20092019

Forskningsoutput per år

Om du gjort några ändringar i Pure kommer de visas här snart.

Publikationer

  • 8 Artikel
  • 7 Konferensbidrag
  • 1 Kandidatavhandling
  • 1 Magisteruppsats
2019

gapFinisher: A reliable gap filling pipeline for SSPACE-LongRead scaffolder output

Kammonen, J. I., Smolander, O-P., Paulin, L., Pereira, P. A. B., Laine, P., Koskinen, P., Jernvall, J. & Auvinen, P., 9 sep 2019, I : PLoS One. 14, 9, s. e0216885 21 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2018

Bracketing phenogenotypic limits of mammalian hybridization

Savriama, Y., Valtonen, M., Kammonen, J. I., Rastas, P., Smolander, O-P., Lyyski, A., Häkkinen, T. J., Corfe, I. J., Gerber, S., Salazar-Ciudad, I., Paulin, L., Holm, L., Löytynoja, A., Auvinen, P. & Jernvall, J., 28 nov 2018, I : Royal Society Open Science. 5, 11, 12 s., 180903.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2017

Genome sequencing and population genomic analyses provide insights into the adaptive landscape of silver birch

Salojärvi, J., Smolander, O-P., Nieminen, K., Rajaraman, S., Safronov, O., Safdari, P., Lamminmäki, A., Immanen, J., Lan, T., Tanskanen, J., Rastas, P., Amiryousefi, A., Jayaprakash, B., Kammonen, J. I., Hagqvist, R., Eswaran, G., Ahonen, V. H., Serra, J. A., Asiegbu, F. O., Barajas-Lopez, J. D. D. & 65 andra, Blande, D., Blokhina, O., Blomster, T., Broholm, S., Brosche, M., Cui, F., Dardick, C., Ehonen, S. E., Elomaa, P., Escamez, S., Fagerstedt, K. V., Fujii, H., Gauthier, A., Gollan, P. J., Halimaa, P., Heino, P. I., Himanen, K., Hollender, C., Kangasjarvi, S., Kauppinen, L., Kelleher, C. T., Kontunen-Soppela, S., Koskinen, J. P., Kovalchuk, A., Karenlampi, S. O., Kärkönen, A. K., Lim, K-J., Leppälä, J., Macpherson, L., Mikola, J., Mouhu, K., Mähönen, A. P., Niinemets, U., Oksanen, E., Overmyer, K., Palva, E. T., Pazouki, L., Pennanen, V., Puhakainen, T., Poczai, P., Possen, B. J. H. M., Punkkinen, M., Rahikainen, M. M., Rousi, M., Ruonala, R., van der Schoot, C., Shapiguzov, A., Sierla, M., Sipilä, T. P., Sutela, S., Teeri, T. H., Tervahauta, A. I., Vaattovaara, A., Vahala, J., Vetchinnikova, L., Welling, A., Wrzaczek, M., Xu, E., Paulin, L. G., Schulman, A. H., Lascoux, M., Albert, V. A., Auvinen, P., Helariutta, Y. & Kangasjarvi, J., 8 maj 2017, I : Nature Genetics. 49, 6, s. 904-912 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2016

Principal Component Analysis of Archaeological Data

Kammonen, J. & Sundell, T., 25 mar 2016, Keep the Revolution Going: Proceedings of the 43rd Annual Conference on Computer Applications and Quantitative Methods in Archaeology. Campana, S., Scopigno, R., Carpentiero, G. & Cirillo, M. (red.). Oxford: Archaeopress Oxford, s. 81-85 5 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Reconstructing the Boom of Prehistoric Hunter-Gatherer Population Size in Finland by Agent and Equation-Based Modelling

Sundell, T., Heger, M. & Kammonen, J., 25 mar 2016, Keep the Revolution Going: Proceedings of the 43rd Annual Conference on Computer Applications and Quantitative Methods in Archaeology. Campana, S., Scopigno, R., Carpentiero, G. & Cirillo, M. (red.). Oxford: Archaeopress Oxford, s. 733-738 5 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

2015

A Density-Based Simulation Approach for Evaluating Prehistoric Population Fluctuations in Finland

Sundell, T. & Kammonen, J., mar 2015, 21st Century Archaeology: Concepts, Methods and Tools: Proceedings of the 42nd Annual Conference on Computer Applications and Quantitative Methods in Archaeology. Giligny, F., Djindjian, F., Costa, L., Moscati, P. & Robert, S. (red.). Oxford: Archaeopress, s. 605-610 6 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Complete genome sequence of Propionibacterium freudenreichii DSM 20271T

Koskinen, P., Deptula, P., Smolander, O-P., Tamene, F., Kammonen, J., Savijoki, K., Paulin, L., Piironen, V., Auvinen, P. & Varmanen, P., 2015, I : Standards in Genomic Sciences. 10, s. 1-6 6 s., 83.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Increased transcriptome sequencing efficiency with modified Mint-2 digestion-ligation protocol

Kammonen, J. I., Smolander, O-P., Sipilä, T., Overmyer, K., Auvinen, P. & Paulin, L., 15 maj 2015, I : Analytical Biochemistry. 477, s. 38-40 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2014

Archaeology, genetics and a population bottleneck in prehistoric Finland

Sundell, T., Kammonen, J., Halinen, P., Pesonen, P. & Onkamo, P., dec 2014, I : Antiquity. 88, 342, s. 1132-1147 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2013

Bayesian Spatial Modelling of Radiocarbon Dated Archaeological Artefacts Using R-INLA

Kammonen, J., Sundell, T., Pesonen, P. A. P., Oinonen, M. & Onkamo, P., 16 sep 2013, CAA2012: Proceedings of the 40th Conference in Computer Applications and Quantitative Methods in Archaeology, Southampton, United Kingdom, 26-30 March 2012. Earl, G., Sly, T., Chrysanthi, A., Murrieta-Flores, P., Papadopoulos, C., Romanowska, I. & Wheatley, D. (red.). Amsterdam University Press, s. 414-419 6 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Improving the throughput of the forward population genetic simulation environment simuPOP

Kammonen, J., 2013, 54 s.

Forskningsoutput: AvhandlingMagisteruppsatsAvhandlingar

Öppen tillgång
Fil

Retracing Prehistoric Population Events in Finland Using Simulation

Sundell, T., Kammonen, J., Heger, M., Palo, J. & Onkamo, P., 16 sep 2013, CAA2012: Proceedings of the 40th Conference in Computer Applications and Quantitative Methods in Archaeology, Southampton, United Kingdom, 26-30 March 2012. Earl, G., Sly, T., Chrysanthi, A., Murrieta-Flores, P., Papadopoulos, C., Romanowska, I. & Wheatley, D. (red.). Amsterdam University Press, s. 93-104 12 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

2012

Bayesian spatial analysis of archaeological finds and radiocarbon dates: An example from Finland 4000-3500 cal BC

Kammonen, J., Sundell, T., Moltchanova, E., Pesonen, P. A. P., Oinonen, M., Heger, M., Haimila, M. & Onkamo, P., 2012, CAA2011 - Revive the Past: Proceedings of the 39th Conference in Computer Applications and. s. 318-325 8 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Bayesian spatiotemporal analysis of radiocarbon dates from Eastern Fennoscandia

Onkamo, P., Kammonen, J., Pesonen, P., Sundell, T., Moltchanova, E., Oinonen, M., Haimila, M. & Arjas, E., 2012, I : Radiocarbon. 54, 3-4, s. 649-659 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2011

Archaeological radiocarbon dates and ancient shorelines: resources and reservoirs

Pesonen, P. A. P., Kammonen, J., Moltchanova, E., Oinonen, M. & Onkamo, P., 2011, Seminar on Sea Level Displacement and Bedrock Uplift : Pori, Suomi 10-11.6.2010. Ikonen, A. T. K. & Lipping, T. (red.). Posiva, s. 119-129 11 s. (Posiva Working Reports).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

2010

Modelling a Neolithic Population Bottleneck in Finland: A Genetic Simulation

Sundell, T., Heger, M., Kammonen, J. & Onkamo, P., dec 2010, I : Fennoscandia Archaeologica. XXVII, s. 3-19 17 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2009

Mobile IPv6:n tietoturva ja reititystesti

Kammonen, J., 19 maj 2009, 17 s.

Forskningsoutput: AvhandlingKandidatavhandlingAvhandlingar

Öppen tillgång
Fil