Genome, transcriptome and proteome of the wood-decay fungus Phlebia radiata

Projektinformation

Beskrivning

Sequencing the nuclear and mitochondrial genome of the wild type heterokaryon Finnish isolate 79 of the wood-decaying white rot Basidiomycota genus type species Phlebia radiata. Analysis of the wood-decaying proteome and secretome.

Viktiga resultat (fyll inte)

Mitochondrial genome is the second largest among fungi with exceptional features. High-quality genome assembly of the wild type heterokaryon isolate.
Kort titelPrad genome
StatusSlutfört
Gällande start-/slutdatum03/01/2011 → 31/12/2017
Visa alla
Visa färre

Vetenskapsgrenar

  • 1183 Växtbiologi, mikrobiologi, virologi
  • 1181 Ekologi, evolutionsbiologi
  • 1182 Biokemi, cell- och molekylärbiologi
  • 1184 Genetik, utvecklingsbiologi, fysiologi

Utrustning

Genome-wide technology platform / DNA Sequencing and genomics laboratory

Institutet för bioteknik

Utrustning/facilitet: Utrustning

Proteomics and protein characterization technology platform / Proteomics unit

Institutet för bioteknik

Utrustning/facilitet: Utrustning

Projekt

Fungcolife: Sienten vuorovaikutukset ja elintavat puussa: aktiivisuuksien, proteomin ja transkriptomin muutokset yhteiskasvatuksissa ja yhteisöissä

Lundell, T., Mali, T., Mattila, H., Shah, F. & Mäkinen, M.

01/09/2015 → 31/12/2019

Projekt: Forskningsprojekt

Ox-Red: Hapetus-pelkistysentsyymigeenien sammutus valkolahosienessa

Lundell, T., Oksanen, I., Kuuskeri, J., Mäkelä, M., Hilden, K., Mäkinen, M. & Paulin, L.

01/01/2011 → 30/06/2015

Projekt: Forskningsprojekt

Forskningsresultat

Hypoxia is regulating enzymatic wood decomposition and intracellular carbohydrate metabolism in filamentous white rot fungus

Mattila, H., Mäkinen, M. & Lundell, T., 24 feb 2020, I : Biotechnology for Biofuels. 13, 1, 17 s., 26.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Öppen tillgång
Fil

Time-scale dynamics of proteome and transcriptome of the white-rot fungus Phlebia radiata: growth on spruce wood and decay effect on lignocellulose

Kuuskeri, J., Häkkinen, M., Laine, P., Smolander, O-P., Tamene, F., Miettinen, S., Nousiainen, P., Kemell, M., Auvinen, P. & Lundell, T., 5 sep 2016, I : Biotechnology for Biofuels. 9, 22 s., 192.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Öppen tillgång
Fil

Lignocellulose-converting enzyme activity profiles correlate with molecular systematics and phylogeny grouping in the incoherent genus Phlebia (Polyporales, Basidiomycota)

Kuuskeri, J. T., Mäkelä, M. R., Isotalo, J. M., Oksanen, I. M. & Lundell, T. K., 19 okt 2015, I : BMC Microbiology. 15, 18 s., 217.

Forskningsoutput: Tidskriftsbidrag › Artikel › Vetenskaplig › Peer review

Öppen tillgång
Fil