Deciphering cancer genomes with GenomeSpy: A grammar-based visualization toolkit

Lavikka, K., Oikkonen, J., Li, Y., Muranen, T., Micoli, G., Marchi, G., Lahtinen, A., Huhtinen, K., Lehtonen, R., Hietanen, S., Hynninen, J., Virtanen, A. & Hautaniemi, S., 2024, I: GigaScience. 13, 15 s., giae040.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

HRD related signature 3 predicts clinical outcome in advanced tubo-ovarian high-grade serous carcinoma

Koskela, H., Li, Y., Joutsiniemi, T., Muranen, T., Isoviita, V. M., Huhtinen, K., Micoli, G., Lavikka, K., Marchi, G., Hietanen, S., Virtanen, A., Hautaniemi, S., Oikkonen, J. & Hynninen, J., jan. 2024, I: Gynecologic Oncology. 180, s. 91-98 8 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Association of the CHEK2 c.1100delC variant, radiotherapy, and systemic treatment with contralateral breast cancer risk and breast cancer-specific survival

Morra, A., Schreurs, M. A. C., Andrulis, I. L., Anton-Culver, H., Augustinsson, A., Beckmann, M. W., Behrens, S., Bojesen, S. E., Bolla, M. K., Brauch, H., Broeks, A., Buys, S. S., Camp, N. J., Castelao, J. E., Cessna, M. H., Chang-Claude, J., Chung, W. K., Colonna, S., Couch, F. J., Cox, A., & 97 andraCross, S. S., Czene, K., Daly, M. B., Dennis, J., Devilee, P., Doerk, T., Dunning, A. M., Dwek, M., Easton, D. F., Eccles, D. M., Eriksson, M., Evans, D. G., Fasching, P. A., Fehm, T. N., Figueroa, J. D., Flyger, H., Gabrielson, M., Gago-Dominguez, M., Garcia-Closas, M., Garcia-Saenz, J. A., Genkinger, J. A., Grassmann, F., Guendert, M., Hahnen, E., Haiman, C., Hamann, U., Harrington, P. A., Hartikainen, J. M., Hoppe, R., Hopper, J. L., Houlston, R. S., Howell, A., Jakubowska, A., Janni, W., Jernstroem, H., John, E. M., Johnson, N., Jones, M. E., Kristensen, V. N., Kurian, A., Lambrechts, D., Le Marchand, L., Lindblom, A., Lubinski, J., Lux, M. P., Mannermaa, A., Mavroudis, D., Mulligan, A. M., Muranen, T. A., Nevanlinna, H., Nevelsteen, I., Neven, P., Newman, W. G., Obi, N., Offit, K., Olshan, A. F., Park-Simon, T-W., Patel, A., Peterlongo, P., Phillips, K-A., Plaseska-Karanfilska, D., Polley, E. C., Presneau, N., Pylkas, K., Rack, B., Radice, P., Rashid, M. U., Rhenius, V., Robson, M., Romero, A., Saloustros, E., Sawyer, E. J., Schmutzler, R. K., Schuetze, S., Scott, C., Shah, M. T., Smichkoska, S., Southey, M. C., Tapper, W. J., Teras, L. R., Tollenaar, R. A. E. M., Tomczyk, K., Tomlinson, I., Troester, M., Vachon, C., van Veen, E., Wang, Q., Wendt, C., Wildiers, H., Winqvist, R. A., Ziogas, A., Hall, P., Pharoah, P. D. P., Adank, M., Hollestelle, A., Schmidt, M. K. & Hooning, M., aug. 2023, I: Cancer medicine . 12, 15, s. 16142-16162 21 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Evolutionary states and trajectories characterized by distinct pathways stratify patients with ovarian high grade serous carcinoma

Lahtinen, A., Lavikka, K., Virtanen, A., Li, Y., Jamalzadeh, S., Skorda, A., Rossberg Lauridsen, A., Zhang, K., Marchi, G., Isoviita, V-M., Ariotta, V., Lehtonen, O., Muranen, T. A., Huhtinen, K., Carpen, O., Hietanen, S., Senkowski, W., Kallunki, T., Häkkinen, A., Hynninen, J., & 2 andraOikkonen, J. & Hautaniemi, S., 12 juni 2023, I: Cancer Cell. 41, 6, s. 1103-+ 28 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Functional Homologous Recombination Assay on FFPE Specimens of Advanced High-Grade Serous Ovarian Cancer Predicts Clinical Outcomes

Pikkusaari, S., Tumiati, M., Virtanen, A., Oikkonen, J., Li, Y., Perez-Villatoro, F., Muranen, T., Salko, M., Huhtinen, K., Kanerva, A., Koskela, H., Tapper, J., Koivisto-Korander, R., Joutsiniemi, T., Haltia, U-M., Lassus, H., Hautaniemi, S., Färkkilä, A., Hynninen, J., Hietanen, S., & 2 andraCarpen, O. & Kauppi, L., 15 aug. 2023, I: Clinical Cancer Research. 29, 16, s. 3110-3123 14 s.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review