Leena Salmela

Publikationer

Forskningsresultat per år 2003 2009 2010 2011 2012 2016 2019 2021 2022 2023 2024

• 33 Artikel
• 21 Konferensbidrag
• 5 Programvara
• 3 Kapitel
• 4 Mer
  • 1 Antologi eller special utgåva
  • 1 Ledare
  • 1 Doktorsavhandling
  • 1 Magisteruppsats

Forskningsresultat per år

Forskningsresultat per år

Sökresultat

• 2024

  Space-efficient computation of k-mer dictionaries for large values of k

  Díaz-Domínguez, D., Leinonen, M. & Salmela, L., dec. 2024, I: Algorithms for Molecular Biology. 19

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2023

  Chaining for accurate alignment of erroneous long reads to acyclic variation graphs

  Ma, J., Caceres Reyes, M. A., Salmela, L., Mäkinen, V. & Tomescu, A., aug. 2023, I: Bioinformatics. 39, 8, 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Computing All-vs-All MEMs in Grammar-Compressed Text

  Díaz-Domínguez, D. & Salmela, L., 2023, String Processing and Information Retrieval - 30th International Symposium, SPIRE 2023, Proceedings. Nardini, F. M., Pisanti, N. & Venturini, R. (red.). Cham: Springer, s. 157-170 14 s. (Lecture Notes in Computer Science; vol. 14240).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

• SAKE: Strobemer-assisted k-mer extraction

  Leinonen, M. & Salmela, L., 29 nov. 2023, I: PLoS One. 18, 11

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Simple Runs-Bounded FM-Index Designs Are Fast

  Díaz-Domínguez, D., Dönges, S., Puglisi, S. J. & Salmela, L., juli 2023, 21st International Symposium on Experimental Algorithms, SEA 2023. Georgiadis, L. (red.). Schloss Dagstuhl- Leibniz-Zentrum fur Informatik GmbH, Dagstuhl Publishing, s. 7:1--7:16 7. (Leibniz International Proceedings in Informatics, LIPIcs; vol. 265).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• ViQUF: De novo viral quasispecies reconstruction using unitig-based flow networks

  Freire, B., Ladra, S., Paramá, J. & Salmela, L., mars 2023, I: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 20, 2, s. 1550-1562 13 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2022

  Computing all-vs-all MEMs in run-length encoded collections of HiFi reads

  Díaz-Domínguez, D., Puglisi, S. & Salmela, L., 2022, String Processing and Information Retrieval. SPIRE 2022. Cham: Springer, s. 198-213 (Lecture Notes in Computer Science; vol. 13617).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Extraction of long k-mers using spaced seeds

  Leinonen, M. & Salmela, L., nov. 2022, I: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 19, 6, s. 3444-3455

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• HGGA: hierarchical guided genome assembler

  Walve, R. & Salmela, L., 7 maj 2022, I: BMC Bioinformatics. 23, 17 s., 167.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Space-Efficient Indexing of Spaced Seeds for Accurate Overlap Computation of Raw Optical Mapping Data

  Walve, R., Puglisi, S. & Salmela, L., aug. 2022, I: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 19, 4, s. 2454 - 2462 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2021

  Algorithms meet sequencing technologies – 10th edition of the RECOMB-Seq workshop

  Patro, R. & Salmela, L., jan. 2021, I: iScience. 24, 1, 7 s., 101956.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Ledare › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Fast and efficient Rmap assembly using the Bi-labelled de Bruijn graph

  Mukherjee, K., Rossi, M., Salmela, L. & Boucher, C., 25 maj 2021, I: Algorithms for Molecular Biology. 16, 13 s., 6.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Inference of viral quasispecies with a paired de Bruijn graph

  Freire, B., Ladra, S., Parama, J. R. & Salmela, L., 15 feb. 2021, I: Bioinformatics. 37, 4, s. 473-481 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Succinct dynamic de Bruijn graphs

  Alipanahi, B., Kuhnle, A., Puglisi, S. J., Salmela, L. & Boucher, C., 15 juli 2021, I: Bioinformatics. 37, 14, s. 1946-1952 7 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2020

  Fast and accurate correction of optical mapping data via spaced seeds

  Salmela, L., Mukherjee, K., Puglisi, S. J., Muggli, M. D. & Boucher, C., 1 feb. 2020, I: Bioinformatics. 36, 3, s. 682-689 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Fast and efficient Rmap assembly using bi-labelled de Bruijn graph

  Mukherjee, K., Rossi, M., Salmela, L. & Boucher, C., 2020, 20th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020). Kingsford, C. & Pisanti, N. (red.). Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, s. 9:1-9:16 16 s. (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); vol. 172).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Optical map guided genome assembly

  Leinonen, M. & Salmela, L., 6 juli 2020, I: BMC Bioinformatics. 21, 19 s., 285.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2019

  Aligning optical maps to de Bruijn graphs

  Mukherjee, K., Alipanahi, B., Kahveci, T., Salmela, L. & Boucher, C., 15 sep. 2019, I: Bioinformatics. 35, 18, s. 3250-3256 7 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Kermit: Linkage map guided long read assembly

  Walve, R., Rastas, P. & Salmela, L., 20 mars 2019, I: Algorithms for Molecular Biology. 14, 1, 10 s., 8.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Safe and Complete Algorithms for Dynamic Programming Problems, with an Application to RNA Folding

  Kiirala, N., Salmela, L. & Tomescu, A., 2019, 30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019). Pisanti, N. & Pissis, S. P. (red.). Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, s. 8:1-8:16 16 s. (Edit Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); vol. 128).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Safely Filling Gaps with Partial Solutions Common to All Solutions

  Salmela, L. & Tomescu, A. I., 2019, I: IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 16, 2, s. 617-626 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2018

  Error correcting optical mapping data

  Mukherjee, K., Washimkar, D., Muggli, M. D., Salmela, L. & Boucher, C., 25 maj 2018, I: GigaScience. 7, 6, s. 1-10 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Kermit: Guided Long Read Assembly using Coloured Overlap Graphs

  Walve, R. M., Rastas, P. M. A. & Salmela, L. M., 2018, 18th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2018). Parida, L. & Ukkonen, E. (red.). Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, s. 11:1-11:11 11 s. (Leibniz International Proceedings in Informatics (LIPIcs); vol. 113).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2017

  Accurate self-correction of errors in long reads using de Bruijn graphs

  Salmela, L., Walve, R., Rivals, E. & Ukkonen, E., 15 mars 2017, I: Bioinformatics. 33, 6, s. 799-806 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Disentangled long-read de Bruijn graphs via optical maps

  Alipahani, B., Salmela, L., Puglisi, S. J., Muggli, M. & Boucher, C., 2017, 17th International Workshop on Algorithms in Bioinformatics, WABI 2017. Schwartz, R. & Reinert, K. (red.). Dagstuhl: Schloss Dagstuhl - Leibniz-Zentrum für Informatik, s. 1:1-1:14 14 s. (Leibniz International Proceedings in Informatics; vol. 88).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Variant genotyping with gap filling

  Walve, R., Salmela, L. & Mäkinen, V., 8 sep. 2017, I: PLoS One. 12, 9, 12 s., e0184608.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2016

  Colib'read on galaxy: a tools suite dedicated to biological information extraction from raw NGS reads

  Le Bras, Y., Collin, O., Monjeaud, C., Lacroix, V., Rivals, E., Lemaitre, C., Miele, V., Sacomoto, G., Marchet, C., Cazaux, B., El Aabidine, A. Z., Salmela, L., Alves-Carvalho, S., Andrieux, A., Uricaru, R. & Peterlongo, P., 11 feb. 2016, I: GigaScience. 5, 14 s., 9.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Combinatorial Algorithms: 27th International Workshop, IWOCA 2016, Helsinki, Finland, August 17-19, 2016, Proceedings

  Mäkinen, V. (Redaktör), Puglisi, S. J. (Redaktör) & Salmela, L. (Redaktör), 2016, Cham: Springer International Publishing . 434 s. (Theoretical Computer Science and General Issues; vol. 9843)

  Forskningsoutput: Bok/rapport › Antologi eller special utgåva › Vetenskaplig › Peer review

• Gap Filling as Exact Path Length Problem

  Salmela, L., Sahlin, K., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 9 maj 2016, I: Journal of Computational Biology. 23, 5, s. 347-361 15 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Identification of Variant Compositions in Related Strains Without Reference

  Rautiainen, M., Salmela, L. & Mäkinen, V., 2016, Algorithms for Computational Biology: Third International Conference, AlCoB 2016, Trujillo, Spain, June 21-22, 2016, Proceedings. Botón-Fernández, M., Martín-Vide, C., Santander-Jiménez, S. & Vega-Rodríguez, M. A. (red.). Springer International Publishing , s. 158-170 13 s. (Lecture Notes in Computer Science; vol. 9702).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2015

  Flight-induced changes in gene expression in the Glanville fritillary butterfly

  Kvist, J., Mattila, A. L. K., Somervuo, P., Ahola, V., Koskinen, P., Paulin, L., Salmela, L., Fountain, T., Rastas, P., Ruokolainen, A., Taipale, M., Holm, L., Auvinen, P., Lehtonen, R., Frilander, M. J. & Hanski, I., okt. 2015, I: Molecular Ecology. 24, 19, s. 4886-4900 15 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Gap2Seq

  Salmela, L. M., Sahlin, K., Mäkinen, V. A. T. & Tomescu, A. I., 2015

  Forskningsoutput: Icke-textbaserad output › Programvara › Vetenskaplig

• Gap filling as exact path length problem

  Salmela, L., Sahlin, K., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 2015, Research in Computational Molecular Biology : 19th Annual International Conference, RECOMB 2015, Warsaw, Poland, April 12-15, 2015, Proceedings . Przytycka, T. M. (red.). Cham: Springer International Publishing AG, s. 281-292 12 s. (Lecture Notes in Bioinformatics; vol. 9029).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review
• 2014

  LoRDEC: accurate and efficient long read error correction

  Salmela, L. & Rivals, E., 2014, I: Bioinformatics. 30, 24, s. 3506-3514 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• LoRDEC

  Salmela, L. M. & Rivals, E., 2014

  Forskningsoutput: Icke-textbaserad output › Programvara › Vetenskaplig

• The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera

  Ahola, V., Lehtonen, R., Somervuo, P., Salmela, L., Koskinen, P., Rastas, P., Valimaki, N., Paulin, L., Kvist, J., Wahlberg, N., Tanskanen, J., Hornett, E. A., Ferguson, L. C., Luo, S., Cao, Z., de Jong, M. A., Duplouy, A., Smolander, O.-P., Vogel, H. & McCoy, R. C. & 27 andra, Qian, K., Wong, S. C., Zhang, Q., Ahmad, F., Haukka, J. K., Joshi, A., Salojarvi, J., Wheat, C. W., Grosse-Wilde, E., Hughes, D., Katainen, R., Pitkanen, E., Ylinen, J., Waterhouse, R. M., Turunen, M., Vaharautio, A., Ojanen, S. P., Schulman, A. H., Taipale, M., Lawson, D., Ukkonen, E., Makinen, V., Goldsmith, M. R., Holm, L., Auvinen, P., Frilander, M. J. & Hanski, I., sep. 2014, I: Nature Communications. 5, 9 s., 4737.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2012

  Average complexity of backward q-gram string matching algorithms

  Salmela, L., 2012, I: Information Processing Letters. 112, 11, s. 433-437 5 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Forbidden Patterns

  Fischer, J., Gagie, T., Kopelowitz, T., Lewenstein, M., Mäkinen, V., Salmela, L. & Välimäki, N., 2012, LATIN 2012: Theoretical Informatics: 10th Latin American Symposium, Arequipa, Peru, April 16-20, 2012. Proceedings. Fernández-Baca, D. (red.). Springer-Verlag, s. 327-337 (Lecture Notes in Computer Science; vol. 7256).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

• Indexed Multi-Pattern Matching

  Gagie, T., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V., Salmela, L. & Tarhio, J., 2012, LATIN 2012: Theoretical Informatics: 10th Latin American Symposium, Arequipa, Peru, April 16-20, 2012. Proceedings. Springer-Verlag, s. 399-407 10 s. (Lecture Notes in Computer Science; vol. 7256).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

• Normalized N50 Assembly Metric using Gap-Restricted Co-Linear Chaining

  Mäkinen, V., Salmela, L. & Ylinen, J., 3 okt. 2012, I: BMC Bioinformatics. 13, s. 255 5 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• String matching with alphabet sampling

  Claude, F., Navarro, G., Peltola, H., Salmela, L. & Tarhio, J., 2012, I: Journal of Discrete Algorithms. 11, s. 37-50 13 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2011

  Coral

  Salmela, L., 2011

  Forskningsoutput: Icke-textbaserad output › Programvara › Vetenskaplig

• Correcting errors in short reads by multiple alignments

  Salmela, L. & Schröder, J., 2011, I: Bioinformatics. 27, 11, s. 1455-1461 7 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Exact search algorithms for biological sequences

  Rivals, E., Salmela, L. & Tarhio, J., 2011, Algorithms in computational molecular biology: Techniques, approaches and applications. Elloumi, M. & Zomaya, A. Y. (red.). John Wiley & Sons Ltd. , s. 91-111 21 s. (Bioinformatics: Computational Techniques and Engineering).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Kapitel › Vetenskaplig › Peer review

• Fast scaffolding with small independent mixed integer programs

  Salmela, L., Mäkinen, V., Välimäki, N., Ylinen, J. & Ukkonen, E., 2011, I: Bioinformatics. 27, 23, s. 3259-3265 7 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• MIP Scaffolder

  Salmela, L., 2011

  Forskningsoutput: Icke-textbaserad output › Programvara › Vetenskaplig
• 2010

  Approximate Boyer-Moore string matching for small alphabets

  Salmela, L., Tarhio, J. & Kalsi, P., 2010, I: Algorithmica. 58, 3, s. 591-609 19 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Approximate string matching with reduced alphabet

  Salmela, L. & Tarhio, J., 2010, Algorithms and applications: Essays dedicated to Esko Ukkonen on the occasion of his 60th birthday. Elomaa, T., Mannila, H. & Orponen, P. (red.). Springer-Verlag, 11 s. (Lecture Notes in Computer Science; vol. 2010, nr. 6060).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Kapitel › Vetenskaplig › Peer review

• Bit-parallel search algorithms for long patterns

  Durian, B., Peltola, H., Salmela, L. & Tarhio, J., 2010, Proceedings of the 9th International Symposium on Experimental Algorithms. Festa, P. (red.). Springer-Verlag, s. 129-140 12 s. (Lecture Notes in Computer Science; vol. 2010, nr. 6049).

  Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandling › Konferensbidrag › Vetenskaplig › Peer review

• Correction of sequencing errors in a mixed set of reads

  Salmela, L., 2010, I: Bioinformatics. 26, 10, s. 1284-1290 7 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review