Foto på Timo Sipilä
  • PL 56 (Viikinkaari 9)

    00014

    Finland

20052018
Om du gjort några ändringar i Pure kommer de visas här snart.

Personlig profil

Meritförteckning

Expertise:

  • Modern microbiology research from bench work to publications, data analysis and grant applications.
  • Wide knowledge of molecular techniques in biological research from qPCR to 454 pyrosequencing.
  • Good team work abilities with lots of experience in supervising lab work.
  • Excellent computer skills including bioinformatics and data analysis.

Business orientated with studies in Aalto University School of Economics (18 cr. marketing, 7 cr. Biobusiness modules I, II). 

Previous professional appointments:

2011 Instructor of Sanna Vesterinen lab training 10.01-08.04

2010 Instructor of Heidi Hulkko lab training 24.05-21.08.

2009 Instructor of Miriam Kellock lab training 01.06-31.08.

2009-2011 Post doctoral researcher, University of Helsinki, Department of Agricultural Sciences,”Sustainable cultivation methods for agriculture – increasing soil crop cover and optimizing ecosystem services of soil microorganisms(SUCCESS)”                                       

2008 Instructor of Master of Science thesis, Pave Väisänen: Expression of aromatic degradation genes in Sphingobium sp. HV3 agrestis. 

2006 Part time teacher, 18.09-29.09, University of Helsinki, Department of Bio- and environmental sciences, Lab course of Gene technology.

2006 Instructor of bachelor thesis, Anna-Kaisa Keskinen: Effec of PAH compounds on microbial community with extradiol dioxygenase gene in bulk soil and in rhizosphere of two different birch clones.          

2005 Instructor of bachelor thesis, Heini Harjunen: Analysis of polycyclic aromatic compounds and their metabolites using the GC-MS.

2004-201 Graduate student in University of Helsinki, Department of biosciences. Title of dissertation: Plasmids and aromatic degradation in Sphingomonas for bioremediation - Aromatic ring-cleavage genes in soil and rhizosphere

2004 ATK Support, 20.08-31.12, Simia Oy, Technical support person.     

2003 Researcher 10.3 - 31.10, North Savo Environment Centre, Research topic: Genetic diversity of yellow lady ´s lip (Cypripedium calceolus) in North Savo.  

2002 Trainee 1.6 - 31.8, North Savo Environment Centre, Research department. 

2002 Part time teacher 28.1 - 11.2, North Karelia Polytechnic, Practical course of molecular biology.

2001 Part time teacher 29.10 - 22.11, North Karelia Polytechnic, Lectures of molecular biology.

2001 Part time teacher 10.09 - 09.10, University of Joensuu, Biochemistry exercise “Isolation of acidic phosphatase”.          

2001 Research assistant 01.06 - 31.08, University of Joensuum, Molecular biology lab of Professor Tuomas Sopanen.

2000 Research assistant 01.06 - 31.08, University of Joensuu Molecular biology lab of Professor Tuomas Sopanen.

Utbildning information

Doctor of Philosophy, General Microbiology, University of Helsinki, 11.08.2010.
Title of dissertation: Plasmids and aromatic degradation in Sphingomonas for bioremediation - Aromatic ring-cleavage genes in soil and rhizosphere.

Master of Science (MSc.), Biology, University of Joensuu, 30.04.2003
Title of pro gradu: Characterization of BpMADS5 gene promoter region

Keywords

  • 1183 Växtbiologi, mikrobiologi, virologi

Internationellt och inhemskt samarbete Publikationer och projekt inom de senaste fem åren.

Publikationer 2005 2018

Nordic Exome Variant Catalogue a Web Resource for Genomic Data Browsing

Sipilä, T. P., Metspalu, A., Häppölä, P., Palta, P., Kals, M. & Palotie, A., 2018, 2018 IEEE 14th International Conference on e-Science (e-Science). IEEE, s. 393 1 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Genome sequencing and population genomic analyses provide insights into the adaptive landscape of silver birch

Salojärvi, J., Smolander, O-P., Nieminen, K., Rajaraman, S., Safronov, O., Safdari, P., Lamminmäki, A., Immanen, J., Lan, T., Tanskanen, J., Rastas, P., Amiryousefi, A., Jayaprakash, B., Kammonen, J. I., Hagqvist, R., Eswaran, G., Ahonen, V. H., Serra, J. A., Asiegbu, F. O., Barajas-Lopez, J. D. D. & 65 andraBlande, D., Blokhina, O., Blomster, T., Broholm, S., Brosche, M., Cui, F., Dardick, C., Ehonen, S. E., Elomaa, P., Escamez, S., Fagerstedt, K. V., Fujii, H., Gauthier, A., Gollan, P. J., Halimaa, P., Heino, P. I., Himanen, K., Hollender, C., Kangasjarvi, S., Kauppinen, L., Kelleher, C. T., Kontunen-Soppela, S., Koskinen, J. P., Kovalchuk, A., Karenlampi, S. O., Kärkönen, A. K., Lim, K-J., Leppälä, J., Macpherson, L., Mikola, J., Mouhu, K., Mähönen, A. P., Niinemets, U., Oksanen, E., Overmyer, K., Palva, E. T., Pazouki, L., Pennanen, V., Puhakainen, T., Poczai, P., Possen, B. J. H. M., Punkkinen, M., Rahikainen, M. M., Rousi, M., Ruonala, R., van der Schoot, C., Shapiguzov, A., Sierla, M., Sipilä, T. P., Sutela, S., Teeri, T. H., Tervahauta, A. I., Vaattovaara, A., Vahala, J., Vetchinnikova, L., Welling, A., Wrzaczek, M., Xu, E., Paulin, L. G., Schulman, A. H., Lascoux, M., Albert, V. A., Auvinen, P., Helariutta, Y. & Kangasjarvi, J., 8 maj 2017, I : Nature Genetics. 49, 6, s. 904-912 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Rhizoremediation in Cold Climates

Yrjälä, K., Sipilä, T. P. & Mukherjee, S., 2017, Psychrophiles: From Biodiversity to Biotechnology. Margesin, R. (red.). Cham: Springer , s. 661-685 24 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskaplig

Isolation and characterization of resident yeasts from the phylloplane of Arabidopsis thaliana

Wang, K., Sipilä, T. P. & Overmyer, K. L., dec 2016, I : Scientific Reports. 6, 13 s., 39403.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Increased transcriptome sequencing efficiency with modified Mint-2 digestion-ligation protocol

Kammonen, J. I., Smolander, O-P., Sipilä, T., Overmyer, K., Auvinen, P. & Paulin, L., 15 maj 2015, I : Analytical Biochemistry. 477, s. 38-40 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Projekter 2006 2011

Peatland Ecology Group in the University of Helsinki (PEATLANDERS)

Badorek, T., Jauhiainen, J., Juottonen, H., Juutinen, S., Kaila, A., Kojola, S., Koskinen, M., Kotiaho, M., Laiho, R., Laine, A., Lampela, M., Larmola, T., Leppälä, M., Maanavilja, L., Minkkinen, K., Mäkiranta, P., Ojanen, P., Pearson, M., Peltoniemi, K., Putkinen, A., Riutta, T. E., Sarkkola, S., Seppä, H., Sipilä, T., Straková , P., Tuittila, E., Ťupek, B., Vasander, H., Väliranta, M., Yli-Petäys, M. & Yrjälä, K.

23/02/2011 → …

Projekt: Forskningsutvärdering 2011

Öljyllä saastuneen maan metagenomiikka

Mukherjee, S., Sipilä, T. & Yrjälä, K.

01/01/2010 → …

Projekt: Forskningsprojekt

Burkholderia bacteria for bioremediation of PAHs

Yrjälä, K., Andreolli, M., Mukherjee, S. & Sipilä, T.

01/01/2009 → …

Projekt: Forskningsprojekt

Haavan kehittäminen ympäristöbioteknillisiä sovelluksia varten

Yrjälä, K., Mukherjee, S., Sipilä, T. & Pulkkinen, P.

01/01/2006 → …

Projekt: Forskningsprojekt

Aktiviteter 2005 2017

  • 7 Referentgranskning av manuskript
  • 1 Arrangemang av och deltagande i konferens/workshop/kurs/seminarium
  • 1 Handledare eller bihandledare av doktorsavhandling

Journal of Basic Microbiology (Tidskrift)

Timo Sipilä (Referentgranskare)
13 okt 2017

Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbeteReferentgranskning av manuskript

Applied Soil Ecology (Tidskrift)

Timo Sipilä (Referentgranskare)
1 aug 2017

Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbeteReferentgranskning av manuskript

Canadian Journal of Plant Pathology (Tidskrift)

Timo Sipilä (Referentgranskare)
24 jul 2017

Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbeteReferentgranskning av manuskript

Pedosphere (Tidskrift)

Timo Sipilä (Referentgranskare)
16 mar 2016

Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbeteReferentgranskning av manuskript

Soil Science Society of America Journal (Tidskrift)

Timo Sipilä (Referentgranskare)
24 mar 2016

Aktivitet: Typer för peer review av output och redaktionsarbeteReferentgranskning av manuskript