Antti Honkela / Ansvarig forskare

Publikationer

Forskningsresultat per år 2011 2011 2014 2015 2016 2018 2019 2021 2022 2023

• 22 Artikel
• 8 Konferensbidrag
• 4 Kapitel
• 1 Mötesabstrakt
• 1 Mer
  • 1 Konferensartikel

Forskningsresultat per år

Forskningsresultat per år

Sökresultat

• 2023

  Digital public health leadership in the global fight for health security

  AlKnawy, B., Kozlakidis, Z., Tarkoma, S., Bates, D., Honkela, A., Crooks, G., Rhee, K. & McKillop, M., feb. 2023, I: BMJ global health. 8, 2, 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2022

  d3p - A Python Package for Differentially-Private Probabilistic Programming

  Prediger, L., Loppi, N., Kaski, S. & Honkela, A., 2022, I: Proceedings on Privacy Enhancing Technologies. 2022, 2, s. 407-425

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Konferensartikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Differentially private partitioned variational inference

  Heikkilä, M., Ashman, M., Swaroop, S., Turner, R. E. & Honkela, A., 2022, (Insänt) I: Transactions on machine learning research.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Tekoälystä tietoturvallista

  Honkela, A., 2022, Tekoälyratkaisut tänään ja tulevaisuudessa. Eduskunnan tulevaisuusvaliokunta, s. 121-127 (Eduskunnan tulevaisuusvaliokunnan julkaisuja).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Kapitel › Allmänheten

  Öppen tillgång

  Fil
• 2021

  A LONGITUDINAL GENOMIC AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF CLOSTRIDIUM BOTULINUM ISOLATED FROM AN INFANT BOTULISM CASE

  Douillard, F. P., Derman, Y., Woudstra, C., Selby, K., Mäklin, T., Honkela, A., Korkeala, H. & Lindstrom, M., jan. 2021, I: Toxicon. 190, s. S17-S17 1 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Mötesabstrakt › Peer review

• Closing Clostridium botulinum Group III Genomes Using Long-Read Sequencing

  Woudstra, C., Mäklin, T., Derman, Y., Bano, L., Skarin, H., Mazuet, C., Honkela, A. & Lindström, M., juni 2021, I: Microbiology Resource Announcements. 10, 22, 4 s., e01364-20.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Differentially Private Bayesian Inference for Generalized Linear Models

  Kulkarni, T., Jälkö, J., Koskela, A., Kaski, S. & Honkela, A., 2021, Proceedings of the 38th International Conference on Machine Learning, PMLR. Meila, M. & Zhang, T. (red.). Journal of Machine Learning Research, s. 5838-5849 12 s. (Proceedings of Machine Learning Research; vol. 139).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Privacy-preserving data sharing via probabilistic modeling

  Jalko, J., Lagerspetz, E., Haukka, J., Tarkoma, S., Honkela, A. & Kaski, S., 9 juli 2021, I: Patterns. 2, 7, 10 s., 100271.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Tight Differential Privacy for Discrete-Valued Mechanisms and for the Subsampled Gaussian Mechanism Using FFT

  Koskela, A., Jalko, J., Prediger, L. & Honkela, A., 2021, 24th International Conference on Artificial Intelligence and Statistics (AISTATS). Banerjee, A. & Fukumizu, K. (red.). Microtome Publishing, 10 s. (Proceedings of Machine Learning Research; vol. 130).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2020

  Computing Tight Differential Privacy Guarantees Using FFT

  Koskela, A., Jälkö, J. & Honkela, A., juni 2020, Proceedings of the Twenty Third International Conference on Artificial Intelligence and Statistics. AISTATS, s. 2560-2569 10 s. (Proceedings of Machine Learning Research; vol. 108).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Learning Rate Adaptation for Differentially Private Learning

  Koskela, A. & Honkela, A., juni 2020, Proceedings of the 23rd International Conference on Artificial Intelligence and Statistics. AISTATS, s. 2465-2475 10 s. (Proceedings of Machine Learning Research; vol. 108).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2019

  Differentially private Markov chain Monte Carlo

  Heikkilä, M., Jälkö, J., Dikmen, O. & Honkela, A., 2019, Advances in Neural Information Processing Systems 32. Wallach, H., Larochelle, H., Beygelzimer, A., d'Alché-Buc, F., Fox, E. & Garnett, R. (red.). Maryland Heights, MO: NEURAL INFORMATION PROCESSING SYSTEMS (NIPS), 11 s. (Advances in Neural Information Processing Systems; vol. 32).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Representation transfer for differentially private drug sensitivity prediction

  Niinimäki, T., Heikkilä, M. A., Honkela, A. & Kaski, S., 5 juli 2019, I: Bioinformatics. 35, 14, s. i218-i224 7 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Seasonal Variation in Genome-Wide DNA Methylation Patterns and the Onset of Seasonal Timing of Reproduction in Great Tits

  Viitaniemi, H. M., Verhagen, I., Visser, M. E., Honkela, A., van Oers, K. & Husby, A., mars 2019, I: Genome Biology and Evolution. 11, 3, s. 970-983 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2018

  Efficient differentially private learning improves drug sensitivity prediction

  Honkela, A., Das, M., Nieminen, A., Dikmen, O. & Kaski, S., 6 feb. 2018, I: Biology Direct. 13, 12 s., 1.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• GPrank: an R package for detecting dynamic elements from genome-wide time series

  Topa, H. & Honkela, A., 4 okt. 2018, I: BMC Bioinformatics. 19, 6 s., 367.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Identifying Bacterial Strains from Sequencing Data

  Mäklin, T., Corander, J. & Honkela, A., 2018, Data Mining for Systems Biology: Methods and Protocols. Mamitsuka, H. (red.). 2 red. New York, NY: Humana press, s. 1-7 7 s. (Methods in Molecular Biology; vol. 1807).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Kapitel › Vetenskaplig › Peer review
• 2017

  Differentially private Bayesian learning on distributed data

  Heikkila, M., Lagerspetz, E., Kaski, S., Shimizu, K., Tarkoma, S. & Honkela, A., 2017, Advances in Neural Information Processing Systems 30 (NIPS 2017). Guyon, I., Luxburg, U. V., Bengio, S., Wallach, H., Fergus, R., Vishwanathan, S. & Garnett, R. (red.). NEURAL INFORMATION PROCESSING SYSTEMS (NIPS), Vol. 30. 10 s. (Advances in Neural Information Processing Systems; vol. 30).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Predicting stimulation-dependent enhancer-promoter interactions from ChIP-Seq time course data

  Dzida, T., Iqbal, M., Charapitsa, I., Reid, G., Stunnenberg, H., Matarese, F., Grote, K., Honkela, A. & Rattray, M., 28 sep. 2017, I: PeerJ. 5, 23 s., 3742.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2016

  Analysis of differential splicing suggests different modes of short-term splicing regulation

  Topa, H. & Honkela, A., 15 juni 2016, I: Bioinformatics. 32, 12, s. 147-155 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Bayesian identification of bacterial strains from sequencing data

  Sankar, A., Malone, B. M., Bayliss, S. C., Pascoe, B., Méric, G., Hitchings, M. D., Sheppard, S. K., Feil, E. J., Corander, J. I. & Honkela, A. J. H., 25 aug. 2016, I: Microbial Genomics. 2, 8, 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• On the inconsistency of ℓ1-penalised sparse precision matrix estimation

  Heinävaara, O., Leppä-Aho, J., Corander, J. & Honkela, A., 13 dec. 2016, I: BMC Bioinformatics. 17, Suppl 16, s. 99-107 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• RNA Production Delays Shape Transcriptional Response Dynamics

  Honkela, A. J. H. & Rattray, M., 25 maj 2016, I: Cell Systems. 2, 5, s. 291 1 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig

  Öppen tillgång

• Sequence element enrichment analysis to determine the genetic basis of bacterial phenotypes

  Lees, J. A., Vehkala, M., Välimäki, N., Harris, S. R., Chewapreecha, C., Croucher, N. J., Marttinen, P., Davies, M. R., Steer, A. C., Tong, S. Y. C., Honkela, A., Parkhill, J., Bentley, S. & Corander, J., 16 sep. 2016, I: Nature Communications. 7, 8 s., 12797.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2015

  Fast and accurate approximate inference of transcript expression from RNA-seq data

  Hensman, J., Papastamoulis, P., Glaus, P., Honkela, A. J. H. & Rattray, M., 15 dec. 2015, I: Bioinformatics. 31, 24, s. 3881-3889 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Gaussian process modelling of multiple short time series

  Topa, H. & Honkela, A. J. H., 2015, ESANN 2015: Proceedings of the 23rd European Symposium on Artificial Neural Networks, Computational Intelligence and Machine Learning. ESANN, s. 83-88 6 s.

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

• Gaussian process test for high-throughput sequencing time series: application to experimental evolution

  Topa, H., Jonas, A., Kofler, R., Kosiol, C. & Honkela, A., 1 juni 2015, I: Bioinformatics. 31, 11, s. 1762-1770 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Genome-wide modeling of transcription kinetics reveals patterns of RNA production delays

  Honkela, A., Peltonen, J., Topa, H., Charapitsa, I., Matarese, F., Grote, K., Stunnenberg, H. G., Reid, G., Lawrence, N. D. & Rattray, M., 20 okt. 2015, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112, 42, s. 13115-13120 6 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Probe Region Expression Estimation for RNA-Seq Data for Improved Microarray Comparability

  Uziela, K. & Honkela, A., 12 maj 2015, I: PLoS One. 10, 5, 18 s., 0126545.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2014

  A community effort to assess and improve drug sensitivity prediction algorithms

  Costello, J. C., Heiser, L. M., Georgii, E., Gonen, M., Menden, M. P., Wang, N. J., Bansal, M., Ammad-ud-din, M., Hintsanen, P., Khan, S. A., Mpindi, J-P., Kallioniemi, O., Honkela, A., Aittokallio, T., Wennerberg, K., Collins, J. J., Gallahan, D., Singer, D., Saez-Rodriguez, J., Kaski, S., & 3 andraGray, J. W., Stolovitzky, G. & NCI DREAM Community, dec. 2014, I: Nature Biotechnology. 32, 12, s. 1202-U57 13 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Exploration and retrieval of whole-metagenome sequencing samples

  Seth, S., Valimaki, N., Kaski, S. & Honkela, A., 1 sep. 2014, I: Bioinformatics. 30, 17, s. 2471-2479 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Inference of RNA Polymerase II Transcription Dynamics from Chromatin Immunoprecipitation Time Course Data

  wa Maina, C., Honkela, A., Matarese, F., Grote, K., Stunnenberg, H. G., Reid, G., Lawrence, N. D. & Rattray, M., maj 2014, I: PLoS Computational Biology. 10, 5, 17 s., e1003598.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2011

  A Generative Approach for Image-Based Modeling of Tumor Growth

  Menze, B. H., Van Leemput, K., Honkela, A., Konukoglu, E., Weber, M-A., Ayache, N. & Golland, P., 2011, Information Processing in Medical Imaging: 22nd International Conference, IPMI 2011, Kloster Irsee, Germany, July 3-8, 2011. Proceedings. Székely, G. & Hahn, H. K. (red.). Springer-Verlag, s. 735-747 13 s. (Lecture Notes in Computer Science; vol. 6801).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

• Enemmän vai laadukkaammin

  Honkela, A., 2011, Kirjeitä nuorelle tutkijalle: kannanottoja tutkijan arjesta. Paso, M. (red.). Helsinki: Suomalainen Tiedeakatemia, s. 38-42 5 s. (Suomalaisen Tiedeakatemian kannanottoja; vol. 3).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Kapitel › Allmänheten

• Gaussian Process Inference for Differential Equation Models of Transcriptional Regulation

  Lawrence, N., Rattray, M., Honkela, A. & Titsias, M., 2011, Handbook of Statistical Systems Biology. Stumpf, M. P. H., Balding, D. J. & Girolami, M. (red.). John Wiley & Sons Ltd. , s. 376-394 19 s.

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Kapitel › Vetenskaplig › Peer review

• Missing-Feature Reconstruction With a Bounded Nonlinear State-Space Model

  Remes, U., Palomaki, K. J., Raiko, T., Honkela, A. & Kurimo, M., 2011, I: IEEE Signal Processing Letters. 18, 10, s. 563-566 4 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review