi, N. G., Gieger, C., Grallert, H., Hingorani, A., Jorgensen, T., Jousilahti, P., Kivimaki, M., Kumari, M., Laakso, M., Langenberg, C., Linneberg, A., Luke, A., Mckenzie, C. A., Palotie, A., Pedersen, O., Peters, A., Strauch, K., Tayo, B. O., Wareham, N. J., Bennett, D. A., Bertram, L., Blangero, J., Bluher, M., Bouchard, C., Campbell, H., Cho, N. H., Cummings, S. R., Czerwinski, S. A., Demuth, I., Eckardt, R., Eriksson, J. G., Ferrucci, L., Franco, O. H., Froguel, P., Gansevoort, R. T., Hansen, T., Harris, T. B., Hastie, N., Heliovaara, M., Hofman, A., Jordan, J. M., Jula, A., Kahonen, M., Kajantie, E., Knekt, P. B., Koskinen, S., Kovacs, P., Lehtimaki, T., Lind, L., Liu, Y., Orwoll, E. S., Osmond, C., Perola, M., Perusse, L., Raitakari, O. T., Rankinen, T., Rao, D. C., Rice, T. K., Rivadeneira, F., Rudan, I., Salomaa, V., Sorensen, T. I. A., Stumvoll, M., Tonjes, A., Towne, B., Tranah, G. J., Tremblay, A., Uitterlinden, A. G., van der Harst, P., Vartiainen, E., Viikari, J. S., Vitart, V., Vohl, M-C., Volzke, H., Walker, M., Wallaschofski, H., Wild, S., Wilson, J. F., Yengo, L., Bishop, D. T., Borecki, I. B., Chambers, J. C., Cupples, L. A., Dehghan, A., Deloukas, P., Fatemifar, G., Fox, C., Furey, T. S., Franke, L., Han, J., Hunter, D. J., Karjalainen, J., Karpe, F., Kaplan, R. C., Kooner, J. S., McCarthy, M. I., Murabito, J. M., Morris, A. P., Bishop, J. A. N., North, K. E., Ohlsson, C., Ong, K. K., Prokopenko, I., Richards, J. B., Schadt, E. E., Spector, T. D., Widen, E., Willer, C. J., Yang, J., Ingelsson, E., Mohlke, K. L., Hirschhorn, J. N., Pospisilik, J. A., Zillikens, M. C., Lindgren, C., Kilpelainen, T. O. & Loos, R. J. F., feb 2016, I : Nature Communications. 7, 15 s., 10495.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

No Association of Coronary Artery Disease with X-Chromosomal Variants in Comprehensive International Meta-Analysis

Loley, C., Alver, M., Assimes, T. L., Bjonnes, A., Goel, A., Gustafsson, S., Hernesniemi, J., Hopewell, J. C., Kanoni, S., Kleber, M. E., Lau, K. W., Lu, Y., Lyytikainen, L-P., Nelson, C. P., Nikpay, M., Qu, L., Salfati, E., Scholz, M., Tukiainen, T., Willenborg, C. & 58 andraWon, H-H., Zeng, L., Zhang, W., Anand, S. S., Beutner, F., Bottinger, E. P., Clarke, R., Dedoussis, G., Do, R., Esko, T., Eskola, M., Farrall, M., Gauguier, D., Giedraitis, V., Granger, C. B., Hall, A. S., Hamsten, A., Hazen, S. L., Huang, J., Kahonen, M., Kyriakou, T., Laaksonen, R., Lind, L., Lindgren, C., Magnusson, P. K. E., Marouli, E., Mihailov, E., Morris, A. P., Nikus, K., Pedersen, N., Rallidis, L., Salomaa, V., Shah, S. H., Stewart, A. F. R., Thompson, J. R., Zalloua, P. A., Chambers, J. C., Collins, R., Ingelsson, E., Iribarren, C., Karhunen, P. J., Kooner, J. S., Lehtimaki, T., Loos, R. J. F., Maerz, W., McPherson, R., Metspalu, A., Reilly, M. P., Ripatti, S., Sanghera, D. K., Thiery, J., Watkins, H., Deloukas, P., Kathiresan, S., Samani, N. J., Schunkert, H., Erdmann, J. & Koenig, I. R., 12 okt 2016, I : Scientific Reports. 6, 9 s., 35278.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

