Mohieddin Jafari

Publikationer

Forskningsresultat per år 2014 2016 2018 2019 2021 2022

• 39 Artikel
• 2 Konferenspapper
• 1 Ledare
• 1 Brev
• 1 Mer
  • 1 Översiktsartikel

Forskningsresultat per år

Forskningsresultat per år

Sökresultat

• 2022

  A community challenge for a pancancer drug mechanism of action inference from perturbational profile data

  Douglass Jr., E. F., Allaway, R. J., Szalai, B., Wang, W., Tian, T., Fernández-Torras, A., Realubit, R., Karan, C., Zheng, S., Pessia, A., Tanoli, Z., Jafari, M., Wan, F., Li, S., Xiong, Y., Duran-Frigola, M., Bertoni, M., Badia-i-Mompel, P., Mateo, L., Guitart-Pla, O., & 8 andraChung, V., Tang, J., Zeng, J., Aloy, P., Saez-Rodriguez, J., Guinney, J., Gerhard, D. S. & Califano, A., 18 jan. 2022, I: Cell Reports Medicine. 3, 1, 20 s., 100492.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Bipartite network models to design combination therapies in acute myeloid leukaemia

  Jafari, M., Mirzaie, M., Bao, J., Barneh, F., Zheng, S., Eriksson, J., Heckman, C. A. & Tang, J., 19 apr. 2022, I: Nature Communications. 13, 1, 12 s., 2128.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• The ENDS of assumptions; an online tool for the Epistemic Nonparametric Drug-response Scoring

  Amiryousefi, A., Williams, B., Jafari, M. & Tang, J., juni 2022, I: Bioinformatics. 38, 11, s. 3132-3133 2 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2021

  ANGIOTENSIN RECEPTOR BLOCKER LOSARTAN INHIBITS TUMOR GROWTH OF COLORECTAL CANCER

  Hashemzehi, M., Rahmani, F., Khoshakhlagh, M., Avan, A., Asgharzadeh, F., Barneh, F., Moradi-Marjaneh, R., Soleimani, A., Fiuji, H., Ferns, G. A., Ryzhikov, M., Jafari, M., Khazaei, M. & Hassanian, S. M., 2021, I: EXCLI Journal. 20, s. 506-521 16 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Downregulation of ITM2A Gene Expression in Macrophages of Patients with Ankylosing Spondylitis

  Lari, A., Gholami Pourbadie, H., Jafari, M., Sharifi-Zarchi, A., Akhtari, M., Nejatbakhsh Samimi, L., Jamshidi, A. & Mahmoudi, M., nov. 2021, I: International Archives of Allergy and Immunology. 182, 11, s. 1113–1121 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Efficacy of Persian medicine herbal formulations (capsules and decoction) compared to standard care in patients with COVID-19, a multicenter open-labeled, randomized, controlled clinical trial

  Karimi, M., Zarei, A., Soleymani, S., Jamalimoghadamsiahkali, S., Asadi, A., Shati, M., Jafari, M., Rezadoost, H., Kordafshar, G., Naghizadeh, A., Mardi, R., Namiranian, P., Khamechi, S. P., Ansari, N., Adel Mehraban, M. S., Aliakbarzadeh, H., Khanavi, M., Esmaealzadeh, N., Moravveji, A., Salahi, M., & 17 andraKhoi, M., Razzaghi, R., Banafshe, H. R., Alizadeh, M., Akhbari, M., Atharizadeh, M., Izadikhah, A., Elsagh, M., Hossein Zade Ghahnavieh, M., Eghbalian, F., Vanai, A., Izadi, H., Moravej, S. A. A., Jazayeri, S. F., Bayat, H., Emadi Koochak, H. & Zargaran, A., nov. 2021, I: Phytotherapy Research. 35, 11, s. 6295-6309 15 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP) versus adult T-cell leukemia/lymphoma (ATLL)

  Zarei-Ghobadi, M., Sheikhi, M., Teymoori-Rad, M., Yaslianifard, S., Norouzi, M., Yaslianifard, S., Faraji, R., Farahmand, M., Bayat, S., Jafari, M. & Mozhgani, S-H., 23 mars 2021, I: BMC research notes. 14, 1, 7 s., 109.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Identification of Celecoxib targeted proteins using label-free thermal proteome profiling on rat hippocampus

  Gholizadeh, E., Karbalaei, R., Khaleghian, A., Salimi, M., Gilany, K., Soliymani, R., Tanoli, Z., Rezadoost, H., Baumann, M., Jafari, M. & Tang, J., 1 maj 2021, I: Molecular pharmacology : an international journal. 99, 5, s. 308-318 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• IrGO: Iranian traditional medicine General Ontology and knowledge base

  Naghizadeh, A., Salamat, M., Hamzeian, D., Akbari, S., Rezaeizadeh, H., Vaghasloo, M. A., Karbalaei, R., Mirzaie, M., Karimi, M. & Jafari, M., 16 apr. 2021, I: Journal of biomedical semantics. 12, 1, 11 s., 9.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Metabolomic signature of amino acids in plasma of patients with non-segmental Vitiligo

  Marzabani, R., Rezadoost, H., Choopanian, P., Kolahdooz, S., Mozafari, N., Mirzaie, M., Karimi, M., Nieminen, A. & Jafari, M., okt. 2021, I: Metabolomics. 17, 10, 11 s., 92.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Metformin inhibits polyphosphate-induced hyper-permeability and inflammation

  Asgharzadeh, F., Barneh, F., Fakhraie, M., Barkhordar, S. L. A., Shabani, M., Soleimani, A., Rahmani, F., Ariakia, F., Mehraban, S., Avan, A., Hashemzehi, M., Arjmand, M-H., Behnam-Rassouli, R., Jaberi, N., Sayyed-Hosseinian, S-H., Ferns, G. A., Ryzhikov, M., Jafari, M., Khazaei, M. & Hassanian, S. M., okt. 2021, I: International Immunopharmacology. 99, 10 s., 107937.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Network-based modeling of herb combinations in traditional Chinese medicine

  Wang, Y., Yang, H., Chen, L., Jafari, M. & Tang, J., sep. 2021, I: Briefings in Bioinformatics. 22, 5, s. 1-13 13 s., 106.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Rigosertib elicits potent anti-tumor responses in colorectal cancer by inhibiting Ras signaling pathway

  Rahmani, F., Hashemzehi, M., Avan, A., Barneh, F., Asgharzadeh, F., Marjaneh, R. M., Soleimani, A., Parizadeh, M., Ferns, G. A., Mobarhan, M. G., Ryzhikov, M., Afshari, A. R., Ahmadian, M. R., Giovannetti, E., Jafari, M., Khazaei, M. & Hassanian, S. M., sep. 2021, I: Cellular Signalling. 85, 14 s., 110069.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2020

  Can We Assume the Gene Expression Profile as a Proxy for Signaling Network Activity?

  Piran, M., Karbalaei, R., Piran, M., Aldahdooh, J., Mirzaie, M., Ansari-Pour, N., Tang, J. & Jafari, M., juni 2020, I: Biomolecules. 10, 6, 15 s., 850.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Intraperitoneal Administration of Telmisartan Prevents Postsurgical Adhesion Band Formation

  Arjmand, M-H., Zahedi-Avval, F., Barneh, F., Mousavi, S. H., Asgharzadeh, F., Hashemzehi, M., Soleimani, A., Avan, A., Fakhraie, M., Nasiri, S. N., Mehraban, S., Ferns, G. A., Ryzhikov, M., Jafari, M., Khazaei, M. & Hassanian, S. M., apr. 2020, I: Journal of Surgical Research. 248, s. 171-181 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Rigosertib potently protects against colitis-associated intestinal fibrosis and inflammation by regulating PI3K/AKT and NF-kappa B signaling pathways

  Rahmani, F., Asgharzadeh, F., Avan, A., Barneh, F., Parizadeh, M. R., Ferns, G. A., Ryzhikov, M., Ahmadian, M. R., Giovannetti, E., Jafari, M., Khazaei, M. & Hassanian, S. M., 15 maj 2020, I: Life Sciences. 249, 10 s., 117470.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• UNaProd: A Universal Natural Product Database for Materia Medica of Iranian Traditional Medicine

  Naghizadeh, A., Hamzeheian, D., Akbari, S., Mohammadi, F., Otoufat, T., Asgari, S., Zarei, A., Noroozi, S., Nasiri, N., Salamat, M., Karbalaei, R., Mirzaie, M., Rezaeizadeh, H., Karimi, M. & Jafari, M., 13 maj 2020, I: Evidence-based complementary and alternative medicine. 2020, 14 s., 3690781.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2019

  An insight to HTLV-1-associated myelopathy/tropical spastic paraparesis (HAM/TSP) pathogenesis; evidence from high-throughput data integration and meta-analysis

  Mozhgani, S-H., Piran, M., Zarei-Ghobadi, M., Jafari, M., Jazayeri, S-M., Mokhtari-Azad, T., Teymoori-Rad, M., Valizadeh, N., Farajifard, H., Mirzaie, M., Khamseh, A., Rafatpanah, H., Rezaee, S-A. & Norouzi, M., 30 dec. 2019, I: Retrovirology. 16, 1, 11 s., 46.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• CINNA: an R/CRAN package to decipher Central Informative Nodes in Network Analysis

  Ashtiani, M., Mirzaie, M. & Jafari, M., 15 apr. 2019, I: Bioinformatics. 35, 8, s. 1436-1437 2 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• DrugComb: an integrative cancer drug combination data portal

  Zagidullin, B., Aldahdooh, J., Zheng, S., Wang, W., Wang, Y., Saad, J., Malyutina, A., Jafari, M., Tanoli, Z., Pessia, A. & Tang, J., 2 juli 2019, I: Nucleic Acids Research. 47, W1, s. W43-W51 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• IMMAN: an R/Bioconductor package for Interolog protein network reconstruction, mapping and mining analysis

  Ashtiani, M., Nickchi, P., Jahangiri-Tazehkand, S., Safari, A., Mirzaie, M. & Jafari, M., 12 feb. 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 4 s., 73.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Integrated use of bioinformatic resources reveals that co-targeting of histone deacetylases, IKBK and SRC inhibits epithelial-mesenchymal transition in cancer

  Barneh, F., Mirzaie, M., Nickchi, P., Tan, T. Z., Thiery, J. P., Piran, M., Salimi, M., Goshadrou, F., Aref, A. R. & Jafari, M., mars 2019, I: Briefings in Bioinformatics. 20, 2, s. 717-731 15 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Predicting Meridian in Chinese traditional medicine using machine learning approaches

  Wang, Y., Jafari, M., Tang, Y. & Tang, J., 25 nov. 2019, I: PLoS Computational Biology. 15, 11, 21 s., 1007249.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2018

  A systematic survey of centrality measures for protein-protein interaction networks

  Ashtiani, M., Salehzadeh-Yazdi, A., Razaghi-Moghadam, Z., Hennig, H., Wolkenhauer, O., Mirzaie, M. & Jafari, M., 31 juli 2018, I: BMC Systems Biology. 12, 1, 17 s., 80.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Human T-lymphotropic virus 1 (HTLV-1) pathogenesis: A systems virology study

  Mozhgani, S-H., Zarei-Ghobadi, M., Teymoori-Rad, M., Mokhtari-Azad, T., Mirzaie, M., Sheikhi, M., Jazayeri, S-M., Shahbahrami, R., Ghourchian, H., Jafari, M., Rezaee, S-A. & Norouzi, M., maj 2018, I: Journal of Cellular Biochemistry. 119, 5, s. 3968-3979 12 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Phytosomal-curcumin antagonizes cell growth and migration, induced by thrombin through AMP-Kinase in breast cancer

  Hashemzehi, M., Behnam-Rassouli, R., Hassanian, S. M., Moradi-Binabaj, M., Moradi-Marjaneh, R., Rahmani, F., Fiuji, H., Jamili, M., Mirahmadi, M., Boromand, N., Piran, M., Jafari, M., Sahebkar, A., Avan, A. & Khazaei, M., juli 2018, I: Journal of Cellular Biochemistry. 119, 7, s. 5996-6007 12 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Systems biology recalls to us some aspects of traditional medicine

  Jafari, M. & Karimi, M., 2018, I: F1000Research. 7, s. 1080 1 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig

  Öppen tillgång

  Fil

• Valproic acid inhibits the protective effects of stromal cells against chemotherapy in breast cancer: Insights from proteomics and systems biology

  Barneh, F., Salimi, M., Goshadrou, F., Ashtiani, M., Mirzaie, M., Zali, H. & Jafari, M., nov. 2018, I: Journal of Cellular Biochemistry. 119, 11, s. 9270-9283 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2017

  A logic-based dynamic modeling approach to explicate the evolution of the central dogma of molecular biology

  Jafari, M., Ansari-Pour, N., Azimzadeh, S. & Mirzaie, M., 21 dec. 2017, I: PLoS One. 12, 12, 14 s., 0189922.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2016

  Extraction and analysis of signatures from the Gene Expression Omnibus by the crowd

  Wang, Z., Monteiro, C. D., Jagodnik, K. M., Fernandez, N. F., Gundersen, G. W., Rouillard, A. D., Jenkins, S. L., Feldmann, A. S., Hu, K. S., McDermott, M. G., Duan, Q., Clark, N. R., Jones, M. R., Kou, Y., Goff, T., Woodland, H., Amaral, F. M. R., Szeto, G. L., Fuchs, O., Rose, S. M. S-F., & 29 andraSharma, S., Schwartz, U., Bengoetxea Bausela, X., Szymkiewicz, M., Maroulis, V., Salykin, A., Barra, C. M., Kruth, C. D., Bongio, N. J., Mathur, V., Todoric, R. D., Rubin, U. E., Malatras, A., Fulp, C. T., Galindo, J. A., Motiejunaite, R., Jueschke, C., Dishuck, P. C., Lahl, K., Jafari, M., Aibar, S., Zaravinos, A., Steenhuizen, L. H., Allison, L. R., Gamallo, P., de Andres Segura, F., Devlin, T. D., Perez-Garcia, V. & Ma'ayan, A., sep. 2016, I: Nature Communications. 7, 11 s., 12846.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Polarity-based fractionation in proteomics: hydrophilic interaction vs reversed-phase liquid chromatography

  Jafari, M., Mirzaie, M., Khodabandeh, M., Rezadoost, H., Ghassempour, A. & Aboul-Enein, H. Y., juli 2016, I: Biomedical Chromatography. 30, 7, s. 1036-1041 6 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Proteomics of hot-wet and cold-dry temperaments proposed in Iranian traditional medicine: a Network-based Study

  Rezadoost, H., Karimi, M. & Jafari, M., 25 juli 2016, I: Scientific Reports. 6, 8 s., 30133.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Systems Biomedicine of Rabies Delineates the Affected Signaling Pathways

  Jamalkandi, S. A., Mozhgani, S-H., Pourbadie, H. G., Mirzaie, M., Noorbakhsh, F., Vaziri, B., Gholami, A., Ansari-Pour, N. & Jafari, M., 7 nov. 2016, I: Frontiers in Microbiology. 7, 22 s., 1688.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Testis-Specific Y-Centric Protein Protein Interaction Network Provides Clues to the Etiology of Severe Spermatogenic Failure

  Ansari-Pour, N., Razaghi-Moghadam, Z., Barneh, F. & Jafari, M., mars 2016, I: Journal of Proteome Research. 15, 3, s. 1011-1022 12 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Updates on drug-target network; facilitating polypharmacology and data integration by growth of DrugBank database

  Barneh, F., Jafari, M. & Mirzaie, M., nov. 2016, I: Briefings in Bioinformatics. 17, 6, s. 1070-1080 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2015

  Interlog protein network: an evolutionary benchmark of protein interaction networks for the evaluation of clustering algorithms

  Jafari, M., Mirzaie, M. & Sadeghi, M., 5 okt. 2015, I: BMC Bioinformatics. 16, 9 s., 319.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• PEIMAN 1.0: Post-translational modification Enrichment, Integration and Matching ANalysis

  Nickchi, P., Jafari, M. & Kalantari, S., 23 apr. 2015, I: Database-The journal of biological databases and curation. 10 s., bav037 .

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Signaling network of lipids as a comprehensive scaffold for omics data integration in sputum of COPD patients

  Jamalkandi, S. A., Mirzaie, M., Jafari, M., Mehrani, H., Shariati, P. & Khodabandeh, M., okt. 2015, I: Biochimica and Biophysica Acta. Molecular and Cell Biology of Lipids. 1851, 10, s. 1383-1393 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review
• 2014

  Proteomics and Traditional Medicine: New Aspect in Explanation of Temperaments

  Jafari, M., Rezadoost, H., Karimi, M., Mirzaie, M., Rezaie-Tavirani, M., Khodabandeh, M., Kordafshari, G., Abbasian, N., Nickchi, P., Gilany, K. & Ghassempour, A., 2014, I: Forschende komplementarmedizin. 21, 4, s. 250-253 4 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review