Om du gjort några ändringar i Pure kommer de visas här snart.

Publikationer 2001 2019

2019

Community assessment to advance computational prediction of cancer drug combinations in a pharmacogenomic screen

Menden, M. P., Wang, D., Mason, M. J., Szalai, B., Bulusu, K. C., Guan, Y., Yu, T., Kang, J., Jeon, M., Wolfinger, R., Nguyen, T., Zaslavskiy, M., Abante, J., Abecassis, B. S., Aben, N., Aghamirzaie, D., Aittokallio, T., Akhtari, F. S., Al-lazikani, B., Alam, T. & 280 andraAllam, A., Allen, C., de Almeida, M. P., Altarawy, D., Alves, V., Amadoz, A., Anchang, B., Antolin, A. A., Ash, J. R., Aznar, V. R., Ba-alawi, W., Bagheri, M., Bajic, V., Ball, G., Ballester, P. J., Baptista, D., Bare, C., Bateson, M., Bender, A., Bertrand, D., Wijayawardena, B., Boroevich, K. A., Bosdriesz, E., Bougouffa, S., Bounova, G., Brouwer, T., Bryant, B., Calaza, M., Calderone, A., Calza, S., Capuzzi, S., Carbonell-Caballero, J., Carlin, D., Carter, H., Castagnoli, L., Celebi, R., Cesareni, G., Chang, H., Chen, G., Chen, H., Chen, H., Cheng, L., Chernomoretz, A., Chicco, D., Cho, K-H., Cho, S., Choi, D., Choi, J., Choi, K., Choi, M., Cock, M. D., Coker, E., Cortes-Ciriano, I., Cserzö, M., Cubuk, C., Curtis, C., Daele, D. V., Dang, C. C., Dijkstra, T., Dopazo, J., Draghici, S., Drosou, A., Dumontier, M., Ehrhart, F., Eid, F-E., ElHefnawi, M., Elmarakeby, H., van Engelen, B., Engin, H. B., de Esch, I., Evelo, C., Falcao, A. O., Farag, S., Fernandez-Lozano, C., Fisch, K., Flobak, A., Fornari, C., Foroushani, A. B. K., Fotso, D. C., Fourches, D., Friend, S., Frigessi, A., Gao, F., Gao, X., Gerold, J. M., Gestraud, P., Ghosh, S., Gillberg, J., Godoy-Lorite, A., Godynyuk, L., Godzik, A., Goldenberg, A., Gomez-Cabrero, D., Gonen, M., de Graaf, C., Gray, H., Grechkin, M., Guimera, R., Guney, E., Haibe-Kains, B., Han, Y., Hase, T., He, D., He, L., Heath, L. S., Hellton, K. H., Helmer-Citterich, M., Hidalgo, M. R., Hidru, D., Hill, S. M., Hochreiter, S., Hong, S., Hovig, E., Hsueh, Y-C., Hu, Z., Huang, J. K., Huang, R. S., Hunyady, L., Hwang, J., Hwang, T. H., Hwang, W., Hwang, Y., Isayev, O., Don’t Walk, O. B., Jack, J., Jahandideh, S., Ji, J., Jo, Y., Kamola, P. J., Kanev, G. K., Karacosta, L., Karimi, M., Kaski, S., Kazanov, M., Khamis, A. M., Khan, S. A., Kiani, N. A., Kim, A., Kim, J., Kim, J., Kim, K., Kim, K., Kim, S., Kim, Y., Kim, Y., Kirk, P. D. W., Kitano, H., Klambauer, G., Knowles, D., Ko, M., Kohn-Luque, A., Kooistra, A. J., Kuenemann, M. A., Kuiper, M., Kurz, C., Kwon, M., van Laarhoven, T., Laegreid, A., Lederer, S., Lee, H., Lee, J., Lee, Y. W., Lepp_aho, E., Lewis, R., Li, J., Li, L., Liley, J., Lim, W. K., Lin, C., Liu, Y., Lopez, Y., Low, J., Lysenko, A., Machado, D., Madhukar, N., Maeyer, D. D., Malpartida, A. B., Mamitsuka, H., Marabita, F., Marchal, K., Marttinen, P., Mason, D., Mazaheri, A., Mehmood, A., Mehreen, A., Michaut, M., Miller, R. A., Mitsopoulos, C., Modos, D., Moerbeke, M. V., Moo, K., Motsinger-Reif, A., Movva, R., Muraru, S., Muratov, E., Mushthofa, M., Nagarajan, N., Nakken, S., Nath, A., Neuvial, P., Newton, R., Ning, Z., Niz, C. D., Oliva, B., Olsen, C., Palmeri, A., Panesar, B., Papadopoulos, S., Park, J., Park, S., Park, S., Pawitan, Y., Peluso, D., Pendyala, S., Peng, J., Perfetto, L., Pirro, S., Plevritis, S., Politi, R., Poon, H., Porta, E., Prellner, I., Preuer, K., Pujana, M. A., Ramnarine, R., Reid, J. E., Reyal, F., Richardson, S., Ricketts, C., Rieswijk, L., Rocha, M., Rodriguez-Gonzalvez, C., Roell, K., Rotroff, D., de Ruiter, J. R., Rukawa, P., Sadacca, B., Safikhani, Z., Safitri, F., Sales-Pardo, M., Sauer, S., Schlichting, M., Seoane, J. A., Serra, J., Shang, M-M., Sharma, A., Sharma, H., Shen, Y., Shiga, M., Shin, M., Shkedy, Z., Shopsowitz, K., Sinai, S., Skola, D., Smirnov, P., Soerensen, I. F., Soerensen, P., Song, J-H., Song, S. O., Soufan, O., Spitzmueller, A., Steipe, B., Suphavilai, C., Tamayo, S. P., Tamborero, D., Tang, J., Tanoli, Z-R., Tarres-Deulofeu, M., Tegner, J., Thommesen, L., Tonekaboni, S. A. M., Tran, H., Troyer, E. D., Truong, A., Tsunoda, T., Turu, G., Tzeng, G-Y., Verbeke, L., Videla, S. & Consortium, A-S. D. C. DREAM., 17 jun 2019, I : Nature Communications. 10, 1, 17 s., 2674.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

DNMT Inhibitors Increase Methylation in the Cancer Genome

Giri, A. K. & Aittokallio, T., 24 apr 2019, I : Frontiers in Pharmacology. 10, 11 s., 385.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Matrix and Tensor Factorization Methods for Toxicogenomic Modeling and Prediction

Khan, S. A., Aittokallio, T., Scherer, A., Grafström, R. & Kohonen, P., maj 2019, Advances in Computational Toxicology: Methodologies and Applications in Regulatory Science. Hong, H. (red.). Springer Nature Switzerland, s. 57-74 16 s. (Challenges and Advances in Computational Chemistry and Physics; vol. 30).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

Network pharmacology modeling identifies synergistic Aurora B and ZAK interaction in triple-negative breast cancer

Tang, J., Gautam, P., Gupta, A., He, L., Timonen, S., Akimov, Y., Wang, W., Szwajda, A., Jaiswal, A., Turei, D., Yadav, B., Kankainen, M., Saarela, J., Saez-Rodriguez, J., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 2019, I : npj Systems Biology and Applications. 5, 1

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Pharmacological reactivation of MYC-dependent apoptosis induces susceptibility to anti-PD-1 immunotherapy

Haikala, H. M., Anttila, J. M., Marques, E., Raatikainen, T., Ilander, M., Hakanen, H., Ala-Hongisto, H., Savelius, M., Balboa, D., Von Eyss, B., Eskelinen, V., Munne, P., Nieminen, A. I., Otonkoski, T., Schüler, J., Laajala, T. D., Aittokallio, T., Sihto, H., Mattson, J., Heikkilä, P. & 7 andraLeidenius, M., Joensuu, H., Mustjoki, S., Kovanen, P., Eilers, M., Leverson, J. D. & Klefström, J., 6 feb 2019, I : Nature Communications. 10, 17 s., 620.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2018

Adrenals Contribute to Growth of Castration-Resistant VCaP Prostate Cancer Xenografts

Huhtaniemi, R., Oksala, R., Knuuttila, M., Mehmood, A., Aho, E., Laajala, T. D., Nicorici, D., Aittokallio, T., Laiho, A., Elo, L., Ohlsson, C., Kallio, P., Mäkelä, S., Mustonen, M. V. J., Sipila, P. & Poutanen, M., dec 2018, I : The American Journal of Pathology. 188, 12, s. 2890-2901 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Aggressive natural killer-cell leukemia mutational landscape and drug profiling highlight JAK-STAT signaling as therapeutic target

Dufva, O., Kankainen, M., Kelkka, T., Sekiguchi, N., Awad, S. A., Eldfors, S., Yadav, B., Kuusanmäki, H., Malani, D., Andersson, E. I., Pietarinen, P., Saikko, L., Kovanen, P. E., Ojala, T., Lee, D. A., Loughran, T. P., Nakazawa, H., Suzumiya, J., Suzuki, R., Ko, Y. H. & 7 andraKim, W. S., Chuang, S-S., Aittokallio, T., Chan, W. C., Ohshima, K., Ishida, F. & Mustjoki, S., 19 apr 2018, I : Nature Communications. 9, 12 s., 1567.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Antiandrogens Reduce Intratumoral Androgen Concentrations and Induce Androgen Receptor Expression in Castration-Resistant Prostate Cancer xenografts

Knuuttila, M., Mehmood, A., Huhtaniemi, R., Yatkin, E., Häkkinen, M. R., Oksala, R., Laajala, T. D., Ryberg, H., Handelsman, D. J., Aittokallio, T., Auriola, S., Ohlsson, C., Laiho, A., Elo, L. L., Sipila, P., Makela, S. I. & Poutanen, M., jan 2018, I : The American Journal of Pathology. 188, 1, s. 216-228 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Bioinformatic identification of disease driver networks using functional profiling data

Szwajda, A., 2018, Helsinki: University of Helsinki. 66 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Combined ASRGL1 and p53 immunohistochemistry as an independent predictor of survival in endometrioid endometrial carcinoma

Huvila, J., Laajala, T. D., Edqvist, P-H., Mardinoglu, A., Talve, L., Ponten, F., Grenman, S., Carpen, O., Aittokallio, T. & Auranen, A., apr 2018, I : Gynecologic Oncology. 149, 1, s. 173-180 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Discovery of novel drug sensitivities in T-PLL by high-throughput ex vivo drug testing and mutation profiling

Andersson, E. I., Pützer, S., Yadav, B., Dufva, O., Khan, S., He, L., Sellner, L., Schrader, A., Crispatzu, G., Oleś, M., Zhang, H., Adnan-Awad, S., Lagström, S., Bellanger, D., Mpindi, J. P., Eldfors, S., Pemovska, T., Pietarinen, P., Lauhio, A., Tomska, K. & 19 andraCuesta-Mateos, C., Faber, E., Koschmieder, S., Brümmendorf, T. H., Kytölä, S., Savolainen, E-R., Siitonen, T., Ellonen, P., Kallioniemi, O., Wennerberg, K., Ding, W., Stern, M-H., Huber, W., Anders, S., Tang, J., Aittokallio, T., Zenz, T., Herling, M. & Mustjoki, S., mar 2018, I : Leukemia. 32, 3, s. 774-787 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Drug-Sensitivity Screening and Genomic Characterization of 45 HPV-Negative Head and Neck Carcinoma Cell Lines for Novel Biomarkers of Drug Efficacy

Lepikhova, T., Karhemo, P-R., Louhimo, R., Yadav, B., Murumägi, A., Kulesskiy, E., Kivento, M., Sihto, H., Grenman, R., Syrjänen, S. M., Kallioniemi, O., Aittokallio, T., Wennerberg, K., Joensuu, H. & Monni, O., sep 2018, I : Molecular Cancer Therapeutics. 17, 9, s. 2060-2071 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Drug Target Commons: A Community Effort to Build a Consensus Knowledge Base for Drug-Target Interactions

Tang, J., Tanoli, Z-R., Ravikumar, B., Alam, Z., Rebane, A., Vähä-Koskela, M., Peddinti, G., van Adrichem, A. J., Wakkinen, J., Jaiswal, A., Karjalainen, E., Gautam, P., He, L., Parri, E., Khan, S., Gupta, A., Ali, M., Yetukuri, L., Gustavsson, A-L., Seashore-Ludlow, B. & 6 andraHersey, A., Leach, A. R., Overington, J. P., Repasky, G., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 15 feb 2018, I : Cell chemical biology. 25, 2, s. 224-+ 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

ePCR: an R-package for survival and time-to-event prediction in advanced prostate cancer, applied to real-world patient cohorts

Laajala, T. D., Murtojärvi, M., Virkki, A. & Aittokallio, T., 15 nov 2018, I : Bioinformatics. 34, 22, s. 3957-3959 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Global proteomics profiling improves drug sensitivity prediction: results from a multi-omics, pan-cancer modeling approach

Ali, M., Khan, S. A., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 15 apr 2018, I : Bioinformatics. 34, 8, s. 1353-1362 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Immune cell contexture in the bone marrow tumor microenvironment impacts therapy response in CML

Bruck, O., Blom, S., Dufva, O., Turkki, R., Chheda, H., Ribeiro, A., Kovanen, P., Aittokallio, T., Koskenvesa, P., Kallioniemi, O., Porkka, K., Pellinen, T. & Mustjoki, S., jul 2018, I : Leukemia. 32, 7, s. 1643-1656 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Improving the efficacy-safety balance of polypharmacology in multi-target drug discovery

Ravikumar, B. & Aittokallio, T., 2018, I : Expert opinion on drug discovery. 13, 2, s. 179-192 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragÖversiktsartikelVetenskapligPeer review

Integrative bioinformatics of functional and genomic profiles for cancer systems medicine

Jaiswal, A., 2018, Helsinki: Helsingin yliopisto. 80 s.

Forskningsoutput: AvhandlingDoktorsavhandlingSamling av artiklar

Learning with multiple pairwise kernels for drug bioactivity prediction

Cichonska, A., Pahikkala, T., Szedmak, S., Julkunen, H., Airola, A., Heinonen, M., Aittokallio, T. & Rousu, J., 1 jul 2018, I : Bioinformatics. 34, 13, s. 509-518 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Methods for High-throughput Drug Combination Screening and Synergy Scoring

He, L., Kulesskiy, E., Saarela, J. S., Turunen, L. L., Wennerberg, J. K., Aittokallio, T. A. & Tang, J., 2018, Cancer Systems Biology. von Stechow, L. (red.). New York: Humana Press, s. 351-398 48 s. (Methods in molecular biology; nr. 1711).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

Novel activities of safe-in-human broad-spectrum antiviral agents

Ianevski, A., Zusinaite, E., Kuivanen, S., Strand, M., Lysvand, H., Teppor, M., Kakkola, L., Paavilainen, H., Laajala, M., Kallio-Kokko, H., Valkonen, M., Kantele, A., Telling, K., Lutsar, I., Letjuka, P., Metelitsa, N., Oksenych, V., Bjørås, M., Nordbø, S. A., Dumpis, U. & 14 andraVitkauskiene, A., Öhrmalm, C., Bondeson, K., Bergqvist, A., Aittokallio, T., Cox, R. J., Evander, M., Hukkanen, V., Marjomaki, V., Julkunen, I., Vapalahti, O., Tenson, T., Merits, A. & Kainov, D., jun 2018, I : Antiviral Research. 154, s. 174-182 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Patient-Customized Drug Combination Prediction and Testing for T-cell Prolymphocytic Leukemia Patients

He, L., Tang, J., Andersson, E. I., Timonen, S., Koschmieder, S., Wennerberg, K., Mustjoki, S. & Aittokallio, T., 1 maj 2018, I : Cancer Research. 78, 9, s. 2407-2418 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

PP2A inhibition is a druggable MEK inhibitor resistance mechanism in KRAS-mutant lung cancer cells

Kauko, O., O'Connor, C. M., Kulesskiy, E., Sangodkar, J., Aakula, A., Izadmehr, S., Yetukuri, L., Yadav, B., Padzik, A., Laajala, T. D., Haapaniemi, P., Momeny, M., Varila, T., Ohlmeyer, M., Aittokallio, T., Wennerberg, K., Narla, G. & Westermarck, J., 18 jul 2018, I : Science translational medicine. 10, 450, 12 s., 1093.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Secreted frizzled-related protein 2 (SFRP2) expression promotes lesion proliferation via canonical WNT signaling and indicates lesion borders in extraovarian endometriosis

Heinosalo, T., Gabriel, M., Kallio, L., Adhikari, P., Huhtinen, K., Laajala, T. D., Kaikkonen, E., Mehmood, A., Suvitie, P., Kujari, H., Aittokallio, T., Perheentupa, A. & Poutanen, M., maj 2018, I : Human Reproduction. 33, 5, s. 817-831 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Susceptibility of low-density lipoprotein particles to aggregate depends on particle lipidome, is modifiable, and associates with future cardiovascular deaths

Ruuth, M., Nguyen, S. D., Vihervaara, T. M., Hilvo, M., Laajala, T. D., Kondadi, P. K., Gistera, A., Lähteenmäki, H., Kittilä, T., Huusko, J., Uusitupa, M., Schwab, U., Savolainen, M. J., Sinisalo, J., Lokki, M-L., Nieminen, M. S., Jula, A., Perola, M., Ylä-Herttula, S., Rudel, L. & 12 andraÖörni, A., Baumann, M., Baruch, A., Laaksonen, R., Ketelhuth, D. F. J., Aittokallio, T., Jauhiainen, M., Käkelä, R., Boren, J., Williams, K. J., Kovanen, P. T. & Öörni, K., 14 jul 2018, I : European Heart Journal. 39, 27, s. 2562-2573 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2017

A Community Challenge for Inferring Genetic Predictors of Gene Essentialities through Analysis of a Functional Screen of Cancer Cell Lines

Gönen, M., Weir, B. A., Cowley, G. S., Vazquez, F., Guan, Y., Jaiswal, A., Karasuyama, M., Uzunangelov, V., Wang, T., Tsherniak, A., Howell, S., Marbach, D., Hoff, B., Norman, T. C., Airola, A., Bivol, A., Bunte, K., Carlin, D., Chopra, S., Deran, A. & 26 andraEllrott, K., Gopalacharyulu, P., Graim, K., Kaski, S., Khan, S. A., Newton, Y., Ng, S., Pahikkala, T., Paull, E., Sokolov, A., Tang, H., Tang, J., Wennerberg, K., Xie, Y., Zhan, X., Zhu, F., Aittokallio, T., Mamitsuka, H., Stuart, J. M., Boehm, J. S., Root, D. E., Xiao, G., Stolovitzky, G., Hahn, W. C., Margolin, A. A. & Broad-DREAM Community, 22 nov 2017, I : Cell Systems. 5, 5, s. 485-+ 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Antiviral Properties of Chemical Inhibitors of Cellular Anti-Apoptotic Bcl-2 Proteins

Bulanova, D., Ianevski, A., Bugai, A., Akimov, Y., Kuivanen, S., Paavilainen, H., Kakkola, L., Nandania, J., Turunen, L., Ohman, T., Ala-Hongisto, H., Pesonen, H. M., Kuisma, M. S., Honkimaa, A., Walton, E. L., Oksenych, V., Lorey, M. B., Guschin, D., Shim, J., Kim, J. & 23 andraThan, T. T., Chang, S. Y., Hukkanen, V., Kulesskiy, E., Marjomaki, V. S., Julkunen, I., Nyman, T. A., Matikainen, S., Saarela, J. S., Sane, F., Hober, D., Gabriel, G., De Brabander, J. K., Martikainen, M., Windisch, M. P., Min, J-Y., Bruzzone, R., Aittokallio, T., Vaha-Koskela, M., Vapalahti, O., Pulk, A., Velagapudi, V. & Kainov, D. E., okt 2017, I : Viruses. 9, 10, 15 s., 271.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Computational-experimental approach to drug-target interaction mapping: A case study on kinase inhibitors

Cichonska, A., Ravikumar, B., Parri, E., Timonen, S., Pahikkala, T., Airola, A., Wennerberg, K., Rousu, J. & Aittokallio, T., 7 aug 2017, I : PLoS Computational Biology. 13, 8, 28 s., 1005678.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

C-SPADE: a web-tool for interactive analysis and visualization of drug screening experiments through compound-specific bioactivity dendrograms

Ravikumar, B., Alam, Z., Peddinti, G. & Aittokallio, T., 3 jul 2017, I : Nucleic Acids Research. 45, W1, s. W495-W500 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Early metabolic markers identify potential targets for the prevention of type 2 diabetes

Peddinti, G., Cobb, J., Yengo, L., Froguel, P., Kravic, J., Balkau, B., Tuomi, T., Aittokallio, T. & Groop, L., sep 2017, I : Diabetologia. 60, 9, s. 1740-1750 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Enhanced sensitivity to glucocorticoids in cytarabine-resistant AML

Malani, D., Murumagi, A., Yadav, B., Kontro, M., Eldfors, S., Kumar, A., Karjalainen, R., Majumder, M. M., Ojamies, P., Pemovska, T., Wennerberg, K., Heckman, C., Porkka, K., Wolf, M., Aittokallio, T. & Kallioniemi, O., maj 2017, I : Leukemia. 31, 5, s. 1187-1195 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

In Search of System-Wide Productivity Gains - The Role of Global Collaborations in Preclinical Translation

Ussi, A. E., de Kort, M., Coussens, N. P., Aittokallio, T. & Hajduch, M., nov 2017, I : Clinical and translational science . 10, 6, s. 423-425 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragLedareVetenskaplig

Öppen tillgång
Fil

JAK1/2 and BCL2 inhibitors synergize to counteract bone marrow stromal cell-induced protection of AML

Karjalainen, R., Pemovska, T., Popa, M., Liu, M., Javarappa, K. K., Majumder, M. M., Yadav, B., Tamborero, D., Tang, J., Bychkov, D., Kontro, M., Parsons, A., Suvela, M., Safont, M. M., Porkka, K., Aittokallio, T., Kallioniemi, O., McCormack, E., Gjertsen, B. T., Wennerberg, K. & 2 andraKnowles, J. & Heckman, C. A., 10 aug 2017, I : Blood. 130, 6, s. 789-802 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Matched preclinical designs for improved translatability

Aittokallio, T., Scherer, A., Poutanen, M. & Freedman, L. P., 10 maj 2017, I : Science translational medicine. 9, 389, 2 s., 4101.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

MediSyn: uncertainty-aware visualization of multiple biomedical datasets to support drug treatment selection

He, C., Micallef, L., Tanoli, Z-R., Kaski, S., Aittokallio, T. & Jacucci, G., 2017, I : BMC Bioinformatics. 18, 12 s., 393.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Orphan G protein-coupled receptor GPRC5A modulates integrin beta 1-mediated epithelial cell adhesion

Bulanova, D. R., Akimov, Y. A., Rokka, A., Laajala, T. D., Aittokallio, T., Kouvonen, P., Pellinen, T. & Kuznetsov, S. G., 2017, I : Cell Adhesion & Migration. 11, 5-6, s. 434-446 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Prediction of overall survival for patients with metastatic castration-resistant prostate cancer: development of a prognostic model through a crowdsourced challenge with open clinical trial data

Guinney, J., Wang, T., Laajala, T. D., Winner, K. K., Bare, J. C., Neto, E. C., Khan, S. A., Peddinti, G., Airola, A., Pahikkala, T., Mirtti, T., Yu, T., Bot, B. M., Shen, L., Abdallah, K., Norman, T., Friend, S., Stolovitzky, G., Soule, H., Sweeney, C. J. & 8 andraRyan, C. J., Scher, H. I., Sartor, O., Xie, Y., Aittokallio, T., Zhou, F. L., Costello, J. C. & Prostate Canc Challenge DREAM Comm, jan 2017, I : Lancet Oncology. 18, 1, s. 132-142 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Rapalogs can promote cancer cell stemness in vitro in a Galectin-1 and H-ras-dependent manner

Posada, I. M. D., Lectez, B., Sharma, M., Oetken-Lindholm, C., Yetukuri, L., Zhou, Y., Aittokallio, T. & Abankwa, D., 4 jul 2017, I : Oncotarget. 8, 27, s. 44550-44566 17 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
Öppen tillgång
Fil

SynergyFinder: a web application for analyzing drug combination dose-response matrix data

Ianevski, A., He, L., Aittokallio, T. & Tang, J., 1 aug 2017, I : Bioinformatics. 33, 15, s. 2413-2415 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Systematic identification of feature combinations for predicting drug response with Bayesian multi-view multi-task linear regression

Ammad-ud-din, M., Khan, S. A., Wennerberg, K. & Aittokallio, T., 15 jul 2017, I : Bioinformatics. 33, 14, s. I359-I368 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

The inconvenience of data of convenience: computational research beyond post-mortem analyses

Azencott, C-A., Aittokallio, T., Roy, S., Norman, T., Friend, S., Stolovitzky, G., Goldenberg, A., DREAM Idea Challenge Consortium & Tang, J., okt 2017, I : Nature methods. 14, 10, s. 937-938 2 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskaplig

Whole-genome view of the consequences of a population bottleneck using 2926 genome sequences from Finland and United Kingdom

Chheda, H., Palta, P., Pirinen, M., McCarthy, S., Walter, K., Koskinen, S., Salomaa, V., Daly, M., Durbin, R., Palotie, A., Aittokallio, T., Ripatti, S. & Sequencing Initiative Suomi SISu P, apr 2017, I : European Journal of Human Genetics. 25, 4, s. 477-484 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
2016

Accumulated Metabolites of Hydroxybutyric Acid Serve as Diagnostic and Prognostic Biomarkers of Ovarian High-Grade Serous Carcinomas

Hilvo, M., De Santiago, I., Gopalacharyulu, P., Schmitt, W. D., Budczies, J., Kuhberg, M., Dietel, M., Aittokallio, T., Markowetz, F., Denkert, C., Sehouli, J., Frezza, C., Darb-Esfahani, S. & Braicu, E. I., 15 feb 2016, I : Cancer Research. 76, 4, s. 796-804 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Cancer stem cell drugs target K-ras signaling in a stemness context

Najumudeen, A. K., Jaiswal, A., Lectez, B., Oetken-Lindholm, C., Guzman, C., Siljamaki, E., Posada, I. M. D., Lacey, E., Aittokallio, T. & Abankwa, D., 6 okt 2016, I : Oncogene. 35, 40, s. 5248-5262 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

CIP2A Promotes T-Cell Activation and Immune Response to Listeria monocytogenes Infection

Come, C., Cvrljevic, A., Khan, M. M., Treise, I., Adler, T., Aguilar-Pimentel, J. A., Au-Yeung, B., Sittig, E., Laajala, T. D., Chen, Y., Oeder, S., Calzada-Wack, J., Horsch, M., Aittokallio, T., Busch, D. H., Ollert, M. W., Neff, F., Beckers, J., Gailus-Durner, V., Fuchs, H. & 4 andrade Angelis, M. H., Chen, Z., Lahesmaa, R. & Westermarck, J., 21 apr 2016, I : PLoS One. 11, 4, 18 s., 0152996.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil