1976 …2019

Forskningsoutput per år

Om du gjort några ändringar i Pure kommer de visas här snart.

Publikationer

Filter
Artikel
2019

Assembly of complex viruses exemplified by a halophilic euryarchaeal virus

De Colibus, L., Roine, E., Walter, T. S., Ilca, S. L., Wang, X., Wang, N., Roseman, A. M., Bamford, D., Huiskonen, J. T. & Stuart, D., 29 mar 2019, I : Nature Communications. 10, 9 s., 1456.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Efficient Inhibition of Avian and Seasonal Influenza A Viruses by a Virus-Specific Dicer-Substrate Small Interfering RNA Swarm in Human Monocyte-Derived Macrophages and Dendritic Cells

Jiang, M., Osterlund, P., Westenius, V., Guo, D., Poranen, M. M., Bamford, D. H. & Julkunen, I., feb 2019, I : Journal of Virology. 93, 4, 21 s., 01916.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Novel haloarchaeal viruses from Lake Retba infecting Haloferax and Halorubrum species

Mizuno, C. M., Prajapati, B., Lucas-Staat, S., Sime-Ngando, T., Forterre, P., Bamford, D. H., Prangishvili, D., Krupovic, M. & Oksanen, H. M., jun 2019, I : Environmental Microbiology. 21, 6, s. 2129-2147 19 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Structural basis for assembly of vertical single β-barrel viruses

Santos-Perez, I., Charro, D., Gil-Carton, D., Azkargorta, M., Elortza, F., Bamford, D. H., Oksanen, H. M. & Abrescia, N. G. A., 12 mar 2019, I : Nature Communications. 10, 9 s., 1184.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The structure of a prokaryotic viral envelope protein expands the landscape of membrane fusion proteins

El Omari, K., Li, S., Kotecha, A., Walter, T. S., Bignon, E., Harlos, K., Somerharju, P., Haas, F. D., Clare, D., Molin, M., Hurtado, F., Li, M., Grimes, J. M., Bamford, D. H., Tischler, N. D., Huiskonen, J. T., Stuart, D. I. & Roine, E., 19 feb 2019, I : Nature Communications. 10, 11 s., 846.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2018

Asymmetrical flow field-flow fractionation in purification of an enveloped bacteriophage φ 6

Lampi, M., Oksanen, H. M., Meier, F., Moldenhauer, E., Poranen, M. M., Bamford, D. H. & Eskelin, K., 15 sep 2018, I : Journal of Chromatography. B. 1095, s. 251-257 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Extremely halophilic pleomorphic archaeal virus HRPV9 extends the diversity of pleolipoviruses with integrases

Atanasova, N. S., Demina, T. A., Krishnam Rajan Shanthi, S. N. V., Oksanen, H. M. & Bamford, D. H., nov 2018, I : Research in Microbiology. 169, 9, s. 500-504 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genome Sequence of PM2-Like Phage Cr39582, Induced from a Pseudoalteromonas sp. Isolated from the Gut of Ciona robusta

Leigh, B., Breitbart, M., Oksanen, H. M., Bamford, D. H. & Dishaw, L., maj 2018, I : Genome Announcements. 6, 21, 2 s., UNSP e00368-18.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Membrane-containing virus particles exhibit the mechanics of a composite material for genome protection

Azinas, S., Bano, F., Torca, I., Bamford, D. H., Schwartz, G. A., Esnaola, J., Oksanen, H. M., Richter, R. P. & Abrescia, N. G., 28 apr 2018, I : Nanoscale. 10, 16, s. 7769-7779 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The first known virus isolates from Antarctic sea ice have complex infection patterns

Luhtanen, A-M., Eronen-Rasimus, E. L., Oksanen, H. M., Tison, J-L., Delille, B., Dieckmann, G. S., Rintala, J-M. & Bamford, D. H., apr 2018, I : FEMS Microbiology Ecology. 94, 4, 15 s., 028.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Towards in cellulo virus crystallography

Duyvesteyn, H. M. E., Ginn, H. M., Pietila, M. K., Wagner, A., Hattne, J., Grimes, J. M., Hirvonen, E., Evans, G., Parsy, M-L., Sauter, N. K., Brewster, A. S., Huiskonen, J. T., Stuart, D. I., Sutton, G. & Bamford, D. H., 28 feb 2018, I : Scientific Reports. 8, 7 s., 3771.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2017

Halophilic viruses with varying biochemical and biophysical properties are amenable to purification with asymmetrical flow field-flow fractionation

Eskelin, K., Lampi, M., Meier, F., Moldenhauer, E., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., nov 2017, I : Extremophiles. 21, 6, s. 1119-1132 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Membrane-assisted viral DNA ejection

Santos-Perez, I., Oksanen, H. M., Bamford, D. H., Goni, F. M., Reguera, D. & Abrescia, N. G. A., mar 2017, I : Biochimica et Biophysica Acta. General Subjects. 1861, 3, s. 664-672 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Newly isolated Nodularia phage influences cyanobacterial community dynamics

Coloma, S. E., Dienstbier, A., Bamford, D. H., Sivonen, K., Roine, E. & Hiltunen, T., jan 2017, I : Environmental Microbiology. 19, 1, s. 273-286 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Nucleic and Amino Acid Sequences Support Structure-Based Viral Classification

Sinclair, R. M., Ravantti, J. J. & Bamford, D. H., apr 2017, I : Journal of Virology. 91, 8, 13 s., 02275.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Single-molecule measurements of viral ssRNA packaging

Hanhijarvi, K. J., Ziedaite, G., Bamford, D. H., Haeggstrom, E. & Poranen, M. M., jan 2017, I : RNA. 23, 1, s. 119-129 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2016
Öppen tillgång
Fil

Asymmetric flow field flow fractionation methods for virus purification

Eskelin, K. J., Lampi, M., Meier, F., Moldenhauer, E., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., 2016, I : Journal of Chromatography. A. 1469, s. 108–119

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Immuno-modulating properties of saliphenylhalamide, SNS-032, obatoclax, and gemcitabine

Soderholm, S., Anastasina, M., Islam, M. M., Tynell, J., Poranen, M. M., Bamford, D. H., Stenman, J., Julkunen, I., Sauliene, I., De Brabander, J. K., Matikainen, S., Nyman, T. A., Saelens, X. & Kainov, D., feb 2016, I : Antiviral Research. 126, s. 69-80 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Inhibition of clinical pathogenic herpes simplex virus 1 strains with enzymatically created siRNA pools

Paavilainen, H., Lehtinen, J., Romanovskaya, A., Nygårdas, M., Bamford, D. H., Poranen, M. M. & Hukkanen, V., 2016, I : Journal of Medical Virology. 88, 12, s. 2196-2205

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

K2 killer toxin-induced physiological changes in the yeast Saccharomyces cerevisiae

Orentaite, I., Poranen, M. M., Oksanen, H. M., Daugelavicius, R. & Bamford, D. H., 2016, I : FEMS Yeast Research. 16, 2, 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Monitoring physiological changes in haloarchaeal cell during virus release

Svirskaite, J., Oksanen, H. M., Daugelavicius, R. & Bamford, D. H., mar 2016, I : Viruses. 8, 3, 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Temperature and pH dependence of DNA ejection from archaeal lemon-shaped virus His1

Hanhijärvi, K. J., Ziedaite, G., Haeggström, E. & Bamford, D. H., jul 2016, I : European Biophysics Journal. 45, 5, s. 435-442 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The complete genome of a viable archaeum isolated from 123-million-year-old rock salt

Jaakkola, S. T., Pfeiffer, F., Ravantti, J. J., Guo, Q., Liu, Y., Chen, X., Ma, H., Yang, C., Oksanen, H. M. & Bamford, D. H., feb 2016, I : Environmental Microbiology. 18, 2, s. 565-579 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2015

Archaeal viruses multiply: temporal screening in a solar saltern

Atanasova, N. S., Demina, T. A., Buivydas, A., Bamford, D. H. & Oksanen, H. M., 2015, I : Viruses. 7, 4, s. 1902-1926 25 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Cold-active bacteriophages from the Baltic Sea ice have diverse genomes and virus-host interactions.

Sencilo, A., Luhtanen, A-M., Saarijärvi, M., Bamford, D. & Roine, E., okt 2015, I : Environmental Microbiology. 17, 10, s. 3628-3641 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Elongation-competent pauses govern the fidelity of a viral RNA-dependent RNA polymerase

Dulin, D., Vilfan, I. D., Berghuis, B. A., Hage, S., Bamford, D., Poranen, M., Depken, M. & Dekker, N. H., 2015, I : Cell Reports. 10, 6, s. 983-992 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Identification and characterization of SNJ2, the first temperate pleolipovirus integrating into the genome of the SNJ1-lysogenic archaeal strain

Liu, Y., Wang, J., Liu, Y., Wang, Y., Zhang, Z., Oksanen, H. M., Bamford, D. H. & Chen, X., 2015, I : Molecular Microbiology. 98, 6, s. 1002-1020 19 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Innate responses to small interfering RNA pools inhibiting herpes simplex virus infection in astrocytoid and epithelial cells

Paavilainen, H., Romanovskaya, A., Nygårdas, M., Bamford, D. H., Poranen, M. M. & Hukkanen, V., maj 2015, I : Innate Immunity. 21, 4, s. 349-357 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Insight into the assembly of viruses with vertical single beta-barrel major capsid proteins

Gil-Carton, D., Jaakkola, S. T., Charro, D., Peralta, B., Castano-Diez, D., Oksanen, H. M., Bamford, D. H. & Abrescia, N. G. A., 6 okt 2015, I : Structure. 23, 10, s. 1866-1877 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Lemon-shaped halo archaeal virus His1 with uniform tail but variable capsid structure

