Publikationer 1994 2019

2019

ALDH1A1-related stemness in high-grade serous ovarian cancer is a negative prognostic indicator but potentially targetable by EGFR/mTOR-PI3K/aurora kinase inhibitors

Kaipio, K., Chen, P., Roering, P., Huhtinen, K., Mikkonen, P., Östling, P., Lehtinen, L., Mansuri, N., Korpela, T., Potdar, S., Hynninen, J., Auranen, A., Grénman, S., Wennerberg, K., Hautaniemi, S. & Carpén, O., 9 okt 2019, I : Journal of Pathology. n/a, n/a

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Anagrelide for Gastrointestinal Stromal Tumor

Pulkka, O-P., Gebreyohannes, Y. K., Wozniak, A., Mpindi, J-P., Tynninen, O., Icay, K., Cervera, A., Keskitalo, S., Murumägi, A., Kulesskiy, E., Laaksonen, M., Wennerberg, K., Varjosalo, M., Laakkonen, P., Lehtonen, R., Hautaniemi, S., Kallioniemi, O., Schöffski, P., Sihto, H. & Joensuu, H., 1 mar 2019, I : Clinical Cancer Research. 25, 5, s. 1676-1687 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Anduril 2: Upgraded large-scale data integration framework

Cervera, A., Rantanen, V., Ovaska, K., Laakso, M., Nuñez-Fontarnau, J., Alkodsi, A., Casado, J., Facciotto, C., Häkkinen, A., Louhimo, R., Karinen, S., Zhang, K., Lavikka, K., Lyly, L., Pal Singh, M. & Hautaniemi, S., 2019, I : Bioinformatics. 35, 19, s. 3815-3817 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Biomarkers and targeted therapies for ovarian granulosa cell tumors

Haltia, U-M., 2019, Helsinki: [U.-M. Haltia]. 93 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandling

Öppen tillgång

Biopankit yksilöllistetyn lääkehoidon apuna

Carpen, O., 2019, I : Sic! Lääketietoa Fimeasta. 9, 3-4, s. 14-15 2 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelProfessionell

BRAF immunohistochemistry predicts sentinel lymph node involvement in intermediate thickness melanomas

Manninen, A. A., Gardberg, M., Juteau, S., Ilmonen, S., Jukonen, J., Andersson, N. & Carpen, O., 30 apr 2019, I : PLoS One. 14, 4, 13 s., 0216043.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Breast cancer outcome prediction with tumour tissue images and machine learning

Turkki, R., Byckhov, D., Lundin, M., Isola, J., Nordling, S., Kovanen, P. E., Verrill, C., von Smitten, K., Joensuu, H., Lundin, J. & Linder, N., aug 2019, I : Breast Cancer Research and Treatment. 177, 1, s. 41-52 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

CA 19-9 doubling time in pancreatic cancer as a predictor of venous thromboembolism: a hospital database study

Peippo, M. H., Kurki, S., Seppänen, H., Lassila, R. & Carpen, O., 24 okt 2019, I : Acta Oncologica. 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragBrevVetenskaplig

CDX2 Loss With Microsatellite Stable Phenotype Predicts Poor Clinical Outcome in Stage II Colorectal Carcinoma

Slik, K., Turkki, R., Carpen, O., Kurki, S., Korkeila, E., Sundström, J. & Pellinen, T., nov 2019, I : American Journal of Surgical Pathology. 43, 11, s. 1473-1482 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Circulating Tumor Biomarkers in Meningiomas Reveal a Signature of Equilibrium Between Tumor Growth and Immune Modulation

Erkan, E. P., Ströbel, T., Dorfer, C., Sonntagbauer, M., Weinhäusel, A., Saydam, N. & Saydam, O., 10 okt 2019, I : Frontiers in oncology . 9

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Clinical features and outcome of the patients with sinonasal tract diffuse large B-cell lymphoma in the pre-rituximab and rituximab eras

Vähämurto, P., Mannisto, S., Pollari, M., Karjalainen-Lindsberg, M-L., Mäkitie, A. A. & Leppä, S., jun 2019, I : European Journal of Haematology. 102, 6, s. 457-464 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Combined epithelial marker analysis of tumour budding in stage II colorectal cancer

Slik, K., Blom, S., Turkki, R., Välimäki, K., Kurki, S., Mustonen, H., Haglund, C., Carpén, O., Kallioniemi, O., Korkeila, E., Sundström, J. & Pellinen, T., jan 2019, I : The Journal of Pathology: Clinical Research. 5, 1, s. 63-78 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Combined gene essentiality scoring improves the prediction of cancer dependency maps

Wang, W., Malyutina, A., Pessia, A., Saarela, J., Heckman, C. A. & Tang, J., 12 nov 2019, I : EBioMedicine.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Computational investigation of cancer genomes

Alkodsi, A., 2019, Helsinki: [A. Alkodsi]. 50 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandling

Öppen tillgång

Cost-effective survival prediction for patients with advanced prostate cancer using clinical trial and real-world hospital registry datasets

Murtojärvi, M., Halkola, A. S., Airola, A., Laajala, T. D., Mirtti, T., Aittokallio, T. & Pahikkala, T., 17 nov 2019, I : International Journal of Medical Informatics.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Critical questions in ovarian cancer research and treatment: Report of an American Association for Cancer Research Special Conference

Bast, R. C., Matulonis, U. A., Sood, A. K., Ahmed, A. A., Amobi, A. E., Balkwill, F. R., Wielgos-Bonvallet, M., Bowtell, D. D. L., Brenton, J. D., Brugge, J. S., Coleman, R. L., Draetta, G. F., Doberstein, K., Drapkin, R. I., Eckert, M. A., Edwards, R. P., Elias, K. M., Ennis, D., Futreal, A., Gershenson, D. M. & 23 andra, Greenberg, R. A., Huntsman, D. G., Ji, J. X. Y., Kohn, E. C., Iavarone, C., Lengyel, E. R., Levine, D. A., Lord, C. J., Lu, Z., Mills, G. B., Modugno, F., Nelson, B. H., Odunsi, K., Pilsworth, J. A., Rottapel, R. K., Powell, D. J., Shen, L., Shih, I-M., Spriggs, D. R., Walton, J., Zhang, K., Zhang, R. & Zou, L., 15 jun 2019, I : Cancer. 125, 12, s. 1963-1972 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragLedareVetenskapligPeer review

Deep learning for detecting tumour-infiltrating lymphocytes in testicular germ cell tumours

Linder, N., Taylor, J. C., Colling, R., Pell, R., Alveyn, E., Joseph, J., Protheroe, A., Lundin, M., Lundin, J. & Verrill, C., feb 2019, I : Journal of Clinical Pathology. 72, 2, s. 157-164 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Detection of breast cancer lymph node metastases in frozen sections with a point-of care low-cost microscope scanner

Holmström, O., Linder, N., Moilanen, H., Suutala, A., Nordling, S., Ståhls, A., Lundin, M., Diwan, V. & Lundin, J., 19 mar 2019, I : PLoS One. 14, 3, 15 s., 0208366.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Detection of Retrotransposition Activity of Hot LINE-1s by Long-Distance Inverse PCR

Pradhan, B. & Kauppi, L., jul 2019, I : Journal of Visualized Experiments. 149, 8 s., 59880.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Differing characteristics of cartilaginous lesions of the larynx

Ferlito, A., Devaney, K. O. & Mäkitie, A. A., okt 2019, I : European Archives of Oto-Rhino-Laryngology. 276, 10, s. 2635-2647 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Distinct subtypes of diffuse large B-cell lymphoma defined by hypermutated genes

Alkodsi, A., Cervera, A., Zhang, K., Louhimo, R., Meriranta, L., Pasanen, A., Leivonen, S-K., Holte, H., Leppä, S., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., nov 2019, I : Leukemia. 33, 11, s. 2662-2672 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

DrugComb: an integrative cancer drug combination data portal

Zagidullin, B., Aldahdooh, J. M. F., Zheng, S., Wang, W., Wang, Y., Saad, J., Malyutina, A., Jafari, M., Tanoli, Z-R., Pessia, A. & Tang, J., 2 jul 2019, I : Nucleic Acids Research. 47, W1, s. W43-W51 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång

Fibroblast as a critical stromal cell type determining prognosis in prostate cancer

Blom, S., Erickson, A., Östman, A., Rannikko, A., Mirtti, T., Kallioniemi, O. & Pellinen, T., sep 2019, I : Prostate. 79, 13, s. 1505-1513 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Hallmarks of cancer: Tumor budding as a sign of invasion and metastasis in head and neck cancer

Mäkitie, A. A., Almangush, A., Rodrigo, J. P., Ferlito, A. & Leivo, I., okt 2019, I : Head & Neck. 41, 10, s. 3712-3718 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

HPV ja kohdunkaulasyövän ehkäisy - missä meillä nyt mennään?

Kotaniemi-Talonen, L., Jakobsson, M., Virtanen, A. & Nieminen, P., 2019, I : Duodecim. 135, 19, s. 1889-1897 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Impact of constitutional TET2 haploinsufficiency on molecular and clinical phenotype in humans

Kaasinen, E., Kuismin, O., Rajamäki, K., Ristolainen, H., Aavikko, M., Kondelin, J., Saarinen, S., Berta, D. G., Katainen, R., Hirvonen, E. A. M., Karhu, A., Taira, A., Tanskanen, T., Alkodsi, A., Taipale, M., Morgunova, E., Franssila, K., Lehtonen, R., Mäkinen, M., Aittomäki, K. & 15 andra, Palotie, A., Kurki, M., Pietiläinen, O., Hilpert, M., Saarentaus, E., Niinimäki, J., Junttila, J., Kaikkonen, K., Vahteristo, P., Skoda, R. C., Seppänen, M. R. J., Eklund, K. K., Taipale, J., Kilpivaara, O. & Aaltonen, L. A., 19 mar 2019, I : Nature Communications. 10, 17 s., 1252.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

In situ hybridization for high-risk HPV E6/E7 mRNA is a superior method for detecting transcriptionally active HPV in oropharyngeal cancer

Randen-Brady, R., Carpen, T., Jouhi, L., Syrjänen, S., Haglund, C., Tarkkanen, J., Remes, S., Mäkitie, A., Mattila, P. S., Silen, S. & Hagström, J., aug 2019, I : Human Pathology. 90, s. 97-105 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

In vitro humanized 3D microfluidic chip for testing personalized immunotherapeutics for head and neck cancer patients

Al-Samadi, A., Poor, B., Tuomainen, K., Liu, V., Hyytiäinen, A., Suleymanova, I., Mesimäki, K., Wilkman, T., Mäkitie, A., Saavalainen, P. & Salo, T., 15 okt 2019, I : Experimental Cell Research. 383, 2, 7 s., 111508.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Lähtökohdaltaan tuntematon syöpä

Suonpää, P., Nevala, R., Beule, A., Schildt, J., Bova, S. & Mirtti, T., 2019, I : Duodecim. 135, 9, s. 838-846 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Machine learning application for prediction of locoregional recurrences in early oral tongue cancer: a Web-based prognostic tool

Alabi, R. O., Elmusrati, M., Sawazaki-Calone, I., Kowalski, L. P., Haglund, C., Coletta, R. D., Mäkitie, A. A., Salo, T., Leivo, I. & Almangush, A., 17 aug 2019, I : Virchows Archiv. s. 489-497 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Making Sense of the Epigenome Using Data Integration Approaches

Cazaly, E., Saad, J., Wang, W., Heckman, C., Ollikainen, M. & Tang, J., 19 feb 2019, I : Frontiers in Pharmacology. 10, 15 s., 126.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Management of clinically N0 neck in oropharyngeal carcinoma

Jouhi, L., Atula, T., Mäkitie, A. & Keski-Santti, H., apr 2019, I : European Archives of Oto-Rhino-Laryngology. 276, 4, s. 1205-1210 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Management of locally recurrent nasopharyngeal carcinoma

Leea, A. W. M., Ng, W. T., Chan, J. Y. W., Corry, J., Mäkitie, A., Mendenhall, W. M., Rinaldo, A., Rodrigo, J. P., Saba, N. F., Strojan, P., Suarez, C., Vermorken, J. B., Yom, S. S. & Ferlito, A., sep 2019, I : Cancer Treatment Reviews. 79, 10 s., 101890.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Mathematical modeling of treatment resistance in cancer

Kozłowska, E., 2019, Helsinki: [E. Kozłowska]. 52 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandling

Öppen tillgång

Meiotic spindle assembly checkpoint and aneuploidy in males versus females

Lane, S. & Kauppi, L., mar 2019, I : Cellular and Molecular Life Sciences. 76, 6, s. 1135-1150 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Network pharmacology modeling identifies synergistic Aurora B and ZAK interaction in triple-negative breast cancer

Tang, J., Gautam, P., Gupta, A., He, L., Timonen, S., Akimov, Y., Wang, W., Szwajda, A., Jaiswal, A., Turei, D., Yadav, B., Kankainen, M., Saarela, J., Saez-Rodriguez, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 8 jul 2019, I : npj Systems Biology and Applications. 5, 1, 11 s., 20.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Open Source Infrastructure for Health Care Data Integration and Machine Learning Analyses

Isoviita, V-M., Salminen, L., Azar, J., Lehtonen, R., Roering, P., Carpen, O. M., Hietanen, S., Grénman, S., Hynninen, J., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 27 aug 2019, I : JCO Clinical Cancer Informatics. 3, s. 1-16 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Fil

PCR-based zebrafish model for personalised medicine in head and neck cancer

Al-Samadi, A., Tuomainen, K., Kivimäki, A., Salem, A., Al-Kubati, S., Hyytiäinen, A., Parikka, M., Mesimäki, K., Wilkman, T., Mäkitie, A., Grenman, R. & Salo, T., 22 jul 2019, I : Journal of Translational Medicine. 17, 6 s., 235.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Performance of Finnish biobanks in nationwide pulmonary carcinoid tumour research

Vesterinen, T., Salmenkivi, K., Mustonen, H., Kuopio, T., Lappi-Blanco, E., Paavonen, T., Vainio, P., Knuuttila, A., Carpén, O., Haglund, C. & Arola, J., 5 aug 2019, I : Virchows Archiv.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Phenotypic characterization of haemophilia B - Understanding the underlying biology of coagulation factor IX

Tjärnlund-Wolf, A. & Lassila, R., jul 2019, I : Haemophilia. 25, 4, s. 567-574 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Predicting Meridian in Chinese traditional medicine using machine learning approaches

Wang, Y., Jafari, M., Tang, Y. & Tang, J., 25 nov 2019, I : PLoS Computational Biology. 15, 11, s. e1007249

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Prospective Longitudinal ctDNA Workflow Reveals Clinically Actionable Alterations in Ovarian Cancer

Oikkonen, J., Zhang, K., Salminen, L., Schulman, I., Lavikka, K., Andersson, N., Ojanperä, E., Hietanen, S., Grénman, S., Lehtonen, R., Huhtinen, K., Carpén, O., Hynninen, J., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 3 maj 2019, I : JCO Precision Oncology. 3, s. 1-12 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Suomalainen biopankki on potilaita varten

Carpén, O. & Hautalahti, M., 2019, I : Duodecim. 135, 10, s. 971-972 2 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragLedareProfessionell

The plasticity of mesenchymal stem cells in regulating surface HLA-I

Wang, Y., Huang, J., Gong, L., Yu, D., An, C., Bunpetch, V., Dai, J., Huang, H., Zou, X., Ouyang, H. & Liu, H., 31 maj 2019, I : iScience. 15, s. 66-+ 28 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil