20052019
Om du gjort några ändringar i Pure kommer de visas här snart.

Publikationer 2005 2019

Filter
Artikel
2019

Early Sex-Chromosome Evolution in the Diploid Dioecious Plant Mercurialis annua

Veltsos, P., Ridout, K. E., Toups, M. A., Gonzalez-Martinez, S. C., Muyle, A., Emery, O., Rastas, P., Hudzieczek, V., Hobza, R., Vyskot, B., Marais, G. A. B., Filatov, D. A. & Pannell, J. R., jul 2019, I : Genetics. 212, 3, s. 815-835 21 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Kermit: Linkage map guided long read assembly

Walve, R., Rastas, P. & Salmela, L., 20 mar 2019, I : Algorithms for Molecular Biology. 14, 1, 10 s., 8.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2018

A Genome-Wide Association Study for Host Resistance to Ostreid Herpesvirus in Pacific Oysters (Crassostrea gigas)

Gutierrez, A. P., Bean, T. P., Hooper, C., Stenton, C. A., Sanders, M. B., Paley, R. K., Rastas, P., Bryrom, M., Matika, O. & Houston, R. D., apr 2018, I : G3 - Genes genomes genetics. 8, 4, s. 1273-1280 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

A High-Resolution Genetic Map for the Laboratory Rat

Littrell, J., Tsaih, S-W., Baud, A., Rastas, P., Solberg-Woods, L. & Flister, M. J., jul 2018, I : G3 - Genes genomes genetics. 8, 7, s. 2241-2248 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Bracketing phenogenotypic limits of mammalian hybridization

Savriama, Y., Valtonen, M., Kammonen, J. I., Rastas, P., Smolander, O-P., Lyyski, A., Häkkinen, T. J., Corfe, I. J., Gerber, S., Salazar-Ciudad, I., Paulin, L., Holm, L., Löytynoja, A., Auvinen, P. & Jernvall, J., 28 nov 2018, I : Royal Society Open Science. 5, 11, 12 s., 180903.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Evolution at two time frames: Polymorphisms from an ancient singular divergence event fuel contemporary parallel evolution

Van Belleghem, S. M., Vangestel, C., De Wolf, K., De Corte, Z., Most, M., Rastas, P., De Meester, L. & Hendrickx, F., nov 2018, I : PLoS Genetics. 14, 11, 26 s., 1007796.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

First High-Density Linkage Map and Single Nucleotide Polymorphisms Significantly Associated With Traits of Economic Importance in Yellowtail Kingfish Seriola lalandi

Nguyen, N. H., Rastas, P. M. A., Premachandra, H. K. A. & Knibb, W., 17 apr 2018, I : Frontiers in Genetics. 9, 11 s., 127.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Inferring dispersal across a fragmented landscape using reconstructed families in the Glanville fritillary butterfly

Fountain, T., Husby, A., Nonaka, E., DiLeo, M., Korhonen, J. H., Rastas, P., Schulz, T. M., Saastamoinen, M. A. K. & Hanski, I. A., mar 2018, I : Evolutionary Applications. 11, 3, s. 287-297 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Linkage disequilibrium clustering-based approach for association mapping with tightly linked genomewide data

Li, Z., Kemppainen, P., Rastas, P. & Merilä, J., jul 2018, I : Molecular Ecology Resources. 18, 4, s. 809-824 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2017

Genome sequencing and population genomic analyses provide insights into the adaptive landscape of silver birch

Salojärvi, J., Smolander, O-P., Nieminen, K., Rajaraman, S., Safronov, O., Safdari, P., Lamminmäki, A., Immanen, J., Lan, T., Tanskanen, J., Rastas, P., Amiryousefi, A., Jayaprakash, B., Kammonen, J. I., Hagqvist, R., Eswaran, G., Ahonen, V. H., Serra, J. A., Asiegbu, F. O., Barajas-Lopez, J. D. D. & 65 andraBlande, D., Blokhina, O., Blomster, T., Broholm, S., Brosche, M., Cui, F., Dardick, C., Ehonen, S. E., Elomaa, P., Escamez, S., Fagerstedt, K. V., Fujii, H., Gauthier, A., Gollan, P. J., Halimaa, P., Heino, P. I., Himanen, K., Hollender, C., Kangasjarvi, S., Kauppinen, L., Kelleher, C. T., Kontunen-Soppela, S., Koskinen, J. P., Kovalchuk, A., Karenlampi, S. O., Kärkönen, A. K., Lim, K-J., Leppälä, J., Macpherson, L., Mikola, J., Mouhu, K., Mähönen, A. P., Niinemets, U., Oksanen, E., Overmyer, K., Palva, E. T., Pazouki, L., Pennanen, V., Puhakainen, T., Poczai, P., Possen, B. J. H. M., Punkkinen, M., Rahikainen, M. M., Rousi, M., Ruonala, R., van der Schoot, C., Shapiguzov, A., Sierla, M., Sipilä, T. P., Sutela, S., Teeri, T. H., Tervahauta, A. I., Vaattovaara, A., Vahala, J., Vetchinnikova, L., Welling, A., Wrzaczek, M., Xu, E., Paulin, L. G., Schulman, A. H., Lascoux, M., Albert, V. A., Auvinen, P., Helariutta, Y. & Kangasjarvi, J., 8 maj 2017, I : Nature Genetics. 49, 6, s. 904-912 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Lep-MAP3: robust linkage mapping even for low-coverage whole genome sequencing data

Rastas, P., 1 dec 2017, I : Bioinformatics. 33, 23, s. 3726-3732 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2016

Construction of Ultradense Linkage Maps with Lep-MAP2: Stickleback F-2 Recombinant Crosses as an Example

Rastas, P., Calboli, F. C. F., Guo, B., Shikano, T. & Merilä, J., jan 2016, I : Genome Biology and Evolution. 8, 1, s. 78-93 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2015

Flight-induced changes in gene expression in the Glanville fritillary butterfly

Kvist, J., Mattila, A. L. K., Somervuo, P., Ahola, V., Koskinen, P., Paulin, L., Salmela, L., Fountain, T., Rastas, P., Ruokolainen, A., Taipale, M., Holm, L., Auvinen, P., Lehtonen, R., Frilander, M. J. & Hanski, I., okt 2015, I : Molecular Ecology. 24, 19, s. 4886-4900 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Genome-wide SNP identification for the construction of a high-resolution genetic map of Japanese flounder (Paralichthys olivaceus): applications to QTL mapping of Vibrio anguillarum disease resistance and comparative genomic analysis

Shao, C., Niu, Y., Rastas, P., Liu, Y., Xie, Z., Li, H., Wang, L., Jiang, Y., Tai, S., Tian, Y., Sakamoto, T. & Chen, S., apr 2015, I : DNA Research. 22, 2, s. 161-170 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2014

The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera

Ahola, V., Lehtonen, R., Somervuo, P., Salmela, L., Koskinen, P., Rastas, P., Valimaki, N., Paulin, L., Kvist, J., Wahlberg, N., Tanskanen, J., Hornett, E. A., Ferguson, L. C., Luo, S., Cao, Z., de Jong, M. A., Duplouy, A., Smolander, O-P., Vogel, H., McCoy, R. C. & 27 andraQian, K., Wong, S. C., Zhang, Q., Ahmad, F., Haukka, J. K., Joshi, A., Salojarvi, J., Wheat, C. W., Grosse-Wilde, E., Hughes, D., Katainen, R., Pitkanen, E., Ylinen, J., Waterhouse, R. M., Turunen, M., Vaharautio, A., Ojanen, S. P., Schulman, A. H., Taipale, M., Lawson, D., Ukkonen, E., Makinen, V., Goldsmith, M. R., Holm, L., Auvinen, P., Frilander, M. J. & Hanski, I., sep 2014, I : Nature Communications. 5, 9 s., 4737.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2013

DNA-Binding Specificities of Human Transcription Factors

Jolma, A., Yan, J., Whitington, T., Toivonen, J., Nitta, K. R., Rastas, P., Morgunova, E., Enge, M., Taipale, M. J. O., Wei, G., Palin, K., Vaquerizas, J. M., Vincentelli, R., Luscombe, N. M., Hughes, T. R., Lemaire, P., Ukkonen, E., Kivioja, T. & Taipale, J., 17 jan 2013, I : Cell. 152, 1-2, s. 327-339 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Lep-MAP: fast and accurate linkage map construction for large SNP datasets

Rastas, P., Paulin, L., Hanski, I., Lehtonen, R. J. & Auvinen, P., 2013, I : Bioinformatics. 29, 24, s. 3128-3134 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2012

High genetic load in an old isolated butterfly population

Mattila, A., Duplouy, A., Kirjokangas, M., Lehtonen, R. J., Rastas, P. & Hanski, I., 2012, I : Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109, 37, s. E2496-2505 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Rule-based induction method for haplotype comparison and identification of candidate disease loci

Karinen, S. H., Saarinen, S., Lehtonen, R. J., Rastas, P., Vahteristo, P. M., Aaltonen, L. A. & Hautaniemi, S., 2012, I : Genome medicine. 4, 3, s. 21

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2011

Finding significant matches of position weight matrices in linear time

Pizzi, C., Rastas, P. & Ukkonen, E., 2011, I : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 8, 1, s. 69-79 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2009

MOODS: fast search for position weight matrix matches in DNA sequences

Korhonen, J. H., Martinmäki, P., Pizzi, C., Rastas, P. & Ukkonen, E., 15 sep 2009, I : Bioinformatics. 25, 23, s. 3181-3182 2 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review