On the Identifiability of Transmission Dynamic Models for Infectious Diseases

Lintusaari, J., Gutmann, M. U., Kaski, S. & Corander, J., mar 2016, I : Genetics. 202, 3, s. 911-918 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

On the inconsistency of ℓ1-penalised sparse precision matrix estimation

Heinävaara, O., Leppä-Aho, J., Corander, J. & Honkela, A., 13 dec 2016, I : BMC Bioinformatics. 17, Suppl 16, s. 99-107 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Orthogonal parallel MCMC methods for sampling and optimization

Martino, L., Elvira, V., Luengo, D., Corander, J. & Louzada, F., nov 2016, I : Digital Signal Processing. 58, s. 64-84 21 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Rare Functional Variant in TM2D3 is Associated with Late-Onset Alzheimer's Disease

Jakobsdottir, J., van der Lee, S. J., Bis, J. C., Chouraki, V., Li-Kroeger, D., Yamamoto, S., Grove, M. L., Naj, A., Vronskaya, M., Salazar, J. L., DeStefano, A. L., Brody, J. A., Smith, A. V., Amin, N., Sims, R., Ibrahim-Verbaas, C. A., Choi, S-H., Satizabal, C. L., Lopez, O. L., Beiser, A. & 32 andraIkram, M. A., Garcia, M. E., Hayward, C., Varga, T. V., Ripatti, S., Franks, P. W., Hallmans, G., Rolandsson, O., Jansson, J-H., Porteous, D. J., Salomaa, V., Eiriksdottir, G., Rice, K. M., Bellen, H. J., Levy, D., Uitterlinden, A. G., Emilsson, V., Rotter, J. I., Aspelund, T., O'Donnell, C. J., Fitzpatrick, A. L., Launer, L. J., Hofman, A., Wang, L-S., Williams, J., Schellenberg, G. D., Boerwinkle, E., Psaty, B. M., Seshadri, S., Shulman, J. M., Cohorts Heart Aging Res Genomic Ep & Genetic Environm Risk Alzheimer's, okt 2016, I : PLoS Genetics. 12, 10, 17 s., 1006327.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Recursive learning for sparse Markov models

Xiong, J., Jääskinen, V. & Corander, J., 2016, I : Bayesian analysis. 11, 1, s. 247-263 17 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

RNA Production Delays Shape Transcriptional Response Dynamics

Honkela, A. J. H. & Rattray, M., 25 maj 2016, I : Cell Systems. 2, 5, s. 291 1 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskaplig

Öppen tillgång

Sequence element enrichment analysis to determine the genetic basis of bacterial phenotypes

Lees, J. A., Vehkala, M., Välimäki, N., Harris, S. R., Chewapreecha, C., Croucher, N. J., Marttinen, P., Davies, M. R., Steer, A. C., Tong, S. Y. C., Honkela, A., Parkhill, J., Bentley, S. & Corander, J., 16 sep 2016, I : Nature Communications. 7, 8 s., 12797.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Simultaneous Predictive Gaussian Classifiers

Cui, Y., Siren, J., Koski, T. & Corander, J., apr 2016, I : Journal of Classification. 33, 1, s. 73-102 30 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Statistical properties of the allelic mismatch distribution in neutrally evolving haploid populations

Shubin, M., Numminen, S. E., Gutmann, U. M., Hanage, W. P. & Corander, J. I., 2016, (Insänt) I : American Naturalist.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The Contribution of GWAS Loci in Familial Dyslipidemias

Ripatti, P., Ramo, J. T., Soderlund, S., Surakka, I., Matikainen, N., Pirinen, M., Pajukanta, P., Sarin, A-P., Service, S. K., Laurila, P-P., Ehnholm, C., Salomaa, V., Wilson, R. K., Palotie, A., Freimer, N. B., Taskinen, M-R. & Ripatti, S., maj 2016, I : PLoS Genetics. 12, 5, 14 s., 1006078.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The de novo genome assembly and annotation of a female domestic dromedary of North African origin

Fitak, R. R., Mohandesan, E., Corander, J. & Burger, P. A., jan 2016, I : Molecular Ecology Resources. 16, 1, s. 314-324 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The impact of host metapopulation structure on the population genetics of colonizing bacteria

Numminen, S. E., Gutmann, U. M., Shubin, M., Marttinen, P. E., Méric, G., van Schaik, W., Coque, T. M., Baquero, F., Willems, R. J. L., Sheppard, S. K., Feil, E. J., Hanage, W. P. & Corander, J. I., 2016, I : Journal of Theoretical Biology. 396, s. 53-62 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The role of local partial independence in learning of Bayesian networks

Pensar, J., Nyman, H., Lintusaari, J. & Corander, J., feb 2016, I : International Journal of Approximate Reasoning. 69, s. 91-105 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Trans-ancestry meta-analyses identify rare and common variants associated with blood pressure and hypertension

Surendran, P., Drenos, F., Young, R., Warren, H., Cook, J. P., Manning, A. K., Grarup, N., Sim, X., Barnes, D. R., Witkowska, K., Staley, J. R., Tragante, V., Tukiainen, T., Yaghootkar, H., Masca, N., Freitag, D. F., Ferreira, T., Giannakopoulou, O., Tinker, A., Harakalova, M. & 44 andraMihailov, E., Liu, C., Kraja, A. T., Nielsen, S. F., Rasheed, A., Samue, M., Zhao, W., Bonnycastle, L. L., Jackson, A. U., Narisu, N., Swift, A. J., Southam, L., Marten, J., Huyghe, J. R., Stancakova, A., Fava, C., Ohlsson, T., Matchan, A., Stirrups, K. E., Bork-Jensen, J., Gjesing, A. P., Kontto, J., Perola, M., Shaw-Hawkins, S., Havulinna, A. S., Kajantie, E., Tuomi, T., Groop, L., Palotie, A., Ripatti, S., CHARGE Heart Failure Consortiumm, EchoGen Consortiumm, Metastroke Consortiumm, Giant Consortiumm, EPIC-InterAct Consortium, Lifelines Cohort Study, Wellcome Trust Case Control Consor, Understanding Soc Sci Grp, EPIC-CVD Consortium, CHARGE Exome Chip Blood Pressure C, T2D-GENES Consortium, GoT2DGenes Consortium, ExomeBP Consortium & CHD Exome Consortium, okt 2016, I : Nature Genetics. 48, 10, s. 1151-1161 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Transcriptome Remodeling Contributes to Epidemic Disease Caused by the Human Pathogen Streptococcus pyogenes

Beres, S. B., Kachroo, P., Nasser, W., Olsen, R. J., Zhu, L., Flores, A. R., de la Riva, I., Paez-Mayorga, J., Jimenez, F. E., Cantu, C., Vuopio, J., Jalava, J., Kristinsson, K. G., Gottfredsson, M., Corander, J., Fittipaldi, N., Di Luca, M. C., Petrelli, D., Vitali, L. A., Raiford, A. & 2 andraJenkins, L. & Musser, J. M., 2016, I : mBio. 7, 3, 14 s., ARTN 00403-16.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Understanding pneumococcal serotype 1 biology through population genomic analysis

Chaguza, C., Cornick, J. E., Harris, S. R., Andam, C. P., Bricio-Moreno, L., Yang, M., Yalcin, F., Ousmane, S., Govindpersad, S., Senghore, M., Ebruke, C., Du Plessis, M., Kiran, A. M., Pluschke, G., Sigauque, B., McGee, L., Klugman, K. P., Turner, P., Corander, J., Parkhill, J. & 10 andraCollard, J-M., Antonio, M., von Gottberg, A., Heyderman, R. S., French, N., Kadioglu, A., Hanage, W. P., Everett, D. B., Bentley, S. D. & PAGe Consortium, 8 nov 2016, I : BMC Infectious Diseases. 16, 14 s., 649.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

USF1 deficiency activates brown adipose tissue and improves cardiometabolic health

