Om du gjort några ändringar i Pure kommer de visas här snart.

Publikationer 2000 2019

2012

Normalized N50 Assembly Metric using Gap-Restricted Co-Linear Chaining

Mäkinen, V., Salmela, L. & Ylinen, J., 3 okt 2012, I : BMC Bioinformatics. 13, s. 255 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2011

Algoritmitutkimuksen rooli bioinformatiikassa

Mäkinen, V., jul 2011, I : Tietojenkäsittelytiede. 32, s. 10-15 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskaplig

Fast scaffolding with small independent mixed integer programs

Salmela, L., Mäkinen, V., Välimäki, N., Ylinen, J. & Ukkonen, E., 2011, I : Bioinformatics. 27, 23, s. 3259-3265 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Indexing Finite Language Representation of Population Genotypes

Sirén, J., Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2011, Algorithms in Bioinformatics: 11th International Workshop, WABI 2011. Przytycka, T. M. & Sagot, M-F. (red.). Springer, s. 270-281 (Lecture Notes in Bioinformatics; vol. 6833).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Missing pattern discovery

Angelov, S., Inenaga, S., Kivioja, T. & Mäkinen, V., 2011, I : Journal of Discrete Algorithms. 9, 2, s. 153-165 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The Cycle Switching Graph of the Steiner Triple Systems of Order 19 is Connected

Kaski, P., Mäkinen, V. & Östergård, P. R. J., 2011, I : Graphs and Combinatorics. 27, 4, s. 539-546 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2010

Approximate All-Pairs Suffix/Prefix Overlaps

Välimäki, N., Ladra, S. & Mäkinen, V., 2010, CPM 2010: Proceedings of the 21st Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching . Germany: Springer-Verlag, Vol. 21. s. 76-87 (Lecture Notes in Computer Science; vol. 6129).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Fast in-memory XPath search using compressed indexes

Arroyuelo, D., Claude, F., Maneth, S., Mäkinen, V., Navarro, G., Nguyen, K., Sirén, J. & Välimäki, N., 2010, ICDE 2010: 26th IEEE International Conference on Data Engineering. IEEE Computer Society, s. 417-428 12 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Filtering methods for content-based retrieval on indexed symbolic music databases

Lemstrom, K., Mikkila, N. & Makinen, V., 2010, I : Information Retrieval Journal. 13, s. 1-21 21 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Pattern Kits

Gagie, T., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Salmela, L., 2010, (Insänt) arXiv. arXiv:1011.3491v2

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskaplig

Fil

Storage and Retrieval of Highly Repetitive Sequence Collections

Mäkinen, V., Navarro, G., Sirén, J. & Välimäki, N., 2010, I : Journal of Computational Biology. 17, 3, s. 281-308 28 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Unified view of backward backtracking in short read mapping

Mäkinen, V., Välimäki, N., Laaksonen, A. & Katainen, R., 2010, Algorithms and applications: Essays dedicated to Esko Ukkonen on the occasion of his 60th birthday. Elomaa, T., Mannila, H. & Orponen, P. (red.). Springer-Verlag, 14 s. (Lecture Notes in Computer Science; vol. 2010, nr. 6060).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

2009

Efficient construction of maximal and minimal representations of motifs of a string

Nicolas, F., Mäkinen, V. & Ukkonen, E., 2009, I : Theoretical Computer Science. 410 (2009), s. 2999-3005 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Mäkinen, V., Gerlach, W. & Dixit, K., 2009, I : ACM Journal of Experimental Algorithmics. 14, 4.2, s. 4.2:1-4.2:23 23 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Faster entropy-bounded compressed suffix trees

Fischer, J., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2009, I : Theoretical Computer Science. 410 (2009), s. 5354-5364 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Storage and retrieval of individual genomes

Mäkinen, V., Navarro, G., Sirén, J. & Välimäki, N., 2009, Research in Computational Molecular Biology: 13th Annual International Conference, RECOMB 2009. Batzoglou, S. (red.). Springer, s. 121-137 17 s. (Lecture Notes in Computer Science; nr. 5541).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2008

An(other) entropy-bounded compressed suffix tree

Fischer, J., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, Combinatorial pattern matching. s. 152-165 14 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

An in-memory XQuery/XPath engine over a compressed structured text representation

Bonifati, A., Leighton, G., Mäkinen, V., Maneth, S., Navarro, G. & Pugliese, A., 2008, Dagstuhl seminar proceedings. Böttcher, S., Lohrey, M., Maneth, S. & Rytter, W. (red.). 17 s. (Dagstuhl Seminar Proceedings; nr. 08261).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskaplig

Combinatorial approaches for mass spectra recalibration

Böcker, S. & Mäkinen, V., 2008, I : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 5, 1, s. 91-100 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Compressed suffix array

Mäkinen, V., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 174-176 3 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

Compressed text indexing

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 176-178 3 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

Dynamic entropy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, I : ACM Transactions on Algorithms. 4, 3, s. art. 32 38 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Fast index based filters for music retrieval

Lemström, K., Mikkilä, N. & Mäkinen, V., 2008, ISMIR 2008. s. 677-682 6 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

From data to knowledge: final report 2002-2007

Mäkinen, V. (red.), Lindén, G. (red.) & Kujala, I. (red.), 2008, Helsinki: University of Helsinki. 144 s. (Julkaisusarja / Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitosB; nr. 2008-1)

Forskningsoutput: Bok/rapportAntologi eller special utgåvaVetenskapligPeer review

Kauniita algoritmeja vääriin ongelmiin

Mäkinen, V., 14 dec 2008, I : Luova : tiedettä & teknologiaa.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelAllmänheten

On self-indexing images: image compression with added value

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, Data Compression Conference: DCC 2008. s. 422-431 10 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Point pattern matching

Mäkinen, V. & Ukkonen, E., 2008, Encyclopedia of Algorithms. Boston, MA: Springer-Verlag, s. 657-660 4 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKapitelVetenskapligPeer review

Run-length compressed indexes are superior for highly repetitive sequence collections

Sirén, J., Välimäki, N., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, String Processing and Information Retrieval: 15th International Symposium, SPIRE 2008. Amir, A., Turpin, A. & Moffat, A. (red.). Springer, s. 164-175 12 s. (Lecture Notes in Computer Science; nr. 5280).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Run-length compressed indexes for repetitive sequence collections

Mäkinen, V., Navarro, G., Siren, J. & Välimäki, N., 2008, Helsinki: Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitos. 39 s. (Department of Computer Science Series of Publications C)

Forskningsoutput: Bok/rapportBokVetenskapligPeer review

Space-efficient string mining under frequency constraints

Fischer, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2008, Eighth IEEE International Conference on Data Mining, ICDM 2008, 15-19 December, 2008, Pisa, Italy: IEEE Computer Society 2008. s. 193-202 10 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Storage and retrieval of individual genomes (extended abstract)

Mäkinen, V., Navarro, G., Siren, J. & Välimäki, N., 2008, Dagstuhl seminar proceedings. 14 s. (Dagstuhl seminar proceedings; nr. 08261).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Storage and retrieval of individual genomes and other repetitive sequence collections

Mäkinen, V., Siren, J. & Välimäki, N., 2008, Helsinki: Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitos. 18 s. (Department of Computer Science Series of Publications C)

Forskningsoutput: Bok/rapportBokVetenskapligPeer review

2007

Compressed full-text indexes

Navarro, G. & Mäkinen, V., 2007, I : ACM Computing Surveys. 39, 1, s. Article No. 2

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Compressed representations of sequences and full-text indexes

Ferragina, P., Manzini, G., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, I : ACM Transactions on Algorithms. 3, 2, s. Art. 20

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Compressed suffix tree: a basis for genome-scale sequence analysis

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, I : Bioinformatics. 23, 5, s. 629-630 2 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, Experimental Algorithms. Springer-Verlag, s. 217-228 12 s. (LNCS; vol. 4525).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Implicit compression boosting with applications to self-indexing

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, String Processing and Information Retrieval. Springer, s. 229-241 13 s. (Lecture notes in computer science; vol. 4726).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Peak alignment using restricted edit distances

Mäkinen, V., 2007, I : Biomolecular engineering. 24, 3, s. 337-342 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Rank and select revisited and extended

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, I : Theoretical Computer Science. 387, 3, s. 332-347 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Rotation and lighting invariant template matching

Fredriksson, K., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, I : Information and Computation. 205, 7, s. 1096-1113 18 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Space-efficient algorithms for document retrieval

Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2007, Combinatorial pattern matching. s. 205-215 11 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Summer School on Algorithmic Data Analysis (SADA 2007) and Annual Hecse Poster Session

Mäkinen, V. (red.), Linden, G. (red.) & Toivonen, H. (red.), 2007, Helsinki: Helsingin yliopisto, tietojenkäsittelytieteen laitos. 110 s. (Series of publications / Department of Computer ScienceB; nr. 2007-4)

Forskningsoutput: Bok/rapportAntologi eller special utgåvaVetenskapligPeer review

2006

A simple alphabet-independent FM-index

Grabowski, S., Navarro, G., Przywarski, R., Salinger, A. & Mäkinen, V., 2006, I : International Journal of Foundations of Computer Science. 17, 6, s. 1365-1384 20 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Compressed full-text indexes

Navarro, G. & Mäkinen, V., 2006, Santiago: University of Chile, Department of Computer Science. 66 s.

Forskningsoutput: Bok/rapportBokVetenskapligPeer review

Dynamic entrocopy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2006, Combinatorial pattern matching. s. 306-317 12 s.

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

Dynamic entropy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2006, I : Lecture Notes in Computer Science. 4009, s. 306-317 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Flexible music retrieval in sublinear time

Fredriksson, K., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2006, I : International Journal of Foundations of Computer Science. 17, 6, s. 1345-1364 20 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Itseindeksit: kun tiivistetty teksti ja sen indeksi ovatkin sama asia

Mäkinen, V., 2006, I : Tietojenkäsittelytiede. 2006, 25, s. 28-37 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskaplig

Position-restricted substring searching

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2006, LATIN 2006: THEORETICAL INFORMATICS. s. 703-714 12 s. (Lecture Notes in Computer Science; vol. 3887).

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review

2005

A simple alphabet-independent FM-index

Grabowski, S., Mäkinen, V., Navarro, G. & Salinger, A., 2005, Proceedings of the Prague Stringology Conference (PSC 2005). Department of Computer Science and Engineering, Faculty of Electrical Engineering, Czech Technical University, s. 231-245

Forskningsoutput: Kapitel i bok/rapport/konferenshandlingKonferensbidragVetenskapligPeer review