Publikationer

2019

Assembly of complex viruses exemplified by a halophilic euryarchaeal virus

De Colibus, L., Roine, E., Walter, T. S., Ilca, S. L., Wang, X., Wang, N., Roseman, A. M., Bamford, D., Huiskonen, J. T. & Stuart, D., 29 mar 2019, I : Nature Communications. 10, 9 s., 1456.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Efficient Inhibition of Avian and Seasonal Influenza A Viruses by a Virus-Specific Dicer-Substrate Small Interfering RNA Swarm in Human Monocyte-Derived Macrophages and Dendritic Cells

Jiang, M., Osterlund, P., Westenius, V., Guo, D., Poranen, M. M., Bamford, D. H. & Julkunen, I., feb 2019, I : Journal of Virology. 93, 4, 21 s., 01916.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Novel haloarchaeal viruses from Lake Retba infecting Haloferax and Halorubrum species

Mizuno, C. M., Prajapati, B., Lucas-Staat, S., Sime-Ngando, T., Forterre, P., Bamford, D. H., Prangishvili, D., Krupovic, M. & Oksanen, H. M., jun 2019, I : Environmental Microbiology. 21, 6, s. 2129-2147 19 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Structural basis for assembly of vertical single β-barrel viruses

Santos-Perez, I., Charro, D., Gil-Carton, D., Azkargorta, M., Elortza, F., Bamford, D. H., Oksanen, H. M. & Abrescia, N. G. A., 12 mar 2019, I : Nature Communications. 10, 9 s., 1184.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The structure of a prokaryotic viral envelope protein expands the landscape of membrane fusion proteins

El Omari, K., Li, S., Kotecha, A., Walter, T. S., Bignon, E., Harlos, K., Somerharju, P., Haas, F. D., Clare, D., Molin, M., Hurtado, F., Li, M., Grimes, J. M., Bamford, D. H., Tischler, N. D., Huiskonen, J. T., Stuart, D. I. & Roine, E., 19 feb 2019, I : Nature Communications. 10, 11 s., 846.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2018

Asymmetrical flow field-flow fractionation in purification of an enveloped bacteriophage φ 6

Lampi, M., Oksanen, H. M., Meier, F., Moldenhauer, E., Poranen, M. M., Bamford, D. H. & Eskelin, K., 15 sep 2018, I : Journal of Chromatography. B. 1095, s. 251-257 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Extremely halophilic pleomorphic archaeal virus HRPV9 extends the diversity of pleolipoviruses with integrases

Atanasova, N. S., Demina, T. A., Krishnam Rajan Shanthi, S. N. V., Oksanen, H. M. & Bamford, D. H., nov 2018, I : Research in Microbiology. 169, 9, s. 500-504 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genome Sequence of PM2-Like Phage Cr39582, Induced from a Pseudoalteromonas sp. Isolated from the Gut of Ciona robusta

Leigh, B., Breitbart, M., Oksanen, H. M., Bamford, D. H. & Dishaw, L., maj 2018, I : Genome Announcements. 6, 21, 2 s., UNSP e00368-18.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Membrane-containing virus particles exhibit the mechanics of a composite material for genome protection

Azinas, S., Bano, F., Torca, I., Bamford, D. H., Schwartz, G. A., Esnaola, J., Oksanen, H. M., Richter, R. P. & Abrescia, N. G., 28 apr 2018, I : Nanoscale. 10, 16, s. 7769-7779 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Taxonomy proposal: One (1) new species, Pseudoalteromonas virus Cr39582, in the genus Corticovirus, in the family Corticoviridae

Leigh, B. A., Breitbart, M., Bamford, D. H., Dishaw, L. J., Adriaenssens, E., Kropinki, A. & Oksanen, H. M., 2018, ICTV Online: International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), s. 2018.123B 2018.123B

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelProfessionell

Öppen tillgång
Fil

The first known virus isolates from Antarctic sea ice have complex infection patterns

Luhtanen, A-M., Eronen-Rasimus, E. L., Oksanen, H. M., Tison, J-L., Delille, B., Dieckmann, G. S., Rintala, J-M. & Bamford, D. H., apr 2018, I : FEMS Microbiology Ecology. 94, 4, 15 s., 028.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Towards in cellulo virus crystallography

Duyvesteyn, H. M. E., Ginn, H. M., Pietila, M. K., Wagner, A., Hattne, J., Grimes, J. M., Hirvonen, E., Evans, G., Parsy, M-L., Sauter, N. K., Brewster, A. S., Huiskonen, J. T., Stuart, D. I., Sutton, G. & Bamford, D. H., 28 feb 2018, I : Scientific Reports. 8, 7 s., 3771.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2017

Biogeochemical Impact of Snow Cover and Cyclonic Intrusions on the Winter Weddell Sea Ice Pack

Tison, J. -L., Schwegmann, S., Dieckmann, G., Rintala, J. -M., Meyer, H., Moreau, S., Vancoppenolle, M., Nomura, D., Engberg, S., Blomster, L. J., Hendrickx, S., Uhlig, C., Luhtanen, A. -M., de Jong, J., Janssens, J., Carnat, G., Zhou, J. & Delille, B., dec 2017, I : Journal of Geophysical Research : Oceans. 122, 12, s. 9548-9571 24 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

HCIV-1 and other tailless icosahedral internal membrane-containing viruses of the family Sphaerolipoviridae

Demina, T., Pietilä, M. K., Svirskaite, J., Ravantti, J. J., Atanasova, N. S., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., 2017, I : Viruses. 9, 32, 15 s., 32.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

ICTV Virus Taxonomy Profile: Pleolipoviridae

Bamford, D. H., Pietilä, M. K., Roine, E. S., Atanasova, N. S., Dienstbier, A., Oksanen, H. M. & ICTV Report Consortium, 2017, I : Journal of General Virology. 98, s. 2916–2917

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Membrane-assisted viral DNA ejection

Santos-Perez, I., Oksanen, H. M., Bamford, D. H., Goni, F. M., Reguera, D. & Abrescia, N. G. A., mar 2017, I : Biochimica et Biophysica Acta. General Subjects. 1861, 3, s. 664-672 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Newly isolated Nodularia phage influences cyanobacterial community dynamics

Coloma, S. E., Dienstbier, A., Bamford, D. H., Sivonen, K., Roine, E. & Hiltunen, T., jan 2017, I : Environmental Microbiology. 19, 1, s. 273-286 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Nucleic and Amino Acid Sequences Support Structure-Based Viral Classification

Sinclair, R. M., Ravantti, J. J. & Bamford, D. H., apr 2017, I : Journal of Virology. 91, 8, 13 s., 02275.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Single-molecule measurements of viral ssRNA packaging

Hanhijarvi, K. J., Ziedaite, G., Bamford, D. H., Haeggstrom, E. & Poranen, M. M., jan 2017, I : RNA. 23, 1, s. 119-129 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The enigmatic archaeal virosphere

Prangishvili, D., Bamford, D. H., Forterre, P., Iranzo, J., Koonin, E. V. & Krupovic, M., dec 2017, I : Nature Reviews, Microbiology. 15, 12, s. 724-739 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Topical treatment of herpes simplex virus infection with enzymatically created siRNA swarm

Paavilainen, H., Lehtinen, J., Romanovskaya, A., Nygårdas, M., Bamford, D. H., Poranen, M. M. & Hukkanen, V., 2017, I : Antiviral Therapy. 22, 7, s. 631-637

Forskningsoutput: TidskriftsbidragKommentar/debattVetenskapligPeer review

2016
Öppen tillgång
Fil

Asymmetric flow field flow fractionation methods for virus purification

Eskelin, K. J., Lampi, M., Meier, F., Moldenhauer, E., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., 2016, I : Journal of Chromatography. A. 1469, s. 108–119

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Buried alive: microbes from ancient halite

Jaakkola, S. T., Ravantti, J. J., Oksanen, H. M. & Bamford, D. H., feb 2016, I : Trends in Microbiology. 24, 2, s. 148-160 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Immuno-modulating properties of saliphenylhalamide, SNS-032, obatoclax, and gemcitabine

Soderholm, S., Anastasina, M., Islam, M. M., Tynell, J., Poranen, M. M., Bamford, D. H., Stenman, J., Julkunen, I., Sauliene, I., De Brabander, J. K., Matikainen, S., Nyman, T. A., Saelens, X. & Kainov, D., feb 2016, I : Antiviral Research. 126, s. 69-80 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Inhibition of clinical pathogenic herpes simplex virus 1 strains with enzymatically created siRNA pools

Paavilainen, H., Lehtinen, J., Romanovskaya, A., Nygårdas, M., Bamford, D. H., Poranen, M. M. & Hukkanen, V., 2016, I : Journal of Medical Virology. 88, 12, s. 2196-2205

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

K2 killer toxin-induced physiological changes in the yeast Saccharomyces cerevisiae

Orentaite, I., Poranen, M. M., Oksanen, H. M., Daugelavicius, R. & Bamford, D. H., 2016, I : FEMS Yeast Research. 16, 2, 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Molecular insights into the function of the viral RNA silencing suppressor HCPro

Ivanov, K., Eskelin, K. J., Bašić, M., Swarnalok, D., Lohmus, A., Varjosalo, M. T. & Mäkinen, K. M., 2016, I : Plant Journal. 85, 1, s. 30-45 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Monitoring physiological changes in haloarchaeal cell during virus release

Svirskaite, J., Oksanen, H. M., Daugelavicius, R. & Bamford, D. H., mar 2016, I : Viruses. 8, 3, 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Pleolipoviridae, a newly proposed family comprising archaeal pleomorphic viruses with single-stranded or double-stranded DNA genomes

Pietilä, M. K., Roine, E., Sencilo, A., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., jan 2016, I : Archives of Virology. 161, 1, s. 249-256 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Taxonomy proposal: Create eight new species and three new genera to be assigned in a new family Pleolipoviridae.

Pietilä, M. K., Roine, E. S., Sencilo, A., Oksanen, H. M. & Bamford, D. H., 2016, ICTV Online: International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV) Database. 2015.042a-oB

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelProfessionell

Taxonomy proposal: One (1) new species in the genus Alphasphaerolipovirus, family Sphaerolipoviridae.

Demina, T., Pietilä, M. K., Svirskaite, J., Ravantti, J. J., Atanasova, N. S., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., 2016, ICTV Online: International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV). International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV), s. 2016.063aB 2016.063aB

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelProfessionell

Temperature and pH dependence of DNA ejection from archaeal lemon-shaped virus His1

Hanhijärvi, K. J., Ziedaite, G., Haeggström, E. & Bamford, D. H., jul 2016, I : European Biophysics Journal. 45, 5, s. 435-442 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The complete genome of a viable archaeum isolated from 123-million-year-old rock salt

Jaakkola, S. T., Pfeiffer, F., Ravantti, J. J., Guo, Q., Liu, Y., Chen, X., Ma, H., Yang, C., Oksanen, H. M. & Bamford, D. H., feb 2016, I : Environmental Microbiology. 18, 2, s. 565-579 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Virus-host interplay in high salt environments

Atanasova, N. S., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., aug 2016, I : Environmental microbiology reports. 8, 4, s. 431-444 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

2015

Archaeal viruses multiply: temporal screening in a solar saltern

Atanasova, N. S., Demina, T. A., Buivydas, A., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., 2015, I : Viruses. 7, 4, s. 1902-1926 25 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Cold-active bacteriophages from the Baltic Sea ice have diverse genomes and virus-host interactions.

Sencilo, A., Luhtanen, A-M., Saarijärvi, M., Bamford, D. & Roine, E., okt 2015, I : Environmental Microbiology. 17, 10, s. 3628-3641 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Comparison of lipid-containing bacterial and archaeal viruses

Atanasova, N., Sencilo, A., Pietilä, M. K., Roine, E., Oksanen, H. & Bamford, D., 2015, I : Advances in Virus Research. 92, s. 1-61

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Efficient double-stranded RNA production methods for utilization in plant virus control

Voloudakis, A. E., Holeva, M. C., Sarin, L. P., Bamford, D., Vargas, M., Poranen, M. & Tenllado, F., 2015, Plant Virology Protocols: New Approaches to Detect Viruses and Host Responses. Uyeda, I. & Masuta, C. (red.). USA: Humana press, Vol. 1236. s. 255-274 20 s. (Methods in Molecular Biology).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

Elongation-competent pauses govern the fidelity of a viral RNA-dependent RNA polymerase

Dulin, D., Vilfan, I. D., Berghuis, B. A., Hage, S., Bamford, D., Poranen, M., Depken, M. & Dekker, N. H., 2015, I : Cell Reports. 10, 6, s. 983-992 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Haloarchaeal virus morphotypes

Atanasova, N. S., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., nov 2015, I : Biochimie. 118, s. 333-343 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Haloviruses of archaea, bacteria, and eukaryotes

Atanasova, N., Oksanen, H. & Bamford, D., 2015, I : Current Opinion in Microbiology. 25, s. 40-48 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Identification and characterization of SNJ2, the first temperate pleolipovirus integrating into the genome of the SNJ1-lysogenic archaeal strain

Liu, Y., Wang, J., Liu, Y., Wang, Y., Zhang, Z., Oksanen, H. M., Bamford, D. H. & Chen, X., 2015, I : Molecular Microbiology. 98, 6, s. 1002-1020 19 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Innate responses to small interfering RNA pools inhibiting herpes simplex virus infection in astrocytoid and epithelial cells

Paavilainen, H., Romanovskaya, A., Nygårdas, M., Bamford, D. H., Poranen, M. M. & Hukkanen, V., maj 2015, I : Innate Immunity. 21, 4, s. 349-357 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Insight into the assembly of viruses with vertical single beta-barrel major capsid proteins

Gil-Carton, D., Jaakkola, S. T., Charro, D., Peralta, B., Castano-Diez, D., Oksanen, H. M., Bamford, D. H. & Abrescia, N. G. A., 6 okt 2015, I : Structure. 23, 10, s. 1866-1877 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Lemon-shaped halo archaeal virus His1 with uniform tail but variable capsid structure

Hong, C., Pietilä, M. K., Fu, C. J., Schmid, M. F., Bamford, D. H. & Chiu, W., 24 feb 2015, I : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112, 8, s. 2449-2454 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

MAP kinase p38 alpha regulates type III interferon (IFN-λ1) gene expression in human monocyte-derived dendritic cells in response to RNA stimulation

Jiang, M., Österlund, P., Fagerlund, R., Rios, D. N., Hoffmann, A., Poranen, M. M., Bamford, D. H. & Julkunen, I., feb 2015, I : Journal of Leukocyte Biology. 97, 2, s. 307-320 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Membrane-containing bacteriophages

Poranen, M., Bamford, D. & Oksanen, H., 2015, Encyclopedia of Life Sciences (eLS). John Wiley & Sons Ltd. , s. 1-11

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review