Publikationer 1994 2020

Filter
Artikel
2020

Cost-effective survival prediction for patients with advanced prostate cancer using clinical trial and real-world hospital registry datasets

Murtojärvi, M., Halkola, A. S., Airola, A., Laajala, T. D., Mirtti, T., Aittokallio, T. & Pahikkala, T., jan 2020, I : International Journal of Medical Informatics. 133, 8 s., 104014.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2019

A descriptive study highlighting the differences in the treatment protocol for oral tongue cancer in Sweden and Finland

Mäkitie, A., Kamali, A., Mroueh, R., Lindford, A., Koivunen, P., Autio, T., Lassus, P., Halle, M., Bäck, L., Palmgren, B. & Hammarstedt-Nordenvall, L., 17 dec 2019, I : Acta Oto-Laryngologica. 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

ALDH1A1-related stemness in high-grade serous ovarian cancer is a negative prognostic indicator but potentially targetable by EGFR/mTOR-PI3K/aurora kinase inhibitors

Kaipio, K., Chen, P., Roering, P., Huhtinen, K., Mikkonen, P., Östling, P., Lehtinen, L., Mansuri, N., Korpela, T., Potdar, S., Hynninen, J., Auranen, A., Grénman, S., Wennerberg, K., Hautaniemi, S. & Carpén, O., 3 dec 2019, I : Journal of Pathology. 250, 2, 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Anagrelide for Gastrointestinal Stromal Tumor

Pulkka, O-P., Gebreyohannes, Y. K., Wozniak, A., Mpindi, J-P., Tynninen, O., Icay, K., Cervera, A., Keskitalo, S., Murumägi, A., Kulesskiy, E., Laaksonen, M., Wennerberg, K., Varjosalo, M., Laakkonen, P., Lehtonen, R., Hautaniemi, S., Kallioniemi, O., Schöffski, P., Sihto, H. & Joensuu, H., 1 mar 2019, I : Clinical Cancer Research. 25, 5, s. 1676-1687 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Anduril 2: Upgraded large-scale data integration framework

Cervera, A., Rantanen, V., Ovaska, K., Laakso, M., Nuñez-Fontarnau, J., Alkodsi, A., Casado, J., Facciotto, C., Häkkinen, A., Louhimo, R., Karinen, S., Zhang, K., Lavikka, K., Lyly, L., Pal Singh, M. & Hautaniemi, S., 1 okt 2019, I : Bioinformatics. 35, 19, s. 3815-3817 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Biopankit yksilöllistetyn lääkehoidon apuna

Carpen, O., 2019, I : Sic! Lääketietoa Fimeasta. 9, 3-4, s. 14-15 2 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelProfessionell

BRAF immunohistochemistry predicts sentinel lymph node involvement in intermediate thickness melanomas

Manninen, A. A., Gardberg, M., Juteau, S., Ilmonen, S., Jukonen, J., Andersson, N. & Carpen, O., 30 apr 2019, I : PLoS One. 14, 4, 13 s., 0216043.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Breast cancer outcome prediction with tumour tissue images and machine learning

Turkki, R., Byckhov, D., Lundin, M., Isola, J., Nordling, S., Kovanen, P. E., Verrill, C., von Smitten, K., Joensuu, H., Lundin, J. & Linder, N., aug 2019, I : Breast Cancer Research and Treatment. 177, 1, s. 41-52 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

CDX2 Loss With Microsatellite Stable Phenotype Predicts Poor Clinical Outcome in Stage II Colorectal Carcinoma

Slik, K., Turkki, R., Carpen, O., Kurki, S., Korkeila, E., Sundström, J. & Pellinen, T., nov 2019, I : American Journal of Surgical Pathology. 43, 11, s. 1473-1482 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Circulating Tumor Biomarkers in Meningiomas Reveal a Signature of Equilibrium Between Tumor Growth and Immune Modulation

Erkan, E. P., Ströbel, T., Dorfer, C., Sonntagbauer, M., Weinhäusel, A., Saydam, N. & Saydam, O., 10 okt 2019, I : Frontiers in oncology . 9, 9 s., 1031.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Clinical features and outcome of the patients with sinonasal tract diffuse large B-cell lymphoma in the pre-rituximab and rituximab eras

Vähämurto, P., Mannisto, S., Pollari, M., Karjalainen-Lindsberg, M-L., Mäkitie, A. A. & Leppä, S., jun 2019, I : European Journal of Haematology. 102, 6, s. 457-464 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Combined epithelial marker analysis of tumour budding in stage II colorectal cancer

Slik, K., Blom, S., Turkki, R., Välimäki, K., Kurki, S., Mustonen, H., Haglund, C., Carpén, O., Kallioniemi, O., Korkeila, E., Sundström, J. & Pellinen, T., jan 2019, I : The Journal of Pathology: Clinical Research. 5, 1, s. 63-78 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Combined gene essentiality scoring improves the prediction of cancer dependency maps

Wang, W., Malyutina, A., Pessia, A., Saarela, J., Heckman, C. A. & Tang, J., dec 2019, I : EBioMedicine. 50, s. 67-80 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Deep learning for detecting tumour-infiltrating lymphocytes in testicular germ cell tumours

Linder, N., Taylor, J. C., Colling, R., Pell, R., Alveyn, E., Joseph, J., Protheroe, A., Lundin, M., Lundin, J. & Verrill, C., feb 2019, I : Journal of Clinical Pathology. 72, 2, s. 157-164 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Defects in mtDNA replication challenge nuclear genome stability through nucleotide depletion and provide a unifying mechanism for mouse progerias

Hämäläinen, R. H., Landoni, J. C., Ahlqvist, K. J., Goffart, S., Ryytty, S., Rahman, M. O., Brilhante, V., Icay, K., Hautaniemi, S., Wang, L., Laiho, M. & Suomalainen, A., okt 2019, I : Nature metabolism. 1, 10, s. 958-+ 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Detection of breast cancer lymph node metastases in frozen sections with a point-of care low-cost microscope scanner

Holmström, O., Linder, N., Moilanen, H., Suutala, A., Nordling, S., Ståhls, A., Lundin, M., Diwan, V. & Lundin, J., 19 mar 2019, I : PLoS One. 14, 3, 15 s., 0208366.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Detection of Retrotransposition Activity of Hot LINE-1s by Long-Distance Inverse PCR

Pradhan, B. & Kauppi, L., jul 2019, I : Journal of Visualized Experiments. 149, 8 s., 59880.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Distinct subtypes of diffuse large B-cell lymphoma defined by hypermutated genes

Alkodsi, A., Cervera, A., Zhang, K., Louhimo, R., Meriranta, L., Pasanen, A., Leivonen, S-K., Holte, H., Leppä, S., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., nov 2019, I : Leukemia. 33, 11, s. 2662-2672 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

DrugComb: an integrative cancer drug combination data portal

Zagidullin, B., Aldahdooh, J. M. F., Zheng, S., Wang, W., Wang, Y., Saad, J., Malyutina, A., Jafari, M., Tanoli, Z-R., Pessia, A. & Tang, J., 2 jul 2019, I : Nucleic Acids Research. 47, W1, s. W43-W51 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

EGFR exon 19-deletion aberrantly regulate ERCC1 expression that may partly impaired DNA damage repair ability in non-small cell lung cancer

Zhang, L., Pradhan, B., Guo, L., Meng, F. & Zhong, D., 25 dec 2019, I : Thoracic cancer. 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Europium Nanoparticle-Based Sialyl-Tn Monoclonal Antibody Discriminates Epithelial Ovarian Cancer-Associated CA125 from Benign Sources

Gidwani, K., Nadeem, N., Huhtinen, K., Kekki, H., Heinosalo, T., Hynninen, J., Perheentupa, A., Poutanen, M., Carpen, O., Pettersson, K. & Lamminmaki, U., nov 2019, I : The journal of applied laboratory medicine. 4, 3, s. 299-310 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

FGFR4 phosphorylates MST1 to confer breast cancer cells resistance to MST1/2-dependent apoptosis

Turunen, S. P., von Nandelstadh, P., Öhman, T., Gucciardo, E., Seashore-Ludlow, B., Martins, B., Rantanen, V., Li, H., Höpfner, K., Östling, P., Varjosalo, M. & Lehti, K., dec 2019, I : Cell Death and Differentiation. 26, 12, s. 2577-2593 17 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Fibroblast as a critical stromal cell type determining prognosis in prostate cancer

Blom, S., Erickson, A., Östman, A., Rannikko, A., Mirtti, T., Kallioniemi, O. & Pellinen, T., sep 2019, I : Prostate. 79, 13, s. 1505-1513 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Fundamentals for a Systematic Approach to Mild and Moderate Inherited Bleeding Disorders: An EHA Consensus Report

Rodeghiero, F., Pabinger, I., Ragni, M., Abdul-Kadir, R., Berntorp, E., Blanchette, V., Bodo, I., Casini, A., Gresele, P., Lassila, R., Leebeek, F., Lillicrap, D., Mezzano, D., Noris, P., Srivastava, A., Tosetto, A., Windyga, J., Zieger, B., Makris, M. & Key, N., okt 2019, I : Hemasphere. 3, 5, 12 s., 286.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Impact of constitutional TET2 haploinsufficiency on molecular and clinical phenotype in humans

Kaasinen, E., Kuismin, O., Rajamäki, K., Ristolainen, H., Aavikko, M., Kondelin, J., Saarinen, S., Berta, D. G., Katainen, R., Hirvonen, E. A. M., Karhu, A., Taira, A., Tanskanen, T., Alkodsi, A., Taipale, M., Morgunova, E., Franssila, K., Lehtonen, R., Mäkinen, M., Aittomäki, K. & 15 andra, Palotie, A., Kurki, M., Pietiläinen, O., Hilpert, M., Saarentaus, E., Niinimäki, J., Junttila, J., Kaikkonen, K., Vahteristo, P., Skoda, R. C., Seppänen, M. R. J., Eklund, K. K., Taipale, J., Kilpivaara, O. & Aaltonen, L. A., 19 mar 2019, I : Nature Communications. 10, 17 s., 1252.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

In situ hybridization for high-risk HPV E6/E7 mRNA is a superior method for detecting transcriptionally active HPV in oropharyngeal cancer

Randen-Brady, R., Carpen, T., Jouhi, L., Syrjänen, S., Haglund, C., Tarkkanen, J., Remes, S., Mäkitie, A., Mattila, P. S., Silen, S. & Hagström, J., aug 2019, I : Human Pathology. 90, s. 97-105 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Machine learning application for prediction of locoregional recurrences in early oral tongue cancer: a Web-based prognostic tool

Alabi, R. O., Elmusrati, M., Sawazaki-Calone, I., Kowalski, L. P., Haglund, C., Coletta, R. D., Mäkitie, A. A., Salo, T., Leivo, I. & Almangush, A., 17 aug 2019, I : Virchows Archiv. s. 489-497 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Management of clinically N0 neck in oropharyngeal carcinoma

Jouhi, L., Atula, T., Mäkitie, A. & Keski-Santti, H., apr 2019, I : European Archives of Oto-Rhino-Laryngology. 276, 4, s. 1205-1210 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Network pharmacology modeling identifies synergistic Aurora B and ZAK interaction in triple-negative breast cancer

Tang, J., Gautam, P., Gupta, A., He, L., Timonen, S., Akimov, Y., Wang, W., Szwajda, A., Jaiswal, A., Turei, D., Yadav, B., Kankainen, M., Saarela, J., Saez-Rodriguez, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 8 jul 2019, I : npj Systems Biology and Applications. 5, 1, 11 s., 20.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Nutritional Counseling for Head and Neck Cancer Patients Undergoing (Chemo) Radiotherapy—A Prospective Randomized Trial

Orell, H., Schwab, U., Saarilahti, K., Österlund, P., Ravasco, P. & Mäkitie, A., 18 mar 2019, I : Frontiers in nutrition. 6, 12 s., 22.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Open Source Infrastructure for Health Care Data Integration and Machine Learning Analyses

Isoviita, V-M., Salminen, L., Azar, J., Lehtonen, R., Roering, P., Carpen, O. M., Hietanen, S., Grénman, S., Hynninen, J., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 27 aug 2019, I : JCO Clinical Cancer Informatics. 3, s. 1-16 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Fil

PCR-based zebrafish model for personalised medicine in head and neck cancer

Al-Samadi, A., Tuomainen, K., Kivimäki, A., Salem, A., Al-Kubati, S., Hyytiäinen, A., Parikka, M., Mesimäki, K., Wilkman, T., Mäkitie, A., Grenman, R. & Salo, T., 22 jul 2019, I : Journal of Translational Medicine. 17, 6 s., 235.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Performance of Finnish biobanks in nationwide pulmonary carcinoid tumour research

Vesterinen, T., Salmenkivi, K., Mustonen, H., Kuopio, T., Lappi-Blanco, E., Paavonen, T., Vainio, P., Knuuttila, A., Carpén, O., Haglund, C. & Arola, J., 5 aug 2019, I : Virchows Archiv.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Polyomavirus JCPyV infrequently detectable in adenoid cystic carcinoma of the oral cavity and the airways

Hämetoja, H., Hagström, J., Haglund, C., Bäck, L., Mäkitie, A. & Syrjänen, S., nov 2019, I : Virchows Archiv. 475, 5, s. 609-616 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Predicting Meridian in Chinese traditional medicine using machine learning approaches

Wang, Y., Jafari, M., Tang, Y. & Tang, J., 25 nov 2019, I : PLoS Computational Biology. 15, 11, 21 s., 1007249.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Prospective Longitudinal ctDNA Workflow Reveals Clinically Actionable Alterations in Ovarian Cancer

Oikkonen, J., Zhang, K., Salminen, L., Schulman, I., Lavikka, K., Andersson, N., Ojanperä, E., Hietanen, S., Grénman, S., Lehtonen, R., Huhtinen, K., Carpén, O., Hynninen, J., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 3 maj 2019, I : JCO Precision Oncology. 3, s. 1-12 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Spa-RQ: an Image Analysis Tool to Visualise and Quantify Spatial Phenotypes Applied to Non-Small Cell Lung Cancer

Bao, J., Walliander, M., Kovacs, F., Nagaraj, A. S., Hemmes, A., Sarhadi, V. K., Knuutila, S., Lundin, J., Horvath, P. & Verschuren, E. W., 26 nov 2019, I : Scientific Reports. 9, 11 s., 17613.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The plasticity of mesenchymal stem cells in regulating surface HLA-I

Wang, Y., Huang, J., Gong, L., Yu, D., An, C., Bunpetch, V., Dai, J., Huang, H., Zou, X., Ouyang, H. & Liu, H., 31 maj 2019, I : iScience. 15, s. 66-+ 28 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Tonsillar surface swab bacterial culture results differ from those of the tonsillar core in recurrent tonsillitis

Dickinson, A., Kankaanpää, H., Silen, S., Meri, S., Haapaniemi, A., Ylikoski, J. & Mäkitie, A., 20 nov 2019, I : Laryngoscope. 4 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Transcription Factor USF1 Is Required for Maintenance of Germline Stem Cells in Male Mice

Faisal, I., Cisneros-Montalvo, S., Hamer, G., Tuominen, M. M., Laurila, P-P., Tumiati, M., Jauhiainen, M., Kotaja, N., Toppari, J., Mäkelä, J-A. & Kauppi, L., maj 2019, I : Endocrinology. 160, 5, s. 1119-1136 18 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Using online game-based platforms to improve student performance and engagement in histology teaching

Felszeghy, S., Pasonen-Seppänen, S., Koskela, A., Nieminen, P., Härkönen, K., Paldanius, K. M. A., Gabbouj, S., Ketola, K., Hiltunen, M., Lundin, M., Haapaniemi, T., Sointu, E., Bauman, E. B., Gilbert, G. E., Morton, D. & Mahonen, A., 22 jul 2019, I : BMC Medical Education. 19, 1

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil