Om du gjort några ändringar i Pure kommer de visas här snart.

Publikationer 2003 2019

  • 51 Artikel
  • 5 Översiktsartikel
  • 1 Konferensartikel
  • 1 Doktorsavhandling
2019

Common Nodes of Virus–Host Interaction Revealed Through an Integrated Network Analysis

Bösl, K., Ianevski, A., Than, T. T., Andersen, P. I., Kuivanen, S., Teppor, M., Zusinaite, E., Dumpis, U., Vitkauskiene, A., Cox, R. J., Kallio-Kokko, H., Bergqvist, A., Tenson, T., Merits, A., Oksenych, V., Bjørås, M., Anthonsen, M. W., Shum, D., Kaarbø, M., Vapalahti, O. & 5 andraWindisch, M. P., Superti-Furga, G., Snijder, B., Kainov, D. & Kandasamy, R. K., 4 okt 2019, I : Frontiers in Immunology. 10

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Low Temperature and Low UV Indexes Correlated with Peaks of Influenza Virus Activity in Northern Europe during 2010-2018

Ianevski, A., Zusinaite, E., Shtaida, N., Kallio-Kokko, H., Valkonen, M., Kantele, A., Telling, K., Lutsar, I., Letjuka, P., Metelitsa, N., Oksenych, V., Dumpis, U., Vitkauskiene, A., Stasaitis, K., Öhrmalm, C., Bondeson, K., Bergqvist, A., Cox, R. J., Tenson, T., Merits, A. & 1 andraKainov, D. E., 1 mar 2019, I : Viruses. 11, 3, 10 s., 207.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2018

A Systems Approach to Study Immuno- and Neuro-Modulatory Properties of Antiviral Agents

Zusinaite, E., Ianevski, A., Niukkanen, D., Poranen, M. M., Bjoras, M., Afset, J. E., Tenson, T., Velagapudi, V., Merits, A. & Kainov, D. E., aug 2018, I : Viruses. 10, 8, 13 s., 423.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Novel activities of safe-in-human broad-spectrum antiviral agents

Ianevski, A., Zusinaite, E., Kuivanen, S., Strand, M., Lysvand, H., Teppor, M., Kakkola, L., Paavilainen, H., Laajala, M., Kallio-Kokko, H., Valkonen, M., Kantele, A., Telling, K., Lutsar, I., Letjuka, P., Metelitsa, N., Oksenych, V., Bjørås, M., Nordbø, S. A., Dumpis, U. & 14 andraVitkauskiene, A., Öhrmalm, C., Bondeson, K., Bergqvist, A., Aittokallio, T., Cox, R. J., Evander, M., Hukkanen, V., Marjomaki, V., Julkunen, I., Vapalahti, O., Tenson, T., Merits, A. & Kainov, D., jun 2018, I : Antiviral Research. 154, s. 174-182 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2017

Antiviral Properties of Chemical Inhibitors of Cellular Anti-Apoptotic Bcl-2 Proteins

Bulanova, D., Ianevski, A., Bugai, A., Akimov, Y., Kuivanen, S., Paavilainen, H., Kakkola, L., Nandania, J., Turunen, L., Ohman, T., Ala-Hongisto, H., Pesonen, H. M., Kuisma, M. S., Honkimaa, A., Walton, E. L., Oksenych, V., Lorey, M. B., Guschin, D., Shim, J., Kim, J. & 23 andraThan, T. T., Chang, S. Y., Hukkanen, V., Kulesskiy, E., Marjomaki, V. S., Julkunen, I., Nyman, T. A., Matikainen, S., Saarela, J. S., Sane, F., Hober, D., Gabriel, G., De Brabander, J. K., Martikainen, M., Windisch, M. P., Min, J-Y., Bruzzone, R., Aittokallio, T., Vaha-Koskela, M., Vapalahti, O., Pulk, A., Velagapudi, V. & Kainov, D. E., okt 2017, I : Viruses. 9, 10, 15 s., 271.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Influenza Virus Infection, Interferon Response, Viral Counter-Response, and Apoptosis

Shim, J. M., Kim, J., Tenson, T., Min, J-Y. & Kainov, D. E., 2017, I : Viruses. 9, 8, 12 s., 223.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Regulation of kynurenine biosynthesis during influenza virus infection

Gaelings, L., Söderholm, S. L., Bugai, A., Fu, Y., Nandania, J., Schepens, B., Lorey, M. B., Tynell, J., Marjomäki, V., Matikainen, S., Nyman, T. A., Saelens, X., Julkunen, I., Velagapudi, V. & Kainov, D., jan 2017, I : The FEBS Journal. 284, 2, s. 222-236 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2016

Activation of Tryptophan and Phenylalanine Catabolism in the Remission Phase of Allergic Contact Dermatitis: A Pilot Study

Zinkevitiene, A., Kainov, D., Girkontaite, I., Lastauskiene, E., Kvedariene, V., Fu, Y., Anders, S. & Velagapudi, V., 2016, I : International Archives of Allergy and Immunology. 170, 4, s. 262-268 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Immuno-modulating properties of saliphenylhalamide, SNS-032, obatoclax, and gemcitabine

Soderholm, S., Anastasina, M., Islam, M. M., Tynell, J., Poranen, M. M., Bamford, D. H., Stenman, J., Julkunen, I., Sauliene, I., De Brabander, J. K., Matikainen, S., Nyman, T. A., Saelens, X. & Kainov, D., feb 2016, I : Antiviral Research. 126, s. 69-80 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Influenza virus NS1 protein binds cellular DNA to block transcription of antiviral genes

Anastasina, M., Le May, N., Bugai, A., Fu, Y., Soderholm, S., Gaelings, L., Ohman, T., Tynell, J., Kyttanen, S., Barboric, M., Nyman, T. A., Matikainen, S., Julkunen, I., Butcher, S. J., Egly, J-M. & Kainov, D. E., nov 2016, I : Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms. 1859, 11, s. 1440-1448 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

JNJ872 inhibits influenza A virus replication without altering cellular antiviral responses

Fu, Y., Gaelings, L., Soderholm, S., Belanov, S., Nandania, J., Nyman, T. A., Matikainen, S., Anders, S., Velagapudi, V. & Kainov, D. E., sep 2016, I : Antiviral Research. 133, s. 23-31 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Multi-Omics Studies towards Novel Modulators of Influenza A Virus-Host Interaction

Soderholm, S., Fu, Y., Gaelings, L., Belanov, S., Yetukuri, L., Berlinkov, M., Cheltsov, A. V., Anders, S., Aittokallio, T., Nyman, T. A., Matikainen, S. & Kainov, D. E., okt 2016, I : Viruses. 8, 10, 15 s., 269.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Oncogenic Herpesvirus Utilizes Stress-Induced Cell Cycle Checkpoints for Efficient Lytic Replication

Balistreri, G., Viiliainen, J., Turunen, M., Diaz, R., Lyly, L., Pekkonen, P., Rantala, J., Ojala, K., Sarek, G., Teesalu, M., Denisova, O., Peltonen, K., Julkunen, I., Varjosalo, M., Kainov, D., Kallioniemi, O., Laiho, M., Taipale, J., Hautaniemi, S. & Ojala, P. M., feb 2016, I : PLoS Pathogens. 12, 2, 26 s., 1005424.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Phosphoproteomics to Characterize Host Response During Influenza A Virus Infection of Human Macrophages

Soderholm, S., Kainov, D. E., Ohman, T., Denisova, O. V., Schepens, B., Kulesskiy, E., Imanishi, S. Y., Corthals, G., Hintsanen, P., Aittokallio, T., Saelens, X., Matikainen, S. & Nyman, T. A., okt 2016, I : Molecular & Cellular Proteomics. 15, 10, s. 3203-3219 17 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2015
Öppen tillgång
Fil

Complete Genome Sequences of Influenza A/H1N1 Strains Isolated from Patients during the 2013-2014 Epidemic Season in Finland

Jalovaara, P., Mishel, P., Kallio-Kokko, H., Valkonen, M., Kantele, A., Ikonen, N., Julkunen, I., Kakkola, L., Kutsaya, A., Vuorinen, T., Mattila, P., Almusa, H. & Kainov, D., 2015, I : Genome Announcements. 3, 2, 2 s., e01523-14.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genetic Loci Associated with Allergic Sensitization in Lithuanians

Sauliene, I., Greiciuviene, J., Sukiene, L., Juskeviciute, N., Benner, C., Zinkeviciene, A., Ripatti, S., Donner, K. & Kainov, D., 27 jul 2015, I : PLoS One. 10, 7, 7 s., 0134188.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genome-Wide Analysis of Evolutionary Markers of Human Influenza A(H1N1)pdm09 and A(H3N2) Viruses May Guide Selection of Vaccine Strain Candidates

Belanov, S. S., Bychkov, D., Benner, C., Ripatti, S., Ojala, T., Kankainen, M., Lee, H. K., Tang, J. W-T. & Kainov, D. E., dec 2015, I : Genome Biology and Evolution. 7, 12, s. 3472-3483 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Serum Biomarkers of Allergic Contact Dermatitis: A Pilot Study

Zinkeviciene, A., Kainov, D., Lastauskiene, E., Kvedariene, V., Bychkov, D., Byrne, M. & Girkontaite, I., 2015, I : International Archives of Allergy and Immunology. 168, 3, s. 161-164 4 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The C terminus of NS1 protein of influenza A/WSN/1933(H1N1) virus modulates antiviral responses in infected human macrophages and mice

Anastasina, M., Schepens, B., Soderholm, S., Nyman, T. A., Matikainen, S., Saksela, K., Saelens, X. & Kainov, D. E., aug 2015, I : Journal of General Virology. 96, s. 2086-2091 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The impact of pollen load on quality of life: a questionnaire-based study in Lithuania

Šaulienė, I., Šukienė, L., Kainov, D. & Greičiuvienė, J., 2015, I : Aerobiologia. s. 1-14 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2014

Akt Inhibitor MK2206 Prevents Influenza pH1N1 Virus Infection In Vitro

Denisova, O., Soderholm, S., Virtanen, S., von Schantz, C., Bychkov, D., Vashchinkina, E., Desloovere, J., Tynell, J., Ikonen, N., Theisen, L. L., Nyman, T. A., Matikainen, S., Kallioniemi, O., Julkunen, I., Muller, C. P., Saelens, X., Verkhusha, V. V. & Kainov, D. E., jul 2014, I : Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 58, 7, s. 3689-3696 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

A technique to increase protein yield in a rabbit reticulocyte lysate translation system

Anastasina, M., Terenin, I., Butcher, S. J. & Kainov, D. E., jan 2014, I : BioTechniques. 56, 1, s. 36-39 4 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Full-genome sequences of influenza A(H1N1)pdm09 viruses isolated from Finnish patients during 2009 to 2013

Lakspere, T., Tynell, J., Kaloinen, M., Vanlede, M., Parsons, A., Ikonen, N., Kallio-Kokko, H., Kantele, A., Mattila, P., Almusa, H., Julkunen, I., Kainov, D. & Kakkola, L., jan 2014, I : Genome Announcements. 2, 1, 2 s., e01004-13.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Full-genome sequences of influenza H3N2 virus strains isolated from Finnish patients during 2012-2013 epidemic season

Lakspere, T., Kallio-Kokko, H., Kantele, A., Mattila, P., Almusa, H., Kainov, D. & Kakkola, L., 2014, I : Genome Announcements. 2, 2, 1 s., 00039-14.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Genetic Instability of Influenza pH1N1 Viruses

Jalovaara, P., Bychkov, D., Ahtiainen, L., Kallio-Kokko, H., Valkonen, M., Kantele, A., Mattila, P., Almusa, H., Kallioniemi, O. & Kainov, D., 2014, I : Genome Announcements. 2, 5, 1 s., e00841-14.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Influenza pH1N1 virus accumulated H275Y mutation neuraminidase during propagation in MDCK cells

Mishel, P., Bychkov, D., Kallio-Kokko, H., Valkonen, M., Kantele, A., Mattila, P. M., Almusa, H., Jalovaara, P. & Kainov, D., 2014, I : Genome Announcements. 2, 6, e01349-14.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2013

Anticancer compound ABT-263 accelerates apoptosis in virus-infected cells and imbalances cytokine production and lowers survival rates of infected mice

Kakkola, L., Denisova, O. V., Tynell, J., Viiliainen, J., Ysenbaert, T., Matos, R. C., Nagaraj, A., Öhman, T., Kuivanen, S., Paavilainen, H., Feng, L., Yadav, B., Julkunen, I., Vapalahti, O., Hukkanen, V., Stenman, J., Aittokallio, T., Verschuren, E. W., Ojala, P. M., Nyman, T. & 3 andraSaelens, X., Dzeyk, K. & Kainov, D. E., jul 2013, I : Cell Death and Disease. 4, Article Number: e742, 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Inhibition of Influenza A Virus Infection in Vitro by Saliphenylhalamide-Loaded Porous Silicon Nanoparticles

Bimbo, L. M., Denisova, O. V., Mäkilä, E., Kaasalainen, M., De Brabander, J. K., Hirvonen, J., Salonen, J., Kakkola, L., Kainov, D. & Santos, H. A., aug 2013, I : ACS Nano. 7, 8, s. 6884-6893 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Molecular evolution and epidemiology of echovirus 6 in Finland

Smura, T., Kakkola, L., Blomqvist, S., Klemola, P., Parsons, A., Kallio-Kokko, H., Savolainen-Kopra, C., Kainov, D. E. & Roivainen, M., jun 2013, I : Infection, genetics and evolution. 16, s. 234-247 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Tracking in atomic detail the functional specializations in viral RecA helicases that occur during evolution

El Omar, K., Meier, C., Kainov, D., Sutton, G., Grimes, J., Poranen, M., Bamford, D., Tuma, R., Stuart, D. & Mancini, E., 2013, I : Nucleic Acids Research. 41, 20, s. 9396-9410 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2012

Emerging cellular targets for potential influenza antivirals

Mueller, K., Kakkola, L., Nagaraj, A. S., Cheltsov, A., Anastasina, M. & Kainov, D., 2012, I : Trends in Pharmacological Sciences. 33, 2, s. 89-99 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Obatoclax, Saliphenylhalamide, and Gemcitabine Inhibit Influenza A Virus Infection

Denisova, O. V., Kakkola, L., Feng, L., Stenman, J., Nagaraj, A., Lampe, J., Yadav, B., Aittokallio, T., Kaukinen, P., Ahola, T., Kuivanen, S., Vapalahti, O., Kantele, A., Tynell, J., Julkunen, I., Kallio-Kokko, H., Paavilainen, H., Hukkanen, V., Elliott, R. M., De Brabander, J. K. & 2 andraSaelens, X. & Kainov, D. E., 12 okt 2012, I : Journal of Biological Chemistry. 287, 42, s. 35324-35332 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Technique for strand-specific gene-expression analysis and monitoring of primer-independent cDNA synthesis in reverse transcription

Feng, L., Lintula, S., Ho, T. H., Anastasina, M., Paju, A., Haglund, C., Stenman, U. H., Hotakainen, K., Orpana, A., Kainov, D. & Stenman, J., 2012, I : BioTechniques. 52, 4, s. 263-270 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2011

Differential Effects of NS1 Proteins of Human Pandemic H1N1/2009, Avian Highly Pathogenic H5N1, and Low Pathogenic H5N2 Influenza A Viruses on Cellular Pre-mRNA Polyadenylation and mRNA Translation

Kainov, D. E., Mueller, K. H., Theisen, L. L., Anastasina, M., Kaloinen, M. & Muller, C. P., 2011, I : Journal of Biological Chemistry. 286, 9, s. 7239-7247 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The proton translocation domain of cellular vacuolar ATPase provides a target for the treatment of influenza A virus infections

Mueller, K., Kainov, D., El Bakkouri, K., Saelens, X., De Brabander, JK., Kittel, C., Samm, E. & Muller, C., sep 2011, I : British Journal of Pharmacology. 164, 2, s. 344-57 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2010

Interacting partners of the Tfb2 subunit from yeast TFIIH

Kainov, D. E., Selth, L. A., Svejstrup, J. Q., Egly, J-M. & Poterzsman, A., 2010, I : DNA Repair. 9, s. 33-39 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Structure determination of the minimal complex between Tfb5 and Tfb2, two subunits of the yeast transcription/DNA-repair factor TFIIH: a retrospective study

Kainov, D. E., Cura, V., Vitorino, M., Nierengarten, H., Poussin, P., Kieffer, B., Cavarelli, J. & Poterszman, A., 2010, I : Acta Crystallographica. Section D: Biological Crystallography. 66, s. 745-755 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2008

Structural basis for group A trichothiodystrophy

Kainov, D. E., Vitorino, M., Cavarelli, J., Poterszman, A. & Egly, J-M., 2008, I : Nature Structural and Molecular Biology. 15, s. 980-984 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Structural basis of mechanochemical coupling in a hexameric molecular motor

Kainov, D. E., Mancini, E. J., Telenius, J., Lisal, J., Grimes, J. M., Bamford, D. H., Stuart, D. I. & Tuma, R., 2008, I : Journal of Biological Chemistry. 283, 6, s. 3607- 3617 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2007

Stochastic detection of motor protein-RNA complexes by single-channel current recording

Astier, Y., Kainov, D. E., Bayley, H., Tuma, R. & Howorka, S., 2007, I : ChemPhysChem. 8, s. 2189-2194 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2006

Hexameric molecular motors: P4 packaging ATPase unravels the mechanism

Kainov, D. E., Tuma, R. & Mancini, E. J., 2006, I : Cellular and Molecular Life Sciences. 63, 10, s. 1095-1105 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Interaction of packaging motor with the polymerase complex of dsRNA bacteriophage

Lisal, J., Kainov, D. E., Lam, T. T., Emmett, M. R., Wei, H., Gottlieb, P., Marshall, A. G. & Tuma, R., 2006, I : Virology. 351, s. 73-79 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2005

Functional visualization of viral molecular motor by hydrogen-deuterium exchange reveals transient states

Lisal, J., Lam, T. T., Kainov, D. E., Emmett, M. R., Marshall, A. G. & Tuma, R., 2005, I : Nature Structural and Molecular Biology. 12, s. 460-466 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

In vitro assembly of bacteriophages: folding, kinetic control and intermediates

Tuma, R., Tsuruta, H., Prevelige, P. E., Kainov, D., Poranen, M. & Bamford, D., 15 jun 2005, I : Computational and mathematical methods in medicine : CMMM.. 6, 2, s. 139-139 1 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragKonferensartikelVetenskapligPeer review

Packaging motors of cystoviruses

Kainov, D. E., 2005, Helsinki: University of Helsinki, Department of Biological and Environmental Sciences etc. 56 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingMonografi

2004

Atomic snapshots of an RNA packaging motor reveal conformational changes linking ATP hydrolysis to RNA translocation

Mancini, E. J., Kainov, D. E., Grimes, J. M., Tuma, R., Bamford, D. H. & Stuart, D. I., 2004, I : Cell. 118, s. 743-755 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Crystallization and preliminary X-ray diffraction analysis of bacteriophage phi 12 packaging factor P7

Kainov, D. E., Simonov, V., Bamford, D. H., Tuma, R., Gottlieb, P., Wei, H., Walsh, M. A., Belrhali, H. & Merckel, M. C., 2004, I : Acta Crystallographica. Section D: Biological Crystallography. 60, s. 2368-2370 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review