Publikationer 2003 2019

2019

Π-cyc: A Reference-free SNP Discovery Application using Parallel Graph Search

Younsi, R., Tang, J. & Holm, L. U. T., 29 jan 2019, (!!Unpublished) I : arXiv.org .

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelAllmänheten

Fil
2018

AAI-profiler: fast proteome-wide exploratory analysis reveals taxonomic identity, misclassification and contamination

Medlar, A. J., Törönen, P. & Holm, L., 2 jul 2018, I : Nucleic Acids Research. 46, W1, s. W479-W485 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Bracketing phenogenotypic limits of mammalian hybridization

Savriama, Y., Valtonen, M., Kammonen, J. I., Rastas, P., Smolander, O-P., Lyyski, A., Häkkinen, T. J., Corfe, I. J., Gerber, S., Salazar-Ciudad, I., Paulin, L., Holm, L., Löytynoja, A., Auvinen, P. & Jernvall, J., 28 nov 2018, I : Royal Society Open Science. 5, 11, 12 s., 180903.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Mlh1 deficiency in normal mouse colon mucosa associates with chromosomally unstable colon cancer

Pussila, M., Toronen, P., Einarsdottir, E., Katayama, S., Krjutskov, K., Holm, L., Kere, J., Peltomäki, P., Mäkinen, M. J., Linden, J. & Nyström, M., jun 2018, I : Carcinogenesis. 39, 6, s. 788-797 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Opportunities and challenges in metabarcoding approaches for helminth community identification in wild mammals

Aivelo, T. & Medlar, A., apr 2018, I : Parasitology. 145, 5, s. 608-621 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

PANNZER2: a rapid functional annotation web server

Törönen, P., Medlar, A. & Holm, L., 2 jul 2018, I : Nucleic Acids Research. 46, W1, s. W84-W88 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

TOPAZ: asymmetric suffix array neighbourhood search for massive protein databases

Medlar, A. & Holm, L., 31 jul 2018, I : BMC Bioinformatics. 19, 9 s., 278.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2017

Genome sequence of the model plant pathogen Pectobacterium carotovorum SCC1

Niemi, O., Laine, P., Koskinen, P., Pasanen, M., Pennanen, V., Harjunpaa, H., Nykyri, J., Holm, L., Paulin, L., Auvinen, P., Palva, E. T. & Pirhonen, M., 20 dec 2017, I : Standards in Genomic Sciences. 12, 8 s., 87.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

HaploForge: a comprehensive pedigree drawing and haplotype visualization web application

Tekman, M., Medlar, A., Mozere, M., Kleta, R. & Stanescu, H., 15 dec 2017, I : Bioinformatics. 33, 24, s. 3871-3877 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Towards Fine-Grained Adaptation of Exploration/Exploitation in Information Retrieval

Medlar, A., Pyykkö, J. & Glowacka, D., 7 mar 2017, IUI '17 Proceedings of the 22nd International Conference on Intelligent User Interfaces. New York: ACM, s. 623-627 5 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

2016

An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy

Jiang, Y., Oron, T. R., Clark, W. T., Bankapur, A. R., D'Andrea, D., Lepore, R., Funk, C. S., Kahanda, I., Verspoor, K. M., Ben-Hur, A., Koo, D. C. E., Penfold-Brown, D., Shasha, D., Youngs, N., Bonneau, R., Lin, A., Sahraeian, S. M. E., Martelli, P. L., Profiti, G., Casadio, R. & 127 andraCao, R., Zhong, Z., Cheng, J., Altenhoff, A., Skunca, N., Dessimoz, C., Dogan, T., Hakala, K., Kaewphan, S., Mehryary, F., Salakoski, T., Ginter, F., Fang, H., Smithers, B., Oates, M., Gough, J., Toronen, P., Koskinen, P., Holm, L., Chen, C-T., Hsu, W-L., Bryson, K., Cozzetto, D., Minneci, F., Jones, D. T., Chapman, S., Dukka, B. K. C., Khan, I. K., Kihara, D., Ofer, D., Rappoport, N., Stern, A., Cibrian-Uhalte, E., Denny, P., Foulger, R. E., Hieta, R., Legge, D., Lovering, R. C., Magrane, M., Melidoni, A. N., Mutowo-Meullenet, P., Pichler, K., Shypitsyna, A., Li, B., Zakeri, P., ElShal, S., Tranchevent, L-C., Das, S., Dawson, N. L., Lee, D., Lees, J. G., Sillitoe, I., Bhat, P., Nepusz, T., Romero, A. E., Sasidharan, R., Yang, H., Paccanaro, A., Gillis, J., Sedeno-Cortes, A. E., Pavlidis, P., Feng, S., Cejuela, J. M., Goldberg, T., Hamp, T., Richter, L., Salamov, A., Gabaldon, T., Marcet-Houben, M., Supek, F., Gong, Q., Ning, W., Zhou, Y., Tian, W., Falda, M., Fontana, P., Lavezzo, E., Toppo, S., Ferrari, C., Giollo, M., Piovesan, D., Tosatto, S. C. E., del Pozo, A., Fernandez, J. M., Maietta, P., Valencia, A., Tress, M. L., Benso, A., Di Carlo, S., Politano, G., Savino, A., Rehman, H. U., Re, M., Mesiti, M., Valentini, G., Bargsten, J. W., van Dijk, A. D. J., Gemovic, B., Glisic, S., Perovic, V., Veljkovic, V., Veljkovic, N., Almeida-e-Silva, D. C., Vencio, R. Z. N., Sharan, M., Vogel, J., Kansakar, L., Zhang, S., Vucetic, S., Wang, Z., Sternberg, M. J. E., Wass, M. N., Huntley, R. P., Martin, M. J., O'Donovan, C., Robinson, P. N., Moreau, Y., Tramontano, A., Babbitt, P. C., Brenner, S. E., Linial, M., Orengo, C. A., Rost, B., Greene, C. S., Mooney, S. D., Friedberg, I. & Radivojac, P., 7 sep 2016, I : Genome Biology. 17, 19 s., 184.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Beyond Relevance: Adapting Exploration/Exploitation in Information Retrieval

Athukorala, K., Medlar, A., Jacucci, G., Oulasvirta, A. & Glowacka, D., 7 mar 2016, Proceedings of the 21st International Conference on Intelligent User Interfaces. New York, NY: ACM, Association for Computing Machinery, s. 359-369 10 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Dali server update

Holm, L. & Laakso, L. M., 8 jul 2016, I : Nucleic Acids Research. 44, W1, s. W351-W355 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Ensembles of random sphere cover classifiers

Younsi, R. & Bagnall, A., jan 2016, I : Pattern Recognition. 49, s. 213-225 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Robust multi-group gene set analysis with few replicates

Mishra, P. P., Medlar, A., Holm, L. & Törönen, P., 9 dec 2016, I : BMC Bioinformatics. 17, 12 s., 526.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Wasabi: an integrated platform for evolutionary sequence analysis and data visualization

Veidenberg, A., Medlar, A. & Löytynoja, A., apr 2016, I : Molecular Biology and Evolution. 33, 4, s. 1126-1130 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Flight-induced changes in gene expression in the Glanville fritillary butterfly

Kvist, J., Mattila, A. L. K., Somervuo, P., Ahola, V., Koskinen, P., Paulin, L., Salmela, L., Fountain, T., Rastas, P., Ruokolainen, A., Taipale, M., Holm, L., Auvinen, P., Lehtonen, R., Frilander, M. J. & Hanski, I., okt 2015, I : Molecular Ecology. 24, 19, s. 4886-4900 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

PANNZER: high-throughput functional annotation of uncharacterized proteins in an error-prone environment

Koskinen, P., Törönen, P., Nokso-Koivisto, J. & Holm, L., 2015, I : Bioinformatics. 31, 10, s. 1544-1552 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

SANSparallel: interactive homology search against Uniprot

Somervuo, P. & Holm, L., 1 jul 2015, I : Nucleic Acids Research. 43, W1, s. W24-W29 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2014

Comparative Genome-Scale Reconstruction of Gapless Metabolic Networks for Present and Ancestral Species

Pitkanen, E., Jouhten, P., Hou, J., Syed, M. F., Blomberg, P., Kludas, J., Oja, M., Holm, L., Penttila, M., Rousu, J. & Arvas, M., feb 2014, I : PLoS Computational Biology. 10, 2, s. e1003465 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Gene set analysis: limitations in popular existing methods and proposed improvements

Mishra, P., Törönen, P., Leino, Y. & Holm, L., 2014, I : Bioinformatics. 30, 19, s. 2747-2756 10 s., btu374.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Genomics and Proteomics Provide New Insight into the Commensal and Pathogenic Lifestyles of Bovine- and Human-Associated Staphylococcus epidermidis Strains

Savijoki, K., Iivanainen, A., Siljamaki, P., Laine, P. K., Paulin, L., Karonen (os. Miettinen), T., Pyörälä, S., Kankainen, M., Nyman, T. A., Salomaki, T., Koskinen, P., Holm, L., Simojoki, H., Taponen, S., Sukura, A., Kalkkinen, N., Auvinen, P. & Varmanen, P., aug 2014, I : Journal of Proteome Research. 13, 8, s. 3748-3762 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Oxidative Stress Components Explored in Anoxic and Hypoxic Global Gene Expression Data

Blokhina, O., Törönen, P. & Fagerstedt, K., 2014, Low-Oxygen Stress in Plants: Oxygen Sensing and Adaptive Responses to Hypoxia. Springer-Verlag, s. 19-40 20 s. (Plant Cell Monographs; vol. 21).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

Pfam: the protein families database

Finn, R. D., Bateman, A., Clements, J., Coggill, P., Eberhardt, R. Y., Eddy, S. R., Heger, A., Hetherington, K., Holm, L., Mistry, J., Sonnhammer, E. L. L., Tate, J. & Punta, M., 2014, I : Nucleic Acids Research. 42, D1, s. D222-D230 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera

Ahola, V., Lehtonen, R., Somervuo, P., Salmela, L., Koskinen, P., Rastas, P., Valimaki, N., Paulin, L., Kvist, J., Wahlberg, N., Tanskanen, J., Hornett, E. A., Ferguson, L. C., Luo, S., Cao, Z., de Jong, M. A., Duplouy, A., Smolander, O-P., Vogel, H., McCoy, R. C. & 27 andraQian, K., Wong, S. C., Zhang, Q., Ahmad, F., Haukka, J. K., Joshi, A., Salojarvi, J., Wheat, C. W., Grosse-Wilde, E., Hughes, D., Katainen, R., Pitkanen, E., Ylinen, J., Waterhouse, R. M., Turunen, M., Vaharautio, A., Ojanen, S. P., Schulman, A. H., Taipale, M., Lawson, D., Ukkonen, E., Makinen, V., Goldsmith, M. R., Holm, L., Auvinen, P., Frilander, M. J. & Hanski, I., sep 2014, I : Nature Communications. 5, 9 s., 4737.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Transcriptome Analysis Reveals Signature of Adaptation to Landscape Fragmentation

Somervuo, P., Kvist, J., Ikonen, S., Auvinen, P., Paulin, L., Koskinen, P., Holm, L., Taipale, M., Duplouy, A., Ruokolainen, A., Saarnio, S., Siren, J., Kohonen, J., Corander, J., Frilander, M. J., Ahola, V. & Hanski, I., 2 jul 2014, I : PLoS One. 9, 7, 12 s., 101467.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2013

A large-scale evaluation of computational protein function prediction

Radivojac, P., Clark, W. T., Oron, T. R., Schnoes, A. M., Wittkop, T., Sokolov, A., Graim, K., Funk, C., Verspoor, K., Ben-Hur, A., Pandey, G., Yunes, J. M., Talwalkar, A. S., Repo, S., Souza, M. L., Piovesan, D., Casadio, R., Wang, Z., Cheng, J., Fang, H. & 82 andraGoughl, J., Koskinen, P., Toronen, P., Nokso-Koivisto, J., Holm, L., Cozzetto, D., Buchan, D. W. A., Bryson, K., Jones, D. T., Limaye, B., Inamdar, H., Datta, A., Manjari, S. K., Joshi, R., Chitale, M., Kihara, D., Lisewski, A. M., Erdin, S., Venner, E., Lichtarge, O., Rentzsch, R., Yang, H., Romero, A. E., Bhat, P., Paccanaro, A., Hamp, T., Kassner, R., Seemayer, S., Vicedo, E., Schaefer, C., Achten, D., Auer, F., Boehm, A., Braun, T., Hecht, M., Heron, M., Hoenigschmid, P., Hopf, T. A., Kaufmann, S., Kiening, M., Krompass, D., Landerer, C., Mahlich, Y., Roos, M., Bjorne, J., Salakoski, T., Wong, A., Shatkay, H., Gatzmann, F., Sommer, I., Wass, M. N., Sternberg, M. J. E., Skunca, N., Supek, F., Bosnjak, M., Panov, P., Dzeroski, S., Smuc, T., Kourmpetis, Y. A. I., van Dijk, A. D. J., ter Braak, C. J. F., Zhou, Y., Gong, Q., Dong, X., Tian, W., Falda, M., Fontana, P., Lavezzo, E., Di Camillo, B., Toppo, S., Lan, L., Djuric, N., Guo, Y., Vucetic, S., Bairoch, A., Linial, M., Babbitt, P. C., Brenner, S. E., Orengo, C., Rost, B., Mooney, S. D. & Friedberg, I., mar 2013, I : Nature methods. 10, 3, s. 221-227 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Automated sequence-based approaches for identifying domain families

Holm, L. & Heger, A., 2013, Protein Families: Relating Protein Sequence, Structure, and Function. John Wiley & Sons Ltd. , s. 1-24 24 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskaplig

Defense-related transcription factors WRKY70 and WRKY54 modulate osmotic stress tolerance by regulating stomatal aperture in Arabidopsis

Li, J., Besseau, S., Törönen, P., Sipari, N. H., Kollist, H., Holm, L. & Palva, E. T., okt 2013, I : New Phytologist. 200, 2, s. 457–472 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genome Sequence of Dickeya solani, a New soft Rot Pathogen of Potato, Suggests its Emergence May Be Related to a Novel Combination of Non-Ribosomal Peptide/Polyketide Synthetase Clusters

Garlant, L., Koskinen, P., Rouhiainen, L. A. O., Laine, P., Paulin, L., Auvinen, P., Holm, L. & Pirhonen, M., 2013, I : Diversity. 5, 4, s. 824-842 19 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

GOParGenPy: a high throughput method to generate Gene Ontology data matrices

Kumar, A. A., Holm, L. & Toronen, P., 8 aug 2013, I : BMC Bioinformatics. 14, 242, 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2012

An efficient randomised sphere cover classifier

Younsi, R., 1 jan 2012, I : International Journal of Data Mining, Modelling and Management (IJDMMM). 4, 2, s. 156 171 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

BLANNOTATOR: enhanced homology-based function prediction of bacterial proteins

Kankainen, M., Ojala, T. & Holm, L., 2012, I : BMC Bioinformatics. 13, 33, s. Article Number: 33 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Comprehensive comparison of graph based multiple protein sequence alignment strategies

Plyusnin, I. & Holm, L., 29 apr 2012, I : BMC Bioinformatics. 13, s. 64 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genome Sequence of Pectobacterium sp. Strain SCC3193

Koskinen, J. P., Laine, P., Niemi, O., Nykyri, J., Harjunpää, H., Auvinen, P., Paulin, L., Pirhonen, M., Palva, T. & Holm, L., nov 2012, I : Journal of Bacteriology. 194, 21, s. 6004 1 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Mismatch repair analysis of inherited MSH2 and/or MSH6 variation pairs found in cancer patients.

Kantelinen, J., Kansikas, M., Candelin, S., Hampel, H., Smith, B., Holm, L., Kariola, R. & Nyström, M., 2012, I : Human Mutation. 33, 8, s. 1294-1301 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Mutational analysis of positively charged amino acid residues of Uukuniemi phlebovirus nucleocapsid protein

Katz, A., Freiberg, A. N., Backstrom, V., Holm, L., Vaheri, A., Flick, R. & Plyusnin, A., 2012, I : Virus Research. 167, 1, s. 118-123 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Revised Phylogeny and Novel Horizontally Acquired Virulence Determinants of the Model Soft Rot Phytopathogen Pectobacterium wasabiae SCC3193

Nykyri, J., Niemi, O. A., Koskinen, P., Nokso-Koivisto, J. P., Pasanen, M., Broberg, E. M., Plyusnin, I., Törönen, P., Holm, L., Pirhonen, M. & Palva, E. T., 2012, I : PLoS Pathogens. 8, 11 (e1003013), 18 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

SANS: high-throughput retrieval of protein sequences allowing 50% mismatches.

Koskinen, J. P. & Holm, L., 15 sep 2012, I : Bioinformatics. 28, 18, s. i438-i443 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The Pfam protein families database

Punta, M., Coggill, P. C., Eberhardt, R. Y., Mistry, J., Tate, J., Boursnell, C., Pang, N., Forslund, K., Ceric, G., Clements, J., Heger, A., Holm, L., Sonnhammer, E. L. L., Eddy, S. R., Bateman, A. & Finn, R. D., jan 2012, I : Nucleic Acids Research. 40, D1, s. D290-D301 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2011

Adhesive polypeptides of Staphylococcus aureus identified using a novel secretion library technique in Escherichia coli

Kylväjä, R., Kankainen, M., Holm, L. & Westerlund-Wikström, B., maj 2011, I : BMC Microbiology. 11, 117, s. 1-13 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

A Novel Method for Assigning Functional Linkages to Proteins Using Enhanced Phylogenetic Trees

Ta, X. H., Koskinen, P. & Holm, L., 2011, I : Bioinformatics. 27, 5, s. 700-706 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Immunological Effects of Low-dose Cyclophosphamide in Cancer Patients Treated With Oncolytic Adenovirus

Cerullo, V., Diaconu, I., Kangasniemi, L., Rajecki, M., Escutenaire, S., Koski, A., Romano, V., Rouvinen, N., Tuuminen, T., Laasonen, L., Partanen, K., Kauppinen, S., Joensuu, T., Oksanen, M., Holm, S-L., Haavisto, E., Karioja-Kallio, A., Kanerva, A., Pesonen, S., Arstila, P. T. & 1 andraHemminki, A., 2011, I : Molecular therapy. 19, 9, s. 1737-1746 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

In vivo and in vitro distribution of type 5 and fiber-modified oncolytic adenoviruses in human blood compartments

Escutenaire, S., Cerullo, V., Diaconu, I., Ahtiainen, L., Hannuksela, P., Oksanen, M., Haavisto, E., Karioja-Kallio, A., Holm, S-L., Kangasniemi, L., Ribacka, C., Kauppinen, S., Joensuu, T. K., Arstila, T. P., Pesonen, S., Kanerva, A. & Hemminki, A., 2011, I : Annals of Medicine. 43, 2, s. 151-163 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

MPEA-metabolite pathway enrichment analysis

Kankainen, M., Gopalacharyulu, P., Holm, L. & Oresic, M., 2011, I : Bioinformatics Trends. 27, 13, s. 1878-1879 2 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review