Clonal phylogenies inferred from bulk, single cell, and spatial transcriptomic analysis of epithelial cancers

Erickson, A., Figiel, S., Rajakumar, T., Rao, S., Yin, W., Doultsinos, D., Magnussen, A., Singh, R., Poulose, N., Bryant, R. J., Cussenot, O., Hamdy, F. C., Woodcock, D., Mills, I. G. & Lamb, A. D., jan. 2025, I: PLoS One. 20, 1, 14 s., e0316475.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

ScType enables fast and accurate cell type identification from spatial transcriptomics data

Nader, K., Tasci, M., Ianevski, A., Erickson, A., Verschuren, E. W., Aittokallio, T. & Miihkinen, M., 10 juli 2024, I: Bioinformatics. 40, 7, 4 s., btae426.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Single cell and spatial transcriptomics highlight the interaction of club-like cells with immunosuppressive myeloid cells in prostate cancer

Kiviaho, A., Eerola, S. K., Kallio, H. M. L., Andersen, M. K., Hoikka, M., Tiihonen, A. M., Salonen, I., Spotbeen, X., Giesen, A., Parker, C. T. A., Taavitsainen, S., Hantula, O., Marttinen, M., Hermelo, I., Ismail, M., Midtbust, E., Wess, M., Devlies, W., Sharma, A. & Krossa, S. & 27 andra, Häkkinen, T., Afyounian, E., Vandereyken, K., Kint, S., Kesseli, J., Tolonen, T., Tammela, T. L. J., Viset, T., Størkersen, Ø., Giskeødegård, G. F., Rye, M. B., Murtola, T., Erickson, A., Latonen, L., Bova, G. S., Mills, I. G., Joniau, S., Swinnen, J. V., Voet, T., Mirtti, T., Attard, G., Claessens, F., Visakorpi, T., Rautajoki, K. J., Tessem, M. B., Urbanucci, A. & Nykter, M., 16 nov. 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 16 s., 9949.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

PP2A methylesterase PME-1 suppresses anoikis and is associated with therapy relapse of PTEN-deficient prostate cancers

Aakula, A., Isomursu, A., Rupp, C., Erickson, A., Gupta, N., Kauko, O., Shah, P., Padzik, A., Pokharel, Y. R., Kaur, A., Li, S.-P., Trotman, L., Taimen, P., Rannikko, A., Lammerding, J., Paatero, I., Mirtti, T., Ivaska, J. & Westermarck, J., juni 2023, I: Molecular oncology. 17, 6, s. 1007-1023 17 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Prognostic impact of kallikrein-related peptidase transcript levels in prostate cancer

Lehto, T.-P. K., Kovanen, R.-M., Lintula, S., Malén, A. M. X., Stürenberg, C., Erickson, A., Pulkka, O.-P., Stenman, U. H., Diamandis, E. P., Rannikko, A., Mirtti, T. & Koistinen, H., 15 aug. 2023, I: International Journal of Cancer. 153, 4, s. 867-881 15 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review