Om du gjort några ändringar i Pure kommer de visas här snart.

Publikationer 2000 2019

Filter
Artikel
2019

Applying the Positional Burrows–Wheeler Transform to All-Pairs Hamming distance

Mäkinen, V. & Norri, T., jun 2019, I : Information Processing Letters. 146, s. 17-19 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Hardness of Covering Alignment: Phase Transition in Post-Sequence Genomics

Rizzi, R., Cairo, M., Mäkinen, V., Tomescu, A. I. & Valenzuela, D., feb 2019, I : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 16, 1, s. 23-30 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Linear time minimum segmentation enables scalable founder reconstruction

Norri, T., Cazaux, B., Kosolobov, D. & Mäkinen, V., 17 maj 2019, I : Algorithms for Molecular Biology. 14, 15 s., 12.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

MIPUP: minimum perfect unmixed phylogenies for multi-sampled tumors via branchings and ILP

Husic, E., Li, X., Hujdurovic, A., Mehine, M., Rizzi, R., Mäkinen, V., Milanic, M. & Tomescu, A. I., 1 mar 2019, I : Bioinformatics. 35, 5, s. 769-777 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Sparse Dynamic Programming on DAGs with Small Width

Mäkinen, V., Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Paavilainen, T., Gagie, T. & Chikhi, R., maj 2019, I : ACM Transactions on Algorithms. 15, 2, 21 s., 29.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2018

A safe and complete algorithm for metagenomic assembly

Acosta, N. O., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 7 feb 2018, I : Algorithms for Molecular Biology. 13, 12 s., 3.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Bidirectional Variable-Order de Bruijn Graphs

Belazzougui, D., Gagie, T., Mäkinen, V., Previtali, M. & Puglisi, S. J., dec 2018, I : International Journal of Foundations of Computer Science. 29, 8, s. 1279-1295 17 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Computational pan-genomics: status, promises and challenges

The Computational Pan-Genomics Consortium, Mäkinen, V. A. T. & Valenzuela, S. D. A., jan 2018, I : Briefings in Bioinformatics. 19, 1, s. 118-135 18 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Evaluating approaches to find exon chains based on long reads

Kuosmanen, A., Norri, T. & Mäkinen, V., maj 2018, I : Briefings in Bioinformatics. 19, 3, s. 404-414 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Towards pan-genome read alignment to improve variation calling

Valenzuela, D., Norri, T., Välimäki, N., Pitkänen, E. & Mäkinen, V., 9 maj 2018, I : BMC Genomics. 19, 8 s., 87.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2017

A framework for space-efficient read clustering in metagenomic samples

Alanko, J., Cunial, F., Belazzougui, D. & Mäkinen, V., 14 mar 2017, I : BMC Bioinformatics. 18, Suppl 3, 12 s., 59.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Interval scheduling maximizing minimum coverage

Mäkinen, V., Staneva, V., Tomescu, A. I., Valenzuela, D. & Wilzbach, S., 10 jul 2017, I : Discrete Applied Mathematics. 225, s. 130-135 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Variant genotyping with gap filling

Walve, R., Salmela, L. & Mäkinen, V., 8 sep 2017, I : PLoS One. 12, 9, 12 s., e0184608.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2016

Gap Filling as Exact Path Length Problem

Salmela, L., Sahlin, K., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 9 maj 2016, I : Journal of Computational Biology. 23, 5, s. 347-361 15 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2015

Explaining a Weighted DAG with Few Paths for Solving Genome-Guided Multi-Assembly

Tomescu, A. I., Gagie, T., Popa, A., Rizzi, R., Kuosmanen, A. E. & Mäkinen, V. A. T., dec 2015, I : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 12, 6, s. 1345-1354 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång

Fast in-memory XPath search using compressed indexes

Arroyuelo, D., Claude, F., Maneth, S., Mäkinen, V., Navarro, G., Nguyen, K., Sirén, J. & Välimäki, N., mar 2015, I : Software: Practice & Experience. 45, 3, s. 399-434 36 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Repeat- and error-aware comparison of deletions

Wittler, R., Marschall, T., Schönhuth, A. & Mäkinen, V., sep 2015, I : Bioinformatics. 31, 18, s. 2947-2954 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

SNV-PPILP: refined SNV calling for tumor data using perfect phylogenies and ILP

van Rens, K. E., Mäkinen, V. & Tomescu, A. I., 1 apr 2015, I : Bioinformatics. 31, 7, s. 1133-1135 3 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2014

Editorial: Special Issue on Algorithms for Sequence Analysis and Storage

Mäkinen, V., 2014, I : Algorithms. 7, 1, s. 186-187

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskaplig

Öppen tillgång
Fil

Indexing Graphs for Path Queries with Applications in Genome Research

Sirén, J., Välimäki, N. & Mäkinen, V., 2014, I : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 11, 2, s. 375-388 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Multi-pattern matching with bidirectional indexes

Gog, S., Karhu, K., Kärkkäinen, J., Mäkinen, V. & Välimäki, N., 2014, I : Journal of Discrete Algorithms. 24, s. 26-39 14 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

On the complexity of Minimum Path Cover with Subpath Constraints for multi-assembly

Rizzi, R., Tomescu, A. I. & Mäkinen, V., 10 sep 2014, I : BMC Bioinformatics. 15, S9, s. S5

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Recombination-aware alignment of diploid individuals

Mäkinen, V. & Valenzuela, D., 2014, I : BMC Genomics. 15, Suppl 6, s. S15 9 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

The Glanville fritillary genome retains an ancient karyotype and reveals selective chromosomal fusions in Lepidoptera

Ahola, V., Lehtonen, R., Somervuo, P., Salmela, L., Koskinen, P., Rastas, P., Valimaki, N., Paulin, L., Kvist, J., Wahlberg, N., Tanskanen, J., Hornett, E. A., Ferguson, L. C., Luo, S., Cao, Z., de Jong, M. A., Duplouy, A., Smolander, O-P., Vogel, H., McCoy, R. C. & 27 andraQian, K., Wong, S. C., Zhang, Q., Ahmad, F., Haukka, J. K., Joshi, A., Salojarvi, J., Wheat, C. W., Grosse-Wilde, E., Hughes, D., Katainen, R., Pitkanen, E., Ylinen, J., Waterhouse, R. M., Turunen, M., Vaharautio, A., Ojanen, S. P., Schulman, A. H., Taipale, M., Lawson, D., Ukkonen, E., Makinen, V., Goldsmith, M. R., Holm, L., Auvinen, P., Frilander, M. J. & Hanski, I., sep 2014, I : Nature Communications. 5, 9 s., 4737.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2013

A novel min-cost flow method for estimating transcript expression with RNA-Seq

Tomescu, A. I., Kuosmanen, A., Rizzi, R. & Mäkinen, V., 10 apr 2013, I : BMC Bioinformatics. 14, (Suppl 5):S15, 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Haploid to diploid alignment for variation calling assessment

Mäkinen, V. & Rahkola, J., okt 2013, I : BMC Bioinformatics. 14, (Suppl 15):S13, 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2012

Approximate all-pairs suffix/prefix overlaps

Välimäki, N., Ladra, S. & Mäkinen, V., 2012, I : Information and Computation. 213, s. 49-58 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Detection of Viruses in Sweetpotato from Honduras and Guatemala Augmented by Deep-Sequencing of Small-RNAs

Kashif, M., Pietila, S., Artola, K., Jones, R. A. C., Tugume, A. K., Makinen, V. & Valkonen, J. P. T., okt 2012, I : Plant Disease. 96, 10, s. 1430-1437 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Normalized N50 Assembly Metric using Gap-Restricted Co-Linear Chaining

Mäkinen, V., Salmela, L. & Ylinen, J., 3 okt 2012, I : BMC Bioinformatics. 13, s. 255 5 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2011

Algoritmitutkimuksen rooli bioinformatiikassa

Mäkinen, V., jul 2011, I : Tietojenkäsittelytiede. 32, s. 10-15 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskaplig

Fast scaffolding with small independent mixed integer programs

Salmela, L., Mäkinen, V., Välimäki, N., Ylinen, J. & Ukkonen, E., 2011, I : Bioinformatics. 27, 23, s. 3259-3265 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil

Missing pattern discovery

Angelov, S., Inenaga, S., Kivioja, T. & Mäkinen, V., 2011, I : Journal of Discrete Algorithms. 9, 2, s. 153-165 13 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

The Cycle Switching Graph of the Steiner Triple Systems of Order 19 is Connected

Kaski, P., Mäkinen, V. & Östergård, P. R. J., 2011, I : Graphs and Combinatorics. 27, 4, s. 539-546 8 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2010

Filtering methods for content-based retrieval on indexed symbolic music databases

Lemstrom, K., Mikkila, N. & Makinen, V., 2010, I : Information Retrieval Journal. 13, s. 1-21 21 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Storage and Retrieval of Highly Repetitive Sequence Collections

Mäkinen, V., Navarro, G., Sirén, J. & Välimäki, N., 2010, I : Journal of Computational Biology. 17, 3, s. 281-308 28 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Öppen tillgång
Fil
2009

Efficient construction of maximal and minimal representations of motifs of a string

Nicolas, F., Mäkinen, V. & Ukkonen, E., 2009, I : Theoretical Computer Science. 410 (2009), s. 2999-3005 7 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Engineering a Compressed Suffix Tree Implementation

Välimäki, N., Mäkinen, V., Gerlach, W. & Dixit, K., 2009, I : ACM Journal of Experimental Algorithmics. 14, 4.2, s. 4.2:1-4.2:23 23 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Faster entropy-bounded compressed suffix trees

Fischer, J., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2009, I : Theoretical Computer Science. 410 (2009), s. 5354-5364 11 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2008

Combinatorial approaches for mass spectra recalibration

Böcker, S. & Mäkinen, V., 2008, I : IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. 5, 1, s. 91-100 10 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Dynamic entropy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2008, I : ACM Transactions on Algorithms. 4, 3, s. art. 32 38 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Kauniita algoritmeja vääriin ongelmiin

Mäkinen, V., 14 dec 2008, I : Luova : tiedettä & teknologiaa.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelAllmänheten

2007

Compressed full-text indexes

Navarro, G. & Mäkinen, V., 2007, I : ACM Computing Surveys. 39, 1, s. Article No. 2

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Compressed representations of sequences and full-text indexes

Ferragina, P., Manzini, G., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, I : ACM Transactions on Algorithms. 3, 2, s. Art. 20

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Compressed suffix tree: a basis for genome-scale sequence analysis

Välimäki, N., Gerlach, W., Dixit, K. & Mäkinen, V., 2007, I : Bioinformatics. 23, 5, s. 629-630 2 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Peak alignment using restricted edit distances

Mäkinen, V., 2007, I : Biomolecular engineering. 24, 3, s. 337-342 6 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Rank and select revisited and extended

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, I : Theoretical Computer Science. 387, 3, s. 332-347 16 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Rotation and lighting invariant template matching

Fredriksson, K., Mäkinen, V. & Navarro, G., 2007, I : Information and Computation. 205, 7, s. 1096-1113 18 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

2006

A simple alphabet-independent FM-index

Grabowski, S., Navarro, G., Przywarski, R., Salinger, A. & Mäkinen, V., 2006, I : International Journal of Foundations of Computer Science. 17, 6, s. 1365-1384 20 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review

Dynamic entropy-compressed sequences and full-text indexes

Mäkinen, V. & Navarro, G., 2006, I : Lecture Notes in Computer Science. 4009, s. 306-317 12 s.

Forskningsoutput: TidskriftsbidragArtikelVetenskapligPeer review