Laurila, P-P., Soronen, J., Kooijman, S., Forsstrom, S., Boon, M. R., Surakka, I., Kaiharju, E., Coomans, C. P., Van den Berg, S. A. A., Autio, A., Sarin, A-P., Kettunen, J., Tikkanen, E., Manninen, T., Metso, J., Silvennoinen, R., Merikanto, K., Ruuth, M., Perttila, J., Makela, A. & 27 andraIsomi, A., Tuomainen, A. M., Tikka, A., Ramadan, U. A., Seppala, I., Lehtimaki, T., Eriksson, J., Havulinna, A., Jula, A., Karhunen, P. J., Salomaa, V., Perola, M., Ehnholm, C., Lee-Rueckert, M., Van Eck, M., Roivainen, A., Taskinen, M-R., Palotie, L., Mervaala, E., Jalanko, A., Hohtola, E., Olkkonen, V. M., Ripatti, S., Kovanen, P. T., Rensen, P. C. N., Suomalainen, A. & Jauhiainenit, M., 27 jan 2016, I : Science translational medicine. 8, 323, 19 s., ARTN 323ra13.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Variation at 2q35 (PNKD and TMBIM1) influences colorectal cancer risk and identifies a pleiotropic effect with inflammatory bowel disease

Orlando, G., Law, P. J., Palin, K., Tuupanen, S., Gylfe, A., Hanninen, U. A., Cajuso, T., Tanskanen, T., Kondelin, J., Kaasinen, E., Sarin, A-P., Kaprio, J., Eriksson, J. G., Rissanen, H., Knekt, P., Pukkala, E., Jousilahti, P., Salomaa, V., Ripatti, S., Palotie, A. & 37 andraJärvinen, H., Renkonen-Sinisalo, L., Lepisto, A., Bohm, J., Mecklin, J-P., Al-Tassan, N. A., Palles, C., Martin, L., Barclay, E., Tenesa, A., Farrington, S., Timofeeva, M. N., Meyer, B. F., Wakil, S. M., Campbell, H., Smith, C. G., Idziaszczyk, S., Maughan, T. S., Kaplan, R., Kerr, R., Kerr, D., Buchanan, D. D., Win, A. K., Hopper, J., Jenkins, M., Lindor, N. M., Newcomb, P. A., Gallinger, S., Conti, D., Schumacher, F., Casey, G., Taipale, J., Cheadle, J. P., Dunlop, M. G., Tomlinson, I. P., Aaltonen, L. A. & Houlston, R. S., 1 jun 2016, I : Human Molecular Genetics. 25, 11, s. 2349-2359 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

What's in a Name? Species-Wide Whole-Genome Sequencing Resolves Invasive and Noninvasive Lineages of Salmonella enterica Serotype Paratyphi B

Connor, T. R., Owen, S. V., Langridge, G., Connell, S., Nair, S., Reuter, S., Dallman, T. J., Corander, J., Tabing, K. C., Le Hello, S., Fookes, M., Doublet, B., Zhou, Z., Feltwell, T., Ellington, M. J., Herrera, S., Gilmour, M., Cloeckaert, A., Achtman, M., Parkhill, J. & 5 andraWain, J., De Pinna, E., Weill, F-X., Peters, T. & Thomson, N., 2016, I : mBio. 7, 4, 9 s., e00527-16.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Volume of Metric Balls in High-Dimensional Complex Grassmann Manifolds

Pitaval, R-A., Wei, L., Tirkkonen, O. & Corander, J., sep 2016, I : IEEE Transactions on Information Theory. 62, 9, s. 5105-5116 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2015

A Bayesian Predictive Model for Clustering Data of Mixed Discrete and Continuous Type

Blomstedt, P., Tang, J., Xiong, J., Granlund, C. & Corander, J., mar 2015, I : IEEE Transactions on Pattern Analysis and Machine Intelligence. 37, 3, s. 489-498 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

A comprehensive 1000 Genomes-based genome-wide association meta-analysis of coronary artery disease

Nikpay, M., Goel, A., Won, H-H., Hall, L. M., Willenborg, C., Kanoni, S., Saleheen, D., Kyriakou, T., Nelson, C. P., Hopewell, J. C., Webb, T. R., Zeng, L., Dehghan, A., Alver, M., Armasu, S. M., Auro, K., Bjonnes, A., Chasman, D. I., Chen, S., Ford, I. & 132 andraFranceschini, N., Gieger, C., Grace, C., Gustafsson, S., Huang, J., Hwang, S-J., Kim, Y. K., Kleber, M. E., Lau, K. W., Lu, X., Lu, Y., Lyytikainen, L-P., Mihailov, E., Morrison, A. C., Pervjakova, N., Qu, L., Rose, L. M., Salfati, E., Saxena, R., Scholz, M., Smith, A. V., Tikkanen, E., Uitterlinden, A., Yang, X., Zhang, W., Zhao, W., de Andrade, M., de Vries, P. S., van Zuydam, N. R., Anand, S. S., Bertram, L., Beutner, F., Dedoussis, G., Frossard, P., Gauguier, D., Goodall, A. H., Gottesman, O., Haber, M., Han, B-G., Huang, J., Jalilzadeh, S., Kessler, T., Koenig, I. R., Lannfelt, L., Lieb, W., Lind, L., Lindgren, C. M., Lokki, M-L., Magnusson, P. K., Mallick, N. H., Mehra, N., Meitinger, T., Memon, F-R., Morris, A. P., Nieminen, M. S., Pedersen, N. L., Peters, A., Rallidis, L. S., Rasheed, A., Samuel, M., Shah, S. H., Sinisalo, J., Stirrups, K. E., Trompet, S., Wang, L., Zaman, K. S., Ardissino, D., Boerwinkle, E., Borecki, I. B., Bottinger, E. P., Buring, J. E., Chambers, J. C., Collins, R., Cupples, L. A., Danesh, J., Demuth, I., Elosua, R., Epstein, S. E., Esko, T., Feitosa, M. F., Franco, O. H., Franzosi, M. G., Granger, C. B., Gu, D., Gudnason, V., Hall, A. S., Hamsten, A., Harris, T. B., Hazen, S. L., Hengstenberg, C., Hofman, A., Ingelsson, E., Iribarren, C., Jukema, J. W., Karhunen, P. J., Kim, B-J., Kooner, J. S., Kullo, I. J., Lehtimaki, T., Loos, R. J. F., Melander, O., Metspalu, A., Maerz, W., Palmer, C. N., Perola, M., Quertermous, T., Rader, D. J., Ridker, P. M., Ripatti, S., Roberts, R., Salomaa, V., Sanghera, D. K., Schwartz, S. M., Seedorf, U., Stewart, A. F., Stott, D. J., Thiery, J., Zalloua, P. A., O'Donnell, C. J., Reilly, M. P., Assimes, T. L., Thompson, J. R., Erdmann, J., Clarke, R., Watkins, H., Kathiresan, S., McPherson, R., Deloukas, P., Schunkert, H., Samani, N. J., Farrall, M. & CARDIoGRAMplusC4D Consortium, okt 2015, I : Nature Genetics. 47, 10, s. 1121-+ 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Adaptive importance sampling in signal processing

Bugallo, M. F., Martino, L. & Corander, J., dec 2015, I : Digital Signal Processing. 47, s. 36-49 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Adiposity as a cause of cardiovascular disease: a Mendelian randomization study

Haegg, S., Fall, T., Ploner, A., Maegi, R., Fischer, K., Draisma, H. H. M., Kals, M., de Vries, P. S., Dehghan, A., Willems, S. M., Sarin, A-P., Kristiansson, K., Nuotio, M-L., Havulinna, A. S., de Bruijn, R. F. A. G., Ikram, M. A., Kuningas, M., Stricker, B. H., Franco, O. H., Benyamin, B. & 44 andraGieger, C., Hall, A. S., Huikari, V., Jula, A., Jarvelin, M-R., Kaakinen, M., Kaprio, J., Kobl, M., Mangino, M., Nelson, C. P., Palotie, A., Samani, N. J., Spector, T. D., Strachan, D. P., Tobin, M. D., Whitfield, J. B., Uitterlinden, A. G., Salomaa, V., Syvanen, A-C., Kuulasmaa, K., Magnusson, P. K., Esko, T., Hofman, A., de Geus, E. J. C., Lind, L., Giedraitis, V., Perola, M., Evans, A., Ferrieres, J., Virtamo, J., Kee, F., Tregouet, D-A., Arveiler, D., Amouyel, P., Gianfagna, F., Brambilla, P., Ripatti, S., van Duijn, C. M., Metspalu, A., Prokopenko, I., McCarthy, M. I., Pedersen, N. L., Ingelsson, E. & European Network Genetic Genomic E, apr 2015, I : International Journal of Epidemiology. 44, 2, s. 578-586 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

A fast universal self-tuned sampler within Gibbs sampling

Martino, L., Yang, H., Luengo, D., Kanniainen, J. & Corander, J., dec 2015, I : Digital Signal Processing. 47, s. 68-83 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Age- and Sex-Specific Causal Effects of Adiposity on Cardiovascular Risk Factors

Fall, T., Hagg, S., Ploner, A., Maegi, R., Fischer, K., Draisma, H. H. M., Sarin, A-P., Benyamin, B., Ladenvall, C., Akerlund, M., Kals, M., Esko, T., Nelson, C. P., Kaakinen, M., Huikari, V., Mangino, M., Meirhaeghe, A., Kristiansson, K., Nuotio, M-L., Kobl, M. & 31 andraGrallert, H., Dehghan, A., Kuningas, M., de Vries, P. S., de Bruijn, R. F. A. G., Willems, S. M., Heikkila, K., Silventoinen, K., Pietilainen, K. H., Legry, V., Giedraitis, V., Goumidi, L., Syvanen, A-C., Strauch, K., Koenig, W., Lichtner, P., Herder, C., Palotie, A., Menni, C., Uitterlinden, A. G., Kuulasmaa, K., Havulinna, A. S., Moreno, L. A., Gonzalez-Gross, M., Evans, A., Tregouet, D-A., Perola, M., Kaprio, J., Groop, L., Ripatti, S. & ENGAGE Consortium, maj 2015, I : Diabetes. 64, 5, s. 1841-1852 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

A Genome-Wide Association Study of a Biomarker of Nicotine Metabolism

Loukola, A., Buchwald, J., Gupta, R., Palviainen, T., Hallfors, J., Tikkanen, E., Korhonen, T., Ollikainen, M., Sarin, A-P., Ripatti, S., Lehtimaki, T., Raitakari, O., Salomaa, V., Rose, R. J., Tyndale, R. F. & Kaprio, J., sep 2015, I : PLoS Genetics. 11, 9, 23 s., 1005498.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

A GRADIENT ADAPTIVE POPULATION IMPORTANCE SAMPLER

Elvira, V., Martino, L., Luengo, D. & Corander, J., 2015, 2015 IEEE INTERNATIONAL CONFERENCE ON ACOUSTICS, SPEECH, AND SIGNAL PROCESSING (ICASSP). s. 4075-4079 5 s. (International Conference on Acoustics Speech and Signal Processing ICASSP).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

An Adaptive Population Importance Sampler: Learning From Uncertainty

Martino, L., Elvira, V., Luengo, D. & Corander, J., 15 aug 2015, I : IEEE Transactions on Signal Processing. 63, 16, s. 4422-4437 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

ARK: Aggregation of Reads by K-Means for Estimation of Bacterial Community Composition

Koslicki, D., Chatterjee, S., Shahrivar, D., Walker, A. W., Francis, S. C., Fraser, L. J., Vehkaperae, M., Lan, Y. & Corander, J., 23 okt 2015, I : PLoS One. 10, 10, 16 s., 0140644.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Assessing allele-specific expression across multiple tissues from RNA-seq read data

Pirinen, M., Lappalainen, T., Zaitlen, N. A., Dermitzakis, E. T., Donnelly, P., McCarthy, M. I., Rivas, M. A. & GTEx Consortium, 1 aug 2015, I : Bioinformatics. 31, 15, s. 2497-2504 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Baseline adjustment increases accurate interpretation of posturographic sway scores

Tietavainen, A., Corander, J. & Haeggstrom, E., sep 2015, I : Gait & Posture. 42, 3, s. 285-288 4 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Cell Specific eQTL Analysis without Sorting Cells

