Foto av Panu Juhani Somervuo

Panu Juhani Somervuo

  • PL 65 (Viikinkaari 1)

    00014

    Finland

  • Viikinkaari 1, Biocentre 3

    00790 Helsinki

    Finland

20062024

Forskningsoutput per år

Personlig profil

Information om forskning och undervisning

My background is in signal processing, pattern recognition, and machine learning. Before starting to do bioinformatics, I was working with automatic speech recognition and neural networks at Neural Networks Research Centre, Helsinki University of Technology. Year 2005 I moved to Viikki campus of University of Helsinki. During 2005-2010 I did microarray data analysis including detection, gene expression, and array comparative genomic hybridization. Majority of that work was done with custom arrays where I did also the probe design. During that time I participated as a teacher in several microarray courses at UH and IT center CSC, and an Erasmus course in Italy. Year 2010 I joined Metapopulation Research Group to participate in a butterfly sequencing project. I have run NGS teaching courses both at the university and CSC in Finland, at University of Mauritius, Uppsala (Sweden), Cape Town (South Africa), and Bari (Italy). At the moment I am in Otso Ovaskainen's group working to build a taxonomic classifier for DNA data.

Being an engineer, I am interested in machine learning methods and Bayesian modeling. At the same time I am curious to understand biology better.

Vetenskapsgrenar

  • 113 Data- och informationsvetenskap
  • 1184 Genetik, utvecklingsbiologi, fysiologi

Internationellt och inhemskt samarbete

Publikationer och projekt inom de senaste fem åren.
Utforska nätverket mera

  • Airborne DNA reveals predictable spatial and seasonal dynamics of fungi

    Abrego, N., Furneaux, B., Hardwick, B., Somervuo, P., Palorinne, I., Aguilar-Trigueros, C. A., Andrew, N. R., Babiy, U. V., Bao, T., Bazzano, G., Bondarchuk, S. N., Bonebrake, T. C., Brennan, G. L., Bret-Harte, S., Bässler, C., Cagnolo, L., Cameron, E. K., Chapurlat, E., Creer, S., D’Acqui, L. P., & 94 andrade Vere, N., Desprez-Loustau, M. L., Dongmo, M. A. K., Jacobsen, I. B. D., Fisher, B. L., Flores de Jesus, M., Gilbert, G. S., Griffith, G. W., Gritsuk, A. A., Gross, A., Grudd, H., Halme, P., Hanna, R., Hansen, J., Hansen, L. H., Hegbe, A. D. M. T., Hill, S., Hogg, I. D., Hultman, J., Hyde, K. D., Hynson, N. A., Ivanova, N., Karisto, P., Kerdraon, D., Knorre, A., Krisai-Greilhuber, I., Kurhinen, J., Kuzmina, M., Lecomte, N., Lecomte, E., Loaiza, V., Lundin, E., Meire, A., Mešić, A., Miettinen, O., Monkhouse, N., Mortimer, P., Müller, J., Nilsson, R. H., Nonti, P. Y. C., Nordén, J., Nordén, B., Norros, V., Paz, C., Pellikka, P., Pereira, D., Petch, G., Pitkänen, J. M., Popa, F., Potter, C., Purhonen, J., Pätsi, S., Rafiq, A., Raharinjanahary, D., Rakos, N., Rathnayaka, A. R., Raundrup, K., Rebriev, Y. A., Rikkinen, J., Rogers, H. M. K., Rogovsky, A., Rozhkov, Y., Runnel, K., Saarto, A., Savchenko, A., Schlegel, M., Schmidt, N. M., Seibold, S., Skjøth, C., Stengel, E., Sutyrina, S. V., Syvänperä, I., Tedersoo, L., Timm, J., Tipton, L., Toju, H., Uscka-Perzanowska, M., van der Bank, M., van der Bank, F. H., Vandenbrink, B., Ventura, S., Vignisson, S. R., Wang, X., Weisser, W. W., Wijesinghe, S. N., Wright, S. J., Yang, C., Yorou, N. S., Young, A., Yu, D. W., Zakharov, E. V., Hebert, P. D. N., Roslin, T. & Ovaskainen, O., 25 juli 2024, I: Nature. 631, 8022, s. 835-842 8 s.

    Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

    Öppen tillgång
    Fil

  • Global arthropod beta-diversity is spatially and temporally structured by latitude

    Seymour, M., Roslin, T., deWaard, J. R., Perez, K. H. J., D’Souza, M. L., Ratnasingham, S., Ashfaq, M., Levesque-Beaudin, V., Blagoev, G. A., Bukowski, B., Cale, P., Crosbie, D., Decaëns, T., deWaard, S. L., Ekrem, T., El-Ansary, H. O., Evouna Ondo, F., Fraser, D., Geiger, M. F., Hajibabaei, M., & 54 andraHallwachs, W., Hanisch, P. E., Hausmann, A., Heath, M., Hogg, I. D., Janzen, D. H., Kinnaird, M., Kohn, J. R., Larrivée, M., Lees, D. C., León-Règagnon, V., Liddell, M., Lijtmaer, D. A., Lipinskaya, T., Locke, S. A., Manjunath, R., Martins, D. J., Martins, M. B., Mazumdar, S., McKeown, J. T. A., Anderson-Teixeria, K., Miller, S. E., Milton, M. A., Miskie, R., Morinière, J., Mutanen, M., Naik, S., Nichols, B., Noguera, F. A., Novotny, V., Penev, L., Pentinsaari, M., Quinn, J., Ramsay, L., Rochefort, R., Schmidt, S., Smith, M. A., Sobel, C. N., Somervuo, P., Sones, J. E., Staude, H. S., St. Jaques, B., Stur, E., Telfer, A. C., Tubaro, P. L., Wardlaw, T. J., Worcester, R., Yang, Z., Young, M. R., Zemlak, T., Zakharov, E. V., Zlotnick, B., Ovaskainen, O. & Hebert, P. D. N., dec. 2024, I: Communications Biology. 7, 1, 11 s., 552.

    Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

    Öppen tillgång
    Fil

  • Global Spore Sampling Project: A global, standardized dataset of airborne fungal DNA

    Ovaskainen, O., Abrego, N., Furneaux, B., Hardwick, B., Somervuo, P., Palorinne, I., Andrew, N. R., Babiy, U. V., Bao, T., Bazzano, G., Bondarchuk, S. N., Bonebrake, T. C., Brennan, G. L., Bret-Harte, S., Bässler, C., Cagnolo, L., Cameron, E. K., Chapurlat, E., Creer, S., D’Acqui, L. P., & 92 andrade Vere, N., Desprez-Loustau, M. L., Dongmo, M. A. K., Dyrholm Jacobsen, I. B., Fisher, B. L., Flores de Jesus, M., Gilbert, G. S., Griffith, G. W., Gritsuk, A. A., Gross, A., Grudd, H., Halme, P., Hanna, R., Hansen, J., Hansen, L. H., Hegbe, A. D. M. T., Hill, S., Hogg, I. D., Hultman, J., Hyde, K. D., Hynson, N. A., Ivanova, N., Karisto, P., Kerdraon, D., Knorre, A., Krisai-Greilhuber, I., Kurhinen, J., Kuzmina, M., Lecomte, N., Lecomte, E., Loaiza, V., Lundin, E., Meire, A., Mešić, A., Miettinen, O., Monkhause, N., Mortimer, P., Müller, J., Nilsson, R. H., Nonti, P. Y. C., Nordén, J., Nordén, B., Paz, C., Pellikka, P., Pereira, D., Petch, G., Pitkänen, J. M., Popa, F., Potter, C., Purhonen, J., Pätsi, S., Rafiq, A., Raharinjanahary, D., Rakos, N., Rathnayaka, A. R., Raundrup, K., Rebriev, Y. A., Rikkinen, J., Rogers, H. M. K., Rogovsky, A., Rozhkov, Y., Runnel, K., Saarto, A., Savchenko, A., Schlegel, M., Schmidt, N. M., Seibold, S., Skjøth, C., Stengel, E., Sutyrina, S. V., Syvänperä, I., Tedersoo, L., Timm, J., Tipton, L., Toju, H., Uscka-Perzanowska, M., van der Bank, M., Herman van der Bank, F., Vandenbrink, B., Ventura, S., Vignisson, S. R., Wang, X., Weisser, W. W., Wijesinghe, S. N., Joseph Wright, S., Yang, C., Yorou, N. S., Young, A., Yu, D. W., Zakharov, E. V., Hebert, P. D. N. & Roslin, T., dec. 2024, I: Scientific data . 11, 1, 17 s., 561.

    Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

    Öppen tillgång
    Fil

  • PROTAX-GPU: A scalable probabilistic taxonomic classification system for DNA barcodes

    Li, R., Ratnasingham, S., Zarubiieva, I., Somervuo, P. & Taylor, G. W., 24 juni 2024, I: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 379, 1904, 20230124.

    Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

    Öppen tillgång
    Fil

  • A Successful Crowdsourcing Approach for Bird Sound Classification

    Lehikoinen, P., Rannisto, M. K., Moliterno de Camargo, U., Aintila, A. E. K., Lauha, P. M., Piirainen, E., Somervuo, P. J. & Ovaskainen, O., 11 apr. 2023, I: Citizen science. 8, 1, s. 1-14 14 s., 16.

    Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

    Öppen tillgång
    Fil
Visa alla 82 publikationer
  • 4 Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium
  • 2 Akademisk besök på annan institution
Visa alla 6 aktiviteter