Inget foto på Lars Paulin
  • PL 56 (Viikinkaari 5)

    00014

    Finland

1990 …2019
Om du gjort några ändringar i Pure kommer de visas här snart.

Publikationer 1990 2019

2019

Gametophytic transcriptomics of an early embryophyte (Blasia pusilla) and comparative landscape of gametophyte evolution

Sablok, G., He, X., Miranto, M., Peltomaa, E., Flores, J., Sleith, R., Karol, K., Delwiche, C., Bell, N., Paulin, L., Poczai, P. & Hyvönen, J., 26 jun 2019.

Forskningsoutput: KonferensbidragPosterForskningPeer review

Fil

Genome description of Phlebia radiata 79 with comparative genomics analysis on lignocellulose decomposition machinery of phlebioid fungi

Mäkinen, M., Kuuskeri, J., Laine, P., Smolander, O-P., Kovalchuk, A., Zeng, Z., Asiegbu, F., Paulin, L., Auvinen, P. & Lundell, T., 28 maj 2019, I : BMC Genomics. 20, 22 s., 430.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Mitogenomics of Blasia pusilla as a tool for agricultural productivity

Sablok, G., He, X., Miranto, M. J., Flores, J. R., Peltomaa, E. T., Sleith, R., Karol, K., Delwiche, C., Bell, N., Paulin, L. G., Poczai, P. & Hyvönen, J. T., 24 mar 2019.

Forskningsoutput: KonferensbidragPosterForskningPeer review

Öppen tillgång
Fil
2018

Acidipropionibacterium virtanenii sp. nov., isolated from malted barley

Deptula, P., Smolander, O-P. A., Laine, P. K. S., Roberts, R. J., Edelmann, J. M., Peltola, P., Piironen, V. I., Paulin, L. G., Storgårds, E., Savijoki, K., Laitila, A., Auvinen, P. O. V. & Varmanen, P. K., okt 2018, I : International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 68, 10, s. 3175-3183 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

BARCOSEL: a tool for selecting an optimal barcode set for high-throughput sequencing

Somervuo, P., Koskinen, P., Mei, P., Holm, L., Auvinen, P. & Paulin, L., 5 jul 2018, I : BMC Bioinformatics. 19, 257, 6 s., 257.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

BK polyomavirus microRNA expression and sequence variation in polyomavirus-associated nephropathy

Virtanen, E., Seppälä, H., Helanterä, I., Laine, P., Lautenschlager, I., Paulin, L., Mannonen, L., Auvinen, P. & Auvinen, E., maj 2018, I : Journal of Clinical Virology. 102, s. 70-76 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Bracketing phenogenotypic limits of mammalian hybridization

Savriama, Y., Valtonen, M., Kammonen, J. I., Rastas, P., Smolander, O-P., Lyyski, A., Häkkinen, T. J., Corfe, I. J., Gerber, S., Salazar-Ciudad, I., Paulin, L., Holm, L., Löytynoja, A., Auvinen, P. & Jernvall, J., 28 nov 2018, I : Royal Society Open Science. 5, 11, 12 s., 180903.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Breakpoint mapping and haplotype analysis of translocation t(1;12)(q43;q21.1) in two apparently independent families with vascular phenotypes

Luukkonen, T. M., Mehrjouy, M. M., Pöyhönen, M., Anttonen, A-K., Lahermo, P., Ellonen, P., Paulin, L., Tommerup, N., Palotie, A. & Varilo, T., jan 2018, I : Molecular Genetics & Genomic Medicine. 6, 1, s. 56-68 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Cloning of the wheat Yr15 resistance gene sheds light on the plant tandem kinase-pseudokinase family

Klymiuk, V., Yaniv, E., Huang, L., Raats, D., Fatiukha, A., Chen, S., Feng, L., Frenkel, Z., Krugman, T., Lidzbarsky, G., Chang, W., Jääskeläinen, M. J., Schudoma, C., Paulin, L., Laine, P., Bariana, H., Sela, H., Saleem, K., Sorensen, C. K., Hovmoller, M. S. & 6 andraDistelfeld, A., Chalhoub, B., Dubcovsky, J., Korol, A. B., Schulman, A. H. & Fahima, T., 3 okt 2018, I : Nature Communications. 9, 12 s., 3735.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Dietary supplementation with yeast hydrolysate in pregnancy influences colostrum yield and gut microbiota of sows and piglets after birth

Hasan, S., Junnikkala, S., Peltoniemi, O., Paulin, L., Lyyski, A., Vuorenmaa, J. & Oliviero, C., 24 maj 2018, I : PLoS One. 13, 5, 17 s., 0197586.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Genetic Control of Myelin Plasticity after Chronic Psychosocial Stress

Laine, M. A., Trontti, K., Misiewicz, Z., Sokolowska, E., Kulesskaya, N., Heikkinen, A., Saarnio, S., Balcells, I., Ameslon, P., Greco, D., Mattila, P., Ellonen, P., Paulin, L., Auvinen, P., Jokitalo, E. & Hovatta, I., jul 2018, I : eNeuro. 5, 4, 16 s., UNSP e0166-18.2018.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Gut microbiome in gestational diabetes: a cross-sectional study of mothers and offspring 5 years postpartum

Hasan, S., Aho, V., Pereira, P., Paulin, L., Koivusalo, S. B., Auvinen, P. & Eriksson, J. G., jan 2018, I : Acta Obstetricia et Gynecologica Scandinavica. 97, 1, s. 38-46 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Isotretinoin and lymecycline treatments modify the skin microbiota in acne

Kelhala, H-L., Aho, V. T. E., Fyhrquist, N., Pereira, P. A. B., Kubin, M. E., Paulin, L., Palatsi, R., Auvinen, P., Tasanen, K. & Lauerma, A., jan 2018, I : Experimental Dermatology. 27, 1, s. 30-36 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Metagenomic and metatranscriptomic analysis of the microbial community in Swiss-type Maasdam cheese during ripening

Duru, I. C., Laine, P. K. S., Andreevskaya, M., Paulin, L. G., Kananen, S., Tynkkynen, S., Auvinen, P. O. V. & Smolander, O-P. A., 19 maj 2018, I : International Journal of Food Microbiology. 281, s. 10-22 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Mu transpososome activity-profiling yields hyperactive MuA variants for highly efficient genetic and genome engineering

Rasila, T. S., Pulkkinen, E., Kiljunen, S., Haapa-Paananen, S., Pajunen, M. I., Salminen, A., Paulin, L., Vihinen, M., Rice, P. A. & Savilahti, H., 18 maj 2018, I : Nucleic Acids Research. 46, 9, s. 4649-4661 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Plastomics of charophycean Coleochaete orbicularis and embryophyte Blasia pusilla

Sablok, G., He, X., Miranto, M. J., Peltomaa, E., Bell, N., Sleith, R., Karol, K., Delwiche, C., Paulin, L. G., Poczai, P. & Hyvönen, J. T., 2018, s. 541. 1 s.

Forskningsoutput: KonferensbidragPosterForskningPeer review

Polyadenylation and degradation of structurally abnormal mitochondrial tRNAs in human cells

Toompuu, M., Tuomela, T., Laine, P., Paulin, L., Dufour, E. & Jacobs, H. T., 1 jun 2018, I : Nucleic Acids Research. 46, 10, s. 5209-5226 18 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Romboutsia hominis sp nov., the first human gut-derived representative of the genus Romboutsia, isolated from ileostoma effluent

Gerritsen, J., Umanets, A., Staneva, I., Hornung, B., Ritari, J., Paulin, L., Rijkers, G. T., de Vos, W. M. & Smidt, H., nov 2018, I : International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 68, 11, s. 3479-3486 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The complexity of titin splicing pattern in human adult skeletal muscles

Savarese, M., Jonson, P. H., Huovinen, S., Paulin, L., Auvinen, P., Udd, B. & Hackman, P., 29 mar 2018, I : Skeletal Muscle. 8, 9 s., 11.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The first draft genome of Blasia pusilla using SMRT sequencing

Sablok, G., He, X., Miranto, M. J., Peltomaa, E., Bell, N., Paulin, L. G., Poczai, P. & Hyvönen, J. T., 2018, s. 74. 1 s.

Forskningsoutput: KonferensbidragPosterForskningPeer review

Fil

The receptor-like pseudokinase GHR1 is required for stomatal closure

Sierla, M. E., Hõrak, H., Overmyer, K. L., Waszczak, C. M., Yarmolinsky, D., Maierhofer, T., Vainonen, J., Denessiouk, K., Salojärvi, J. T., Laanemets, K., Tõldsepp, K., Vahisalu, T., Gauthier, A. G. B., Puukko, T., Paulin, L., Auvinen, P. O. V., Geiger, D., Hedrich, R., Kollist, H. & Kangasjärvi, J. S., nov 2018, I : Plant Cell. 30, 11, s. 2813-2837 25 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2017

An Inducible Operon Is Involved in Inulin Utilization in Lactobacillus plantarum Strains, as Revealed by Comparative Proteogenomics and Metabolic Profiling

Buntin, N., Hongpattarakere, T., Ritari, J., Douillard, F. P., Paulin, L., Boeren, S., Shetty, S. A. & de Vos, W. M., 2017, I : Applied and Environmental Microbiology. 83, 2, e02402-16.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Bile microbiota in primary sclerosing cholangitis: Impact on disease progression and development of biliary dysplasia

Pereira, P., Aho, V., Arola, J., Boyd, S., Jokelainen, K., Paulin, L., Auvinen, P. & Farkkila, M., 10 aug 2017, I : PLoS One. 12, 8, 15 s., 0182924.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Complete genome sequence of Akkermansia glycaniphila strain PytT, a mucin-degrading specialist of the reticulated python gut

Ouwerkerk, J. P., Koehorst, J. J., Schaap, P. J., Ritari, J., Paulin, L., Belzer, C. & de Vos, W. M., 2017, I : Genome Announcements. 5, 1, 2 s., e01098-16.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Complete genome sequence of Eubacterium hallii strain L2-7

Shetty, S. A., Ritari, J., Paulin, L., Smidt, H. & de Vos, W. M., 2017, I : Genome Announcements. 5, 43, 2 s., e01167-17.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

De novo assembly of genomes from long sequence reads reveals uncharted territories of Propionibacterium freudenreichii

Deptula, P., Laine, P. K., Roberts, R. J., Smolander, O-P., Vihinen, H., Piironen, V., Paulin, L., Jokitalo, E., Savijoki, K., Auvinen, P. & Varmanen, P., 16 okt 2017, I : BMC Genomics. 18, 24 s., 790.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Functional genomics provides insights into the role of Propionibacterium freudenreichii ssp shermanii JS in cheese ripening

Ojala, T., Laine, P. K. S., Ahlroos, T., Tanskanen, J., Pitkanen, S., Salusjarvi, T., Kankainen, M., Tynkkynen, S., Paulin, L. & Auvinen, P., 16 jan 2017, I : International Journal of Food Microbiology. 241, s. 39-48 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genome sequence of the model plant pathogen Pectobacterium carotovorum SCC1

Niemi, O., Laine, P., Koskinen, P., Pasanen, M., Pennanen, V., Harjunpaa, H., Nykyri, J., Holm, L., Paulin, L., Auvinen, P., Palva, E. T. & Pirhonen, M., 20 dec 2017, I : Standards in Genomic Sciences. 12, 8 s., 87.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genome sequencing and population genomic analyses provide insights into the adaptive landscape of silver birch

Salojärvi, J., Smolander, O-P., Nieminen, K., Rajaraman, S., Safronov, O., Safdari, P., Lamminmäki, A., Immanen, J., Lan, T., Tanskanen, J., Rastas, P., Amiryousefi, A., Jayaprakash, B., Kammonen, J. I., Hagqvist, R., Eswaran, G., Ahonen, V. H., Serra, J. A., Asiegbu, F. O., Barajas-Lopez, J. D. D. & 65 andraBlande, D., Blokhina, O., Blomster, T., Broholm, S., Brosche, M., Cui, F., Dardick, C., Ehonen, S. E., Elomaa, P., Escamez, S., Fagerstedt, K. V., Fujii, H., Gauthier, A., Gollan, P. J., Halimaa, P., Heino, P. I., Himanen, K., Hollender, C., Kangasjarvi, S., Kauppinen, L., Kelleher, C. T., Kontunen-Soppela, S., Koskinen, J. P., Kovalchuk, A., Karenlampi, S. O., Kärkönen, A. K., Lim, K-J., Leppälä, J., Macpherson, L., Mikola, J., Mouhu, K., Mähönen, A. P., Niinemets, U., Oksanen, E., Overmyer, K., Palva, E. T., Pazouki, L., Pennanen, V., Puhakainen, T., Poczai, P., Possen, B. J. H. M., Punkkinen, M., Rahikainen, M. M., Rousi, M., Ruonala, R., van der Schoot, C., Shapiguzov, A., Sierla, M., Sipilä, T. P., Sutela, S., Teeri, T. H., Tervahauta, A. I., Vaattovaara, A., Vahala, J., Vetchinnikova, L., Welling, A., Wrzaczek, M., Xu, E., Paulin, L. G., Schulman, A. H., Lascoux, M., Albert, V. A., Auvinen, P., Helariutta, Y. & Kangasjarvi, J., 8 maj 2017, I : Nature Genetics. 49, 6, s. 904-912 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Genotypic and phenotypic diversity of Lactobacillus rhamnosus clinical isolates, their comparison with strain GG and their recognition by complement system

Nissila, E., Douillard, F. P., Ritari, J., Paulin, L., Jarvinen, H. M., Rasinkangas, P., Haapasalo, K., Meri, S., Jarva, H. & de Vos, W. M., 11 maj 2017, I : PLoS One. 12, 5, 18 s., 0176739.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

More than constipation - bowel symptoms in Parkinson's disease and their connection to gut microbiota

Mertsalmi, T. H., Aho, V. T. E., Pereira, P. A. B., Paulin, L., Pekkonen, E., Auvinen, P. & Scheperjans, F., nov 2017, I : European Journal of Neurology. 24, 11, s. 1375-1383 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Oral and nasal microbiota in Parkinson's disease

Pereira, P. A. B., Aho, V. T. E., Paulin, L., Pekkonen, E., Auvinen, P. & Scheperjans, F., maj 2017, I : Parkinsonism & Related Disorders. 38, s. 61-67 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Significant disparities in allergy prevalence and microbiota between the young people in Finnish and Russian Karelia

Ruokolainen, L., Paalanen, L., Karkman, A., Laatikainen, T., von Hertzen, L., Vlasoff, T., Markelova, O., Masyuk, V., Auvinen, P., Paulin, L., Alenius, H., Fyhrquist, N., Hanski, I., Mäkelä, M., Zilber, E., Jousilahti, P., Vartiainen, E. & Haahtela, T., maj 2017, I : Clinical and Experimental Allergy. 47, 5, s. 665-674 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Skin Microbiome in Small- and Large-plaque Parapsoriasis

Salava, A., Pereira, P., Aho, V., Vakeva, L., Paulin, L., Auvinen, P., Ranki, A. & Lauerma, A., jun 2017, I : Acta Dermato-Venereologica. 97, 6, s. 685-691 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Virulence genes of bovine mastitis-associated Staphylococcus isolates

Taponen, S. S., Åvall-Jääskeläinen, S. T., Kant, R., Paulin, L. G., Blom, J., Palva, A. M. & Koort, J. M. K., 18 maj 2017, s. 47. 1 s.

Forskningsoutput: KonferensbidragSammanfattningForskning

2016

Comparative genomics and physiology of the butyrate-producing bacterium Intestinimonas butyriciproducens

Nam Bui, T. P., Shetty, S., Lagkouvardos, I., Ritari, J., Chamlagain, B., Douillard, F., Paulin, L. G., Piironen, V., Clavel, T., Plugge, C. M. & de Vos, W. M., 7 okt 2016, I : Environmental microbiology reports. 8, 6, s. 1024-1037 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Complete genome sequence of Enterococcus faecium commensal isolate E1002.

Tytgat, H. L. P., Douillard, F., Laine, P. K. S., Paulin, L. G., Willems, R. J. L. & de Vos, W. M., 2016, I : Genome Announcements. 4, 2, 2 s., e00113-16.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

Cytokinin and Auxin Display Distinct but Interconnected Distribution and Signaling Profiles to Stimulate Cambial Activity

Immanen, J., Nieminen, K., Smolander, O-P., Kojima, M., Serra, J. A., Koskinen, P., Zhang, J., Elo, A., Mähönen, A. P., Street, N., Bhalerao, R. P., Paulin, L., Auvinen, P., Sakakibara, H. & Helariutta, Y., 8 aug 2016, I : Current Biology. 26, 15, s. 1990-1997 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Developmental changes in Scots pine transcriptome during heartwood formation

Lim, K-J., Paasela, T., Harju, A., Venäläinen, M., Paulin, L., Auvinen, P., Kärkkäinen, K. & Teeri, T. H., 2016, I : Plant Physiology. 172, 3, s. 1403-1417 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Evaluating the mobility potential of antibiotic resistance genes in environmental resistomes without metagenomics

Pärnänen, K., Karkman, A., Tamminen, M., Lyra, C., Hultman, J., Paulin, L. & Virta, M., 2016, I : Scientific Reports. 6, s. 35790 9 s., 35790.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Isolation and whole genome sequencing of a Ruminococcus-like bacterium, associated with irritable bowel syndrome

Hynönen, U., Rasinkangas, P., Satokari, R., Paulin, L., de Vos, W. M., Pietilä, T. E., Kant, R. & Palva, A., jun 2016, I : Anaerobe. 39, s. 60-67 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review