Publikationer 1999 2019

2019

Developments and opportunities in fungal strain engineering for the production of novel enzymes and enzyme cocktails for plant biomass degradation

Kun, R., Gomes, A. C. S., Hilden, S. K., Salazar Cerezo, S., Mäkelä, M. R. & de Vries, R., 1 nov 2019, I : Biotechnology Advances. 37, 6-7, 16 s., 107361.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Draft genome sequences of three monokaryotic isolates of the white-rot basidiomycete fungus Dichomitus squalens

Casado López, S., Peng, M., Daly, P., Andreopoulos, B., Pangilinan, J., Lipzen, A., Riley, R., Ahrendt, S., Ng, V., Barry, K., Daum, C., Grigoriev, I. V., Hilden, S. K., Mäkelä, M. R. & de Vries, R. P., 2019, (!!Accepted/In press) I : Microbiology Resource Announcements.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Genome description of Phlebia radiata 79 with comparative genomics analysis on lignocellulose decomposition machinery of phlebioid fungi

Mäkinen, M., Kuuskeri, J., Laine, P., Smolander, O-P., Kovalchuk, A., Zeng, Z., Asiegbu, F., Paulin, L., Auvinen, P. & Lundell, T., 28 maj 2019, I : BMC Genomics. 20, 22 s., 430.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

On the role of hot water extraction as a pretreatment method in search for soft pulping methods for modern biorefineries

Sipilä, J., Hyväkkö, U., Maltari, R., Kakko, T-A., Kontro, J., Mikkilä, J. A., Kilpeläinen, P., Enqvist, E., Tikka, P., Hilden, K. & Nousiainen, P. A., 31 mar 2019, 257th American Chemical Society (ACS) : Chemistry for New Frontiers. Orlando, Florida, Vol. 257. s. 1 (257th American Chemical Society (ACS) National Meeting & Exposition: Chemistry for New Frontiers; vol. 257).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Progress and Research Needs of Plant Biomass Degradation by Basidiomycete Fungi

Mäkelä, M. R., Hilden, K., Kowalczyk, J. E. & Hatakka, A., 2019, Grand Challenges in Fungal Biotechnology. Nevalainen, H. (red.). Springer International Publishing

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

The presence of trace components significantly broadens the molecular response of Aspergillus niger to guar gum

Linares, N. C., Di Falco, M., Benoit-Gelber, I., Gruben, B. S., Peng, M., Tsang, A., Mäkelä, M. R. & de Vries, R. P., 25 jul 2019, I : New Biotechnology. 51, s. 57-66 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The white-rot basidiomycete Dichomitus squalens shows highly specific transcriptional response to lignocellulose-related aromatic compounds

Kowalczyk, J., Peng, M., Pawlowski, M., Lipzen, A., Ng, V., Singan, V., Wang, M., Grigoriev, I. V. & Mäkelä, M., 20 sep 2019, I : Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 7, 19 s., 229.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Basidiomycete Genomics

de Vries, R., Mäkelä, M. R., Hilden, S. K. & Kämper, J., mar 2018, I : Fungal Genetics and Biology. 112, 1, s. 1-1 1 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragLedareVetenskaplig

Biochemical characterization of laccases from the white-rot fungus Obba rivulosa

Kähkönen, M. A., Nousiainen, P. A., Kontro, J. H. S., Marinovic, M., Baig, I., Kamer, P., Sipilä, A. J., Mäkelä, M. R. & Hilden, S. K., 29 aug 2018, s. 32.

Forskningsoutput: KonferensbidragSammanfattningForskningPeer review

Öppen tillgång

Characterization of a feruloyl esterase from Aspergillus terreus facilitates the division of fungal enzymes from Carbohydrate Esterase family 1 of the carbohydrate-active enzymes (CAZy) database

Mäkelä, M. R., Dilokpimol, A., Koskela, S. M., Kuuskeri, J., de Vries, R. P. & Hilden, K., sep 2018, I : Microbial Biotechnology. 11, 5, s. 869-880 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Characterization of a feruloyl esterase from Aspergillus terreus facilitates the division of fungal enzymes from Carbohydrate Esterase family 1 of the CAZy database

Mäkelä, M. R., Dilokpimol, A., Koskela, S. M., Kuuskeri, J. T., de Vries, R. & Hilden, S. K., 2018, (!!Accepted/In press) I : Microbial Biotechnology.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Comparative analysis of basidiomycete transcriptomes reveals a core set of expressed genes encoding plant biomass degrading enzymes

Peng, M., Aguilar-Pontes, M. V., Hainaut, M., Henrissat, B., Hilden, K., Mäkelä, M. R. & de Vries, R. P., mar 2018, I : Fungal Genetics and Biology. 112, s. 40-46 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Dichomitus squalens partially tailors its molecular responses to the composition of solid wood

Daly, P., Lopez, S. C., Peng, M., Lancefield, C. S., Purvine, S. O., Kim, Y-M., Zink, E. M., Dohnalkova, A., Singan, V. R., Lipzen, A., Dilworth, D., Wang, M., Ng, V., Robinson, E., Orr, G., Baker, S. E., Bruijnincx, P. C. A., Hilden, K. S., Grigoriev, I. V., Mäkelä, M. R. & 1 andrade Vries, R. P., nov 2018, I : Environmental Microbiology. 20, 11, s. 4141-4156 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Draft genome sequence of the basidiomycete white-rot fungus Phlebia centrifuga

Mäkelä, M. R., Peng, M., Granchi, Z., Chin-A-Woeng, T., Hegi, R., van Pelt, S., Ahrendt, S., Riley, R., Heinaut, M., Henrissat, B., Grigoriev, I., de Vries, R. & Hilden, S. K., apr 2018, I : Genome Announcements. 6, 14, 2 s., UNSP e01414-17.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Efficient extraction method for high quality fungal RNA from complex lignocellulosic substrates

Mäkelä, M. R. & Hilden, S. K., 2018, Fungal Genomics: methods and protocols. de Vries, R. & Tsang, A. (red.). 2. red. New York: Humana press, Vol. 1775. s. 69-73 5 s. (Methods in Molecular Biology).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

Fungal feruloyl esterases: Functional validation of genome mining based enzyme discovery including uncharacterized subfamilies

Dilokpimol, A., Mäkelä, M. R., Varriale, S., Zhou, M., Cerullo, G., Gidijala, L., Hinkka, H. T., Brás, J. L. A., Jütten, P., Piechot, A., Verhaert, R., Hilden, S. K., Faraco, V. & de Vries, R., 2018, I : New Biotechnology. 41, s. 9-14 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Fungal glucuronoyl esterases: Genome mining based enzyme discovery and biochemical characterization

Dilokpimol, A., Makela, M. R., Cerullo, G., Zhou, M., Varriale, S., Gidijala, L., Bras, J. L. A., Jutten, P., Piechot, A., Verhaert, R., Faraco, V., Hilden, K. S. & de Vries, R. P., 25 jan 2018, I : New Biotechnology. 40, Part B, s. 282-287 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Genomic and exoproteomic diversity in plant biomass degradation approaches among Aspergilli

Mäkelä, M. R., Di Falco, M., McDonnell, E., Nguyen, T. T. M., Wiebenga, A., Hilden, S. K., Peng, M., Grigoriev, I. V., Tsang, A. & de Vries, R. P., sep 2018, I : Studies in Mycology. 91, s. 79-99 21 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genomic and genetic insights into a cosmopolitan fungus, Paecilomyces variotii (Eurotiales)

Urquhart, A., Mondo, S., Mäkelä, M. R., Hane, J., Wiebenga, A., He, G., Mihaltcheva, S., Pangilinan, J., Lipzen, A., Barry, K., de Vries, R., Grigoriev, I. V. & Idnurm, A., 13 dec 2018, I : Frontiers in Microbiology. 9, 21 s., 3058.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Investigation of inter- and intraspecies variation through genome sequencing of Aspergillus section Nigri

Vesth, T. C., Nybo, J. L., Theobald, S., Frisvad, J. C., Larsen, T. O., Nielsen, K. F., Hoof, J. B., Brandl, J., Salamov, A., Riley, R., Gladden, J. M., Phatale, P., Nielsen, M. T., Lyhne, E. K., Kogle, M. E., Strasser, K., McDonnell, E., Barry, K., Clum, A., Chen, C. & 18 andraLaButti, K., Haridas, S., Nolan, M., Sandor, L., Kuo, A., Hainaut, M., Drula, E., Tsang, A., Magnuson, J. K., Henrissat, B., Wiebenga, A., Simmons, B. A., Makela, M. R., de Vries, R. P., Grigoriev, I. V., Mortensen, U. H., Baker, S. E. & Andersen, M. R., dec 2018, I : Nature Genetics. 50, 12, s. 1688-1695

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

On the effect of hot-water pretreatment in the chemical pulping of wood and annual plants in microwave reactor

Hyväkkö, U. T., Kakko, T-A., Maltari, R. A., Kontro, J. H. S., Mikkilä, J. A., Kilpeläinen, P., Enqvist, E., Tikka, P., Nousiainen, P. A. & Sipilä, A. J., 2018, xxxx.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Puunlahottajat

Lundell, T. & Mäkelä, M., 2018, Sienten biologia. Timonen, S. & Valkonen, J. (red.). 2. red. Helsinki: Gaudeamus, s. 259-279

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelProfessionell

Role of Fungi in Wood Decay

Hildén, K. & Mäkelä, M. R., 26 apr 2018, Reference Module in Life Sciences. Roitberg, B. D. (red.). Elsevier, Vol. 2018.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

Search for production of high-quality lignin from technical lignins by enzymatic catalysis

Mikkilä, J. A., Kuuskeri, J. T., Mäkelä, M. R., Dekere, Z., Kontro, J. H. S., Nousiainen, P. A., Sipilä, A. J. & Hilden, S. K., 2018, Lign­o­Bi­otech 2018, the 5th Symposium of Bi­o­tech­no­logy Ap­plied to Ligno­cel­lu­loses.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

The physiology of Agaricus bisporus in semi-commercial compost cultivation appears to be highly conserved among unrelated isolates

Pontes, M. V. A., Patyshakuliyeva, A., Post, H., Jurak, E., Hilden, K., Altelaar, M., Heck, A., Kabel, M. A., de Vries, R. P. & Mäkelä, M. R., mar 2018, I : Fungal Genetics and Biology. 112, s. 12-20 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The Synthetic Potential of Fungal Feruloyl Esterases: A Correlation with Current Classification Systems and Predicted Structural Properties

Antonopoulou, I., Dilokpimol, A., Iancu, L., Mäkelä, M. R., Varriale, S., Cerullo, G., Huttner, S., Uthoff, S., Juetten, P., Piechot, A., Steinbuechel, A., Olsson, L., Faraco, V., Hilden, K. S., de Vries, R. P., Rova, U. & Christakopoulos, P., jun 2018, I : Catalysts. 8, 6, 22 s., 242.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2017

Comparative genomics reveals high biological diversity and specific adaptations in the industrially and medically important fungal genus Aspergillus

de Vries, R. P., Riley, R., Wiebenga, A., Aguilar-Osorio, G., Amillis, S., Akemi Uchima, C., Anderluh, G., Asadollahi, M., Askin, M., Barry, K., Battaglia, E., Bayram, Ö., Benocci, T., Braus-Stromeyer, S. A., Caldana, C., Cánovas, D., Cerqueira, G. C., Chen, F., Chen, W., Choi, C. & 97 andraClum, A., Corrêa dos Santos, R. A., de Lima Damásio, A. R., Diallinas, G., Emri, T., Fekete, E., Flipphi, M., Freyberg, S., Gallo, A., Gournas, C., Habgood, R., Hainaut, M., Harispe, M. L., Henrissat, B., Hilden, S. K., Hope, R., Hossain, A., Karabika, E., Karaffa, L., Karányi, Z., Kraševec, N., Kuo, A., Kusch, H., LaButti, K., Lagendijk, E. L., Lapidus, A., Levasseur, A., Lindquist, E., Lipzen, A., Logrieco, A. F., MacCabe, A., Mäkelä, M. R., Malavazi, I., Melin, P., Meyer, V., Mielnichuk, N., Miskei, M., Molnár, Á. P., Mulé, G., Ngan, C. Y., Orejas, M., Orosz, E., Ouedraogo, J. P., Overkamp, K. M., Park, H-S., Perrone, G., Piumi, F., Punt, P. J., Ram, A. F. J., Ramón, A., Rauscher, S., Record, E., Riaño-Pachón, D. M., Robert, V., Röhrig, J., Ruller, R., Salamov, A., Salih, N. S., Samson, R. A., Sándor, E., Sanguinetti, M., Schütze, T., Sepčić, K., Shelest, E., Sherlock, G., Sophianopoulou, V., Squina, F. M., Sun, H., Susca, A., Todd, R. B., Tsang, A., Unkles, S. E., van de Wiele, N., van Rossen-Uffink, D., Velasco de Castro Oliveira, J., Vesth, T. C., Visser, J., Yu, J-H., Zhou, M., Andersen, M. R., Archer, D. B., Baker, S. E., Benoit, I., Brakhage, A. A., Braus, G. H., Fischer, R., Frisvad, J. C., Goldman, G. H., Houbraken, J., Oakley, B., Pócsi, I., Scazzocchio, C., Seiboth, B., vanKuyk, P. A., Wortman, J., Dyer, P. S. & Grigoriev, I. V., 2017, I : Genome Biology. 18, 28, 45 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Cultivation of Podospora anserina on soybean hulls results in an efficient enzyme cocktail for plant biomass hydrolysis

Mäkelä, M. R., Bouzid, O., Robl, D., Post, H., Peng, M., Heck, A., Altelaar, M. & de Vries, R. P., 25 jul 2017, I : New Biotechnology. 37, s. 162-171 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Engineering towards catalytic use of fungal class-II peroxidases for dye-decolorizing and conversion of lignin model compounds

Lundell, T. K., Bentley, E., Hilden, S. K., Rytioja, J. T., Kuuskeri, J. T., Ufot, U. F., Nousiainen, P. A., Hofrichter, M., Wahlsten, M. P-V., Doyle, W. & Smith, A. T., 2017, I : Current Biotechnology. 6, 2, s. 116-117 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Expanding the feruloyl esterase gene family of Aspergillus niger by characterization of a feruloyl esterase, FaeC

Dilokpimol, A., Mäkelä, M. R., Mansouri, S., Belova, O., Waterstraat, M., Bunzel, M., de Vries, R. P. & Hilden, K. S., 25 jul 2017, I : New Biotechnology. 37, s. 200-209 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Functional diversity in Dichomitus squalens monokaryons

Lopez, S. C., Theelen, B., Manserra, S., Issak, T. Y., Rytioja, J., Makelä, M. R. & de Vries, R. P., jun 2017, I : IMA Fungus. 8, 1, s. 17-25 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Interactions affect hyphal growth and enzyme profiles in combinations of coniferous wood-decaying fungi of Agaricomycetes

Mali, T., Kuuskeri, J., Shah, F. & Lundell, T. K., 27 sep 2017, I : PLoS One. 12, 9, 21 s., e0185171.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Newtonian boreal forest ecology: The Scots pine ecosystem as an example

Hari, P., Aakala, T., Aalto, J., Back, J., Hollmen, J., Jogiste, K., Koupaei, K. K., Kahkonen, M. A., Korpela, M., Kulmala, L., Nikinmaa, E., Pumpanen, J., Salkinoja-Salonen, M., Schiestl-Aalto, P., Simojoki, A. & Havimo, M., 14 jun 2017, I : PLoS One. 12, 6, 27 s., 0177927.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Occurrence and function of enzymes for lignocellulose degradation in commercial Agaricus bisporus cultivation

Kabel, M. A., Jurak, E., Mäkelä, M. R. & de Vries, R. P., jun 2017, I : Applied Microbiology and Biotechnology. 101, 11, s. 4363-4369 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The draft genome sequence of the ascomycete fungus Penicillium subrubescens reveals a highly enriched content of plant biomass related CAZymes compared to related fungi

Peng, M., Dilokpirnol, A., Mäkelä, M. R., Hilden, K., Bervoets, S., Riley, R., Grigoriev, I. V., Hainaut, M., Henrissat, B., de Vries, R. P. & Granchi, Z., 20 mar 2017, I : Journal of Biotechnology. 246, s. 1-3 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The molecular response of the white-rot fungus Dichomitus squalens to wood and non-woody biomass as examined by transcriptome and exoproteome analyses

Rytioja, J., Hilden, K., Di Falco, M., Zhou, M., Aguilar-Pontes, M. V., Sietiö, O-M., Tsang, A., de Vries, R. & Mäkelä, M. R., 2017, I : Environmental Microbiology. 19, 3, s. 1237-1250 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2016

Diversity of fungal feruloyl esterases: updated phylogenetic classification, properties, and industrial applications

Dilokpimol, A., Mäkelä, M. R., Aguilar-Pontes, M. V., Benoit-Gelber, I., Hilden, S. K. & de Vries, R., 2016, I : Biotechnology for Biofuels. 9, s. 231 18 s., 231.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Draft Genome Sequence of the White-Rot Fungus Obba rivulosa 3A-2

Miettinen, O., Riley, R., Barry, K., Cullen, D., de Vries, R. P., Hainaut, M., Hatakka, A., Henrissat, B., Hildén, K., Kuo, R., LaButti, K., Lipzen, A., Mäkelä, M. R., Sandor, L., Spatafora, J. W., Grigoriev, I. V. & Hibbett, D. S., 2016, I : Genome Announcements. 4, 5, 2 s., e00976-16.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Enzymatic plant cell wall degradation by the white rot fungus Dichomitus squalens

Rytioja, J., 2016, Helsinki: University of Helsinki. 82 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Fungal degradation of plant oligo- and polysaccharides

de Vries, R. P., van den Brink, J., Hilden, K. S., Mäkelä, M. R. & Stålbrand, H., 2016, Handbook of Carbohydrate-Modifying Biocatalysts. Grunwald, P. (red.). 2. red. Singapore: Pan Stanford Publishing, s. 809-896 87 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

Fungal ligninolytic enzymes and their applications

Mäkelä, M. R., Bredeweg, EL., Magnuson, JK., Baker, SE., de Vries, R. & Hilden, S. K., 2016, I : Microbiology Spectrum. 4, 6, FUNK-0017-2016.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review