Westra, H-J., Arends, D., Esko, T., Peters, M. J., Schurmann, C., Schramm, K., Kettunen, J., Yaghootkar, H., Fairfax, B. P., Andiappan, A. K., Li, Y., Fu, J., Karjalainen, J., Platteel, M., Visschedijk, M., Weersma, R. K., Kasela, S., Milani, L., Tserel, L., Peterson, P. & 38 andraReinmaa, E., Hofman, A., Uitterlinden, A. G., Rivadeneira, F., Homuth, G., Petersmann, A., Lorbeer, R., Prokisch, H., Meitinger, T., Herder, C., Roden, M., Grallert, H., Ripatti, S., Perola, M., Wood, A. R., Melzer, D., Ferrucci, L., Singleton, A. B., Hernandez, D. G., Knight, J. C., Melchiotti, R., Lee, B., Poidinger, M., Zolezzi, F., Larbi, A., Wang, D. Y., van den Berg, L. H., Veldink, J. H., Rotzschke, O., Makino, S., Salomaa, V., Strauch, K., Voelker, U., van Meurs, J. B. J., Metspalu, A., Wijmenga, C., Jansen, R. C. & Franke, L., maj 2015, I : PLoS Genetics. 11, 5, 17 s., 1005223.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Climate induces seasonality in pneumococcal transmission

Numminen, E., Chewapreecha, C., Turner, C., Goldblatt, D., Nosten, F., Bentley, S. D., Turner, P. & Corander, J., 12 jun 2015, I : Scientific Reports. 5, 14 s., 11344.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Core Genome Multilocus Sequence Typing Scheme for High-Resolution Typing of Enterococcus faecium

de Been, M., Pinholt, M., Top, J., Bletz, S., Mellmann, A., van Schaik, W., Brouwer, E., Rogers, M., Kraat, Y., Bonten, M., Corander, J., Westh, H., Harmsen, D. & Willems, R. J. L., dec 2015, I : Journal of Clinical Microbiology. 53, 12, s. 3788-3797 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Denoising Cluster Analysis

Zhang, R., Yang, Z. & Corander, J., 2015, Neural Information Processing: 22nd International Conference, ICONIP 2015, Istanbul, Turkey, November 9-12, 2015, Proceedings Part III. Arik, S., Huang, T., Lai, W. K. & Liu, Q. (red.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 435-442 8 s. (Lecture Notes in Computer Science; vol. 9491).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Discovery and Fine-Mapping of Glycaemic and Obesity-Related Trait Loci Using High-Density Imputation

Horikoshi, M., Maegi, R., van de Bunt, M., Surakka, I., Sarin, A-P., Mahajan, A., Marullo, L., Thorleifsson, G., Haegg, S., Hottenga, J-J., Ladenvall, C., Ried, J. S., Winkler, T. W., Willems, S. M., Tsernikova, N., Esko, T., Beekman, M., Nelson, C. P., Willenborg, C., Wiltshire, S. & 31 andraFerreira, T., Fernandez, J., Gaulton, K. J., Steinthorsdottir, V., Hamsten, A., Magnusson, P. K. E., Willemsen, G., Milaneschi, Y., Robertson, N. R., Groves, C. J., Bennett, A. J., Lehtimaeki, T., Viikari, J. S., Rung, J., Lyssenko, V., Perola, M., Heid, I. M., Herder, C., Grallert, H., Mueller-Nurasyid, M., Roden, M., Hypponen, E., Isaacs, A., van Leeuwen, E. M., Karssen, L. C., Mihailov, E., Kaprio, J., Eriksson, J. G., Groop, L., Ripatti, S. & Engage Consortium, jul 2015, I : PLoS Genetics. 11, 7, 24 s., 1005230.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Ecological Overlap and Horizontal Gene Transfer in Staphylococcus aureus and Staphylococcus epidermidis

Meric, G., Miragaia, M., de Been, M., Yahara, K., Pascoe, B., Mageiros, L., Mikhail, J., Harris, L. G., Wilkinson, T. S., Rolo, J., Lamble, S., Bray, J. E., Jolley, K. A., Hanage, W. P., Bowden, R., Maiden, M. C. J., Mack, D., de Lencastre, H., Feil, E. J., Corander, J. & 1 andraSheppard, S. K., maj 2015, I : Genome Biology and Evolution. 7, 5, s. 1313-1328 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil