“PANNZER – a practical tool for protein function prediction”

Törönen, P. & Holm, L., jan. 2022, I: Protein Science. 31, 1, s. 118-128 11 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Epigenome-450K-wide methylation signatures of active cigarette smoking: The Young Finns Study

Mishra, P. P., Hänninen, I., Raitoharju, E., Marttila, S., Mishra, B. H., Mononen, N., Kähönen, M., Hurme, M., Raitakari, O., Törönen, P., Holm, L. & Lehtimaki, T., 7 juli 2020, I: Bioscience Reports. 40, 7, 14 s., 20200596.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Molecular Fingerprint and Developmental Regulation of the Tegmental GABAergic and Glutamatergic Neurons Derived from the Anterior Hindbrain

Morello, F., Borshagovski, D., Survila, M., Tikker, L., Sadik-Ogli, S., Kirjavainen, A., Estartús, N., Knaapi, L., Lahti, L., Törönen, P., Mazutis, L., Delogu, A., Salminen, M., Achim, K. & Partanen, J., 13 okt. 2020, I: Cell Reports. 33, 2, 26 s., 108268.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Novel comparison of evaluation metrics for gene ontology classifiers reveals drastic performance differences

Plyusnin, I., Holm, L. & Toronen, P., nov. 2019, I: PLoS Computational Biology. 15, 11, 27 s., 1007419.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

The CAFA challenge reports improved protein function prediction and new functional annotations for hundreds of genes through experimental screens

Zhou, N., Jiang, Y., Bergquist, T. R., Lee, A. J., Kacsoh, B. Z., Crocker, A. W., Lewis, K. A., Georghiou, G., Nguyen, H. N., Hamid, M. N., Davis, L., Dogan, T., Atalay, V., Rifaioglu, A. S., Dalkiran, A., Atalay, R. C., Zhang, C., Hurto, R. L., Freddolino, P. L., Zhang, Y. & 147 andra, Bhat, P., Supek, F., Fernandez, J. M., Gemovic, B., Perovic, V. R., Davidovic, R. S., Sumonja, N., Veljkovic, N., Asgari, E., Mofrad, M. R. K., Profiti, G., Savojardo, C., Martelli, P. L., Casadio, R., Boecker, F., Schoof, H., Kahanda, I., Thurlby, N., McHardy, A. C., Renaux, A., Saidi, R., Gough, J., Freitas, A. A., Antczak, M., Fabris, F., Wass, M. N., Hou, J., Cheng, J., Wang, Z., Romero, A. E., Paccanaro, A., Yang, H., Goldberg, T., Zhao, C., Holm, L., Törönen, P., Medlar, A. J., Zosa, E., Borukhov, I., Novikov, I., Wilkins, A., Lichtarge, O., Chi, P-H., Tseng, W-C., Linial, M., Rose, P. W., Dessimoz, C., Vidulin, V., Dzeroski, S., Sillitoe, I., Das, S., Lees, J. G., Jones, D. T., Wan, C., Cozzetto, D., Fa, R., Torres, M., Vesztrocy, A. W., Rodriguez, J. M., Tress, M. L., Frasca, M., Notaro, M., Grossi, G., Petrini, A., Re, M., Valentini, G., Mesiti, M., Roche, D. B., Reeb, J., Ritchie, D. W., Aridhi, S., Alborzi, S. Z., Devignes, M-D., Koo, D. C. E., Bonneau, R., Gligorijevic, V., Barot, M., Fang, H., Toppo, S., Lavezzo, E., Falda, M., Berselli, M., Tosatto, S. C. E., Carraro, M., Piovesan, D., Rehman, H. U., Mao, Q., Zhang, S., Vucetic, S., Black, G. S., Jo, D., Suh, E., Dayton, J. B., Larsen, D. J., Omdahl, A. R., McGuffin, L. J., Brackenridge, D. A., Babbitt, P. C., Yunes, J. M., Fontana, P., Zhang, F., Zhu, S., You, R., Zhang, Z., Dai, S., Yao, S., Tian, W., Cao, R., Chandler, C., Amezola, M., Johnson, D., Chang, J-M., Liao, W-H., Liu, Y-W., Pascarelli, S., Frank, Y., Hoehndorf, R., Kulmanov, M., Boudellioua, I., Politano, G., Di Carlo, S., Benso, A., Hakala, K., Ginter, F., Mehryary, F., Kaewphan, S., Bjorne, J., Moen, H., Tolvanen, M. E. E., Salakoski, T., Kihara, D., Jain, A., Smuc, T., Altenhoff, A., Ben-Hur, A., Rost, B., Brenner, S. E., Orengo, C. A., Jeffery, C. J., Bosco, G., Hogan, D. A., Martin, M. J., O'Donovan, C., Mooney, S. D., Greene, C. S., Radivojac, P. & Friedberg, I., 19 nov. 2019, I: Genome Biology. 20, 1, 23 s., 244.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review