Jaana Oikkonen

Publikationer

Forskningsresultat per år 2011 2016 2022 2023 2024 2025

• 33 Artikel
• 1 Konferensbidrag
• 1 Mötesabstrakt
• 1 Kommentar/debatt
• 2 Mer
  • 1 Ledare
  • 1 Doktorsavhandling

Forskningsresultat per år

Forskningsresultat per år

Sökresultat

• 2025

  Jellyfish: integrative visualization of spatio-temporal tumor evolution and clonal dynamics

  Lavikka, K., Maarala, A. I., Oikkonen, J. & Hautaniemi, S., 11 mars 2025, I: Bioinformatics. 41, 3, 4 s., btaf091.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2024

  A synthetic lethal dependency on casein kinase 2 in response to replication-perturbing therapeutics in RB1-deficient cancer cells

  Bulanova, D., Akimov, Y., Senkowski, W., Oikkonen, J., Gall-Mas, L., Timonen, S., Elmadani, M., Hynninen, J., Hautaniemi, S., Aittokallio, T. & Wennerberg, K., 23 maj 2024, I: Science Advances. 10, 21, 15 s., eadj1564.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Chemotherapy induces myeloid-driven spatially confined T cell exhaustion in ovarian cancer

  Launonen, I.-M., Niemiec, I., Hincapié-Otero, M., Erkan, E. P., Junquera, A., Afenteva, D., Falco, M. M., Liang, Z., Salko, M., Chamchougia, F., Szabo, A., Perez-Villatoro, F., Li, Y., Micoli, G., Nagaraj, A., Haltia, U.-M., Kahelin, E., Oikkonen, J., Hynninen, J. & Virtanen, A. & 6 andra, Nirmal, A. J., Vallius, T., Hautaniemi, S., Sorger, P. K., Vähärautio, A. & Färkkilä, A., 9 dec. 2024, I: Cancer Cell. 42, 12, s. 2045-2063.e10 29 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Deciphering cancer genomes with GenomeSpy: a grammar-based visualization toolkit

  Lavikka, K., Oikkonen, J., Li, Y., Muranen, T., Micoli, G., Marchi, G., Lahtinen, A., Huhtinen, K., Lehtonen, R., Hietanen, S., Hynninen, J., Virtanen, A. & Hautaniemi, S., 5 aug. 2024, I: GigaScience. 13, 15 s., giae040.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Extensive mutational ctDNA profiles reflect High-grade serous cancer tumors and reveal emerging mutations at recurrence

  Marchi, G., Rajavuori, A., Nguyen, M. T. N., Huhtinen, K., Oksa, S., Hietanen, S., Hautaniemi, S., Hynninen, J. & Oikkonen, J., jan. 2024, I: Translational oncology. 39, 8 s., 101814.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Genome-wide quantification of copy-number aberration impact on gene expression in ovarian high-grade serous carcinoma

  Jamalzadeh, S., Dai, J., Lavikka, K., Li, Y., Jiang, J., Huhtinen, K., Virtanen, A., Oikkonen, J., Hietanen, S., Hynninen, J., Vähärautio, A., Häkkinen, A. & Hautaniemi, S., 5 feb. 2024, I: BMC Cancer. 24, 1, 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• HRD related signature 3 predicts clinical outcome in advanced tubo-ovarian high-grade serous carcinoma

  Koskela, H., Li, Y., Joutsiniemi, T., Muranen, T., Isoviita, V. M., Huhtinen, K., Micoli, G., Lavikka, K., Marchi, G., Hietanen, S., Virtanen, A., Hautaniemi, S., Oikkonen, J. & Hynninen, J., jan. 2024, I: Gynecologic Oncology. 180, s. 91-98 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• PIK3R1 fusion drives chemoresistance in ovarian cancer by activating ERK1/2 and inducing rod and ring-like structures

  Rausio, H., Cervera, A., Heuser, V. D., West, G., Oikkonen, J., Pianfetti, E., Lovino, M., Ficarra, E., Taimen, P., Hynninen, J., Lehtonen, R., Hautaniemi, S., Carpén, O. & Huhtinen, K., maj 2024, I: Neoplasia (United States). 51, 10 s., 100987.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2023

  A platform for efficient establishment and drug-response profiling of high-grade serous ovarian cancer organoids

  Senkowski, W., Gall-Mas, L., Falco, M. M., Li, Y., Lavikka, K., Kriegbaum, M. C., Oikkonen, J., Bulanova, D., Pietras, E. J., Vossgrone, K., Chen, Y.-J., Erkan, E. P., Dai, J., Lundgren, A., Hog, M. K. G., Larsen, I. M., Lamminen, T., Kaipio, K., Huvila, J. & Virtanen, A. & 9 andra, Engelholm, L., Christiansen, P., Santoni-Rugiu, E., Huhtinen, K., Carpen, O., Hynninen, J., Hautaniemi, S., Vähärautio, A. & Wennerberg, K., 19 juni 2023, I: Developmental Cell. 58, 12, s. 1106-+ 24 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Circulating tumor DNA-based copy-number profiles enable monitoring treatment effects during therapy in high-grade serous carcinoma

  Nguyen, M. T. N., Rajavuori, A., Huhtinen, K., Hietanen, S., Hynninen, J., Oikkonen, J. & Hautaniemi, S., dec. 2023, I: Biomedicine & Pharmacotherapy. 168, 8 s., 115630.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Functional Homologous Recombination Assay on FFPE Specimens of Advanced High-Grade Serous Ovarian Cancer Predicts Clinical Outcomes

  Pikkusaari, S., Tumiati, M., Virtanen, A., Oikkonen, J., Li, Y., Perez-Villatoro, F., Muranen, T., Salko, M., Huhtinen, K., Kanerva, A., Koskela, H., Tapper, J., Koivisto-Korander, R., Joutsiniemi, T., Haltia, U.-M., Lassus, H., Hautaniemi, S., Färkkilä, A., Hynninen, J. & Hietanen, S. & 2 andra, Carpen, O. & Kauppi, L., 15 aug. 2023, I: Clinical Cancer Research. 29, 16, s. 3110-3123 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Quantification of cell death and proliferation of patient-derived ovarian cancer organoids through 3D imaging and image analysis

  Skorda, A., Lauridsen, A. R., Huhtinen, K., Lahtinen, A., Senkowski, W., Oikkonen, J., Hynninen, J., Hautaniemi, S. & Kallunki, T., 15 dec. 2023, I: STAR protocols. 4, 4, 17 s., 102683.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Uusi työkalu räätälöityyn munasarjasyövän hoitoon

  Pikkusaari, S., Tumiati, M., Virtanen, A., Oikkonen, J., Li, Y., Perez-Villatoro, F., Muranen, T., Salko, M., Huhtinen, K., Kanerva, A., Koskela, H., Tapper, J., Koivisto-Korander, R., Joutsiniemi, T., Haltia, U.-M., Lassus, H., Hautaniemi, S., Färkkilä, A., Hynninen, J. & Hietanen, S. & 2 andra, Carpen, O. & Kauppi, L., 15 aug. 2023, I: Duodecim. 139, 9, s. 760 1 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Professionell

  Öppen tillgång

  Fil
• 2022

  Effects of Wee1 inhibitor adavosertib on patient-derived high-grade serous ovarian cancer cells are multiple and independent of homologous recombination status

  Roering, P., Siddiqui, A., Heuser, V. D., Potdar, S., Mikkonen, P., Oikkonen, J., Li, Y., Pikkusaari, S., Wennerberg, K., Hynninen, J., Grenman, S., Huhtinen, K., Auranen, A., Carpen, O. & Kaipio, K., 23 aug. 2022, I: Frontiers in oncology . 12, 14 s., 954430.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer

  Zhang, K., Erkan, E. P., Jamalzadeh, S., Dai, J., Andersson, N., Kaipio, K., Lamminen, T., Mansuri, N., Huhtinen, K., Carpen, O., Hietanen, S., Oikkonen, J., Hynninen, J., Virtanen, A., Häkkinen, A., Hautaniemi, S. & Väharautio, A., feb. 2022, I: Science Advances. 8, 8, 18 s., 1831.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Optimized detection of homologous recombination deficiency improves the prediction of clinical outcomes in cancer

  Perez Villatoro, F. R., Oikkonen, J., Casado, J., Chernenko, A., Gulhan, D. C., Tumiati, M., Li, Y., Lavikka, K. A., Hietanen, S., Hynninen, J., Haltia, U.-M., Tyrmi, J. S., Laivuori, H., Konstantinopoulos, P. A., Hautaniemi, S., Kauppi, L. & Färkkilä, A., 2022, I: npj precision oncology. 6, 1, 13 s., 96.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• QuantISH: RNA in situ hybridization image analysis framework for quantifying cell type-specific target RNA expression and variability

  Jamalzadeh, S., Häkkinen, A., Andersson, N., Huhtinen, K., Laury, A., Hietanen, S., Hynninen, J., Oikkonen, J., Carpen, O., Virtanen, A. & Hautaniemi, S., juli 2022, I: Laboratory Investigation. 102, 7, s. 753-761 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2021

  Genetically Defined Syngeneic Mouse Models of Ovarian Cancer as Tools for the Discovery of Combination Immunothrapy

  Iyer, S., Zhang, S., Yucel, S., Horn, H., Smith, S. G., Reinhardt, F., Hoefsmit, E., Assatova, B., Casado, J., Meinsohn, M.-C., Barrasa, M. I., Bell, G. W., Perez-Villatoro, F., Huhtinen, K., Hynninen, J., Oikkonen, J., Galhenage, P. M., Pathania, S., Hammond, P. T. & Neel, B. G. & 3 andra, Farkkila, A., Pepin, D. & Weinberg, R. A., feb. 2021, I: Cancer Discovery. 11, 2, s. 384-407 24 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Heterogeneity and Clonal Evolution of Acquired PARP Inhibitor Resistance in TP53- and BRCA1-Deficient Cells

  Färkkilä, A., Rodriguez, A., Oikkonen, J., Gulhan, D. C., Huy Nguyen, Dominguez, J., Ramos, S., Mills, C. E., Perez-Villatoro, F., Lazaro, J.-B., Zhou, J., Clairmont, C. S., Moreau, L. A., Park, P. J., Sorger, P. K., Hautaniemi, S., Frias, S. & D'Andrea, A. D., 15 maj 2021, I: Cancer Research. 81, 10, s. 2774-2787 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Network-guided identification of cancer-selective combinatorial therapies in ovarian cancer

  He, L., Bulanova, D., Oikkonen, J., Häkkinen, A., Zhang, K., Zheng, S., Wang, W., Erkan, E. P., Carpén, O., Joutsiniemi, T., Hietanen, S., Hynninen, J., Huhtinen, K., Hautaniemi, S., Vähärautio, A., Tang, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 3 nov. 2021, I: Briefings in Bioinformatics. 22, 6, 12 s., 272.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2019

  Prospective Longitudinal ctDNA Workflow Reveals Clinically Actionable Alterations in Ovarian Cancer

  Oikkonen, J., Zhang, K., Salminen, L., Schulman, I., Lavikka, K., Andersson, N., Ojanperä, E., Hietanen, S., Grénman, S., Lehtonen, R., Huhtinen, K., Carpén, O., Hynninen, J., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 3 maj 2019, I: JCO Precision Oncology. 3, 3, s. 1-12 12 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2018

  Musiikillisen luovuuden perimänlaajuinen tutkimus

  Oikkonen, J., Kuusi, T. & Järvelä, I., 29 juni 2018, I: Musiikki. 44, 1, s. 45-57 13 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Allmänheten

• 2016

  Convergent evidence for the molecular basis of musical traits

  Oikkonen, J., Onkamo, P., Järvelä, I. & Kanduri, C., 22 dec. 2016, I: Scientific Reports. 6, 10 s., 39707.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Creative Activities in Music - A Genome-Wide Linkage Analysis

  Oikkonen, J., Kuusi, T., Peltonen, P., Raijas, P., Ukkola-Vuoti, L., Karma, K., Onkamo, P. & Jarvela, I., 24 feb. 2016, I: PLoS One. 11, 2, 21 s., 0148679.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Detecting signatures of positive selection associated with musical aptitude in the human genome

  Liu, X., Kanduri, C., Oikkonen, J., Karma, K., Raijas, P., Ukkola-Vuoti, L., Teo, Y.-Y. & Jarvela, I., 16 feb. 2016, I: Scientific Reports. 6, 9 s., 21198.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2015

  A genome-wide linkage and association study of musical aptitude identifies loci containing genes related to inner ear development and neurocognitive functions

  Oikkonen, J., Huang, Y., Onkamo, P., Ukkola-Vuoti, L., Raijas, P., Karma, K., Vieland, V. J. & Jarvela, I., feb. 2015, I: Molecular Psychiatry. 20, 2, s. 275-282 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Association and Promoter Analysis of AVPR1A in Finnish Autism Families

  Kantojärvi, K., Oikkonen, J., Kotala, I., Kallela, J., Vanhala, R., Onkamo, P. & Jarvela, I., okt. 2015, I: Autism Research. 8, 5, s. 634-639 6 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2014

  Correlation between components of newly diagnosed exudative age-related macular degeneration lesion and focal retinal sensitivity

  Hautamäki, A., Oikkonen, J., Onkamo, P. & Immonen, I., 2014, I: Acta Ophthalmologica. 92, 1, s. 51-58 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Genomics approaches to study musical aptitude

  Oikkonen, J. & Jarvela, I., nov. 2014, I: BioEssays. 36, 11, s. 1102-1108 7 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2013

  Genome-Wide Copy Number Variation Analysis in Extended Families and Unrelated Individuals Characterized for Musical Aptitude and Creativity in Music

  Ukkola-Vuoti, L., Kanduri, C., Oikkonen, J., Buck, G., Blancher, C., Raijas, P., Karma, K., Lahdesmaki, H. & Järvelä, I., 27 feb. 2013, I: PLoS One. 8, 2, 9 s., e56356.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• The genome-wide landscape of copy number variations in the MUSGEN study provides evidence for a founder effect in the isolated Finnish population

  Kanduri, C., Ukkola-Vuoti, L., Oikkonen, J., Buck, G., Blancher, C., Raijas, P., Karma, K., Lahdesmaki, H. & Järvelä, I., dec. 2013, I: European Journal of Human Genetics. 21, 12, s. 1411-1416 6 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2012

  Suomalaisten musikaalisuus

  Raijas, P., Oikkonen, J., Ukkola-Vuoti, L., Onkamo, P. & Järvelä, I., 2012, I: Musiikki. 2012, 1, s. 86-90 5 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Allmänheten

• 2011

  Association of the arginine vasopressin receptor 1A (AVPR1A) haplotypes with listening to music

  Ukkola-Vuoti, L., Oikkonen, J., Onkamo, P., Karma, K., Raijas, P. & Jarvela, I., 2011, I: Journal of Human Genetics. 56, 4, s. 324-329 6 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review