Comprehensive metabolomic and epigenomic characterization of microsatellite stable BRAF-mutated colorectal cancer

Taira, A., Aavikko, M., Katainen, R., Kaasinen, E., Välimäki, N., Ravantti, J., Ristimäki, A., Seppälä, T. T., Renkonen-Sinisalo, L., Lepistö, A., Tahkola, K., Mattila, A., Koskensalo, S., Mecklin, J.-P., Böhm, J., Bramsen, J. B., Lindbjerg Andersen, C., Palin, K., Rajamäki, K. & Aaltonen, L. A., mars 2025, I: Oncogene. 13 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Fine-mapping analysis including over 254,000 East Asian and European descendants identifies 136 putative colorectal cancer susceptibility genes

Chen, Z., Guo, X., Tao, R., Huyghe, J. R., Law, P. J., Fernandez-Rozadilla, C., Ping, J., Jia, G., Long, J., Li, C., Shen, Q., Xie, Y., Timofeeva, M. N., Thomas, M., Schmit, S. L., Díez-Obrero, V., Devall, M., Moratalla-Navarro, F., Fernandez-Tajes, J. & Palles, C. & 185 andra, Sherwood, K., Briggs, S. E. W., Svinti, V., Donnelly, K., Farrington, S. M., Blackmur, J., Vaughan-Shaw, P. G., Shu, X. O., Lu, Y., Broderick, P., Studd, J., Harrison, T. A., Conti, D. V., Schumacher, F. R., Melas, M., Rennert, G., Obón-Santacana, M., Martín-Sánchez, V., Oh, J. H., Kim, J., Jee, S. H., Jung, K. J., Kweon, S. S., Shin, M. H., Shin, A., Ahn, Y. O., Kim, D. H., Oze, I., Wen, W., Matsuo, K., Matsuda, K., Tanikawa, C., Ren, Z., Gao, Y. T., Jia, W. H., Hopper, J. L., Jenkins, M. A., Win, A. K., Pai, R. K., Figueiredo, J. C., Haile, R. W., Gallinger, S., Woods, M. O., Newcomb, P. A., Duggan, D., Cheadle, J. P., Kaplan, R., Kerr, R., Kerr, D., Kirac, I., Böhm, J., Mecklin, J. P., Jousilahti, P., Knekt, P., Aaltonen, L. A., Rissanen, H., Pukkala, E., Eriksson, J. G., Cajuso, T., Hänninen, U., Kondelin, J., Palin, K., Tanskanen, T., Renkonen-Sinisalo, L., Männistö, S., Albanes, D., Weinstein, S. J., Ruiz-Narvaez, E., Palmer, J. R., Buchanan, D. D., Platz, E. A., Visvanathan, K., Ulrich, C. M., Siegel, E., Brezina, S., Gsur, A., Campbell, P. T., Chang-Claude, J., Hoffmeister, M., Brenner, H., Slattery, M. L., Potter, J. D., Tsilidis, K. K., Schulze, M. B., Gunter, M. J., Murphy, N., Castells, A., Castellví-Bel, S., Moreira, L., Arndt, V., Shcherbina, A., Bishop, D. T., Giles, G. G., Southey, M. C., Idos, G. E., McDonnell, K. J., Abu-Ful, Z., Greenson, J. K., Shulman, K., Lejbkowicz, F., Offit, K., Su, Y. R., Steinfelder, R., Keku, T. O., van Guelpen, B., Hudson, T. J., Hampel, H., Pearlman, R., Berndt, S. I., Hayes, R. B., Martinez, M. E., Thomas, S. S., Pharoah, P. D. P., Larsson, S. C., Yen, Y., Lenz, H. J., White, E., Li, L., Doheny, K. F., Pugh, E., Shelford, T., Chan, A. T., Cruz-Correa, M., Lindblom, A., Hunter, D. J., Joshi, A. D., Schafmayer, C., Scacheri, P. C., Kundaje, A., Schoen, R. E., Hampe, J., Stadler, Z. K., Vodicka, P., Vodickova, L., Vymetalkova, V., Edlund, C. K., Gauderman, W. J., Shibata, D., Toland, A., Markowitz, S., Kim, A., Chanock, S. J., van Duijnhoven, F., Feskens, E. J. M., Sakoda, L. C., Gago-Dominguez, M., Wolk, A., Pardini, B., FitzGerald, L. M., Lee, S. C., Ogino, S., Bien, S. A., Kooperberg, C., Li, C. I., Lin, Y., Prentice, R., Qu, C., Bézieau, S., Yamaji, T., Sawada, N., Iwasaki, M., Le Marchand, L., Wu, A. H., Qu, C., McNeil, C. E., Coetzee, G., Hayward, C., Deary, I. J., Harris, S. E., Theodoratou, E., Reid, S., Walker, M., Ooi, L. Y., Lau, K. S., Zhao, H., Hsu, L., Cai, Q., Dunlop, M. G., Gruber, S. B., Houlston, R. S., Moreno, V., Casey, G., Peters, U., Tomlinson, I. & Zheng, W., 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 17 s., 3557.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Lynch syndrome-associated and sporadic microsatellite unstable colorectal cancers: different patterns of clonal evolution yield highly similar tumours

Martin, S., Katainen, R., Taira, A., Välimäki, N., Ristimäki, A., Seppälä, T., Renkonen-Sinisalo, L., Lepistö, A., Tahkola, K., Mattila, A., Koskensalo, S., Mecklin, J.-P., Rajamäki, K., Palin, K. & Aaltonen, L. A., 24 aug. 2024, I: Human Molecular Genetics. 33, 21, s. 1858-1872 15 s., ddae124.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Deciphering colorectal cancer genetics through multi-omic analysis of 100,204 cases and 154,587 controls of European and east Asian ancestries

Fernandez-Rozadilla, C., Timofeeva, M., Chen, Z., Law, P., Thomas, M., Bien, S., Diez-Obrero, V., Li, L., Fernandez-Tajes, J., Palles, C., Sherwood, K., Harris, S., Svinti, V., McDonnell, K., Farrington, S., Studd, J., Vaughan-Shaw, P., Shu, X.-O., Long, J. & Cai, Q. & 190 andra, Guo, X., Lu, Y., Scacheri, P., Studd, J., Huyghe, J., Harrison, T., Shibata, D., Haiman, C., Devall, M., Schumacher, F., Melas, M., Rennert, G., Obon-Santacana, M., Martin-Sanchez, V., Moratalla-Navarro, F., Oh, J. H., Kim, J., Jee, S. H., Jung, K. J., Kweon, S.-S., Shin, M.-H., Shin, A., Ahn, Y.-O., Kim, D.-H., Oze, I., Wen, W., Matsuo, K., Matsuda, K., Tanikawa, C., Ren, Z., Gao, Y.-T., Jia, W.-H., Potter, J., Jenkins, M., Win, A. K., Pai, R., Figueiredo, J., Haile, R., Gallinger, S., Woods, M., Newcomb, P., Shibata, D., Cheadle, J., Kaplan, R., Maughan, T., Kerr, R., Kerr, D., Kirac, I., Boehm, J., Mecklin, L.-P., Jousilahti, P., Knekt, P., Aaltonen, L., Rissanen, H., Pukkala, E., Eriksson, J., Cajuso, T., Hanninen, U., Kondelin, J., Palin, K., Tanskanen, T., Renkonen-Sinisalo, L., Zanke, B., Männistö, S., Albanes, D., Weinstein, S., Ruiz-Narvaez, E., Palmer, J., Buchanan, D., Platz, E., Visvanathan, K., Ulrich, C., Siegel, E., Brezina, S., Gsur, A., Campbell, P., Chang-Claude, J., Hoffmeister, M., Brenner, H., Slattery, M., Potter, J., Tsilidis, K., Schulze, M., Gunter, M., Murphy, N., Castells, A., Castellvi-Bel, S., Moreira, L., Arndt, V., Shcherbina, A., Stern, M., Pardamean, B., Bishop, T., Giles, G., Southey, M., Idos, G., McDonnell, K., Abu-Ful, Z., Greenson, J., Shulman, K., Lejbkowicz, F., Offit, K., Su, Y.-R., Steinfelder, R., Keku, T., van Guelpen, B., Hudson, T., Hampel, H., Pearlman, R., Berndt, S., Hayes, R., Martinez, M. E., Thomas, S., Corley, D., Pharoah, P., Larsson, S., Yen, Y., Lenz, H.-J., White, E., Li, L., Doheny, K., Pugh, E., Shelford, T., Chan, A., Cruz-Correa, M., Lindblom, A., Shibata, D., Joshi, A., Schafmayer, C., Scacheri, P., Kundaje, A., Nickerson, D., Schoen, R., Hampe, J., Stadler, Z., Vodicka, P., Vodickova, L., Vymetalkova, V., Papadopoulos, N., Edlund, C., Gauderman, W., Thomas, D., Shibata, D., Toland, A., Markowitz, S., Kim, A., Gruber, S., van Duijnhoven, F., Feskens, E., Sakoda, L., Gago-Dominguez, M., Wolk, A., Naccarati, A., Pardini, B., FitzGerald, L., Lee, S. C., Ogino, S., Bien, S., Kooperberg, C., Li, C., Lin, Y., Prentice, R., Qu, C., Bezieau, S., Tangen, C., Mardis, E., Yamaji, T., Sawada, N., Iwasaki, M., Haiman, C., Le Marchand, L., Wu, A., Qu, C., McNeil, C., Coetzee, G., Hayward, C., Deary, I., Harris, S., Theodoratou, E., Reid, S., Walker, M., Ooi, L. Y., Moreno, V., Casey, G., Gruber, S., Tomlinson, I., Zheng, W., Dunlop, M., Houlston, R. & Peters, U., jan. 2023, I: Nature Genetics. 55, 1, s. 89-+ 18 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Evidence of a causal effect of genetic tendency to gain muscle mass on uterine leiomyomata

Sliz, E., Tyrmi, J. S., Rahmioglu, N., Zondervan, K. T., Becker, C. M., Uimari, O., Kettunen, J., Palotie, A., Daly, M., Riley-Gills, B., Jacob, H., Paul, D., Matakidou, A., Platt, A., Runz, H., John, S., Okafo, G., Lawless, N., Salminen-Mankonen, H. & Plenge, R. & 306 andra, Maranville, J., McCarthy, M., Ehm, M. G., Auro, K., Longerich, S., Fox, C., Malarstig, A., Klinger, K., Chatelain, C., Gossel, M., Estrada, K., Graham, R., Yang, R., O'Donnell, C., Mäkelä, T. P., Kaprio, J., Virolainen, P., Hakanen, A., Kilpi, T., Perola, M., Partanen, J., Pitkäranta, A., Raivio, T., Serpi, R., Laitinen, T., Kosma, V.-M., Laukkanen, J., Hautalahti, M., Tuovila, O., Pakkanen, R., Waring, J., Riley-Gillis, B., Rahimov, F., Tachmazidou, I., Chen, C.-Y., Ding, Z., Jung, M., Biswas, S., Pendergrass, R., Pulford, D., Raghavan, N., Huertas-Vazquez, A., Sul, J.-H., Hu, X., Hedman, A., Rivas, M., Waterworth, D., Renaud, N., Obeidat, M., Ripatti, S., Schleutker, J., Arvas, M., Carpen, O., Hinttala, R., Mannermaa, A., Aalto-Setala, K., Kahonen, M., Mäkelä, J., Kalviainen, R., Julkunen, V., Soininen, H., Remes, A., Hiltunen, M., Peltola, J., Raivio, M., Tienari, P., Rinne, J., Kallionpaa, R., Partanen, J., Abbasi, A., Ziemann, A., Smaoui, N., Lehtonen, A., Eaton, S., Lahdenpera, S., Bowers, N., Teng, E., Xu, F., Addis, L., Eicher, J., Li, Q. S., He, K., Khramtsova, E., Färkkilä, M., Koskela, J., Pikkarainen, S., Jussila, A., Kaukinen, K., Blomster, T., Kiviniemi, M., Voutilainen, M., Lu, T., McCarthy, L., Hart, A., Guan, M., Miller, J., Kalpala, K., Miller, M., Eklund, K., Palomaki, A., Isomaki, P., Pirila, L., Kaipiainen-Seppanen, O., Huhtakangas, J., Mars, N., Lertratanakul, A., Hochfeld, M., Gordillo, J. E., Farias, F., Bing, N., Pelkonen, M., Kauppi, P., Kankaanranta, H., Harju, T., Lahesmaa, R., Lassi, G., Chen, H., Betts, J., Mishra, R., Mouded, M., Ngo, D., Niiranen, T., Vaura, F., Salomaa, V., Metsarinne, K., Aittokallio, J., Hernesniemi, J., Gordin, D., Sinisalo, J., Taskinen, M.-R., Tuomi, T., Elliott, A., Reeve, M. P., Ruotsalainen, S., Challis, B., Chu, A., Reilly, D., Mendelson, M., Parkkinen, J., Meretoja, T., Joensuu, H., Mattson, J., Salminen, E., Auranen, A., Karihtala, P., Auvinen, P., Elenius, K., Pitkänen, E., Popovic, R., Schutzman, J., Kulkarni, D., Porello, A., Loboda, A., Lehtonen, H., McDonough, S., Vuoti, S., Kaarniranta, K., Turunen, J. A., Ollila, T., Uusitalo, H., Karjalainen, J., Liu, M., Loomis, S., Strauss, E., Chen, H., Tasanen, K., Huilaja, L., Hannula-Jouppi, K., Salmi, T., Peltonen, S., Koulu, L., Choy, D., Wu, Y., Pussinen, P., Salminen, A., Salo, T., Rice, D., Nieminen, P., Palotie, U., Siponen, M., Suominen, L., Mäntylä, P., Gursoy, U., Anttonen, V., Sipila, K., Laivuori, H., Kurra, V., Kotaniemi-Talonen, L., Heikinheimo, O., Kalliala, I., Aaltonen, L., Jokimaa, V., Vaarasmaki, M., Morin-Papunen, L., Niinimaki, M., Piltonen, T., Kivinen, K., Widen, E., Tukiainen, T., Välimäki, N., Laakkonen, E., Silven, H., Arffman, R., Savukoski, S., Laisk, T., Pujol, N., Kumar, J., Hovatta, I., Isometsä, E., Ollila, H., Suvisaari, J., Als, T. D., Mäkitie, A., Bizaki-Vallaskangas, A., Toppila-Salmi, S., Willberg, T., Saarentaus, E., Aarnisalo, A., Rahikkala, E., Aittomaki, K., Åberg, F., Kurki, M., Havulinna, A., Mehtonen, J., Palta, P., Hassan, S., Parolo, P. D. B., Zhou, W., Maasha, M., Lemmela, S., Liu, A., Lehisto, A., Ganna, A., Llorens, V., Heyne, H., Rämö, J., Rodosthenous, R., Strausz, S., Palotie, T., Palin, K., Garcia-Tabuenca, J., Siirtola, H., Kiiskinen, T., Lee, J., Tsuo, K., Kristiansson, K., Hyvärinen, K., Ritari, J., Pylkas, K., Karjalainen, M., Mantere, T., Kangasniemi, E., Heikkinen, S., Pitkanen, N., Lessard, S., Chatelain, C., Terho, P., Wahlfors, T., Punkka, E., Siltanen, S., Kuopio, T., Jalanko, A., Shen, H.-Y., Kajanne, R., Aavikko, M., Palin, H., Linna, M.-M., Kanai, M., Zheng, Z., Lahtela, L. E., Kaunisto, M., Kilpeläinen, E., Sipila, T. P., Dada, O. A., Ghazal, A., Kytölä, A., Weldatsadik, R., Donner, K., Loukola, A., Laiho, P., Sistonen, T., Kaiharju, E., Laukkanen, M., Jarvensivu, E., Lahteenmaki, S., Mannikko, L., Wong, R., Toivola, A., Brunfeldt, M., Mattsson, H., Koskelainen, S., Hiekkalinna, T., Paajanen, T., Pärn, K., Kals, M., Luo, S., Padmanabhuni, S. S., Niemi, M., Gracia-Tabuenca, J., Helminen, M., Luukkaala, T., Vahatalo, I., Tammerluoto, J., Smith, S., Southerington, T. & Lehto, P., 1 feb. 2023, I: Nature Communications. 14, 542, 14 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review