Internationellt och inhemskt samarbete Publikationer och projekt inom de senaste fem åren.

Projekt

Publikationer

DALI and the persistence of protein shape

Holm, L., jan 2020, I : Protein Science. 29, 1, s. 128-140 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Benchmarking fold detection by DaliLite v.5

Holm, L., 15 dec 2019, I : Bioinformatics. 35, 24, s. 5326-5327 2 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Novel comparison of evaluation metrics for gene ontology classifiers reveals drastic performance differences

Plyusnin, I., Holm, L. & Toronen, P., nov 2019, I : PLoS Computational Biology. 15, 11, 27 s., 1007419.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens

Zhou, N., Jiang, Y., Bergquist, T. R., Lee, A. J., Kacsoh, B. Z., Crocker, A. W., Lewis, K. A., Georghiou, G., Nguyen, H. N., Hamid, M. N., Davis, L., Dogan, T., Atalay, V., Rifaioglu, A. S., Dalkiran, A., Atalay, R. C., Zhang, C., Hurto, R. L., Freddolino, P. L., Zhang, Y. & 147 andra, Bhat, P., Supek, F., Fernandez, J. M., Gemovic, B., Perovic, V. R., Davidovic, R. S., Sumonja, N., Veljkovic, N., Asgari, E., Mofrad, M. R. K., Profiti, G., Savojardo, C., Martelli, P. L., Casadio, R., Boecker, F., Schoof, H., Kahanda, I., Thurlby, N., McHardy, A. C., Renaux, A., Saidi, R., Gough, J., Freitas, A. A., Antczak, M., Fabris, F., Wass, M. N., Hou, J., Cheng, J., Wang, Z., Romero, A. E., Paccanaro, A., Yang, H., Goldberg, T., Zhao, C., Holm, L., Törönen, P., Medlar, A. J., Zosa, E., Borukhov, I., Novikov, I., Wilkins, A., Lichtarge, O., Chi, P-H., Tseng, W-C., Linial, M., Rose, P. W., Dessimoz, C., Vidulin, V., Dzeroski, S., Sillitoe, I., Das, S., Lees, J. G., Jones, D. T., Wan, C., Cozzetto, D., Fa, R., Torres, M., Vesztrocy, A. W., Rodriguez, J. M., Tress, M. L., Frasca, M., Notaro, M., Grossi, G., Petrini, A., Re, M., Valentini, G., Mesiti, M., Roche, D. B., Reeb, J., Ritchie, D. W., Aridhi, S., Alborzi, S. Z., Devignes, M-D., Koo, D. C. E., Bonneau, R., Gligorijevic, V., Barot, M., Fang, H., Toppo, S., Lavezzo, E., Falda, M., Berselli, M., Tosatto, S. C. E., Carraro, M., Piovesan, D., Rehman, H. U., Mao, Q., Zhang, S., Vucetic, S., Black, G. S., Jo, D., Suh, E., Dayton, J. B., Larsen, D. J., Omdahl, A. R., McGuffin, L. J., Brackenridge, D. A., Babbitt, P. C., Yunes, J. M., Fontana, P., Zhang, F., Zhu, S., You, R., Zhang, Z., Dai, S., Yao, S., Tian, W., Cao, R., Chandler, C., Amezola, M., Johnson, D., Chang, J-M., Liao, W-H., Liu, Y-W., Pascarelli, S., Frank, Y., Hoehndorf, R., Kulmanov, M., Boudellioua, I., Politano, G., Di Carlo, S., Benso, A., Hakala, K., Ginter, F., Mehryary, F., Kaewphan, S., Bjorne, J., Moen, H., Tolvanen, M. E. E., Salakoski, T., Kihara, D., Jain, A., Smuc, T., Altenhoff, A., Ben-Hur, A., Rost, B., Brenner, S. E., Orengo, C. A., Jeffery, C. J., Bosco, G., Hogan, D. A., Martin, M. J., O'Donovan, C., Mooney, S. D., Greene, C. S., Radivojac, P. & Friedberg, I., 19 nov 2019, I : Genome Biology. 20, 1, 23 s., 244.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Aktiviteter

  • 4 Medlemskap eller annan role i inhemsk/internationell kommitté, råd, styrelse
  • 1 Public Talks
  • 1 Medlemskap eller annan roll i granskningskommitté
  • 1 Akademisk besök på annan institution

International Society for Computational Biology 2017

Petri Törönen (Närvarande)

21 jul 201725 jul 2017

Aktivitet: Typer för deltagande i eller organisering av evenemangPublic Talks

Suomen Akatemia (Extern organisation)

Liisa Holm (Ordförande)

14 okt 2011

Aktivitet: MedlemskapstyperMedlemskap eller annan role i inhemsk/internationell kommitté, råd, styrelse

Knut och Alice Wallenbergs stiftelse (Extern organisation)

Liisa Holm (Expert)

12 dec 2011

Aktivitet: MedlemskapstyperMedlemskap eller annan role i inhemsk/internationell kommitté, råd, styrelse

Tieteellinen valtuuskunta (Extern organisation)

Liisa Holm (Medlem)

1 jan 201130 dec 2011

Aktivitet: MedlemskapstyperMedlemskap eller annan role i inhemsk/internationell kommitté, råd, styrelse

Science Foundation Ireland (Extern organisation)

Liisa Holm (Medlem)

16 dec 2011

Aktivitet: MedlemskapstyperMedlemskap eller annan roll i granskningskommitté