Olli Mikael Carpen

Publikationer

Forskningsresultat per år 1994 2005 2017 2018 2019 2020 2021 2022 2023 2024

• 136 Artikel
• 6 Konferensartikel
• 3 Mötesabstrakt
• 3 Brev
• 5 Mer
  • 2 Kommentar/debatt
  • 2 Översiktsartikel
  • 1 Ledare

Forskningsresultat per år

Forskningsresultat per år

Sökresultat

• 2024

  High-Resolution Genotyping of Formalin-Fixed Tissue Accurately Estimates Polygenic Risk Scores in Human Diseases

  FinnGen, Youssef, O., Loukola, A., Zidi-Mouaffak, Y. H. S., Tamlander, M., Ruotsalainen, S., Kilpeläinen, E., Mars, N., Ripatti, S., Palotie, A., Donner, K. & Carpén, O., apr. 2024, I: Laboratory Investigation. 104, 4, 27 s., 100325.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Opening the black box: spatial transcriptomics and the relevance of AI-detected prognostic regions in high grade serous carcinoma

  Laury, A. R., Zheng, S., Aho, N., Fallegger, R., Hänninen, S., Saez-Rodriguez, J., Tanevski, J., Youssef, O., Tang, J. & Carpén, O. M., 3 maj 2024, I: Modern Pathology. 37, 7, 12 s., 100508.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• PIK3R1 fusion drives chemoresistance in ovarian cancer by activating ERK1/2 and inducing rod and ring-like structures

  Rausio, H., Cervera, A., Heuser, V. D., West, G., Oikkonen, J., Pianfetti, E., Lovino, M., Ficarra, E., Taimen, P., Hynninen, J., Lehtonen, R., Hautaniemi, S., Carpén, O. & Huhtinen, K., maj 2024, I: Neoplasia (United States). 51, 10 s., 100987.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Venous thromboembolism incidence and association with overall survival in pancreatic cancer: A Finnish nationwide cohort study

  Aaltonen, P., Mustonen, H., Puolakkainen, P., Haglund, C., Peltola, K., Carpén, O., Lassila, R. & Seppänen, H., juli 2024, I: Cancer medicine . 13, 14, 12 s., e70014.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2023

  A FinnGen pilot clinical recall study for Alzheimer's disease

  FinnGen, Julkunen, V., Schwarz, C., Kalapudas, J., Hallikainen, M., Piironen, A-K., Mannermaa, A., Kujala, H., Laitinen, T., Kosma, V-M., Paajanen, T. I., Kälviäinen, R., Hiltunen, M., Herukka, S-K., Kärkkäinen, S., Kokkola, T., Urjansson, M., Perola, M., Palotie, A., Vuoksimaa, E., & 39 andraRunz, H., Mäkitie, A., Pitkäranta, A., Loukola, A., Punkka, E. J. T., Linna, M-M., Carpen, O., Raivio, T., Aittomäki, K., Salminen, A., Aarnisalo, A., Gordin, D., Rice, D., Isometsä, E., Salminen, E., Joensuu, H., Kalliala, I., Mattson, J., Sinisalo, J., Koskela, J., Eklund, K., Hannula-Jouppi, K. S. E., Aaltonen, L., Taskinen, M-R., Färkkilä, M., Raivio, M., Heikinheimo, O., Kauppi, P., Nieminen, P., Tienari, P., Pussinen, P., Pikkarainen, S., Ollila, T., Tuomi, T., Meretoja, T., Salo, T., Palotie, U., Åberg, F. & Palotie, T., 3 aug. 2023, I: Scientific Reports. 13, 1, 15 s., 12641.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• A platform for efficient establishment and drug-response profiling of high-grade serous ovarian cancer organoids

  Senkowski, W., Gall-Mas, L., Falco, M. M., Li, Y., Lavikka, K., Kriegbaum, M. C., Oikkonen, J., Bulanova, D., Pietras, E. J., Vossgrone, K., Chen, Y-J., Erkan, E. P., Dai, J., Lundgren, A., Hog, M. K. G., Larsen, I. M., Lamminen, T., Kaipio, K., Huvila, J., Virtanen, A., & 9 andraEngelholm, L., Christiansen, P., Santoni-Rugiu, E., Huhtinen, K., Carpen, O., Hynninen, J., Hautaniemi, S., Vähärautio, A. & Wennerberg, K., 19 juni 2023, I: Developmental Cell. 58, 12, s. 1106-+ 24 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Characterization of Expression and Function of the Formins FHOD1, INF2, and DAAM1 in HER2-Positive Breast Cancer

  Peippo, M., Gardberg, M., Kronqvist, P., Carpen, O. & Heuser, V. D., dec. 2023, I: Journal of Breast Cancer. 26, 6, s. 525-543 19 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

• DLL4/Notch3/WNT5B axis mediates bidirectional prometastatic crosstalk between melanoma and lymphatic endothelial cells

  Alve, S., Gramolelli, S., Jukonen, J., Juteau, S., Pink, A., Manninen, A. A., Hänninen, S., Monto, E., Lackman, M. H., Carpen, O., Saharinen, P., Karaman, S., Vaahtomeri, K. & Ojala, P. M., 16 nov. 2023, I: JCI INSIGHT. 9, 1, 21 s., e171821.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Evidence of a causal effect of genetic tendency to gain muscle mass on uterine leiomyomata

  Sliz, E., Tyrmi, J. S., Rahmioglu, N., Zondervan, K. T., Becker, C. M., Uimari, O., Kettunen, J., Palotie, A., Daly, M., Riley-Gills, B., Jacob, H., Paul, D., Matakidou, A., Platt, A., Runz, H., John, S., Okafo, G., Lawless, N., Salminen-Mankonen, H., Plenge, R., & 306 andraMaranville, J., McCarthy, M., Ehm, M. G., Auro, K., Longerich, S., Fox, C., Malarstig, A., Klinger, K., Chatelain, C., Gossel, M., Estrada, K., Graham, R., Yang, R., O'Donnell, C., Mäkelä, T. P., Kaprio, J., Virolainen, P., Hakanen, A., Kilpi, T., Perola, M., Partanen, J., Pitkäranta, A., Raivio, T., Serpi, R., Laitinen, T., Kosma, V-M., Laukkanen, J., Hautalahti, M., Tuovila, O., Pakkanen, R., Waring, J., Riley-Gillis, B., Rahimov, F., Tachmazidou, I., Chen, C-Y., Ding, Z., Jung, M., Biswas, S., Pendergrass, R., Pulford, D., Raghavan, N., Huertas-Vazquez, A., Sul, J-H., Hu, X., Hedman, A., Rivas, M., Waterworth, D., Renaud, N., Obeidat, M., Ripatti, S., Schleutker, J., Arvas, M., Carpen, O., Hinttala, R., Mannermaa, A., Aalto-Setala, K., Kahonen, M., Mäkelä, J., Kalviainen, R., Julkunen, V., Soininen, H., Remes, A., Hiltunen, M., Peltola, J., Raivio, M., Tienari, P., Rinne, J., Kallionpaa, R., Partanen, J., Abbasi, A., Ziemann, A., Smaoui, N., Lehtonen, A., Eaton, S., Lahdenpera, S., Bowers, N., Teng, E., Xu, F., Addis, L., Eicher, J., Li, Q. S., He, K., Khramtsova, E., Färkkilä, M., Koskela, J., Pikkarainen, S., Jussila, A., Kaukinen, K., Blomster, T., Kiviniemi, M., Voutilainen, M., Lu, T., McCarthy, L., Hart, A., Guan, M., Miller, J., Kalpala, K., Miller, M., Eklund, K., Palomaki, A., Isomaki, P., Pirila, L., Kaipiainen-Seppanen, O., Huhtakangas, J., Mars, N., Lertratanakul, A., Hochfeld, M., Gordillo, J. E., Farias, F., Bing, N., Pelkonen, M., Kauppi, P., Kankaanranta, H., Harju, T., Lahesmaa, R., Lassi, G., Chen, H., Betts, J., Mishra, R., Mouded, M., Ngo, D., Niiranen, T., Vaura, F., Salomaa, V., Metsarinne, K., Aittokallio, J., Hernesniemi, J., Gordin, D., Sinisalo, J., Taskinen, M-R., Tuomi, T., Elliott, A., Reeve, M. P., Ruotsalainen, S., Challis, B., Chu, A., Reilly, D., Mendelson, M., Parkkinen, J., Meretoja, T., Joensuu, H., Mattson, J., Salminen, E., Auranen, A., Karihtala, P., Auvinen, P., Elenius, K., Pitkänen, E., Popovic, R., Schutzman, J., Kulkarni, D., Porello, A., Loboda, A., Lehtonen, H., McDonough, S., Vuoti, S., Kaarniranta, K., Turunen, J. A., Ollila, T., Uusitalo, H., Karjalainen, J., Liu, M., Loomis, S., Strauss, E., Chen, H., Tasanen, K., Huilaja, L., Hannula-Jouppi, K., Salmi, T., Peltonen, S., Koulu, L., Choy, D., Wu, Y., Pussinen, P., Salminen, A., Salo, T., Rice, D., Nieminen, P., Palotie, U., Siponen, M., Suominen, L., Mäntylä, P., Gursoy, U., Anttonen, V., Sipila, K., Laivuori, H., Kurra, V., Kotaniemi-Talonen, L., Heikinheimo, O., Kalliala, I., Aaltonen, L., Jokimaa, V., Vaarasmaki, M., Morin-Papunen, L., Niinimaki, M., Piltonen, T., Kivinen, K., Widen, E., Tukiainen, T., Välimäki, N., Laakkonen, E., Silven, H., Arffman, R., Savukoski, S., Laisk, T., Pujol, N., Kumar, J., Hovatta, I., Isometsä, E., Ollila, H., Suvisaari, J., Als, T. D., Mäkitie, A., Bizaki-Vallaskangas, A., Toppila-Salmi, S., Willberg, T., Saarentaus, E., Aarnisalo, A., Rahikkala, E., Aittomaki, K., Åberg, F., Kurki, M., Havulinna, A., Mehtonen, J., Palta, P., Hassan, S., Parolo, P. D. B., Zhou, W., Maasha, M., Lemmela, S., Liu, A., Lehisto, A., Ganna, A., Llorens, V., Heyne, H., Rämö, J., Rodosthenous, R., Strausz, S., Palotie, T., Palin, K., Garcia-Tabuenca, J., Siirtola, H., Kiiskinen, T., Lee, J., Tsuo, K., Kristiansson, K., Hyvarinen, K., Ritari, J., Pylkas, K., Karjalainen, M., Mantere, T., Kangasniemi, E., Heikkinen, S., Pitkanen, N., Lessard, S., Chatelain, C., Terho, P., Wahlfors, T., Punkka, E., Siltanen, S., Kuopio, T., Jalanko, A., Shen, H-Y., Kajanne, R., Aavikko, M., Palin, H., Linna, M-M., Kanai, M., Zheng, Z., Lahtela, L. E., Kaunisto, M., Kilpeläinen, E., Sipila, T. P., Dada, O. A., Ghazal, A., Kytölä, A., Weldatsadik, R., Donner, K., Loukola, A., Laiho, P., Sistonen, T., Kaiharju, E., Laukkanen, M., Jarvensivu, E., Lahteenmaki, S., Mannikko, L., Wong, R., Toivola, A., Brunfeldt, M., Mattsson, H., Koskelainen, S., Hiekkalinna, T., Paajanen, T., Pärn, K., Kals, M., Luo, S., Padmanabhuni, S. S., Niemi, M., Gracia-Tabuenca, J., Helminen, M., Luukkaala, T., Vahatalo, I., Tammerluoto, J., Smith, S., Southerington, T. & Lehto, P., 1 feb. 2023, I: Nature Communications. 14, 542, 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Evolutionary states and trajectories characterized by distinct pathways stratify patients with ovarian high grade serous carcinoma

  Lahtinen, A., Lavikka, K., Virtanen, A., Li, Y., Jamalzadeh, S., Skorda, A., Rossberg Lauridsen, A., Zhang, K., Marchi, G., Isoviita, V-M., Ariotta, V., Lehtonen, O., Muranen, T. A., Huhtinen, K., Carpen, O., Hietanen, S., Senkowski, W., Kallunki, T., Häkkinen, A., Hynninen, J., & 2 andraOikkonen, J. & Hautaniemi, S., 12 juni 2023, I: Cancer Cell. 41, 6, s. 1103-+ 28 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• FinnGen provides genetic insights from a well-phenotyped isolated population

  FinnGen, Kurki, M. I., Karjalainen, J., Palta, P., Sipilä, T. P., Kristiansson, K., Donner, K. M., Reeve, M. P., Laivuori, H., Aavikko, M., Kaunisto, M. A., Loukola, A., Mattsson, H., Laiho, P., Della Briotta Parolo, P., Lehisto, A. A., Mars, N., Rämö, J., Kiiskinen, T., Heyne, H. O., & 63 andraRüeger, S., Lemmelä, S., Zhou, W., Ruotsalainen, S., Pärn, K., Hiekkalinna, T., Koskelainen, S., Paajanen, T., Llorens, V., Gracia-Tabuenca, J., Auro, K., Carpen, O., Dada, O. A., Eklund, K., Färkkilä, M., Ganna, A., Ghazal, A., Hovatta, I., Joensuu, H., Julkunen, V., Kajanne, R., Kaprio, J., Kettunen, J., Kilpeläinen, E., Kurra, V., Laukkanen, J., Liu, A., Mäkelä, J., Mäkitie, A., Meretoja, T., Niemi, M. E. K., Niemi, M., Niiranen, T., Ollila, H. M., Palomäki, A., Palotie, T., Partanen, J., Pelkonen, M., Pitkäranta, A., Punkka, E., Pussinen, P., Rodosthenous, R., Saarentaus, E., Salminen, A., Salminen, E., Shen, H., Silander, K., Soini, S., Tienari, P., Toppila-Salmi, S., Tukiainen, T., Tuomi, T., Turunen, J. A., Vaura, F., Havulinna, A. S., Perola, M., Ripatti, S., Jalanko, A., Laitinen, T., Mäkelä, T. P., Daly, M. J., Palotie, A. & Kanai, M., 19 jan. 2023, I: Nature. 613, 7944, s. 508-+ 20 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Functional Homologous Recombination Assay on FFPE Specimens of Advanced High-Grade Serous Ovarian Cancer Predicts Clinical Outcomes

  Pikkusaari, S., Tumiati, M., Virtanen, A., Oikkonen, J., Li, Y., Perez-Villatoro, F., Muranen, T., Salko, M., Huhtinen, K., Kanerva, A., Koskela, H., Tapper, J., Koivisto-Korander, R., Joutsiniemi, T., Haltia, U-M., Lassus, H., Hautaniemi, S., Färkkilä, A., Hynninen, J., Hietanen, S., & 2 andraCarpen, O. & Kauppi, L., 15 aug. 2023, I: Clinical Cancer Research. 29, 16, s. 3110-3123 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Serum FGF19 predicts outcomes of Kasai portoenterostomy in biliary atresia

  Nyholm, I. A., Hukkinen, M., Pihlajoki, M., Davidson, J. R., Tyraskis, A., Lohi, J., Heikkilä, P., Hänninen, S., Andersson, N., Eloranta, K., Carpen, O., Heikinheimo, M., Davenport, M. & Pakarinen, M. P., apr. 2023, I: Hepatology. 77, 4, s. 1263-1273 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• The impact of implementing current treatment modalities and female sex on gastric cancer outcomes, 2000-2016: a longitudinal nationwide cohort study

  Aaltonen, P., Mustonen, H., Peltola, K., Carpen, O., Puolakkainen, P., Haglund, C., Sund, M. & Seppanen, H., 2023, I: Acta Oncologica. 62, 12, s. 1732-1741 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Uusi työkalu räätälöityyn munasarjasyövän hoitoon

  Pikkusaari, S., Tumiati, M., Virtanen, A., Oikkonen, J., Li, Y., Perez-Villatoro, F., Muranen, T., Salko, M., Huhtinen, K., Kanerva, A., Koskela, H., Tapper, J., Koivisto-Korander, R., Joutsiniemi, T., Haltia, U-M., Lassus, H., Hautaniemi, S., Färkkilä, A., Hynninen, J., Hietanen, S., & 2 andraCarpen, O. & Kauppi, L., 15 aug. 2023, I: Duodecim. 139, 9, s. 760 1 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Professionell

  Öppen tillgång

  Fil
• 2022

  A Subset of Secreted Proteins in Ascites Can Predict Platinum-Free Interval in Ovarian Cancer

  Carroll, M. J., Kaipio, K., Hynninen, J., Carpen, O., Hautaniemi, S., Page, D. & Kreeger, P. K., sep. 2022, I: Cancers. 14, 17, 14 s., 4291.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

• Data-driven comorbidity analysis of 100 common disorders reveals patient subgroups with differing mortality risks and laboratory correlates

  Koskinen, M., Salmi, J. K., Loukola, A., Mäkelä, M. J., Sinisalo, J., Carpen, O. & Renkonen, R., 2 nov. 2022, I: Scientific Reports. 12, 1, 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Dubious effects of methadone as an "anticancer" drug on ovarian cancer cell-lines and patient-derived tumor-spheroids

  Fiegl, H., Hagenbuchner, J., Kyvelidou, C., Seeber, B., Sopper, S., Tsibulak, I., Wieser, V., Reiser, E., Roessler, J., Huhtinen, K., Carpen, O., Parson, W., Sprung, S., Marth, C., Ausserlechner, M. J. & Zeimet, A. G., apr. 2022, I: Gynecologic Oncology. 165, 1, s. 129-136 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Effects of Wee1 inhibitor adavosertib on patient-derived high-grade serous ovarian cancer cells are multiple and independent of homologous recombination status

  Roering, P., Siddiqui, A., Heuser, V. D., Potdar, S., Mikkonen, P., Oikkonen, J., Li, Y., Pikkusaari, S., Wennerberg, K., Hynninen, J., Grenman, S., Huhtinen, K., Auranen, A., Carpen, O. & Kaipio, K., 23 aug. 2022, I: Frontiers in oncology . 12, 14 s., 954430.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Longitudinal single-cell RNA-seq analysis reveals stress-promoted chemoresistance in metastatic ovarian cancer

  Zhang, K., Erkan, E. P., Jamalzadeh, S., Dai, J., Andersson, N., Kaipio, K., Lamminen, T., Mansuri, N., Huhtinen, K., Carpen, O., Hietanen, S., Oikkonen, J., Hynninen, J., Virtanen, A., Häkkinen, A., Hautaniemi, S. & Väharautio, A., feb. 2022, I: Science Advances. 8, 8, 18 s., 1831.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Long-term nationwide trends in the treatment of and outcomes among pancreatic cancer patients

  Aaltonen, P., Carpén, O., Mustonen, H., Puolakkainen, P., Haglund, C., Peltola, K. & Seppänen, H., maj 2022, I: European Journal of Surgical Oncology. 48, 5, s. 1087-1092 6 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Ovarian Cancers with Low CIP2A Tumor Expression Constitute an APR-246-Sensitive Disease Subtype

  Cvrljevic, A. N., Butt, U., Huhtinen, K., Grönroos, T. J., Böckelman, C., Lassus, H., Butzow, R., Haglund, C., Kaipio, K., Arsiola, T., Laajala, T. D., Connolly, D. C., Ristimäki, A., Carpen, O., Pouwels, J. & Westermarck, J., juli 2022, I: Molecular Cancer Therapeutics. 21, 7, s. 1236-1245 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• QuantISH: RNA in situ hybridization image analysis framework for quantifying cell type-specific target RNA expression and variability

  Jamalzadeh, S., Häkkinen, A., Andersson, N., Huhtinen, K., Laury, A., Hietanen, S., Hynninen, J., Oikkonen, J., Carpen, O., Virtanen, A. & Hautaniemi, S., juli 2022, I: Laboratory Investigation. 102, 7, s. 753-761 9 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Screening for potential undiagnosed Gaucher disease patients: Utilisation of the Gaucher earlier diagnosis consensus point-scoring system (GED-C PSS) in conjunction with electronic health record data, tissue specimens, and small nucleotide polymorphism (SNP) genotype data available in Finnish biobanks

  Pehrsson, M., Heikkinen, H., Wartiovaara-Kautto, U., Mäntylahti, S., Bäckström, P., Lassenius, M. I., Uusi-Rauva, K., Carpen, O. & Elomaa, K., dec. 2022, I: Molecular Genetics and Metabolism Reports. 33, 13 s., 100911.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Single-Cell RNA Sequencing-Based Characterization of Resident Lung Mesenchymal Stromal Cells in Bronchopulmonary Dysplasia

  Mizikova, I., Lesage, F., Cyr-Depauw, C., Cook, D. P., Hurskainen, M., Hänninen, S. M., Vadivel, A., Bardin, P., Zhong, S., Carpen, O., Vanderhyden, B. C. & Thebaud, B., 27 maj 2022, I: Stem Cells. 40, 5, s. 479-492 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2021

  Aggressive and recurrent ovarian cancers upregulate ephrinA5, a non-canonical effector of EphA2 signaling duality

  Jukonen, J., Moyano-Galceran, L., Höpfner, K., Pietilä, E. A., Lehtinen, L., Huhtinen, K., Gucciardo, E., Hynninen, J., Hietanen, S., Grenman, S., Ojala, P. M., Carpen, O. & Lehti, K., 23 apr. 2021, I: Scientific Reports. 11, 1, 12 s., 8856.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Agile workflow for interactive analysis of mass cytometry data

  Casado, J., Lehtonen, O., Rantanen, V., Kaipio, K., Pasquini, L., Häkkinen, A., Petrucci, E., Hynninen, J., Hietanen, S., Carpen, O., Biffoni, M., Färkkilä, A. & Hautaniemi, S., 1 maj 2021, I: Bioinformatics. 37, 9, s. 1263-1268 6 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• A Novel Two-Lipid Signature Is a Strong and Independent Prognostic Factor in Ovarian Cancer

  Salminen, L., Braicu, E. I., Laaperi, M., Jylha, A., Oksa, S., Hietanen, S., Sehouli, J., Kulbe, H., du Bois, A., Mahner, S., Harter, P., Carpen, O., Huhtinen, K., Hynninen, J. & Hilvo, M., apr. 2021, I: Cancers. 13, 8, 12 s., 1764.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• APOE epsilon 4 associates with increased risk of severe COVID-19, cerebral microhaemorrhages and post-COVID mental fatigue: a Finnish biobank, autopsy and clinical study

  FinnGen, Kurki, S. N., Kantonen, J., Kaivola, K., Hokkanen, L., Mäyranpää, M. I., Puttonen, H., Martola, J., Pöyhönen, M., Kero, M., Tuimala, J., Carpen, O., Kantele, A., Vapalahti, O., Tiainen, M., Tienari, P. J., Kaila, K., Hastbacka, J. & Myllykangas, L., 23 dec. 2021, I: Acta Neuropathologica Communications. 9, 13 s., 199.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Artificial intelligence-based image analysis can predict outcome in high-grade serous carcinoma via histology alone

  Laury, A. R., Blom, S., Ropponen, T., Virtanen, A. & Carpen, O. M., 27 sep. 2021, I: Scientific Reports. 11, 1, 9 s., 19165.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Association of tumor-infiltrating T lymphocytes with intestinal-type gastric cancer molecular subtypes and outcome

  Mansuri, N., Birkman, E-M., Heuser, V. D., Lintunen, M., Ålgars, A., Sundström, J., Ristamäki, R., Lehtinen, L. & Carpén, O., 2021, I: Virchows Archiv. 478, s. 707–717 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Co-evolution of matrisome and adaptive adhesion dynamics drives ovarian cancer chemoresistance

  Pietilä, E. A., Gonzalez-Molina, J., Moyano-Galceran, L., Jamalzadeh, S., Zhang, K., Lehtinen, L., Turunen, S. P., Martins, T. A., Gultekin, O., Lamminen, T., Kaipio, K., Joneborg, U., Hynninen, J., Hietanen, S., Grenman, S., Lehtonen, R., Hautaniemi, S., Carpen, O., Carlson, J. W. & Lehti, K., 23 juni 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 19 s., 3904.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• FHOD1 and FMNL1 formin proteins in intestinal gastric cancer: correlation with tumor-infiltrating T lymphocytes and molecular subtypes

  Mansuri, N., Heuser, V. D., Birkman, EM., Lintunen, M., Ålgars, A., Sundström, J., Ristamäki, R., Carpen, O. & Lehtinen, L., nov. 2021, I: Gastric Cancer. 24, 6, s. 1254-1263 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• FUNGI: FUsioN Gene Integration toolset

  Cervera, A., Rausio, H., Kähkönen, T., Andersson, N., Partel, G., Rantanen, V., Paciello, G., Ficarra, E., Hynninen, J., Hietanen, S., Carpen, O., Lehtonen, R., Hautaniemi, S. & Huhtinen, K., 15 sep. 2021, I: Bioinformatics. 37, 19, s. 3353-3355 3 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Network-guided identification of cancer-selective combinatorial therapies in ovarian cancer

  He, L., Bulanova, D., Oikkonen, J., Häkkinen, A., Zhang, K., Zheng, S., Wang, W., Erkan, E. P., Carpén, O., Joutsiniemi, T., Hietanen, S., Hynninen, J., Huhtinen, K., Hautaniemi, S., Vähärautio, A., Tang, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 3 nov. 2021, I: Briefings in Bioinformatics. 22, 6, 12 s., 272.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• PRISM: recovering cell-type-specific expression profiles from individual composite RNA-seq samples

  Häkkinen, A., Zhang, K., Alkodsi, A., Andersson, N., Erkan, E. P., Dai, J., Kaipio, K., Lamminen, T., Mansuri, N., Huhtinen, K., Vähärautio, A., Carpen, O., Hynninen, J., Hietanen, S., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., 15 sep. 2021, I: Bioinformatics. 37, 18, s. 2882-2888 7 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• WNT2 activation through proximal germline deletion predisposes to small intestinal neuroendocrine tumors and intestinal adenocarcinomas

  Aavikko, M., Kaasinen, E., Andersson, N., Pentinmikko, N., Sulo, P., Donner, I., Pihlajamaa, P., Kuosmanen, A., Bramante, S., Katainen, R., Sipilä, L. J., Martin, S., Arola, J., Carpén, O., Heiskanen, I., Mecklin, J-P., Taipale, J., Ristimäki, A., Lehti, K., Gucciardo, E., & 4 andraKatajisto, P., Schalin-Jäntti, C., Vahteristo, P. & Aaltonen, L. A., 15 dec. 2021, I: Human Molecular Genetics. 30, 24, s. 2429-2440 12 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2020

  ALDH1A1-related stemness in high-grade serous ovarian cancer is a negative prognostic indicator but potentially targetable by EGFR/mTOR-PI3K/aurora kinase inhibitors

  Kaipio, K., Chen, P., Roering, P., Huhtinen, K., Mikkonen, P., Östling, P., Lehtinen, L., Mansuri, N., Korpela, T., Potdar, S., Hynninen, J., Auranen, A., Grénman, S., Wennerberg, K., Hautaniemi, S. & Carpén, O., feb. 2020, I: Journal of Pathology. 250, 2, s. 159-169 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• A longitudinal analysis of CA125 glycoforms in the monitoring and follow up of high grade serous ovarian cancer

  Salminen, L., Nadeem, N., Jain, S., Grènman, S., Carpén, O., Hietanen, S., Oksa, S., Lamminmäki, U., Pettersson, K., Gidwani, K., Huhtinen, K. & Hynninen, J., mars 2020, I: Gynecologic Oncology. 156, 3, s. 689-694 6 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Distinct effects on mRNA export factor GANP underlie neurological disease phenotypes and alter gene expression depending on intron content

  Woldegebriel, R., Kvist, J., Andersson, N., Ounap, K., Reinson, K., Wojcik, M. H., Bijlsma, E. K., Hoffer, M. J., Ryan, M. M., Stark, Z., Walsh, M., Cuppen, I., van den Boogaard, M-J. H., Bharucha-Goebel, D., Donkervoort, S., Winchester, S., Zori, R., Bonnemann, C. G., Maroofian, R., O'Connor, E., & 8 andraHoulden, H., Zhao, F., Carpen, O., White, M., Sreedharan, J., Stewart, M., Ylikallio, E. & Tyynismaa, H., 1 maj 2020, I: Human Molecular Genetics. 29, 9, s. 1426-1439 14 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Exploratory Analysis of CA125-MGL and -STn Glycoforms in the Differential Diagnostics of Pelvic Masses

  Salminen, L., Nadeem, N., Rolfsen, A. L., Dorum, A., Laajala, T. D., Grenman, S., Hietanen, S., Heinosalo, T., Perheentupa, A., Poutanen, M., Bolstad, N., Carpen, O., Lamminmäki, U., Pettersson, K., Gidwani, K., Hynninen, J. & Huhtinen, K., mars 2020, I: The journal of applied laboratory medicine. 5, 2, s. 263-272 10 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

• Functional Profiling of FSH and Estradiol in Ovarian Granulosa Cell Tumors

  Haltia, U-M., Pihlajoki, M., Andersson, N., Mäkinen, L., Tapper, J., Cervera, A., Horlings, H. M., Turpeinen, U., Anttonen, M., Bützow, R., Unkila-Kallio, L., Carpen, O., Wilson, D. B., Heikinheimo, M. & Färkkilä, A., apr. 2020, I: Journal of the Endocrine Society. 4, 4, 20 s., 034.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• HE4 in the evaluation of tumor load and prognostic stratification of high grade serous ovarian carcinoma

  Salminen, L., Gidwani, K., Grenman, S., Carpen, O., Hietanen, S., Pettersson, K., Huhtinen, K. & Hynninen, J., 1 dec. 2020, I: Acta Oncologica. 59, 12, s. 1461-1468 8 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Multiple formin proteins participate in glioblastoma migration

  Heuser, V. D., Kiviniemi, A., Lehtinen, L., Munthe, S., Kristensen, B. W., Posti, J. P., Sipilä, J. O. T., Vuorinen, V., Carpen, O. & Gardberg, M., 29 juli 2020, I: BMC Cancer. 20, 1, 11 s., 710.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Neuropathologic features of four autopsied COVID-19 patients

  Kantonen, J., Mahzabin, S., Mäyränpää, M., Tynninen, O., Paetau, A., Andersson, N., Sajantila, A., Vapalahti, O., Carpen, O., Kekäläinen, E., Kantele, A. & Myllykangas, L., 2020, I: Brain Pathology. 30, 6, s. 1012-1016 5 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Performance of Finnish biobanks in nationwide pulmonary carcinoid tumour research

  Vesterinen, T., Salmenkivi, K., Mustonen, H., Kuopio, T., Lappi-Blanco, E., Paavonen, T., Vainio, P., Knuuttila, A., Carpén, O., Haglund, C. & Arola, J., feb. 2020, I: Virchows Archiv. 476, 2, s. 273-283 11 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• qSNE: quadratic rate t-SNE optimizer with automatic parameter tuning for large datasets

  Häkkinen, A., Koiranen, J., Casado, J., Kaipio, K., Lehtonen, O., Petrucci, E., Hynninen, J., Hietanen, S., Carpén, O., Pasquini, L., Biffoni, M., Lehtonen, R. & Hautaniemi, S., 15 okt. 2020, I: Bioinformatics. 36, 20, s. 5086–5092 7 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil

• Sex-Dependent Improvement in Survival of Parkinson's Disease Patients

  Kuusimäki, T., Kurki, S., Sipilä, J. O. T., Salminen-Mankonen, H., Carpen, O. & Kaasinen, V., juli 2020, I: Movement disorders clinical practice. 7, 5, s. 516-520 5 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil
• 2019

  Biopankit yksilöllistetyn lääkehoidon apuna

  Carpen, O., 2019, I: Sic! Lääketietoa Fimeasta. 9, 3-4, s. 14-15 2 s.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Professionell

• BRAF immunohistochemistry predicts sentinel lymph node involvement in intermediate thickness melanomas

  Manninen, A. A., Gardberg, M., Juteau, S., Ilmonen, S., Jukonen, J., Andersson, N. & Carpen, O., 30 apr. 2019, I: PLoS One. 14, 4, 13 s., 0216043.

  Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

  Öppen tillgång

  Fil