Hong, C., Pietilä, M. K., Fu, C. J., Schmid, M. F., Bamford, D. H. & Chiu, W., 24 feb 2015, I : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112, 8, s. 2449-2454 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

MAP kinase p38 alpha regulates type III interferon (IFN-λ1) gene expression in human monocyte-derived dendritic cells in response to RNA stimulation

Jiang, M., Österlund, P., Fagerlund, R., Rios, D. N., Hoffmann, A., Poranen, M. M., Bamford, D. H. & Julkunen, I., feb 2015, I : Journal of Leukocyte Biology. 97, 2, s. 307-320 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Ratification vote on taxonomic proposals to the International Committee on Taxonomy of Viruses (2015)

Adams, M. J., Lefkowitz, E. J., King, A. M. Q., Bamford, D. H., Breitbart, M., Davison, A. J., Ghabrial, S. A., Gorbalenya, A. E., Knowles, N. J., Krell, P., Lavigne, R., Prangishvili, D., Sanfacon, H., Siddell, S. G., Simmonds, P. & Carstens, E. B., 2015, I : Archives of Virology. 160, 7, s. 1837-1850 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Salaisuus on muodossa

Matti, M. & Bamford, D., 6 mar 2015, I : Helsingin Sanomat. B12

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelAllmänheten

Sulfolobus spindle-shaped virus 1 contains glycosylated capsid proteins, a cellular chromatin protein, and host-derived lipids

Quemin, E. R. J., Pietilä, M. K., Oksanen, H. M., Forterre, P., Rijpstra, W. I. C., Schouten, S., Bamford, D. H., Prangishvili, D. & Krupovic, M., 2015, I : Journal of Virology. 89, 22, s. 11681-11691 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2014

A Structural Model of the Genome Packaging Process in a Membrane-Containing Double Stranded DNA Virus

Hong, C., Oksanen, H. M., Liu, X., Jakana, J., Bamford, D. H. & Chiu, W., 2014, I : PLoS Biology. 12, 12, 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Conservation of major and minor jelly-roll capsid proteins in Polinton (Maverick) transposons suggests that they are bona fide viruses

Krupovic, M., Bamford, D. H. & Koonin, E. V., 29 apr 2014, I : Biology Direct. 9, 7 s., 6.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Electrostatic interactions drive the self-assembly and the transcription activity of the Pseudomonas phage phi6 procapsid

Sun, X., Bamford, D. & Poranen, M., 2014, I : Journal of Virology. 88, 12, s. 7112-7116 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Halophilic archaea cultivated from surface sterilized middle-late eocene rock salt are polyploid

Jaakkola, S. T., Zerulla, K., Guo, Q., Liu, Y., Ma, H., Yang, C., Bamford, D. H., Chen, X., Soppa, J. & Oksanen, H. M., 2014, I : PLoS One. 9, 10, 9 s., 110533.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Optical tweezers reveal force plateau and internal friction in PEG-induced DNA condensation

Ojala, H., Ziedaite, G., Wallin, A. E., Bamford, D. H. & Haeggström, E., mar 2014, I : European Biophysics Journal. 43, 2-3, s. 71-79 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Seeing the portal in membrane-containing bacteriophage PRD1 by cryo-EM

Hong, C., Liu, X., Oksanen, H. M., Jakana, J., Bamford, D. H. & Chiu, W., 2014, I : Microscopy and Microanalysis. 20, Suppl 3, s. 1250-1251 2 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Unification of the Globally Distributed Spindle-Shaped Viruses of the Archaea

Krupovic, M., Quemin, E. R. J., Bamford, D. H., Forterre, P. & Prangishvili, D., feb 2014, I : Journal of Virology. 88, 4, s. 2354-2358 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2013

Automatic comparison and classification of protein structures

Ravantti, J., Bamford, D. & Stuart, D. I., jul 2013, I : Journal of Structural Biology. 183, 1, s. 47-56 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Clinical isolates of Pseudomonas aeruginosa from superficial skin infections have different physiological patterns

Buivydas, A., Pasanen, T., Sencilo, A., Daugelavicius, R., Vaara, M. & Bamford, D. H., 2013, I : FEMS Microbiology Letters. 343, 2, s. 183-189 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

DNA ejection from an archaeal virus-a single-molecule approach

Hanhijärvi, K., Ziedaite, G., Pietilä, M. K., Haeggström, E. & Bamford, D., 2013, I : Biophysical Journal. 104, 10, s. 2264-2272 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Insights into head-tailed viruses infecting extremely halophilic archaea

Pietilä, M. K., Laurinmäki, P., Russell, D., Ko, C-C., Jacobs-Sera, D., Butcher, S., Bamford, D. & Hendrix, R., 2013, I : Journal of Virology. 87, 6, s. 3248-3260 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Lipid fingerprints of intact viruses by MALDI–TOF mass spectrometry

Vitale, R., Roine, E., Bamford, D. & Corcelli, A., 2013, I : Biochimica and Biophysica Acta. Molecular and Cell Biology of Lipids. 1831, 4, s. 872-879 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review