Biswajyoti Sahu

Publikationer

Forskningsresultat per år 2010 2011 2012 2013 2014 2015 2017 2018 2021 2022 2023 2024 2024

• 28 Artikel
• 2 Översiktsartikel
• 1 Konferensartikel
• 1 Doktorsavhandling

Forskningsresultat per år

Forskningsresultat per år

Sökresultat

• 2024

  Protocol to identify defined reprogramming factor expression using a factor-indexing single-nuclei multiome sequencing approach

  Fei, L., Zhang, K., Hautaniemi, S. & Sahu, B., 20 sep. 2024, I: STAR protocols. 5, 3, 17 s., 103148.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Transposable elements as drivers of dedifferentiation: Connections between enhancers in embryonic stem cells, placenta, and cancer

  Karttunen, K., Patel, D. & Sahu, B., 2024, I: BioEssays. 46, 10, 15 s., 2400059.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Översiktsartikel › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2023

  Comprehensive characterization of the embryonic factor LEUTX

  Gawriyski, L., Jouhilahti, E.-M., Yoshihara, M., Fei, L., Weltner, J., Airenne, T., Bhagat, S., Trokovic, R., Tervaniemi, M. H., Murakawa, Y., Salokas, K., Liu, X., Miettinen, S., Bürglin, T. R., Sahu, B., Otonkoski, T., Johnson, M. S., Katayama, S., Varjosalo, M. & Kere, J., 17 mars 2023, I: iScience. 26, 3, 30 s., 106172.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Single-cell epigenome analysis identifies molecular events controlling direct conversion of human fibroblasts to pancreatic ductal-like cells

  Fei, L., Zhang, K., Poddar, N., Hautaniemi, S. & Sahu, B., 25 sep. 2023, I: Developmental Cell. 58, 18, s. 1701-+ 24 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Transposable elements as tissue-specific enhancers in cancers of endodermal lineage

  Karttunen, K., Patel, D., Xia, J., Fei, L., Palin, K., Aaltonen, L. & Sahu, B., 1 sep. 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 19 s., 5313.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2022

  A competitive precision CRISPR method to identify the fitness effects of transcription factor binding sites

  Pihlajamaa, P., Kauko, O., Sahu, B., Kivioja, T. & Taipale, J., 26 sep. 2022, I: Nature Biotechnology. 41, s. 197–203 26 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Sequence determinants of human gene regulatory elements

  Sahu, B., Hartonen, T., Pihlajamaa, P., Wei, B., Dave, K., Zhu, F., Kaasinen, E., Lidschreiber, K., Lidschreiber, M., Daub, C. O., Cramer, P., Kivioja, T. & Taipale, J., mars 2022, I: Nature Genetics. 54, 3, s. 283-+ 35 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2021

  Compressive stress-mediated p38 activation required for ER alpha plus phenotype in breast cancer

  Munne, P. M., Martikainen, L., Räty, I., Bertula, K., Nonappa, Ruuska, J., Ala-Hongisto, H., Peura, A., Hollmann, B., Euro, L., Yavuz, K., Patrikainen, L., Salmela, M., Pokki, J., Kivento, M., Väänänen, J., Suomi, T., Nevalaita, L., Mutka, M. & Kovanen, P. & 14 andra, Leidenius, M., Meretoja, T., Hukkinen, K., Monni, O., Pouwels, J., Sahu, B., Mattson, J., Joensuu, H., Heikkilä, P., Elo, L. L., Metcalfe, C., Junttila, M. R., Ikkala, O. & Klefström, J., 29 nov. 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 17 s., 6967.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Deficient H2A.Z deposition is associated with genesis of uterine leiomyoma

  Berta, D. G., Kuisma, H., Välimäki, N., Räisänen, M., Jäntti, M., Pasanen, A., Karhu, A., Kaukomaa, J., Taira, A., Cajuso, T., Nieminen, S., Penttinen, R.-M., Ahonen, S., Lehtonen, R., Mehine, M., Vahteristo, P., Jalkanen, J., Sahu, B., Ravantti, J. & Mäkinen, N. & 7 andra, Rajamäki, K., Palin, K., Taipale, J., Heikinheimo, O., Bützow, R., Kaasinen, E. & Aaltonen, L. A., 19 aug. 2021, I: Nature. 596, 7872, 34 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Human cell transformation by combined lineage conversion and oncogene expression

  Sahu, B., Pihlajamaa, P., Zhang, K., Palin, K., Ahonen, S., Cervera, A., Ristimäki, A., Aaltonen, L. A., Hautaniemi, S. & Taipale, J., 9 sep. 2021, I: Oncogene. 40, s. 5533-5547 15 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2019

  Gain-of-function CEBPE mutation causes noncanonical autoinflammatory inflammasomopathy

  Göös, H., Fogarty, C. L., Sahu, B., Plagnol, V., Rajamäki, K., Nurmi, K., Liu, X., Einarsdottir, E., Jouppila, A., Pettersson, T., Vihinen, H., Krjutskov, K., Saavalainen, P., Järvinen, A., Muurinen, M., Greco, D., Scala, G., Curtis, J., Nordström, D. & Flaumenhaft, R. & 12 andra, Vaarala, O., Kovanen, P. E., Keskitalo, S., Ranki, A., Kere, J., Lehto, M., Notarangelo, L. D., Nejentsev, S., Eklund, K. K., Varjosalo, M., Taipale, J. & Seppänen, M. R. J., nov. 2019, I: Journal of Allergy and Clinical Immunology. 144, 5, s. 1364-1376 13 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2018

  A protein activity assay to measure global transcription factor activity reveals determinants of chromatin accessibility

  Wei, B., Jolma, A., Sahu, B., Orre, L. M., Zhong, F., Zhu, F., Kivioja, T., Sur, I., Lehtiö, J., Taipale, M. & Taipale, J., juni 2018, I: Nature Biotechnology. 36, 6, s. 521-+ 13 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Contribution of allelic imbalance to colorectal cancer

  Palin, K., Pitkänen, E., Turunen, M., Sahu, B., Pihlajamaa, P., Kivioja, T., Kaasinen, E., Välimäki, N., Hänninen, U. A., Cajuso, T., Aavikko, M., Tuupanen, S., Kilpivaara, O., van den Berg, L., Kondelin, J., Tanskanen, T., Katainen, R., Grau, M., Rauanheimo, H. & Plaketti, R.-M. & 20 andra, Taira, A., Sulo, P., Hartonen, T., Dave, K., Schmierer, B., Botla, S., Sokolova, M., Vähärautio, A., Gladysz, K., Ongen, H., Dermitzakis, E., Bramsen, J. B., Orntoft, T. F., Andersen, C. L., Ristimäki, A., Lepistö, A., Renkonen-Sinisalo, L., Mecklin, J.-P., Taipale, J. & Aaltonen, L. A., 10 sep. 2018, I: Nature Communications. 9, 9 s., 3664.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• The interaction landscape between transcription factors and the nucleosome

  Zhu, F., Farnung, L., Kaasinen, E., Sahu, B., Yin, Y., Wei, B., Dodonova, S. O., Nitta, K. R., Morgunova, E., Taipale, M., Cramer, P. & Taipale, J., 4 okt. 2018, I: Nature. 562, 7725, s. 76-+ 25 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2017

  Characterization of an androgen-responsive, ornithine decarboxylase-related protein in mouse kidney

  Silander, K. M., Pihlajamaa, P., Sahu, B., Janne, O. A. & Andersson, L. C., 31 aug. 2017, I: Bioscience Reports. 37, 15 s., 20170163.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Damaging heterozygous mutations in NFKB1 lead to diverse immunologic phenotypes

  Kaustio, M., Haapaniemi, E., Göös, H., Hautala, T., Park, G., Syrjänen, J., Einarsdottir, E., Sahu, B., Kilpinen, S., Rounioja, S., Fogarty, C. L., Glumoff, V., Kulmala, P., Katayama, S., Tamene, F., Trotta, L., Morgunova, E., Krjutskov, K., Nurmi, K. & Eklund, K. & 9 andra, Lagerstedt, A., Helminen, M., Martelius, T., Mustjoki, S., Taipale, J., Saarela, J., Kere, J., Varjosalo, M. & Seppanen, M., sep. 2017, I: Journal of Allergy and Clinical Immunology. 140, 3, s. 782-796 15 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Impact of cytosine methylation on DNA binding specificities of human transcription factors

  Yin, Y., Morgunova, E., Jolma, A., Kaasinen, E., Sahu, B., Khund-Sayeed, S., Das, P. K., Kivioja, T., Dave, K., Zhong, F., Nitta, K. R., Taipale, M., Popov, A., Ginno, P. A., Domcke, S., Yan, J., Schubeler, D., Vinson, C. & Taipale, J., 5 maj 2017, I: Science. 356, 6337, s. 502-+ 16 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2016

  PeakXus: comprehensive transcription factor binding site discovery from ChIP-Nexus and ChIP-Exo experiments

  Hartonen, T., Sahu, B., Dave, K., Kivioja, T. & Taipale, J., 1 sep. 2016, I: Bioinformatics. 32, 17, s. 629-638 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Konferensartikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång
• 2015

  Androgen receptor- and PIAS1-regulated gene programs in molecular apocrine breast cancer cells

  Malinen, M., Toropainen, S., Jaaskelainen, T., Sahu, B., Janne, O. A. & Palvimo, J. J., 15 okt. 2015, I: Molecular and Cellular Endocrinology. 414, C, s. 91-98 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Determinants of Receptor- and Tissue-Specific Actions in Androgen Signaling

  Pihlajamaa, P., Sahu, B. & Janne, O. A., aug. 2015, I: Endocrine Reviews. 36, 4, s. 357-384 28 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Översiktsartikel › Peer review

• Identification of several potential chromatin binding sites of HOXB7 and its downstream target genes in breast cancer

  Heinonen, H., Lepikhova, T., Sahu, B., Pehkonen, H. M., Pihlajamaa, P., Louhimo, R., Gao, P., Wei, G.-H., Hautaniemi, S., Jänne, O. A. & Monni, O. M., 2015, I: International Journal of Cancer. 137, 10, s. 2374-2383 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• SUMO ligase PIAS1 functions as a target gene selective androgen receptor coregulator on prostate cancer cell chromatin

  Toropainen, S., Malinen, M., Kaikkonen, S., Rytinki, M., Jääskeläinen, T., Sahu, B., Janne, O. A. & Palvimo, J. J., 30 jan. 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 2, s. 848-861 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2014

  Androgen receptor uses relaxed response element stringency for selective chromatin binding and transcriptional regulation in vivo

  Sahu, B., Pihlajamaa, P., Dubois, V., Kerkhofs, S., Claessens, F. & Jänne, O. A., apr. 2014, I: Nucleic Acids Research. 42, 7, s. 4230-4240 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Tissue-specific pioneer factors associate with androgen receptor cistromes and transcription programs

  Pihlajamaa, P., Sahu, B., Lyly, L., Aittomäki, V., Hautaniemi, S. & Jänne, O. A., 18 feb. 2014, I: EMBO Journal. 33, 4, s. 312-326 15 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2013

  FoxA1 Specifies Unique Androgen and Glucocorticoid Receptor Binding Events in Prostate Cancer Cells

  Sahu, B., Laakso, M., Pihlajamaa, P., Ovaska, K., Sinielnikov, I., Hautaniemi, S. & Jänne, O. A., 1 mars 2013, I: Cancer Research. 73, 5, s. 1570-1580 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Genomic Region Operation Kit for Flexible Processing of Deep Sequencing Data

  Ovaska, K., Lyly, L., Sahu, B., Jänne, O. A. & Hautaniemi, S., 2013, I: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 10, 1, s. 200-206 7 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2012

  Androgen-regulated miR-32 targets BTG2 and is overexpressed in castration-resistant prostate cancer

  Jalava, S. E., Urbanucci, A., Latonen, L., Waltering, K. K., Sahu, B., Jänne, O. A., Seppala, J., Lahdesmaki, H., Tammela, T. L. J. & Visakorpi, T., 1 okt. 2012, I: Oncogene. 31, 41, s. 4460-4471 12 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Genome-wide analysis of androgen receptor function in prostate cancer

  Sahu, B., 19 okt. 2012, Helsinki. 84 s.

  Forskningsoutput: Avhandling › Doktorsavhandling › Samling av artiklar

• Overexpression of androgen receptor enhances the binding of the receptor to the chromatin in prostate cancer

  Urbanucci, A., Sahu, B., Seppälä, J., Larjo, A., Latonen, L., Waltering, K., Tammela, T., Vessella, R., Lähdesmäki, H., Jänne, O. A. & Visakorpi, T., 2012, I: Oncogene. 31, 17, s. 2153-2163 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2011

  Cytoplasmic Accumulation of Incompletely Glycosylated SHBG Enhances Androgen Action in Proximal Tubule Epithelial Cells

  Hong, E.-J., Sahu, B., Jänne, O. A. & Hammond, G. L., feb. 2011, I: Molecular Endocrinology. 25, 2, s. 269-281 13 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Dual role of FoxA1 in androgen receptor binding to chromatin, androgen signalling and prostate cancer

  Sahu, B., Laakso, M., Ovaska, K., Mirtti, T., Lundin, J., Rannikko, A., Sankila, A., Turunen, J.-P., Lundin, M., Konsti, J., Vesterinen, T., Nordling, S., Kallioniemi, O., Hautaniemi, S. & Janne, O. A., 2011, I: EMBO Journal. 30, 19, s. 3962-3976 15 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2010

  Androgen receptor and androgen-dependent gene expression in lung

  Mikkonen, L., Pihlajamaa, P., Sahu, B., Zhang, F.-P. & Jänne, O. A., 2010, I: Molecular and Cellular Endocrinology. 317, s. 14-24 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review