Alex Edwin Bunker

Publikationer

Forskningsresultat per år 2008 2012 2014 2016 2017 2018 2020 2022

• 52 Artikel
• 4 Mötesabstrakt
• 2 Översiktsartikel
• 1 Kapitel
• 1 Mer
  • 1 Konferensartikel

Forskningsresultat per år

Forskningsresultat per år

Sökresultat

• 2022

  Insights into the behavior of unsaturated diacylglycerols in mixed lipid bilayers in relation to protein kinase C activation—A molecular dynamics simulation study

  Heinonen, S., Lautala, S., Koivuniemi, A. & Bunker, A., 1 sep. 2022, I: Biochimica et Biophysica Acta. Biomembranes. 1864, 9, 12 s., 183961.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Promoting Cardiac Repair through Simple Engineering of Nanoparticles with Exclusive Targeting Capability toward Myocardial Reperfusion Injury by Thermal Resistant Microfluidic Platform

  Liu, Z., Lian, W., Long, Q., Cheng, R., Torrieri, G., Zhang, B., Koivuniemi, A., Mahmoudzadeh, M., Bunker, A., Gao, H., He, H., Chen, Y., Hirvonen, J., Zhou, R., Zhao, Q., Ye, X., Deng, X. & Santos, H. A., sep. 2022, I: Advanced Functional Materials. 32, 36, 14 s., 2204666.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2021

  Mechanistic Insight into How PEGylation Reduces the Efficacy of pH-Sensitive Liposomes from Molecular Dynamics Simulations

  Mahmoudzadeh, M., Magarkar, A., Koivuniemi, A., Róg, T. & Bunker, A., 5 juli 2021, I: Molecular Pharmaceutics. 18, 7, s. 2612-2621 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Mechanistic Understanding from Molecular Dynamics in Pharmaceutical Research 2: Lipid Membrane in Drug Design

  Róg, T., Girych, M. & Bunker, A., 19 okt. 2021, I: Pharmaceuticals. 14, 10, 99 s., 1062.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Översiktsartikel › Peer review

  Öppen tillgång
• 2020

  Bitopic and Peripheral Membrane Proteins as Drug Targets: Broader Biophysical Insight from Biomembrane Simulations that Transcends the "Lock and Key'' Paradigm

  Bunker, A., 7 feb. 2020, I: Biophysical Journal. 118, 3, s. 160A-160A 1 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Mötesabstrakt › Peer review

• Cholesterol Reduces Partitioning of Antifungal Drug Itraconazole into Lipid Bilayers

  Poojari, C., Zak, A., Dzieciuch-Rojek, M., Bunker, A., Kepczynski, M. & Rog, T., 19 mars 2020, I: Journal of Physical Chemistry B. 124, 11, s. 2139-2148 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• In Vitro and in Vivo Behavior of Liposomes Decorated with PEGs with Different Chemical Features

  Mastrotto, F., Brazzale, C., Bellato, F., De Martin, S., Grange, G., Mahmoudzadeh, M., Magarkar, A., Bunker, A., Salmaso, S. & Caliceti, P., feb. 2020, I: Molecular Pharmaceutics. 17, 2, s. 472-487 16 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Mechanistic Understanding From Molecular Dynamics Simulation in Pharmaceutical Research 1: Drug Delivery

  Bunker, A. & Rog, T., 25 nov. 2020, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 7, 36 s., 604770.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Översiktsartikel › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Rigorous computational study reveals what docking overlooks: Double trouble from membrane association in protein kinase C modulators

  Lautala, S., Provenzani, R., Koivuniemi, A., Kulig, W., Talman, V., Rog, T., Tuominen, R. K., Yli-Kauhaluoma, J. & Bunker, A. E., 23 nov. 2020, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 60, 11, s. 5624-5633 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2019

  A potent partial agonist of PKC orients in membranes like the biological activator diacylglycerol

  Lautala, S., Koivuniemi, A., Kulig, W., Rog, T., Talman, V., Tuominen, R. & Bunker, A., juli 2019, I: European Biophysics Journal. 48, s. S122-S122 1 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Mötesabstrakt › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Determinants of Orexin Receptor Binding and Activation—A Molecular Dynamics Study

  Karhu, L., Magarkar, A., Bunker, A. & Xhaard, H., 28 mars 2019, I: Journal of Physical Chemistry B. 123, 12, s. 2609-2622 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Insight into the antimicrobial mechanism of action of β2,2-amino acid derivatives from molecular dynamics simulation: Dancing the can-can at the membrane surface

  Koivuniemi, A., Fallarero, A. & Bunker, A., 1 nov. 2019, I: Biochimica et Biophysica Acta. Biomembranes. 1861, 11, 8 s., 183028.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• The catalytic mechanism of MB-COMT: new drug design paradigm?

  Bunker, A., Rog, T., Magarkar, A., Parkkila, P., Lajunen, T., Mobarak, E., Cramariuc, O., Licari, G. & Vauthey, E., juli 2019, I: European Biophysics Journal. 48, s. S63-S63 1 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Mötesabstrakt › Peer review
• 2018

  Biophysical Characterization of Supported Lipid Bilayers Using Parallel Dual-Wavelength Surface Plasmon Resonance and Quartz Crystal Microbalance Measurements

  Parkkila, P., Elderdfi, M., Bunker, A. & Viitala, T., 10 juli 2018, I: Langmuir. 34, 27, s. 8081-8091 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Characterization of membrane–foulant interactions with novel combination of Raman spectroscopy, surface plasmon resonance and molecular dynamics simulation

  Virtanen, T., Parkkila, P., Koivuniemi, A., Lahti, J., Viitala, T., Kallioinen, M., Mänttäri, M. & Bunker, A., 31 okt. 2018, I: Separation and Purification Technology. 205, s. 263-272 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Comparison of time-gated surface-enhanced raman spectroscopy (TG-SERS) and classical SERS based monitoring of Escherichia coli cultivation samples

  Kögler, M., Paul, A., Anane, E., Birkholz, M., Bunker, A., Viitala, T., Maiwald, M., Junne, S. & Neubauer, P., 2018, I: Biotechnology Progress. 34, 6, s. 1533-1542 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Control of Peptide Aggregation and Fibrillation by Physical PEGylation

  Ambrosio, E., Podmore, A., dos Santos, A. L. G., Magarkar, A., Bunker, A., Caliceti, P., Mastrotto, F., van der Walle, C. F. & Salmaso, S., okt. 2018, I: Biomacromolecules. 19, 10, s. 3958-3969 12 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Glyceryl Monostearate: Probing the Self Assembly of a Lipid Amenable To Surface Modification for Hepatic Targeting

  Marwah, M., Magarkar, A., Ray, D., Aswal, V., Bunker, A. & Nagarsenker, M., 27 sep. 2018, I: Journal of Physical Chemistry C. 122, 38, s. 22160-22169 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Lipid Architectonics for Superior Oral Bioavailability of Nelfinavir Mesylate: Comparative in vitro and in vivo Assessment

  Belubbi, T., Shevade, S., Dhawan, V., Sridhar, V., Majumdar, A., Nunes, R., Araujo, F., Sarmento, B., Nagarsenker, K., Steiniger, F., Fahr, A., Magarkar, A., Bunker, A. & Nagarsenker, M., nov. 2018, I: AAPS PharmSciTech. 19, 8, s. 3584-3598 15 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Membrane bound COMT isoform is an interfacial enzyme: general mechanism and new drug design paradigm

  Magarkar, A., Parkkila, P., Viitala, T., Lajunen, T., Mobarak, E., Licari, G., Cramariuc, O., Vauthey, E., Rog, T. & Bunker, A., 11 apr. 2018, I: Chemical Communications. 54, 28, s. 3440-3443 4 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• The effect of light sensitizer localization on the stability of indocyanine green liposomes

  Lajunen, T., Nurmi, R., Wilbie, D., Ruoslahti, T., Johansson, N. G., Korhonen, O., Rog, T., Bunker, A., Ruponen, M. & Urtti, A., 28 aug. 2018, I: Journal of Controlled Release. 284, s. 213-223 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2017

  A computational study suggests that replacing PEG with PMOZ may increase exposure of hydrophobic targeting moiety

  Magarkar, A., Rog, T. & Bunker, A., 30 maj 2017, I: European Journal of Pharmaceutical Sciences. 103, s. 128-135 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• A novel in silico framework to improve MHC-I epitopes and break the tolerance to melanoma

  Capasso, C., Magarkar, A., Cervera-Carascon, V., Fusciello, M., Feolaf, S., Muller, M., Garofalo, M., Kuryk, L., Tahtinen, S., Pastore, L., Bunker, A. & Cerullo, V., 2017, I: OncoImmunology. 6, 9, 14 s., 1319028.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Effect of piroxicam on lipid membranes: Drug encapsulation and gastric toxicity aspects

  Wilkosz, N., Rissanen, S., Cyza, M., Szybka, R., Nowakowska, M., Bunker, A., Rog, T. & Kepczynski, M., 30 mars 2017, I: European Journal of Pharmaceutical Sciences. 100, s. 116-125 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Effects of Membrane PEGylation on Entry and Location of Antifungal Drug Itraconazole and Their Pharmacological Implications

  Dzieciuch-Rojek, M., Poojari, C., Bednar, J., Bunker, A., Kozik, B., Nowakowska, M., Vattulainen, I., Wydro, P., Kepczynski, M. & Rog, T., apr. 2017, I: Molecular Pharmaceutics. 14, 4, s. 1057-1070 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Influence of doxorubicin on model cell membrane properties: insights from in vitro and in silico studies

  Alves, A. C., Magarkar, A., Horta, M., Lima, J. L. F. C., Bunker, A., Nunes, C. & Reis, S., 24 juli 2017, I: Scientific Reports. 7, 11 s., 6343.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Interactions between Chloramphenicol, Carrier Polymers, and Bacteria-Implications for Designing Electrospun Drug Delivery Systems Countering Wound Infection

  Preem, L., Mahmoudzadeh, M., Putrins, M., Meos, A., Laidmäe, I., Romann, T., Aruväli, J., Härmäs, R., Koivuniemi, A., Bunker, A., Tenson, T. & Kogermann, K., dec. 2017, I: Molecular Pharmaceutics. 14, 12, s. 4417-4430 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Oligomerization Alters Binding Affinity between Amyloid Beta and a Modulator of Peptide Aggregation

  Hilt, S., Rojalin, T., Viitala, T., Koivuniemi, A., Bunker, A., Wachsmann-Hogiu, S., Kalai, T., Hideg, K., Yliperttula, M. & Voss, J. C., 2 nov. 2017, I: Journal of Physical Chemistry C. 121, 43, s. 23974-23987 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2016

  Computational Modeling Using the Multiscale Modeling Paradigm: The Key to Achieving Rational Design in Nanomedicine; Liposome-Based Drug Delivery Systems as a Case Study

  Bunker, A., 2016, I: CRS Newsletter. 33, 5, s. 13-15 3 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig

• Design of cholesterol arabinogalactan anchored liposomes for asialoglycoprotein receptor mediated targeting to hepatocellular carcinoma: In silico modeling, in vitro and in vivo evaluation

  Pathak, P., Dhawan, V., Magarkar, A., Danne, R., Govindarajan, S., Ghosh, S., Steiniger, F., Chaudhari, P., Gopal, V., Bunker, A. E., Rog, T., Fahr, M. & Nagarsenker, M., 23 maj 2016, I: International Journal of Pharmaceutics. 509, 1-2, s. 149-158 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Detection of Listeria innocua on roll-to-roll produced SERS substrates with gold nanoparticles

  Uusitalo, S., Kogler, M., Välimaa, A. -L., Popov, A., Ryabchikov, Y., Kontturi, V., Siitonen, S., Petäjä, J., Virtanen, T., Laitinen, R., Kinnunen, M., Meglinski, I., Kabashin, A., Bunker, A., Viitala, T. & Hiltunen, J., 2016, I: RSC Advances. 6, 67, s. 62981-62989 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Indocyanine Green-Loaded Liposomes for Light-Triggered Drug Release

  Lajunen, T., Kontturi, L-S., Viitala, L., Manna, M., Cramariuc, O., Rog, T., Bunker, A., Laaksonen, T., Viitala, T., Murtomäki, L. & Urtti, A., juni 2016, I: Molecular Pharmaceutics. 13, 6, s. 2095-2107 13 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Oncolytic adenoviruses coated with MHC-I tumor epitopes increase the anti-tumor immunity and efficacy against melanoma

  Capasso, C., Hirvinen, M., Garofalo, M., Romaniuk, D., Kuryk, L., Sarvela, T., Vitale, A., Antopolsky, M., Magarkar, A., Viitala, T., Suutari, T., Bunker, A., Yliperttula, M., Urtti, A. & Cerullo, V., 2016, I: OncoImmunology. 5, 4, 11 s., 1105429.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Rational design of liposomal drug delivery systems, a review: Combined experimental and computational studies of lipid membranes, liposomes and their PEGylation

  Bunker, A., Magarkar, A. & Viitala, T., okt. 2016, I: Biochimica et Biophysica Acta. Biomembranes. 1858, 10, s. 2334-2352 19 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Stearylated cycloarginine nanosystems for intracellular delivery - simulations, formulation and proof of concept

  Dhawan, V., Magarkar, A., Joshi, G., Makhija, D., Jain, A., Shah, J., Reddy, B. V. V., Krishnapriya, M., Rog, T., Bunker, A., Jagtap, A. & Nagarsenker, M., 2016, I: RSC Advances. 6, 114, s. 113538-113550 13 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång
• 2015

  Molecular Modeling as a Tool to Understand the Role of Poly (Ethylene) Glycol in Drug Delivery

  Bunker, A., 2015, Computational pharmaceutics: application of molecular modelling to drug discovery. Ouyang, D. & Smith, S. C. (red.). New York: John Wiley & Sons Ltd. , s. 217-233 16 s.

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Kapitel › Vetenskaplig › Peer review

• New oncolytic vaccine platform enhance anti-tumor immunity in humanized mice with human melanomas

  Capasso, C., Hirvinen, M., Garofalo, M., Romaniuk, D., Kuryk, L., Sarvela, T., Vitale, A., Antopolsky, M., Magarkar, A., Viitala, T., Suutari, T., Bunker, A., Yliperttula, M., Urtti, A. & Cerullo, V., 1 okt. 2015, I: Human Gene Therapy. 26, 10, s. A53-A53 1 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Mötesabstrakt › Peer review

• PEGylated Liposomes as Carriers of Hydrophobic Porphyrins

  Dzieciuch, M., Rissanen, S., Szydlowska, N., Bunker, A., Kumorek, M., Jamroz, D., Vattulainen, I., Nowakowska, M., Rog, T. & Kepczynski, M., 4 juni 2015, I: Journal of Physical Chemistry B. 119, 22, s. 6646-6657 12 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2014

  Cholesterol level affects surface charge of lipid membranes in saline solution

  Magarkar, A., Dhawan, V., Kallinteri, P., Viitala, T., Elmowafy, M., Rog, T. & Bunker, A., 21 maj 2014, I: Scientific Reports. 4, 5 s., 5005.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Effect of PEGylation on Drug Entry into Lipid Bilayer

  Rissanen, S., Kumorek, M., Martinez-Seara, H., Li, Y-C., Jamroz, D., Bunker, A., Nowakowska, M., Vattulainen, I., Kepczynski, M. & Rog, T., 9 jan. 2014, I: Journal of Physical Chemistry B. 118, 1, s. 144-151 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Hydrophobin Film Structure for HFBI and HFBII and Mechanism for Accelerated Film Formation

  Magarkar, A., Mele, N., Abdel-Rahman, N., Butcher, S., Torkkeli, M., Serimaa, R., Paananen, A., Linder, M. & Bunker, A., juli 2014, I: PLoS Computational Biology. 10, 7, 13 s., 1003745.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Molecular Dynamics Simulation of Inverse-Phosphocholine Lipids

  Magarkar, A., Róg, T. & Bunker, A., 1 aug. 2014, I: Journal of Physical Chemistry C. 118, 33, s. 19444-19449 6 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Molecular Dynamics Simulation of PEGylated Membranes with Cholesterol: Building Toward the DOXIL Formulation

  Magarkar, A., Rog, T. & Bunker, A., 17 juli 2014, I: Journal of Physical Chemistry C. 118, 28, s. 15541-15549 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2013

  Force Biased Molecular Dynamics Simulation Study of Effect of Dendrimer Generation on Interaction with DNA

  Nandy, B., Maiti, P. K. & Bunker, A., 2013, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 9, 1, s. 722-729 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2012

  Analysis of cause of failure of new targeting peptide in PEGylated liposome: Molecular modeling as rational design tool for nanomedicine

  Lehtinen, J., Magarkar, A., Stepniewski, M., Hakola, S., Bergman, M., Rog, T., Yliperttula, M., Urtti, A. & Bunker, A., 14 juni 2012, I: European Journal of Pharmaceutical Sciences. 46, 3, s. 121-130 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Fluid dynamics modeling for synchronizing surface plasmon resonance and quartz crystal microbalance as tools for biomolecular and targeted drug delivery studies

  Viitala, T., Liang, H., Gupta, M., Zwinger, T., Yliperttula, M. & Bunker, A., 15 juli 2012, I: Journal of Colloid and Interface Science. 378, 1, s. 251-259 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Molecular dynamics, crystallography and mutagenesis studies on the substrate gating mechanism of prolyl oligopeptidase

  Kaszuba, K., Róg, T., Danne, R., Canning, P., Fülöp, V., Juhász, T., Szeltner, Z., St. Pierre, J-F., Garcia Horsman, A., Männistö, P. T., Karttunen, M., Hokkanen, J. & Bunker, A., 2012, I: Biochimie. 94, 6, s. 1398-1411 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Molecular dynamics simulation of PEGylated bilayer interacting with salt ions: a model of the liposome surface in the bloodstream

  Magarkar, A., Karakas, E., Stepniewski, M., Róg, T. & Bunker, A., 2012, I: Journal of Physical Chemistry B. 116, 14, s. 4212-4219

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Molecular dynamics simulations of the bacterial ABC tranporter SAV1866 in the closed form

  St. Pierre, J-F., Bunker, A., Róg, T., Karttunen, M. & Mousseau, N., 16 feb. 2012, I: Journal of Physical Chemistry B. 116, 9, s. 2934 - 2942 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Poly(Ethylene Glycol) in Drug Delivery, Why Does it Work, and Can We do Better? All Atom Molecular Dynamics Simulation Provides Some Answers

  Bunker, A., 19 juli 2012, I: Physics Procedia. 34, s. 24-33 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Konferensartikel › Vetenskaplig › Peer review