Avdelningen för virologi

  • Finland

Publikationer

2020

2020 taxonomic update for phylum Negarnaviricota (Riboviria: Orthornavirae), including the large orders Bunyavirales and Mononegavirales

Kuhn, J. H., Adkins, S., Alioto, D., Alkhovsky, S. V., Amarasinghe, G. K., Anthony, S. J., Avsic-Zupanc, T., Ayllon, M. A., Bahl, J., Balkema-Buschmann, A., Ballinger, M. J., Bartonicka, T., Basler, C., Bavari, S., Beer, M., Bente, D. A., Bergeron, E., Bird, B. H., Blair, C., Blasdell, K. R. & 209 andra, Bradfute, S. B., Breyta, R., Briese, T., Brown, P. A., Buchholz, U. J., Buchmeier, M. J., Bukreyev, A., Burt, F., Buzkan, N., Calisher, C. H., Cao, M., Casas, I., Chamberlain, J., Chandran, K., Charrel, R. N., Chen, B., Chiumenti, M., Choi, I-R., Clegg, J. C. S., Crozier, I., da Graca, J. V., Dal Bo, E., Davila, A. M. R., de la Torre, J. C., de Lamballerie, X., de Swart, R. L., Di Bello, P. L., Di Paola, N., Di Serio, F., Dietzgen, R. G., Digiaro, M., Dolja, V. V., Dolnik, O., Drebot, M. A., Drexler, J. F., Duerrwald, R., Dufkova, L., Dundon, W. G., Duprex, W. P., Dye, J. M., Easton, A. J., Ebihara, H., Elbeaino, T., Ergunay, K., Fernandes, J., Fooks, A. R., Formenty, P. B. H., Forth, L. F., Fouchier, R. A. M., Freitas-Astua, J., Gago-Zachert, S., Gao, G. F., Garcia, M. L., Garcia-Sastre, A., Garrison, A. R., Gbakima, A., Goldstein, T., Gonzalez, J-P. J., Griffiths, A., Groschup, M. H., Guenther, S., Guterres, A., Hall, R. A., Hammond, J., Hassan, M., Hepojoki, J., Hepojoki, S., Hetzel, U., Hewson, R., Hoffmann, B., Hongo, S., Hoeper, D., Horie, M., Hughes, H. R., Hyndman, T. H., Jambai, A., Jardim, R., Jiang, D., Jin, Q., Jonson, G. B., Junglen, S., Karadag, S., Keller, K. E., Klempa, B., Klingstrom, J., Kobinger, G., Kondo, H., Koonin, E. V., Krupovic, M., Kurath, G., Kuzmin, I. V., Laenen, L., Lamb, R. A., Lambert, A. J., Langevin, S. L., Lee, B., Lemos, E. R. S., Leroy, E. M., Li, D., Li, J., Liang, M., Liu, W., Liu, Y., Lukashevich, I. S., Maes, P., Marciel de Souza, W., Marklewitz, M., Marshall, S. H., Martelli, G. P., Martin, R. R., Marzano, S-Y. L., Massart, S., McCauley, J. W., Mielke-Ehret, N., Minafra, A., Minutolo, M., Mirazimi, A., Muehlbach, H-P., Muhlberger, E., Naidu, R., Natsuaki, T., Navarro, B., Navarro, J. A., Netesov, S. V., Neumann, G., Nowotny, N., Nunes, M. R. T., Nylund, A., Okland, A. L., Oliveira, R. C., Palacios, G., Pallas, V., Palyi, B., Papa, A., Parrish, C. R., Pauvolid-Correa, A., Paweska, J. T., Payne, S., Perez, D. R., Pfaff, F., Radoshitzky, S. R., Rahman, A., Ramos-Gonzalez, P. L., Resende, R. O., Reyes, C. A., Rima, B. K., Romanowski, V., Robles Luna, G., Rota, P., Rubbenstroth, D., Runstadler, J. A., Ruzek, D., Sabanadzovic, S., Salat, J., Sall, A. A., Salvato, M. S., Sarpkaya, K., Sasaya, T., Schwemmle, M., Shabbir, M. Z., Shi, X., Shi, Z., Shirako, Y., Simmonds, P., Sirmarova, J., Sironi, M., Smither, S., Smura, T., Song, J-W., Spann, K. M., Spengler, J. R., Stenglein, M. D., Stone, D. M., Strakova, P., Takada, A., Tesh, R. B., Thornburg, N. J., Tomonaga, K., Tordo, N., Towner, J. S., Turina, M., Tzanetakis, I., Ulrich, R. G., Vaira, A. M., van den Hoogen, B., Varsani, A., Vasilakis, N., Verbeek, M., Wahl, V., Walker, P. J., Wang, H., Wang, J., Wang, X., Wang, L-F., Wei, T., Wells, H., Whitfield, A. E., Williams, J. V., Wolf, Y. I., Wu, Z., Yang, X., Yang, X., Yu, X., Yutin, N., Zerbini, F. M., Zhang, T., Zhang, Y-Z., Zhou, G. & Zhou, X., 4 sep 2020, I : Archives of Virology. 50 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

A hybrid pipeline for reconstruction and analysis of viral genomes at multi-organ level

Pratas, D., Toppinen, M., Pyöriä, L., Hedman, K., Sajantila, A. & Perdomo, M. F., aug 2020, I : GigaScience. 9, 8, 11 s., 086.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Anopheles daciae, a new country record for Finland

Culverwell, C. L., Vapalahti, O. P. & Harbach, R. E., jun 2020, I : Medical & Veterinary Entomology. 34, 2, s. 145-150 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

A novel negevirus isolated from Aedes vexans mosquitoes in Finland

Suvanto, M. T., Truong Nguyen, P., Uusitalo, R., Korhonen, E. M., Faolotto, G., Vapalahti, O., Huhtamo, E. & Smura, T., 20 sep 2020, I : Archives of Virology. 4 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Aseptic meningitis outbreak associated with echovirus 4 in Northern Europe in 2013-2014

Smura, T., Blomqvist, S., Kolehmainen, P., Schuffenecker, I., Lina, B., Boettcher, S., Diedrich, S., Love, A., Brytting, M., Hauzenberger, E., Dudman, S., Ivanova, O., Lukasev, A., Fischer, T. K., Midgley, S., Susi, P., Savolainen-Kopra, C., Lappalainen, M. & Jääskeläinen, A. J., aug 2020, I : Journal of Clinical Virology. 129, 8 s., 104535.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

A serological assay to detect SARS-CoV-2 seroconversion in humans

Amanat, F., Stadlbauer, D., Strohmeier, S., Nguyen, T. H. O., Chromikova, V., McMahon, M., Jiang, K., Arunkumar, G. A., Jurczyszak, D., Polanco, J., Bermudez-Gonzalez, M., Kleiner, G., Aydillo, T., Miorin, L., Fierer, D. S., Lugo, L. A., Kojic, E. M., Stoever, J., Liu, S. T. H., Cunningham-Rundles, C. & 10 andra, Felgner, P. L., Moran, T., Garcia-Sastre, A., Caplivski, D., Cheng, A. C., Kedzierska, K., Vapalahti, O., Hepojoki, J. M., Simon, V. & Krammer, F., jul 2020, I : Nature Medicine. 26, 7, s. 1033-+ 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Chlamydia trachomatis : molecular characteristics and epidemiology in Finland

Korhonen, S., 2020, Helsinki: [S. Korhonen]. 101 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Classification, Severity Assessment, and Prevention of Recurrences in Acute Pancreatitis

Seppänen, H. & Puolakkainen, P., mar 2020, I : Scandinavian Journal of Surgery. 109, 1, s. 53-58 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Comparison of operative link for gastritis assessment, operative link on gastric intestinal metaplasia assessment, and TAIM stagings among men with atrophic gastritis

Nieminen, A. A., Kontto, J., Puolakkainen, P., Virtamo, J. & Kokkola, A., 28 jun 2020, I : World Journal of Gastroenterology. 26, 24, s. 3447-3457 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Comparison of Streptococcus halichoeri isolates from canine and fur animal infections: biochemical patterns, molecular characteristics and genetic relatedness

Eklund, M., Aaltonen, K., Sironen, T., Raunio-Saarnisto, M., Grönthal, T., Nordgren, H., Pitkälä, A., Vapalahti, O. & Rantala, M., 3 jun 2020, I : Acta Veterinaria Scandinavica. 62, 1, 11 s., 26.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Comparison of Zaire ebolavirus realtime RT-PCRs targeting the nucleoprotein gene

Jääskeläinen, A. J., Sironen, T., Kaloinen, M., Kakkola, L., Julkunen, I., Hewson, R., Weidmann, M. W., Mirazimi, A., Watson, R. & Vapalahti, O., okt 2020, I : Journal of Virological Methods. 284, 4 s., 113941.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Detection of dengue virus type 2 of Indian origin in acute febrile patients in rural Kenya

Masika, M. M., Korhonen, E. M., Smura, T., Uusitalo, R., Vapalahti, K., Mwaengo, D., Jääskeläinen, A. J., Anzala, O., Vapalahti, O. & Huhtamo, E., 3 mar 2020, I : PLoS Neglected Tropical Diseases. 14, 3, 17 s., 0008099.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Development and validation of nucleic acid tests to diagnose Aleutian mink disease virus

Virtanen, J., Aaltonen, K., Vapalahti, O. & Sironen, T., maj 2020, I : Journal of Virological Methods. 279, 6 s., 113776.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Development of microsphere-based molecular and serodiagnostics and their clinical utility

Wang, Y., 2020, Helsinki: Helsingin yliopisto. 86 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Differences in Tissue and Species Tropism of Reptarenavirus Species Studied by Vesicular Stomatitis Virus Pseudotypes

Korzyukov, Y., Iheozor-Ejiofor, R., Levanov, L., Smura, T., Hetzel, U., Szirovicza, L., de la Torre, J. C., Martinez-Sobrido, L., Kipar, A., Vapalahti, O. & Hepojoki, J., apr 2020, I : Viruses. 12, 4, 16 s., 395.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Ecology of Neglected Rodent-Borne American Orthohantaviruses

Mull, N., Jackson, R., Sironen, T. & Forbes, K. M., maj 2020, I : Pathogens. 9, 5, 19 s., 325.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Education and research are essential for lasting peace in Yemen

Zakham, F., Vapalahti, O. & Lashual, H. A., 4 apr 2020, I : Lancet. 395, 10230, s. 1114-1114 1 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragBrevVetenskaplig

Öppen tillgång
Fil

First Report of Coronaviruses in Northern European Bats

Kivisto, I., Tidenberg, E-M., Lilley, T., Suominen, K., Forbes, K. M., Vapalahti, O., Huovilainen, A. & Sironen, T., 1 feb 2020, I : Vector Borne and Zoonotic Diseases. 20, 2, s. 155-158 4 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Flash-Like Albuminuria in Acute Kidney Injury Caused by Puumala Hantavirus Infection

Mantula, P., Tietavainen, J., Clement, J., Niemelä, O., Pörsti, I., Vaheri, A., Mustonen, J., Mäkelä, S. & Outinen, T., aug 2020, I : Pathogens. 9, 8, 10 s., 615.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

From Microbial Genomics to Metagenomics

Kant, R., Kumar, A. & Sironen, T., 1 jun 2020, I : International journal of genomics. 2020, 2 s., 9357450.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragLedareVetenskaplig

Öppen tillgång
Fil

Hepatitis C Virus Infection Caused by Infrequent Exposure in China Should Be of Concern

Qin, X-C., Zhong, L-H., Zhu, L-Y., Plyusnin, A. & Zhang, Y-Z., aug 2020, I : Virologica Sinica. 35, 4, s. 481–485 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragBrevVetenskapligPeer review

Heterozygous TLR3 Mutation in Patients with Hantavirus Encephalitis

Partanen, T., Chen, J., Lehtonen, J., Kuismin, O., Rusanen, H., Vapalahti, O., Vaheri, A., Anttila, V-J., Bode, M., Hautala, N., Vuorinen, T., Glumoff, V., Kraatari, M., Åström, P., Saarela, J., Kauma, H., Lorenzo, L., Casanova, J-L., Zhang, S-Y., Seppänen, M. & 1 andra, Hautala, T., 16 sep 2020, I : Journal of Clinical Immunology. 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Identification of Reptarenaviruses, Hartmaniviruses, and a Novel Chuvirus in Captive Native Brazilian Boa Constrictors with Boid Inclusion Body Disease

BIBD Grp, Argent, F. F., Hepojoki, J., Smura, T., Szirovicza, L., Hammerschmitt, M. E., Driemeier, D., Kipar, A. & Hetzel, U., jun 2020, I : Journal of Virology. 94, 11, 19 s., e00001-20.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Impact of Natural or Synthetic Singletons in the Capsid of Human Bocavirus 1 on Particle Infectivity and Immunoreactivity

Fakhiri, J., Linse, K-P., Mietzsch, M., Xu, M., Schneider, M. A., Meister, M., Schildgen, O., Schnitzler, P., Soderlund-Venermo, M., Agbandje-McKenna, M. & Grimma, D., jun 2020, I : Journal of Virology. 94, 11, 23 s., e00170-20.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Longitudinal assessment of the CXCL10 blood and urine concentration in kidney transplant recipients with BK polyomavirus replication—a retrospective study

Weseslindtner, L., Hedman, L., Wang, Y., Strassl, R., Helanterä, I., Aberle, S. W., Bond, G. & Hedman, K., maj 2020, I : Transplant International. 33, 5, s. 555-566 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Länsi-Niilin virus Euroopassa: Hyttysvälitteinen kuumetaudin ja enkefaliitin aiheuttaja

Huhtamo, E., Smura, T. & Vapalahti, O., 2020, I : Duodecim. 136, 1, s. 43-51 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Marine connectivity in spatial conservation planning: analogues from the terrestrial realm

Virtanen, E. A., Moilanen, A. & Viitasalo, M., maj 2020, I : Landscape Ecology. 35, 5, s. 1021-1034 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Meeting report: Eleventh International Conference on Hantaviruses

Clement, J., Ahlm, C., Avsic-Zupanc, T., Botten, J., Chandran, K., Jonsson, C. B., Kariwa, H., Klingstrom, J., Klempa, B., Krueger, D. H., Leirs, H., Li, D., Liang, M., Markotic, A., Papa, A., Schmaljohn, C. S., Tischler, N. D., Ulrich, R. G., Vaheri, A., Vial, C. & 2 andra, Yanagihara, R. & Maes, P., apr 2020, I : Antiviral Research. 176, 13 s., 104733.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Microsphere-Based IgM and IgG Avidity Assays for Human Parvovirus B19, Human Cytomegalovirus, and Toxoplasma gondii

Wang, Y., Hedman, L., Nurmi, V., Ziemele, I., Perdomo, M. F., Söderlund-Venermo, M., Hedman, K. & Papasian, C. J. (red.), 29 apr 2020, I : Msphere. 5, 2, 13 s., e00905-19.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Modelling aerosol transport and virus exposure with numerical simulations in relation to SARS-CoV-2 transmission by inhalation indoors

Vuorinen, V., Aarnio, M., Alava, M., Alopaeus, V., Atanasova, N., Auvinen, M., Balasubramanian, N., Bordbar, H., Erasto, P., Grande, R., Hayward, N., Hellsten, A., Hostikka, S., Hokkanen, J., Kaario, O., Karvinen, A., Kivisto, I., Korhonen, M., Kosonen, R., Kuusela, J. & 10 andra, Lestinen, S., Laurila, E., Nieminen, H. J., Peltonen, P., Pokki, J., Puisto, A., Raback, P., Salmenjoki, H., Sironen, T. & Osterberg, M., okt 2020, I : Safety Science. 130, 23 s., 104866.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Modelling habitat suitability for occurrence of human tick-borne encephalitis (TBE) cases in Finland

Uusitalo, R., Siljander, M., Dub, T., Sane, J., Sormunen, J. J., Pellikka, P. & Vapalahti, O., sep 2020, I : Ticks and tick-Borne diseases. 11, 5, 12 s., 101457.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Multi-laboratory evaluation of ReaScan TBE IgM rapid test, 2016 to 2017

Albinsson, B., Jääskeläinen, A. E., Värv, K., Jelovšek, M., GeurtsvanKessel, C., Vene, S., Järhult, J. D., Reusken, C., Golovljova, I., Avšič-Županc, T., Vapalahti, O. & Lundkvist, Å., 26 mar 2020, I : Eurosurveillance. 25, 12, s. 27-36 10 s., 1900427.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Myyräkuume - mitä uutta?

Mustonen, J., Strandin, T., Mäkelä, S. & Vaheri, A., 2020, I : Duodecim. 136, 15, s. 1668-1674 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Next-generation sequencing shows marked rearrangements of BK polyomavirus that favor but are not required for polyomavirus-associated nephropathy

Liimatainen, H., Weseslindtner, L., Strassl, R., Aberle, S. W., Bond, G. & Auvinen, E., jan 2020, I : Journal of Clinical Virology. 122, 7 s., 104215.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Novel human protoparvoviruses : epidemiology and clinical impact

Väisänen, E., 2020, Helsinki: [E. Väisänen]. 101 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Öppen tillgång

Odontogenic causes complicating the chronic rhinosinusitis diagnosis

Wuokko-Landen, A., Blomgren, K., Suomalainen, A. & Välimaa, H., 4 jun 2020, I : Clinical Oral Investigations. 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Orthohantavirus Isolated in Reservoir Host Cells Displays Minimal Genetic Changes and Retains Wild-Type Infection Properties

Strandin, T., Smura, T., Ahola, P., Aaltonen, K., Sironen, T., Hepojoki, J., Eckerle, I., Ulrich, R. G., Vapalahti, O., Kipar, A. & Forbes, K. M., apr 2020, I : Viruses. 12, 4, 14 s., 457.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Pancreas in Focus!

Laukkarinen, J. & Puolakkainen, P., mar 2020, I : Scandinavian Journal of Surgery. 109, 1, s. 3-3 1 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragLedareVetenskaplig

Öppen tillgång
Fil

Pandemia voi kestää kuukausia

Vapalahti, O. & Julkunen, I., 27 mar 2020, I : Suomen lääkärilehti. 75, 13, s. 791-791 1 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragLedareProfessionell

Öppen tillgång
Fil

Peritonsillar abscess may not always be a complication of acute tonsillitis: A prospective cohort study

Sanmark, E., Wikstén, J., Välimaa, H., Aaltonen, L-M., Ilmarinen, T. & Blomgren, K., 3 apr 2020, I : PLoS One. 15, 4, 12 s., 0228122.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Proktiitti ei ollutkaan tulehduksellinen suolistosairaus vaan infektio

Räsänen, J., Hiltunen-Back, E., Puolakkainen, M. & Pasternack, R., 13 mar 2020, I : Suomen lääkärilehti. 75, 11, s. 687-691 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelProfessionell

Öppen tillgång
Fil

Reorganizing the familyParvoviridae: a revised taxonomy independent of the canonical approach based on host association

Penzes, J. J., Söderlund-Venermo, M., Canuti, M., Eis-Hübinger, A. M., Hughes, J., Cotmore, S. F. & Harrach, B., sep 2020, I : Archives of Virology. 165, 9, s. 2133-2146 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Respiratory viruses in individuals with a high frequency of animal exposure in southern and highland Vietnam

Nguyen, T. T. K., Ngo, T. T., Tran, P. M., Pham, T. T. T., Vu, H. T. T., Nguyen, N. T. H., Thwaites, G., Virtala, A-M. K., Vapalahti, O., Baker, S. & Van, T. L., aug 2020, I : Journal of Medical Virology. 92, 8, s. 971-981 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Sensitivity, specificity, inclusivity and exclusivity of the updated Aptima Combo 2 assay, which provides detection coverage of the new diagnostic-escapeChlamydia trachomatisvariants

Unemo, M., Hansen, M., Hadad, R., Puolakkainen, M., Westh, H., Rantakokko-Jalava, K., Thilesen, C., Cole, M. J., Boiko, I., Lan, P. T., Golparian, D., Ito, S. & Sundqvist, M., 16 jun 2020, I : BMC Infectious Diseases. 20, 1, 6 s., 419.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil