Publikationer 1999 2019

Filter
Artikel
2019

Cinnamic Acid and Sorbic acid Conversion Are Mediated by the Same Transcriptional Regulator in Aspergillus niger

Lubbers, R. J. M., Dilokpimol, A., Navarro, J., Peng, M., Wang, M., Lipzen, A., Ng, V., Grigoriev, I. V., Visser, J., Hildén, K. S. & de Vries, R. P., 2019, I : Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 7

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Draft genome sequences of three monokaryotic isolates of the white-rot basidiomycete fungus Dichomitus squalens

Casado López, S., Peng, M., Daly, P., Andreopoulos, B., Pangilinan, J., Lipzen, A., Riley, R., Ahrendt, S., Ng, V., Barry, K., Daum, C., Grigoriev, I. V., Hilden, S. K., Mäkelä, M. R. & de Vries, R. P., 2019, (!!Accepted/In press) I : Microbiology Resource Announcements.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genome description of Phlebia radiata 79 with comparative genomics analysis on lignocellulose decomposition machinery of phlebioid fungi

Mäkinen, M., Kuuskeri, J., Laine, P., Smolander, O-P., Kovalchuk, A., Zeng, Z., Asiegbu, F., Paulin, L., Auvinen, P. & Lundell, T., 28 maj 2019, I : BMC Genomics. 20, 22 s., 430.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The presence of trace components significantly broadens the molecular response of Aspergillus niger to guar gum

Linares, N. C., Di Falco, M., Benoit-Gelber, I., Gruben, B. S., Peng, M., Tsang, A., Mäkelä, M. R. & de Vries, R. P., 25 jul 2019, I : New Biotechnology. 51, s. 57-66 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The white-rot basidiomycete Dichomitus squalens shows highly specific transcriptional response to lignocellulose-related aromatic compounds

Kowalczyk, J., Peng, M., Pawlowski, M., Lipzen, A., Ng, V., Singan, V., Wang, M., Grigoriev, I. V. & Mäkelä, M., 20 sep 2019, I : Frontiers in Bioengineering and Biotechnology. 7, 19 s., 229.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2018

Characterization of a feruloyl esterase from Aspergillus terreus facilitates the division of fungal enzymes from Carbohydrate Esterase family 1 of the carbohydrate-active enzymes (CAZy) database

Mäkelä, M. R., Dilokpimol, A., Koskela, S. M., Kuuskeri, J., de Vries, R. P. & Hilden, K., sep 2018, I : Microbial Biotechnology. 11, 5, s. 869-880 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Characterization of a feruloyl esterase from Aspergillus terreus facilitates the division of fungal enzymes from Carbohydrate Esterase family 1 of the CAZy database

Mäkelä, M. R., Dilokpimol, A., Koskela, S. M., Kuuskeri, J. T., de Vries, R. & Hilden, S. K., 2018, (!!Accepted/In press) I : Microbial Biotechnology.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Comparative analysis of basidiomycete transcriptomes reveals a core set of expressed genes encoding plant biomass degrading enzymes

Peng, M., Aguilar-Pontes, M. V., Hainaut, M., Henrissat, B., Hilden, K., Mäkelä, M. R. & de Vries, R. P., mar 2018, I : Fungal Genetics and Biology. 112, s. 40-46 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Dichomitus squalens partially tailors its molecular responses to the composition of solid wood

Daly, P., Lopez, S. C., Peng, M., Lancefield, C. S., Purvine, S. O., Kim, Y-M., Zink, E. M., Dohnalkova, A., Singan, V. R., Lipzen, A., Dilworth, D., Wang, M., Ng, V., Robinson, E., Orr, G., Baker, S. E., Bruijnincx, P. C. A., Hilden, K. S., Grigoriev, I. V., Mäkelä, M. R. & 1 andrade Vries, R. P., nov 2018, I : Environmental Microbiology. 20, 11, s. 4141-4156 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Draft genome sequence of the basidiomycete white-rot fungus Phlebia centrifuga

Mäkelä, M. R., Peng, M., Granchi, Z., Chin-A-Woeng, T., Hegi, R., van Pelt, S., Ahrendt, S., Riley, R., Heinaut, M., Henrissat, B., Grigoriev, I., de Vries, R. & Hilden, S. K., apr 2018, I : Genome Announcements. 6, 14, 2 s., UNSP e01414-17.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Fungal feruloyl esterases: Functional validation of genome mining based enzyme discovery including uncharacterized subfamilies

Dilokpimol, A., Mäkelä, M. R., Varriale, S., Zhou, M., Cerullo, G., Gidijala, L., Hinkka, H. T., Brás, J. L. A., Jütten, P., Piechot, A., Verhaert, R., Hilden, S. K., Faraco, V. & de Vries, R., 25 mar 2018, I : New Biotechnology. 41, s. 9-14 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Fungal glucuronoyl esterases: Genome mining based enzyme discovery and biochemical characterization

Dilokpimol, A., Makela, M. R., Cerullo, G., Zhou, M., Varriale, S., Gidijala, L., Bras, J. L. A., Jutten, P., Piechot, A., Verhaert, R., Faraco, V., Hilden, K. S. & de Vries, R. P., 25 jan 2018, I : New Biotechnology. 40, Part B, s. 282-287 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genomic and exoproteomic diversity in plant biomass degradation approaches among Aspergilli

Mäkelä, M. R., Di Falco, M., McDonnell, E., Nguyen, T. T. M., Wiebenga, A., Hilden, S. K., Peng, M., Grigoriev, I. V., Tsang, A. & de Vries, R. P., sep 2018, I : Studies in Mycology. 91, s. 79-99 21 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genomic and genetic insights into a cosmopolitan fungus, Paecilomyces variotii (Eurotiales)

Urquhart, A., Mondo, S., Mäkelä, M. R., Hane, J., Wiebenga, A., He, G., Mihaltcheva, S., Pangilinan, J., Lipzen, A., Barry, K., de Vries, R., Grigoriev, I. V. & Idnurm, A., 13 dec 2018, I : Frontiers in Microbiology. 9, 21 s., 3058.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Investigation of inter- and intraspecies variation through genome sequencing of Aspergillus section Nigri

Vesth, T. C., Nybo, J. L., Theobald, S., Frisvad, J. C., Larsen, T. O., Nielsen, K. F., Hoof, J. B., Brandl, J., Salamov, A., Riley, R., Gladden, J. M., Phatale, P., Nielsen, M. T., Lyhne, E. K., Kogle, M. E., Strasser, K., McDonnell, E., Barry, K., Clum, A., Chen, C. & 18 andraLaButti, K., Haridas, S., Nolan, M., Sandor, L., Kuo, A., Hainaut, M., Drula, E., Tsang, A., Magnuson, J. K., Henrissat, B., Wiebenga, A., Simmons, B. A., Makela, M. R., de Vries, R. P., Grigoriev, I. V., Mortensen, U. H., Baker, S. E. & Andersen, M. R., dec 2018, I : Nature Genetics. 50, 12, s. 1688-1695

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The physiology of Agaricus bisporus in semi-commercial compost cultivation appears to be highly conserved among unrelated isolates

Pontes, M. V. A., Patyshakuliyeva, A., Post, H., Jurak, E., Hilden, K., Altelaar, M., Heck, A., Kabel, M. A., de Vries, R. P. & Mäkelä, M. R., mar 2018, I : Fungal Genetics and Biology. 112, s. 12-20 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The Synthetic Potential of Fungal Feruloyl Esterases: A Correlation with Current Classification Systems and Predicted Structural Properties

Antonopoulou, I., Dilokpimol, A., Iancu, L., Mäkelä, M. R., Varriale, S., Cerullo, G., Huttner, S., Uthoff, S., Juetten, P., Piechot, A., Steinbuechel, A., Olsson, L., Faraco, V., Hilden, K. S., de Vries, R. P., Rova, U. & Christakopoulos, P., jun 2018, I : Catalysts. 8, 6, 22 s., 242.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2017

Comparative genomics reveals high biological diversity and specific adaptations in the industrially and medically important fungal genus Aspergillus

de Vries, R. P., Riley, R., Wiebenga, A., Aguilar-Osorio, G., Amillis, S., Akemi Uchima, C., Anderluh, G., Asadollahi, M., Askin, M., Barry, K., Battaglia, E., Bayram, Ö., Benocci, T., Braus-Stromeyer, S. A., Caldana, C., Cánovas, D., Cerqueira, G. C., Chen, F., Chen, W., Choi, C. & 97 andraClum, A., Corrêa dos Santos, R. A., de Lima Damásio, A. R., Diallinas, G., Emri, T., Fekete, E., Flipphi, M., Freyberg, S., Gallo, A., Gournas, C., Habgood, R., Hainaut, M., Harispe, M. L., Henrissat, B., Hilden, S. K., Hope, R., Hossain, A., Karabika, E., Karaffa, L., Karányi, Z., Kraševec, N., Kuo, A., Kusch, H., LaButti, K., Lagendijk, E. L., Lapidus, A., Levasseur, A., Lindquist, E., Lipzen, A., Logrieco, A. F., MacCabe, A., Mäkelä, M. R., Malavazi, I., Melin, P., Meyer, V., Mielnichuk, N., Miskei, M., Molnár, Á. P., Mulé, G., Ngan, C. Y., Orejas, M., Orosz, E., Ouedraogo, J. P., Overkamp, K. M., Park, H-S., Perrone, G., Piumi, F., Punt, P. J., Ram, A. F. J., Ramón, A., Rauscher, S., Record, E., Riaño-Pachón, D. M., Robert, V., Röhrig, J., Ruller, R., Salamov, A., Salih, N. S., Samson, R. A., Sándor, E., Sanguinetti, M., Schütze, T., Sepčić, K., Shelest, E., Sherlock, G., Sophianopoulou, V., Squina, F. M., Sun, H., Susca, A., Todd, R. B., Tsang, A., Unkles, S. E., van de Wiele, N., van Rossen-Uffink, D., Velasco de Castro Oliveira, J., Vesth, T. C., Visser, J., Yu, J-H., Zhou, M., Andersen, M. R., Archer, D. B., Baker, S. E., Benoit, I., Brakhage, A. A., Braus, G. H., Fischer, R., Frisvad, J. C., Goldman, G. H., Houbraken, J., Oakley, B., Pócsi, I., Scazzocchio, C., Seiboth, B., vanKuyk, P. A., Wortman, J., Dyer, P. S. & Grigoriev, I. V., 2017, I : Genome Biology. 18, 28, 45 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Cultivation of Podospora anserina on soybean hulls results in an efficient enzyme cocktail for plant biomass hydrolysis

Mäkelä, M. R., Bouzid, O., Robl, D., Post, H., Peng, M., Heck, A., Altelaar, M. & de Vries, R. P., 25 jul 2017, I : New Biotechnology. 37, s. 162-171 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Engineering towards catalytic use of fungal class-II peroxidases for dye-decolorizing and conversion of lignin model compounds

Lundell, T. K., Bentley, E., Hilden, S. K., Rytioja, J. T., Kuuskeri, J. T., Ufot, U. F., Nousiainen, P. A., Hofrichter, M., Wahlsten, M. P-V., Doyle, W. & Smith, A. T., 2017, I : Current Biotechnology. 6, 2, s. 116-117 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Expanding the feruloyl esterase gene family of Aspergillus niger by characterization of a feruloyl esterase, FaeC

Dilokpimol, A., Mäkelä, M. R., Mansouri, S., Belova, O., Waterstraat, M., Bunzel, M., de Vries, R. P. & Hilden, K. S., 25 jul 2017, I : New Biotechnology. 37, s. 200-209 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Functional diversity in Dichomitus squalens monokaryons

Lopez, S. C., Theelen, B., Manserra, S., Issak, T. Y., Rytioja, J., Makelä, M. R. & de Vries, R. P., jun 2017, I : IMA Fungus. 8, 1, s. 17-25 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Interactions affect hyphal growth and enzyme profiles in combinations of coniferous wood-decaying fungi of Agaricomycetes

Mali, T., Kuuskeri, J., Shah, F. & Lundell, T. K., 27 sep 2017, I : PLoS One. 12, 9, 21 s., e0185171.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Newtonian boreal forest ecology: The Scots pine ecosystem as an example

Hari, P., Aakala, T., Aalto, J., Back, J., Hollmen, J., Jogiste, K., Koupaei, K. K., Kahkonen, M. A., Korpela, M., Kulmala, L., Nikinmaa, E., Pumpanen, J., Salkinoja-Salonen, M., Schiestl-Aalto, P., Simojoki, A. & Havimo, M., 14 jun 2017, I : PLoS One. 12, 6, 27 s., 0177927.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The draft genome sequence of the ascomycete fungus Penicillium subrubescens reveals a highly enriched content of plant biomass related CAZymes compared to related fungi

Peng, M., Dilokpirnol, A., Mäkelä, M. R., Hilden, K., Bervoets, S., Riley, R., Grigoriev, I. V., Hainaut, M., Henrissat, B., de Vries, R. P. & Granchi, Z., 20 mar 2017, I : Journal of Biotechnology. 246, s. 1-3 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The molecular response of the white-rot fungus Dichomitus squalens to wood and non-woody biomass as examined by transcriptome and exoproteome analyses

Rytioja, J., Hilden, K., Di Falco, M., Zhou, M., Aguilar-Pontes, M. V., Sietiö, O-M., Tsang, A., de Vries, R. & Mäkelä, M. R., 2017, I : Environmental Microbiology. 19, 3, s. 1237-1250 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2016

Draft Genome Sequence of the White-Rot Fungus Obba rivulosa 3A-2

Miettinen, O., Riley, R., Barry, K., Cullen, D., de Vries, R. P., Hainaut, M., Hatakka, A., Henrissat, B., Hildén, K., Kuo, R., LaButti, K., Lipzen, A., Mäkelä, M. R., Sandor, L., Spatafora, J. W., Grigoriev, I. V. & Hibbett, D. S., 2016, I : Genome Announcements. 4, 5, 2 s., e00976-16.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Penicillium subrubescens is a promising alternative for Aspergillus niger in enzymatic plant biomass saccharification

Mäkelä, M. R., Mansouri, S., Wiebenga, A., Rytioja, J., de Vries, R. P. & Hilden, K. S., 25 dec 2016, I : New Biotechnology. 33, 6, s. 834-841 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2015

Closely related fungi employ diverse enzymatic strategies to degrade plant biomass

Benoit, I., Culleton, H., Zhou, M., DiFalco, M., Aguilar-Osorio, G., Battaglia, E., Bouzid, O., Brouwer, C. P. J. M., El-Bushari, H. B. O., Coutinho, P. M., Gruben, B. S., Hildén, S. K., Houbraken, J., Jimenez Barboza, L. A., Levasseur, A., Majoor, E., Mäkelä, M. R., Narang, H-M., Trejo-Aguilar, B., van den Brink, J. & 7 andravanKuyk, P. A., Wiebenga, A., McKie, V., McCleary, B., Tsang, A., Henrissat, B. & de Vries, R. P., 1 aug 2015, I : Biotechnology for Biofuels. 8, 14 s., 107.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Fungal colonisation and moisture uptake of torrefied wood, charcoal, and thermally treated pellets during storage

Kymäläinen, M., Mäkelä, M. R., Hilden, K. & Kukkonen, J., nov 2015, I : European Journal of Wood and Wood Products. 73, 6, s. 709-717 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Respiration rate determinations suggest Heterobasidion parviporum subpopulations have potential to adapt to global warming

Müller, M., Hamberg, L., Kuuskeri, J. T., LaPorta, N., Pavlov, I. & Korhonen, K., 2015, I : Forest Pathology. 45, 6, s. 515-524 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Saccharification of lignocelluloses by carbohydrate active enzymes of the white rot fungus Dichomitus squalens

Rytioja, J. T., Hilden, S. K., Mäkinen, S., Vehmaanperä, J., Hatakka, A. I. & Mäkelä, M. R., 14 dec 2015, I : PLoS One. 10, 12, 13 s., e0145166.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Uncovering the abilities of Agaricus bisporus to degrade plant biomass throughout its life cycle

Patyshakuliyeva, A., Post, H., Zhou, M., Jurak, E., Heck, A. J. R., Hilden, S. K., Kabel, M. A., Mäkelä, M. R., Altelaar, M. A. F. & de Vries, R. P., 2015, I : Environmental Microbiology. 17, 8, s. 3098-3109 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2014

An improved and reproducible protocol for the extraction of high quality fungal RNA from plant biomass substrates

Patyshakuliyeva, A., Mäkelä, M., Sietiö, O-M., de Vries, R. & Hilden, K., 2014, I : Fungal Genetics and Biology. 72, s. 201-206 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Biochemical and molecular characterization of an atypical manganese peroxidase of the litter-decomposing fungus Agrocybe praecox

Hilden, K., Mäkelä, M., Steffen, K., Hofrichter, M., Hatakka, A., Archer, D. & Lundell, T., 2014, I : Fungal Genetics and Biology. 2014, 72, s. 131-136 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Carbohydrate-Binding Modules of Fungal Cellulases: Occurrence in Nature, Function, and Relevance in Industrial Biomass Conversion

Varnai, A., Mäkelä, M. R., Djajadi, D. T., Rahikainen, J., Hatakka, A. & Viikari, L., 2014, I : Advances in Applied Microbiology. 88, s. 103-165 63 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Editorial: Plant biomass degradation by fungi

Mäkelä, M. R., Donofrio, N. & de Vries, R., 2014, I : Fungal Genetics and Biology. 72, s. 1 1 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskaplig

Öppen tillgång

Mitochondrial Genome of Phlebia radiata Is the Second Largest (156 kbp) among Fungi and Features Signs of Genome Flexibility and Recent Recombination Events

Salavirta, H., Oksanen, I., Kuuskeri, J., Makela, M., Laine, P., Paulin, L. & Lundell, T., 13 maj 2014, I : PLoS One. 9, 5, 15 s., e97141.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Oxalate-Metabolising Genes of the White-Rot Fungus Dichomitus squalens Are Differentially Induced on Wood and at High Proton Concentration

Makela, M. R., Sietiö, O-M., de Vries, R. P., Timonen, S. & Hilden, K., 5 feb 2014, I : PLoS One. 9, 2, 11 s., 87959.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Predicting the activity of Heterobasidion parviporum on Norway spruce in warming climate from its respiration rate at different temperatures

Muller, M. M., Sievanen, R., Beuker, E., Meesenburg, H., Kuuskeri, J., Hamberg, L. & Korhonen, K., 2014, I : Forest Pathology. 44, 4, s. 325-336 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review