Publikationer 2008 2019

2019

Alternative oxidase-mediated respiration prevents lethal mitochondrial cardiomyopathy

Rajendran, J., Purhonen, J., Tegelberg, S., Smolander, O-P., Mörgelin, M., Rozman, J., Gailus-Durner, V., Fuchs, H., de Angelis, M. H., Auvinen, P., Mervaala, E., Jacobs, H. T., Szibor, M., Fellman, V. & Kallijärvi, J., jan 2019, I : EMBO molecular medicine. 11, 1, 19 s., 9456.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Differential abundance analyses of human microbiota in Parkinson’s disease

Aho, V. T. E., 29 mar 2019, Helsinki: University of Helsinki. 72 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Genome description of Phlebia radiata 79 with comparative genomics analysis on lignocellulose decomposition machinery of phlebioid fungi

Mäkinen, M., Kuuskeri, J., Laine, P., Smolander, O-P., Kovalchuk, A., Zeng, Z., Asiegbu, F., Paulin, L., Auvinen, P. & Lundell, T., 28 maj 2019, I : BMC Genomics. 20, 22 s., 430.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Serotonin and tryptophan metabolites, autoantibodies and gut microbiome in APECED

Naskali, E., Dettmer, K., Oefner, P., Pereira, P. A. B., Krohn, K., Auvinen, P., Ranki, A. & Kluger, N., jan 2019, I : Endocrine Connections. 8, 1, s. 69-77 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2018

Acidipropionibacterium virtanenii sp. nov., isolated from malted barley

Deptula, P., Smolander, O-P. A., Laine, P. K. S., Roberts, R. J., Edelmann, J. M., Peltola, P., Piironen, V. I., Paulin, L. G., Storgårds, E., Savijoki, K., Laitila, A., Auvinen, P. O. V. & Varmanen, P. K., okt 2018, I : International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 68, 10, s. 3175-3183 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

BARCOSEL: a tool for selecting an optimal barcode set for high-throughput sequencing

Somervuo, P., Koskinen, P., Mei, P., Holm, L., Auvinen, P. & Paulin, L., 5 jul 2018, I : BMC Bioinformatics. 19, 257, 6 s., 257.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

BK polyomavirus microRNA expression and sequence variation in polyomavirus-associated nephropathy

Virtanen, E., Seppälä, H., Helanterä, I., Laine, P., Lautenschlager, I., Paulin, L., Mannonen, L., Auvinen, P. & Auvinen, E., maj 2018, I : Journal of Clinical Virology. 102, s. 70-76 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Bracketing phenogenotypic limits of mammalian hybridization

Savriama, Y., Valtonen, M., Kammonen, J. I., Rastas, P., Smolander, O-P., Lyyski, A., Häkkinen, T. J., Corfe, I. J., Gerber, S., Salazar-Ciudad, I., Paulin, L., Holm, L., Löytynoja, A., Auvinen, P. & Jernvall, J., 28 nov 2018, I : Royal Society Open Science. 5, 11, 12 s., 180903.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Genetic Control of Myelin Plasticity after Chronic Psychosocial Stress

Laine, M. A., Trontti, K., Misiewicz, Z., Sokolowska, E., Kulesskaya, N., Heikkinen, A., Saarnio, S., Balcells, I., Ameslon, P., Greco, D., Mattila, P., Ellonen, P., Paulin, L., Auvinen, P., Jokitalo, E. & Hovatta, I., jul 2018, I : eNeuro. 5, 4, 16 s., UNSP e0166-18.2018.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Gut microbiome in gestational diabetes: a cross-sectional study of mothers and offspring 5 years postpartum

Hasan, S., Aho, V., Pereira, P., Paulin, L., Koivusalo, S. B., Auvinen, P. & Eriksson, J. G., jan 2018, I : Acta Obstetricia et Gynecologica Scandinavica. 97, 1, s. 38-46 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Isotretinoin and lymecycline treatments modify the skin microbiota in acne

Kelhala, H-L., Aho, V. T. E., Fyhrquist, N., Pereira, P. A. B., Kubin, M. E., Paulin, L., Palatsi, R., Auvinen, P., Tasanen, K. & Lauerma, A., jan 2018, I : Experimental Dermatology. 27, 1, s. 30-36 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Metagenomic and metatranscriptomic analysis of the microbial community in Swiss-type Maasdam cheese during ripening

Duru, I. C., Laine, P. K. S., Andreevskaya, M., Paulin, L. G., Kananen, S., Tynkkynen, S., Auvinen, P. O. V. & Smolander, O-P. A., 19 maj 2018, I : International Journal of Food Microbiology. 281, s. 10-22 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Mikrobiomforskning och sjukdomsassociationer

Aho, V. & Auvinen, P., 21 dec 2018, I : Finska Läkaresällskapets Handlingar. 178, 2, s. 4-9 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelProfessionell

Öppen tillgång
Fil

Nasal mucosa and blood cell transcriptome profiles do not reflect respiratory symptoms associated with moisture damage

Ndika, J., Suojalehto, H., Taubel, M., Lehto, M., Karvala, K., Pallasaho, P., Sund, J., Auvinen, P., Järvi, K., Pekkanen, J., Kinaret, P., Greco, D., Hyvärinen, A. & Alenius, H., sep 2018, I : Indoor Air. 28, 5, s. 721-731 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The complexity of titin splicing pattern in human adult skeletal muscles

Savarese, M., Jonson, P. H., Huovinen, S., Paulin, L., Auvinen, P., Udd, B. & Hackman, P., 29 mar 2018, I : Skeletal Muscle. 8, 9 s., 11.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The receptor-like pseudokinase GHR1 is required for stomatal closure

Sierla, M. E., Hõrak, H., Overmyer, K. L., Waszczak, C. M., Yarmolinsky, D., Maierhofer, T., Vainonen, J., Denessiouk, K., Salojärvi, J. T., Laanemets, K., Tõldsepp, K., Vahisalu, T., Gauthier, A. G. B., Puukko, T., Paulin, L., Auvinen, P. O. V., Geiger, D., Hedrich, R., Kollist, H. & Kangasjärvi, J. S., nov 2018, I : Plant Cell. 30, 11, s. 2813-2837 25 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Bile microbiota in primary sclerosing cholangitis: Impact on disease progression and development of biliary dysplasia

Pereira, P., Aho, V., Arola, J., Boyd, S., Jokelainen, K., Paulin, L., Auvinen, P. & Farkkila, M., 10 aug 2017, I : PLoS One. 12, 8, 15 s., 0182924.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

De novo assembly of genomes from long sequence reads reveals uncharted territories of Propionibacterium freudenreichii

Deptula, P., Laine, P. K., Roberts, R. J., Smolander, O-P., Vihinen, H., Piironen, V., Paulin, L., Jokitalo, E., Savijoki, K., Auvinen, P. & Varmanen, P., 16 okt 2017, I : BMC Genomics. 18, 24 s., 790.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Ecological fitness and interspecies interactions of food-spoilage-associated lactic acid bacteria: insights from the genome analyses and transcriptome profiles

Andreevskaya, M., 28 jan 2017, Helsinki: University of Helsinki. 150 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Öppen tillgång

Functional genomics provides insights into the role of Propionibacterium freudenreichii ssp shermanii JS in cheese ripening

Ojala, T., Laine, P. K. S., Ahlroos, T., Tanskanen, J., Pitkanen, S., Salusjarvi, T., Kankainen, M., Tynkkynen, S., Paulin, L. & Auvinen, P., 16 jan 2017, I : International Journal of Food Microbiology. 241, s. 39-48 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genome sequence of the model plant pathogen Pectobacterium carotovorum SCC1

Niemi, O., Laine, P., Koskinen, P., Pasanen, M., Pennanen, V., Harjunpaa, H., Nykyri, J., Holm, L., Paulin, L., Auvinen, P., Palva, E. T. & Pirhonen, M., 20 dec 2017, I : Standards in Genomic Sciences. 12, 8 s., 87.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genome sequencing and population genomic analyses provide insights into the adaptive landscape of silver birch

Salojärvi, J., Smolander, O-P., Nieminen, K., Rajaraman, S., Safronov, O., Safdari, P., Lamminmäki, A., Immanen, J., Lan, T., Tanskanen, J., Rastas, P., Amiryousefi, A., Jayaprakash, B., Kammonen, J. I., Hagqvist, R., Eswaran, G., Ahonen, V. H., Serra, J. A., Asiegbu, F. O., Barajas-Lopez, J. D. D. & 65 andraBlande, D., Blokhina, O., Blomster, T., Broholm, S., Brosche, M., Cui, F., Dardick, C., Ehonen, S. E., Elomaa, P., Escamez, S., Fagerstedt, K. V., Fujii, H., Gauthier, A., Gollan, P. J., Halimaa, P., Heino, P. I., Himanen, K., Hollender, C., Kangasjarvi, S., Kauppinen, L., Kelleher, C. T., Kontunen-Soppela, S., Koskinen, J. P., Kovalchuk, A., Karenlampi, S. O., Kärkönen, A. K., Lim, K-J., Leppälä, J., Macpherson, L., Mikola, J., Mouhu, K., Mähönen, A. P., Niinemets, U., Oksanen, E., Overmyer, K., Palva, E. T., Pazouki, L., Pennanen, V., Puhakainen, T., Poczai, P., Possen, B. J. H. M., Punkkinen, M., Rahikainen, M. M., Rousi, M., Ruonala, R., van der Schoot, C., Shapiguzov, A., Sierla, M., Sipilä, T. P., Sutela, S., Teeri, T. H., Tervahauta, A. I., Vaattovaara, A., Vahala, J., Vetchinnikova, L., Welling, A., Wrzaczek, M., Xu, E., Paulin, L. G., Schulman, A. H., Lascoux, M., Albert, V. A., Auvinen, P., Helariutta, Y. & Kangasjarvi, J., 8 maj 2017, I : Nature Genetics. 49, 6, s. 904-912 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Massiiviparalleelisekvensointi (NGS) mikrobiologian näkökulmasta - ja miten se liittyy Leo Tolstoihin

Auvinen, E. & Auvinen, P., 2017, I : Moodi.. 41, 4, s. 27-31 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelProfessionell

More than constipation - bowel symptoms in Parkinson's disease and their connection to gut microbiota

Mertsalmi, T. H., Aho, V. T. E., Pereira, P. A. B., Paulin, L., Pekkonen, E., Auvinen, P. & Scheperjans, F., nov 2017, I : European Journal of Neurology. 24, 11, s. 1375-1383 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Natural products from lichens

Shishido Joutsen, T. K., Rikkinen, J. K. & Auvinen, P. O. V., 31 okt 2017, s. 42. 1 s.

Forskningsoutput: KonferensbidragPosterForskningPeer review

Öppen tillgång

Network Analysis Reveals Similar Transcriptomic. Responses to Intrinsic Properties of Carbon Nanomaterials in Vitro and in Vivo

Kinaret, P., Marwah, V., Fortino, V., Ilves, M., Wolff, H., Ruokolainen, L., Auvinen, P., Savolainen, K., Alenius, H. & Greco, D., apr 2017, I : ACS Nano. 11, 4, s. 3786-3796 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Oral and nasal microbiota in Parkinson's disease

Pereira, P. A. B., Aho, V. T. E., Paulin, L., Pekkonen, E., Auvinen, P. & Scheperjans, F., maj 2017, I : Parkinsonism & Related Disorders. 38, s. 61-67 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Significant disparities in allergy prevalence and microbiota between the young people in Finnish and Russian Karelia

Ruokolainen, L., Paalanen, L., Karkman, A., Laatikainen, T., von Hertzen, L., Vlasoff, T., Markelova, O., Masyuk, V., Auvinen, P., Paulin, L., Alenius, H., Fyhrquist, N., Hanski, I., Mäkelä, M., Zilber, E., Jousilahti, P., Vartiainen, E. & Haahtela, T., maj 2017, I : Clinical and Experimental Allergy. 47, 5, s. 665-674 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Skin Microbiome in Small- and Large-plaque Parapsoriasis

Salava, A., Pereira, P., Aho, V., Vakeva, L., Paulin, L., Auvinen, P., Ranki, A. & Lauerma, A., jun 2017, I : Acta Dermato-Venereologica. 97, 6, s. 685-691 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The Human Microbiome in Parkinson’s Disease and Primary Sclerosing Cholangitis

Bento Pereira, P. A., 22 sep 2017, Helsinki: University of Helsinki. 99 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Öppen tillgång
2016
Öppen tillgång
Fil

Cytokinin and Auxin Display Distinct but Interconnected Distribution and Signaling Profiles to Stimulate Cambial Activity

Immanen, J., Nieminen, K., Smolander, O-P., Kojima, M., Serra, J. A., Koskinen, P., Zhang, J., Elo, A., Mähönen, A. P., Street, N., Bhalerao, R. P., Paulin, L., Auvinen, P., Sakakibara, H. & Helariutta, Y., 8 aug 2016, I : Current Biology. 26, 15, s. 1990-1997 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Developmental changes in Scots pine transcriptome during heartwood formation

Lim, K-J., Paasela, T., Harju, A., Venäläinen, M., Paulin, L., Auvinen, P., Kärkkäinen, K. & Teeri, T. H., 2016, I : Plant Physiology. 172, 3, s. 1403-1417 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Divergent genes in potential inoculant Sinorhizobium strains are related to DNA replication, recombination, and repair

Penttinen, P. J., Greco, D., Muntyan, V., Terefework, Z., De Lajudie, P., Roumiantseva, M., Becker, A., Auvinen, P. O. V. & Lindström, A. K., 16 feb 2016, I : Journal of Basic Microbiology. 56, 6, s. 680-685 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Genome-scale study reveals reduced metabolic adaptability in patients with non-alcoholic fatty liver disease

Hyötyläinen, T., Jerby, L., Petäjä, E. M., Mattila, I., Jäntti, S., Auvinen, P., Gastaldelli, A., Yki-Järvinen, H., Ruppin, E. & Oresic, M., feb 2016, I : Nature Communications. 7, 9 s., 8994.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

HMGB4 is expressed by neuronal cells and affects the expression of genes involved in neural differentiation

Rouhiainen, A., Zhao, X., Vanttola, P., Qian, K., Kulesskiy, E., Kuja-Panula, J., Gransalke, K., Gronholm, M., Unni, E., Meistrich, M., Tian, L., Auvinen, P. & Rauvala, H., 9 sep 2016, I : Scientific Reports. 6, 16 s., 32960.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

NOGO-A/RTN4A and NOGO-B/RTN4B are simultaneously expressed in epithelial, fibroblast and neuronal cells and maintain ER morphology

Rämö, O., Kumar, D., Gucciardo, E., Joensuu, M., Saarekas, M., Vihinen, H., Belevich, I., Smolander, O-P., Qian, K., Auvinen, P. & Jokitalo, E., 27 okt 2016, I : Scientific Reports. 6, 14 s., 35969.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Parkinsonin tauti ja mikrobiomi

Auvinen, P. & Scheperjans, F., 2016, I : Suomen lääkärilehti. 71, 35, s. 2102-2103 2 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelProfessionell

Öppen tillgång
Fil

Skin biomes

Fyhrquist, N. T., Salava, A., Auvinen, P. O. V. & Lauerma, A. I., 2016, I : Current Allergy and Asthma Reports. 16, 5, s. 40 7 s., 40.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Skin microbiome in melanomas and melanocytic nevi

Salava, A., Aho, V., Pereira, P., Koskinen, K., Paulin, L., Auvinen, P. & Lauerma, A., 2016, I : European Journal of Dermatology. 26, 1, s. 49-55 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2015

Advances in Biotechnology: Relation between the actinobacterial succession and microbial safety in aerobic waste treatment (composting).

Kumar, S. S., Hui, N., Kirsi, M., Dayanand, A., Auvinen, P., Laitinen, S. & Kontro, M., 2015, Advances in Biotechnology: Relation between the actinobacterial succession and microbial safety in aerobic waste treatment (composting).. Nawani, N. N., Khetmalas, M., Razdan, P. N. & Pandey, A. (red.). New Delhi: I.K. International Publishing House Pvt. Ltd., 12 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelProfessionell

Comparative Genomics and Characterization of Hybrid Shigatoxigenic and Enterotoxigenic Escherichia coli (STEC/ETEC) Strains

Nyholm, O., Halkilahti, J., Wiklund, G., Okeke, U., Paulin, L., Auvinen, P., Haukka, K. & Siitonen, A., 27 aug 2015, I : PLoS One. 10, 8, 17 s., 0135936.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil