• PL 56 (Viikinkaari 5)

    00014

    Finland

20012020

Forskningsoutput per år

Om du gjort några ändringar i Pure kommer de visas här snart.

Personlig profil

Meritförteckning

My background is in biology and I did my M.Sc. thesis on population genetics. During my Ph.D. I moved to computational analysis and continued on sequence analysis and methods development during my stay at the EMBL-European Bioinformatics Institute.

My research interests are in evolutionary sequence analysis, both the development of advanced analysis methods and their application to biological questions of special importance. Current topics include phylogenetic sequence alignment and homology inference for evolutionary analyses, and the development of methods for comparative analysis of high-throughput sequencing data. Many of these methods are provided for the users through the Wasabi graphical interface available at http://wasabiapp.org.

Utbildning information

Ph.D. in Molecular Biology, Université libre de Bruxelles, Belgium (2003)
M.Sc. in Biology, University of Oulu, Finland (1999)

Externa befattningar

staff member, post-doctoral researcher, EMBL-European Bioinformatics Institute

15 aug 200331 jul 2011

Vetenskapsgrenar

  • 1181 Ekologi, evolutionsbiologi
  • 1182 Biokemi, cell- och molekylärbiologi
  • 1184 Genetik, utvecklingsbiologi, fysiologi

Internationellt och inhemskt samarbete Publikationer och projekt inom de senaste fem åren.

Publikationer

An inducible genome editing system for plants

Wang, X., Ye, L., Lyu, M., Ursache, R., Löytynoja, A. & Mähönen, A. P., jul 2020, I : Nature plants. 6, 7, s. 766–772 24 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

A High-Quality Assembly of the Nine-Spined Stickleback (Pungitius pungitius) Genome

Varadharajan, S., Rastas, P., Löytynoja, A., Matschiner, M., Calboli, F. C. F., Guo, B., Nederbragt, A. J., Jakobsen, K. S. & Merilä, J., nov 2019, I : Genome Biology and Evolution. 11, 11, s. 3291-3308 18 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Effects of marker type and filtering criteria on QST-FST comparisons

Li, Z., Löytynoja, A., Fraimout, A. & Merilä, J., nov 2019, I : Royal Society Open Science. 6, 11

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Mechanistic insights into the evolution of DUF26-containing proteins in land plants

Vaattovaara, A., Brandt, B., Rajaraman, S., Safronov, O., Veidenberg, A., Luklová, M., Kangasjärvi, J., Löytynoja, A., Hothorn, M., Salojärvi, J. & Wrzaczek, M., 8 feb 2019, I : Communications Biology. 2, 18 s., 56.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Bracketing phenogenotypic limits of mammalian hybridization

Savriama, Y., Valtonen, M., Kammonen, J. I., Rastas, P., Smolander, O-P., Lyyski, A., Häkkinen, T. J., Corfe, I. J., Gerber, S., Salazar-Ciudad, I., Paulin, L., Holm, L., Löytynoja, A., Auvinen, P. & Jernvall, J., 28 nov 2018, I : Royal Society Open Science. 5, 11, 12 s., 180903.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Aktiviteter

  • 9 Medlem i doktorsavhandlingskommitté
  • 7 Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium
  • 3 Handledare eller bihandledare av doktorsavhandling
  • 2 Handledning av annat kunskapsprov (pro gradu, licentiatavhandling)

PhD examining committee member

Ari Löytynoja (Handledare)

9 nov 2018

Aktivitet: ExaminationstyperMedlem i doktorsavhandlingskommitté

Supervision of MSc thesis

Ari Löytynoja (Handledare)

5 okt 201815 apr 2019

Aktivitet: ExaminationstyperHandledning av annat kunskapsprov (pro gradu, licentiatavhandling)

Co-supervisor of Mikko Kivikoski's doctoral thesis

Ari Löytynoja (Handledare)

dec 2017 → …

Aktivitet: ExaminationstyperHandledare eller bihandledare av doktorsavhandling

PhD follow-up group member

Ari Löytynoja (Handledare)

1 jan 201731 dec 2020

Aktivitet: ExaminationstyperMedlem i doktorsavhandlingskommitté

PhD follow-up group member

Ari Löytynoja (Handledare)

1 jan 201731 dec 2020

Aktivitet: ExaminationstyperMedlem i doktorsavhandlingskommitté